Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-08-21 16:33 UTC

oncologylab / fp-tools

Command-first ATAC-seq footprinting, motif analysis, and reproducible interactive reports

PythonMIT★ 250 зірок⑂ 3 форкиз черв. 2026 р.Переглянути на GitHub ↗

ТипІнструмент командного рядкаБібліотекаяк це визначено

#atac-seq #bioinformatics #footprinting #motif-analysis #python #regulatory-genomics #single-cell-atac

oncologylab/fp-tools має індекс здоров’я 71 зі 100, що відповідає смузі «Добрий». Найвищий показник — Engineering Quality (77/100), найнижчий — Security (43/100). Останнє оновлення — сьогодні. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

загалом / 100

Добрий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям

Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини

Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані

Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку

Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах

У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності

Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 63 калібровано до 71 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

oncologylabОрганізація

1 підписник7 публічних репозиторіївз жовт. 2025 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

Реєстр	Пакет	Версія	Завантажень / міс	Версії	Остання публікація	Теги
PyPI	fp-tools-bio	0.1.18	3 830	26	1 день тому	atac-seq footprinting motif chromatin bioinformatics

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

71Добрий · 21% загального індексу

Активність розробки

59Помірний

Як обчислюється оцінка

36/36	Свіжість push — останній push 0 дн. тому
4.8/36	Ритм комітів — 7/52 тижнів із комітами
18/18	Обсяг комітів — 224 комітів за останній рік
0/10	OpenSSF Scorecard: Maintained — project was created within the last 90 days. Please review its contents carefully

Використані вхідні дані

commits_last_year	224
human_commit_share	1
days_since_last_push	0
active_weeks_last_year	7

Дисципліна релізів

90Відмінний

Як обчислюється оцінка

27/27	Випускає релізи — опубліковано 15 релізів
36/36	Свіжість релізів — останній реліз 0 дн. тому
27/27	Ритм релізів — реліз кожні ~0,2 дн.
0/10	OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.

Використані вхідні дані

releases_count	15
latest_release_tag	v0.2.0rc12
releases_from_tags	ні
days_since_latest_release	0
mean_days_between_releases	0,2

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

64Помірний · 17% загального індексу

Здоров'я спільноти

92Відмінний

Як обчислюється оцінка

22.5/22.5	README
22.5/22.5	Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
18/18	Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5	Кодекс поведінки
0/7.2	Шаблон issue
6.3/6.3	Шаблон PR

Використані вхідні дані

has_readme	так
has_license	так
readme_badges	3
has_contributing	так
has_issue_template	ні
has_code_of_conduct	так
readme_badge_services	github.com, shields.io
has_pull_request_template	так

Впровадження в екосистемі (завантаження)

60Помірний

Як обчислюється оцінка

47.8/80	Щомісячні завантаження — 3 830 завантажень/місяць у pypi
0/20	Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє

Використані вхідні дані

packages	fp-tools-bio
dependents	—
ecosystems	pypi
total_downloads	—
monthly_downloads	3 830
unverified_packages_excluded	—

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Залежні пакети в реєстрі. Залишкові ваги перенормовано.

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

56Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

13Критичний

Як обчислюється оцінка

9/54	Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
0/22.5	Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 100% комітів
1.4/13.5	Широта контриб’юторів — 1 контриб’юторів
3/10	OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3

Використані вхідні дані

bus_factor	1
contributors_sampled	1
top_contributor_share	1

Реактивність на issue та PR

79Добрий

Як обчислюється оцінка

36.3/42	Вирішення issue — закрито 86% issue
30/30	Прийняття PR — злито 26/26 вирішених PR
13/13	Newcomer PR acceptance — злито 26/26 PR від новачків за 30 дн.
0/15	OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/28 approved changesets -- score normalized to 0

Використані вхідні дані

merged_prs	26
open_issues	3
closed_issues	19
prs_merged_7d	26
prs_decided_7d	26
prs_merged_30d	26
prs_decided_30d	26
issue_closed_ratio	0,864
closed_unmerged_prs	0
first_time_authors_30d	1
first_time_prs_merged_30d	26
first_time_prs_decided_30d	26

Власність та опіка

50Помірний

Як обчислюється оцінка

30/30	Підтримка власника — у власності організації
0/20	Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
2.2/25	Охоплення власника — 1 підписників у oncologylab
8.2/25	Послужний список — 7 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~0 р.

