pysam-developers / pysam
Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix.
pysam-developers/pysam erreicht einen Gesundheitsindex von 88 von 100 und liegt damit im Bereich Exzellent. Am stärksten schneidet es bei Engineering Quality (90/100) ab, am schwächsten bei AI Readiness (58/100). Zuletzt vor 5 Tagen aktualisiert. Ein einzelner Mitwirkender trägt den Großteil der jüngsten Arbeit.
Software-Gesundheitsindex
Metriken werden auf einer standardisierten Skala von 1–100 in gewichtete Kategorien gruppiert. Der Gesamtwert beginnt als ihr gewichtetes Mittel, kalibriert auf die Verteilung des öffentlichen Registers, sodass die Stufen Perzentilbedeutung tragen; sobald öffentliche Evidenz die Richtlinie für Hochrisikojurisdiktionen auslöst, wird die Bewertung angepasst und erhält die Obergrenze Gefährdet von 34.
Bewertungsprofil
Jede Achse ist eine Kategorie. Die Form zählt mehr als der Durchschnitt — ein gesundes Projekt füllt die gesamte Fläche, während ein Profil aus Spitzen und Kratern bedeutet, dass Stärke in einer Dimension Risiken in einer anderen verdeckt.
Der gewichtete Gesamtwert 74 wird auf der veröffentlichten Indexskala auf 88 kalibriert (Register-Kalibrierung 2026-08-02).
Eigentümerschaft
Dieses Repository wird von einer Organisation getragen — geteilte, rechenschaftspflichtige Trägerschaft, die jeden einzelnen Maintainer überdauern kann.
Paket-Ökosysteme
| Registry | Paket | Version | Downloads / Monat | Versionen | Zuletzt veröffentlicht |
|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | pysam | 0.24.1 | 964.689 | 49 | vor 5 Tagen |
Metriken nach Kategorie
Vitalität
Lebt das Projekt — wird Code geschrieben und werden Releases ausgeliefert?
Entwicklungsaktivität
Wie die Bewertung erfolgt
| 36/36 | Push-Aktualität — letzter Push vor 5 Tagen |
| 24.2/36 | Commit-Rhythmus — 35/52 Wochen mit Commits |
| 17.8/18 | Commit-Volumen — 96 Commits im letzten Jahr |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 4 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
Verwendete Eingangsdaten
| commits_last_year | 96 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 5 |
| active_weeks_last_year | 35 |
Release-Disziplin
Wie die Bewertung erfolgt
| 27/27 | Liefert Releases aus — 42 Releases veröffentlicht |
| 36/36 | Release-Aktualität — letztes Release vor 5 Tagen |
| 12.6/27 | Release-Rhythmus — ein Release etwa alle 156,6 Tage |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| releases_count | 42 |
| latest_release_tag | v0.24.1 |
| releases_from_tags | nein |
| days_since_latest_release | 5 |
| mean_days_between_releases | 156,6 |
Community & Verbreitung
Hat das Projekt Nutzer, Downloads, Aufmerksamkeit und ein einladendes Umfeld für Beitragende?
Wie die Bewertung erfolgt
| 48/60 | Stars — 910 Stars |
| 20.6/25 | Forks — 301 Forks |
| 9/15 | Watcher — 42 Watcher |
Verwendete Eingangsdaten
| forks | 301 |
| stars | 910 |
| watchers | 42 |
| growth_state | organic |
| growth_factor_pct | 100 |
Community-Gesundheit
Wie die Bewertung erfolgt
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Lizenz — anerkannte Lizenz (MIT) |
| 0/18 | CONTRIBUTING-Leitfaden |
| 0/13.5 | Verhaltenskodex |
| 0/7.2 | Issue-Vorlage |
| 0/6.3 | PR-Vorlage |
Verwendete Eingangsdaten
| has_readme | ja |
| has_license | ja |
| readme_badges | 0 |
| has_contributing | nein |
| has_issue_template | nein |
| has_code_of_conduct | nein |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | nein |
Ökosystem-Verbreitung (Downloads)
Wie die Bewertung erfolgt
| 79.8/80 | Downloads pro Monat — 964.689 Downloads/Monat über pypi |
| 0/20 | Abhängige in der Registry — von diesem Ökosystem nicht ausgewiesen |
Verwendete Eingangsdaten
| packages | pysam |
| dependents | — |
| ecosystems | pypi |
| total_downloads | — |
| monthly_downloads | 964.689 |
| unverified_packages_excluded | — |
Nachhaltigkeit & Governance
Überdauert das Projekt die Menschen, die es tragen — Bus-Faktor, Reaktionsfähigkeit, Trägerschaft und Paketpflege?
Maintainer-Resilienz (Bus-Faktor)
Wie die Bewertung erfolgt
| 9/54 | Bus-Faktor — 1 Beitragende decken die Hälfte aller Commits ab |
| 9.4/22.5 | Commit-Verteilung — wichtigste beitragende Person verfasste 58 % der Commits |
| 13.5/13.5 | Breite der Beitragenden — 100 Beitragende |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 27 contributing companies or organizations |
Verwendete Eingangsdaten
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 100 |
| top_contributor_share | 0,584 |
Wie die Bewertung erfolgt
| 31.7/42 | Issue-Lösungsquote — 75 % der Issues geschlossen |
| 25.1/30 | PR-Annahme — 345/413 entschiedene PRs gemergt |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — kein PR eines Erstbeitragenden in 30 Tagen entschieden |
| 0/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 1/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
Verwendete Eingangsdaten
| merged_prs | 345 |
| open_issues | 240 |
| closed_issues | 737 |
| prs_merged_7d | 1 |
| prs_decided_7d | 1 |
| prs_merged_30d | 1 |
| prs_decided_30d | 2 |
| issue_closed_ratio | 0,754 |
| closed_unmerged_prs | 68 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
Eigentümerschaft & Trägerschaft
Wie die Bewertung erfolgt
| 30/30 | Organisatorische Trägerschaft — im Besitz einer Organisation |
| 0/20 | Verifizierte Domain |
| 8/25 | Reichweite des Inhabers — 12 Follower von pysam-developers |
| 16.4/25 | Kontohistorie — 3 öffentliche Repos, Kontoalter ca. 12 Jahre |
Verwendete Eingangsdaten
| followers | 12 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | nein |
| owner_login | pysam-developers |
| public_repos | 3 |
| account_age_days | 4.601 |
Paketpflege
Wie die Bewertung erfolgt
| 25/25 | Veröffentlicht & auflösbar — 1 Paket(e) auf pypi |
| 35/35 | Veröffentlichungsaktualität — letzte Veröffentlichung vor 5 Tagen |
| 20/20 | Versionshistorie — 49 veröffentlichte Versionen |
| 20/20 | Nicht veraltet — aktiv, nicht veraltet oder zurückgezogen |
Verwendete Eingangsdaten
| packages | pysam |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | nein |
| min_days_since_publish | 5 |
Engineering-Qualität
Sind grundlegende Engineering- und Dokumentationspraktiken vorhanden?
Engineering-Praktiken
Wie die Bewertung erfolgt
| 24/24 | CI-Workflows — 2 Workflow(s) |
| 24/24 | Tests vorhanden |
| 16/16 | Linter-Konfiguration — setup.cfg ([flake8]) |
| 0/9.6 | Pre-Commit-Hooks |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Verwendete Eingangsdaten
| has_ci | ja |
| has_tests | ja |
| has_editorconfig | nein |
| has_linter_config | ja |
| has_precommit_config | nein |
Dokumentation
Wie die Bewertung erfolgt
| 30/30 | README |
| 25/25 | Dokumentationsverzeichnis |
| 15/15 | Dokumentations-/Homepage-Site — https://pysam.readthedocs.io/en/latest/ |
| 10/10 | Repository-Beschreibung |
| 10/10 | Topics — 4 Topics |
| 10/10 | Wiki |
Verwendete Eingangsdaten
| topics | bioinformatics, ngs, python, htslib |
| has_wiki | ja |
| homepage | https://pysam.readthedocs.io/en/latest/ |
| docs_site | https://pysam.readthedocs.io/en/latest/ |
| has_readme | ja |
| has_docs_dir | ja |
| has_description | ja |
Sicherheit
Sind die sichtbaren Sicherheits- und Lieferkettenpraktiken belastbar, ohne ungeklärte Exposition gegenüber Hochrisikojurisdiktionen?