Використані вхідні дані

followers	1
owner_type	Organization
is_verified	—
owner_login	oncologylab
public_repos	7
account_age_days	294

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий

Як обчислюється оцінка

25/25	Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35	Свіжість публікацій — остання публікація 1 дн. тому
20/20	Історія версій — 26 опублікованих версій
20/20	Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked

Використані вхідні дані

packages	fp-tools-bio
ecosystems	pypi
any_deprecated	ні
min_days_since_publish	1

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

77Добрий · 19% загального індексу

Інженерні практики

68Добрий

Як обчислюється оцінка

24/24	Процеси CI — 6 процес(ів) CI
24/24	Наявні тести
0/16	Конфігурація лінтера
0/9.6	Pre-commit-хуки
0/6.4	.editorconfig
20/20	OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10

Використані вхідні дані

has_ci	так
has_tests	так
has_editorconfig	ні
has_linter_config	ні
has_precommit_config	ні

Документація

90Відмінний

Як обчислюється оцінка

30/30	README
25/25	Каталог документації
15/15	Сайт документації / домашня сторінка — https://oncologylab.github.io/fp-tools/
10/10	Опис репозиторію
10/10	Теми — 7 тем
0/10	Wiki

Використані вхідні дані

topics	atac-seq, bioinformatics, footprinting, motif-analysis, python, regulatory-genomics, single-cell-atac
has_wiki	ні
homepage	https://oncologylab.github.io/fp-tools/
docs_site	https://oncologylab.github.io/fp-tools/
has_readme	так
has_docs_dir	так
has_description	так

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

43Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

29У зоні ризику

Як обчислюється оцінка

7.5/7.5	Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5	Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2.5/2.5	CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5	CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5	Code-Review — Found 0/28 approved changesets -- score normalized to 0
0.8/2.5	Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10/10	Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5	Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5	Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5	Ліцензія — license file detected
0/7.5	Maintained — project was created within the last 90 days. Please review its contents carefully
5/5	Packaging — packaging workflow detected
0/5	Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5	SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
2/5	Security-Policy — security policy file detected
0/7.5	Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5	Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5	Vulnerabilities — 21 existing vulnerabilities detected

Використані вхідні дані

source	openssf_scorecard
checks_evaluated	18
scorecard_version	v5.5.0
checks_inconclusive	0
scorecard_aggregate	2,9

Сповіщення про залежності

100Винятковий

Як обчислюється оцінка

35/35	Прямі залежності без відомих сповіщень — жодна пряма залежність не має відомих сповіщень
25/25	Непрямі залежності без відомих сповіщень — жодна непряма залежність не має відомих сповіщень
0/40	Немає задавнених сповіщень — жодне сповіщення не має дати публікації

Використані вхідні дані

source	osv
advisories	0
affected_packages	0
assessed_packages	43
unassessed_packages	0
affected_by_severity	none
direct_affected_packages	0

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Немає задавнених сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено з runtime-замиканням залежностей pypi:fp-tools-bio@0.1.18 — тим, що тягне за собою встановлення опублікованого пакета, — 43 пакетів. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

62Помірний · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

64Помірний

Як обчислюється оцінка

45/45	Інструкції для агентів — AGENTS.md
0/15	Машиночитана документація (llms.txt)
18.7/40	Читабельна історія комітів — намір зазначено у 35 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)

Використані вхідні дані

has_llms_txt	ні
llms_txt_url	—
legible_history_share	0,35
agent_instruction_files	AGENTS.md
agent_instruction_max_bytes	5 856

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

50Помірний

Як обчислюється оцінка

18/18	Розгортання однією командою — Makefile
22/22	Автоматизовані тести
0/11	Конфігурація лінтера / форматера
0/11	Статична перевірка типів
10/10	Відтворюване середовище — Dockerfile, lockfile
0/10	Підтверджена практика роботи з агентами — серед останніх 100 комітів немає створених агентом
0/8	Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
0/10	OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0

Використані вхідні дані

has_nix	ні
has_tests	так
lockfiles	poetry.lock
has_dockerfile	так
typed_language	ні
bootstrap_files	Makefile
has_devcontainer	ні
has_linter_config	ні
typecheck_configs	—
agent_commit_share	0
toolchain_manifests	—
dependency_bot_commit_share	0

Читабельність коду для моделей

51Помірний

Як обчислюється оцінка

0/45	Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
51/55	Керовані розміри файлів — 12/165 файлів вихідного коду понад 60 КБ

Використані вхідні дані

primary_language	Python
largest_source_bytes	1 548 387
source_files_sampled	165
oversized_source_files	12

Машиночитні інтерфейси

100Винятковий

Як обчислюється оцінка

0/40	Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
0/20	Сервер MCP — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
40/40	Придатні до запуску приклади — demos, examples

Використані вхідні дані

example_dirs	demos, examples
has_mcp_signal	ні
api_schema_files	—
interfaces_expected_of	—

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto), Сервер MCP. Залишкові ваги перенормовано.