Sicherheitslage
Wie die Bewertung erfolgt
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 4.5/7.5 | Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0/7.5 | Code-Review — Found 1/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 27 contributing companies or organizations |
| 0/10 | Dangerous-Workflow — keine Daten |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Lizenz — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 30 commit(s) and 4 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 0/5 | Packaging — keine Daten |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — keine Daten |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — keine Daten |
| 0/7.5 | Token-Permissions — keine Daten |
| 7.5/7.5 | Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected |
Verwendete Eingangsdaten
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 13 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 5 |
| scorecard_aggregate | 4,9 |
Abhängigkeits-Advisories
Wie die Bewertung erfolgt
| 35/35 | Direkte Abhängigkeiten ohne bekannte Advisories — keine direkte Abhängigkeit trägt ein bekanntes Advisory |
| 0/25 | Indirekte Abhängigkeiten ohne bekannte Advisories — transitive Menge in diesem Bereich nicht von Entwicklungs- und Test-Abhängigkeiten trennbar |
| 0/40 | Keine offenen Advisories — kein Advisory trägt ein Veröffentlichungsdatum |
Verwendete Eingangsdaten
| source | osv |
| advisories | 0 |
| affected_packages | 0 |
| assessed_packages | 2 |
| unassessed_packages | 2 |
| affected_by_severity | none |
| direct_affected_packages | 0 |
AI Readiness
Wie gut ist das Repository dafür ausgestattet, mit KI-Coding-Agenten entwickelt und gepflegt zu werden? Trägt ein bewusst kleines Gewicht (4 %): Agenten-Tooling ist ein echtes Pflegesignal, doch ein Repository ohne jedes Signal kann weiterhin 100/100 erreichen.
AI-Agentenkontext & Leitlinien
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/45 | Agentenanweisungen — keine CLAUDE.md / AGENTS.md / Editor-Regeln |
| 0/15 | Maschinenlesbare Doku (llms.txt) |
| 33.6/40 | Lesbare Commit-Historie — 63 von 100 menschlichen Commits benennen ihre Absicht (strukturierter Betreff oder erläuternder Text) |
Verwendete Eingangsdaten
| has_llms_txt | nein |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,63 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Wie die Bewertung erfolgt
| 18/18 | Bootstrap mit einem Befehl — doc/Makefile, htslib/Makefile, tests/cbcf_data/Makefile, tests/pysam_data/Makefile, tests/tabix_data/Makefile |
| 22/22 | Automatisierte Tests |
| 11/11 | Lint-/Format-Konfiguration — setup.cfg ([flake8]) |
| 11/11 | Statische Typprüfung — pysam/py.typed |
| 0/10 | Reproduzierbare Umgebung |
| 0/10 | Belegte Agentenpraxis — keine von Agenten verfassten Commits unter den letzten 100 |
| 0/8 | Automatisierte Wartung — keine automatisierten Abhängigkeits-Updates beobachtet |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| has_nix | nein |
| has_tests | ja |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | nein |
| typed_language | nein |
| bootstrap_files | doc/Makefile, htslib/Makefile, tests/cbcf_data/Makefile, tests/pysam_data/Makefile, tests/tabix_data/Makefile |
| has_devcontainer | nein |
| has_linter_config | ja |
| typecheck_configs | pysam/py.typed |
| agent_commit_share | 0 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
Wie die Bewertung erfolgt
| 27/45 | Typprüfbarer Code — Cython mit Typprüfungs-Konfiguration (pysam/py.typed) |
| 48.3/55 | Handhabbare Dateigrößen — 56/462 Quelldateien über 60 KB |
Verwendete Eingangsdaten
| primary_language | Cython |
| largest_source_bytes | 232.828 |
| source_files_sampled | 462 |
| oversized_source_files | 56 |
Eckdaten
Warnungen zur Datenerhebung
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
- Star history carried forward from 2026-07-21: GitHub restricted the stargazers API to repository admins, so it can no longer be collected. The repository has 910 stars today.
- Could not fetch pypi package 'pysam.libchtslib' from its registry
Weitere Details
Stern- und Fork-Verlauf 900 ★ / 301 ⇿
Wann jeder Stern und Fork hinzugefügt wurde, von GitHub erfasst und nach Tagen gruppiert. Das kumulierte Wachstum steht direkt über den täglichen Zugängen, aus denen es besteht, sodass beide gegeneinander lesbar sind: stetiger organischer Zuwachs sieht ganz anders aus als ein abrupter, kurzlebiger Ausschlag. Wo dieser Unterschied messbar ist, wird er als Wachstumsauthentizität ausgewiesen.
Die Sternehistorie wird mit dem Stand vom 2026-07-21 gezeigt. GitHub hat die Stargazers-API im Juli 2026 auf Repository-Administratoren beschränkt, diese Reihe lässt sich daher nicht mehr fortschreiben; die Gesamtzahl der Sterne oben bleibt aktuell.
Jeder Punkt umfasst 12 Tage.
OpenSSF Scorecard 4.9 / 10
Unabhängige, werkzeugneutrale Sicherheitsbewertung durch das quelloffene OpenSSF Scorecard. Jede Prüfung honoriert eine Sicherheits-Praxis, nicht das Werkzeug eines bestimmten Anbieters. Prüfungen, die Scorecard nicht ermitteln konnte, sind mit k. A. markiert und vom Sicherheitswert ausgeschlossen (nie als null gezählt).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| 6 | Branch-Protection | branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 10 | CI-Tests | 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0 | Code-Review | Found 1/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 10 | Contributors | project has 27 contributing companies or organizations |
| k. A. | Dangerous-Workflow | no workflows found |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 30 commit(s) and 4 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| k. A. | Packaging | packaging workflow not detected |
| k. A. | Pinned-Dependencies | no dependencies found |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| k. A. | Signed-Releases | no releases found |
| k. A. | Token-Permissions | No tokens found |
| 10 | Vulnerabilities | 0 existing vulnerabilities detected |
Alle Abhängigkeiten 4
Vollständig aufgelöster Abhängigkeitssatz aus dem GitHub-Abhängigkeitsgraphen: 0 direkte und 4 indirekte (transitive) Pakete. Die transitive Hülle ist vollständig, wenn das Repository eine Lockfile eincheckt.
| Registry | Paket | Version | Beziehung |
|---|---|---|---|
| PyPI | cython | — | indirekt |
| PyPI | setuptools | — | indirekt |
| PyPI | sphinx | 8.2.3 | indirekt |
| PyPI | sphinx-rtd-theme | 3.0.2 | indirekt |
Abhängigkeits-Advisories 0
Dieses Repository veröffentlicht kein vom Index auflösbares Paket, daher wurde sein eigener Abhängigkeitsgraph bewertet – 2 Pakete, darunter auch Entwicklungs- und Test-Pins, die nie ausgeliefert werden: 0 tragen bekannte Advisories, davon 0 direkte. 2 konnten nicht bewertet werden – keine aufgelöste Version, ein nicht unterstütztes Ökosystem, oder außerhalb der ausgewiesenen Paketliste.
Keine bekannten Advisories betreffen die bewerteten Abhängigkeiten.
Ein Advisory bedeutet, dass die im Abhängigkeitsgraphen erfasste Version in den betroffenen Bereich eines Advisories fällt. Erreichbarkeit wird nicht analysiert, und der Graph enthält Entwicklungs- und Test-Pins — ein Fund kann das Werkzeug betreffen und nicht die ausgelieferte Software.
JSON-Rohbericht maschinenlesbar
Feedback
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Bewertungen sind Signale, keine Garantien. Sie spiegeln öffentlich sichtbare Praxis auf GitHub wider — kein Code-Audit und keine Sicherheitsgarantie.
Fehlende Daten werden ausgeschlossen und die Gewichte neu normiert, nie als null bewertet. Die Methodik ist versioniert und offen: Metriken v2.10.0, Schema v0.34.0 — vollständige Methodik · Metriken-Wiki.
Wie ein einzelnes Ergebnis im Gesamtregister steht: aggregierte Statistiken — PyPI.