Ключові факти

250зірок GitHub

1контриб'юторів

224комітів за останні 12 місяців

0днів від останнього пушу

15релізів

1бас-фактор

3відкритих issue

PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
GitHub dependency-graph SBOM unavailable (404); the dependency graph may be disabled for this repository

Докладніше

Історія зірок і форків 0 ★ / 3 ⇿

0Зірки

3Форки

10Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

Мажорні 0Мінорні 0Патчі 2

OpenSSF Scorecard 2.9 / 10

2.9сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-08-21 16:31 UTC

10	Binary-Artifacts	no binaries found in the repo
0	Branch-Protection	branch protection not enabled on development/release branches
10	CI-Tests	21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0	CII-Best-Practices	no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0	Code-Review	Found 0/28 approved changesets -- score normalized to 0
3	Contributors	project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10	Dangerous-Workflow	no dangerous workflow patterns detected
0	Dependency-Update-Tool	no update tool detected
0	Fuzzing	project is not fuzzed
10	License	license file detected
0	Maintained	project was created within the last 90 days. Please review its contents carefully
10	Packaging	packaging workflow detected
0	Pinned-Dependencies	dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0	SAST	SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
4	Security-Policy	security policy file detected
0	Signed-Releases	Project has not signed or included provenance with any releases.
0	Token-Permissions	detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0	Vulnerabilities	21 existing vulnerabilities detected

Прямі залежності 20

Реєстр	Пакет	Обмеження версії	Маніфест
PyPI	numpy	`>=1.22,<3.0`	pyproject.toml
PyPI	scipy	`>=1.16,<2.0`	pyproject.toml
PyPI	pysam	`>=0.23.3,<0.24.0`	pyproject.toml
PyPI	bamnostic	`>=1.3,<2.0`	pyproject.toml
PyPI	pyBigWig	`>=0.3.24,<0.4.0`	pyproject.toml
PyPI	pybigtools	`>=0.3.0,<0.4.0`	pyproject.toml
PyPI	pyfastx	`>=2.3.1,<3.0`	pyproject.toml
PyPI	matplotlib	`>=3.10,<4.0`	pyproject.toml
PyPI	pandas	`>=2.3.3,<3.0`	pyproject.toml
PyPI	seaborn	`>=0.13.2,<0.14.0`	pyproject.toml
PyPI	scikit-learn	`>=1.5,<2.0`	pyproject.toml
PyPI	tqdm	`>=4.66,<5.0`	pyproject.toml
PyPI	kneed	`>=0.8.5,<0.9.0`	pyproject.toml
PyPI	adjustText	`>=1.3.0,<2.0.0`	pyproject.toml
PyPI	biopython	`>=1.85,<2.0`	pyproject.toml
PyPI	logomaker	`>=0.8.7,<0.9.0`	pyproject.toml
PyPI	xlsxwriter	`>=3.2.9,<4.0.0`	pyproject.toml
PyPI	anndata	`>=0.12,<0.13`	pyproject.toml
PyPI	PyYAML	`>=6.0,<7.0`	pyproject.toml
PyPI	streamlit	`>=1.44,<2.0`	pyproject.toml

Усі залежності не зібрано

Не вдалося зібрати розв'язаний набір залежностей для цього звіту: GitHub dependency-graph SBOM unavailable (404); the dependency graph may be disabled for this repository

Сповіщення про залежності 0

Встановлення pypi:fp-tools-bio@0.1.18 тягне 43 пакетів, прямих і транзитивних: 0 мають відомі сповіщення, з них 0 — прямі залежності.

Жодне відоме сповіщення не стосується оцінених залежностей.

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.

38.9/60	Зірки — 250 зірок
2.5/25	Форки — 3 форків
0/15	Спостерігачі — 0 спостерігачів

forks	3
stars	250
watchers	0
growth_state	unverified
growth_factor_pct	100
growth_unverified_reason	no_history

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Профіль оцінок

Власність

Пакетні екосистеми

Метрики за категоріями

Ключові факти

Попередження щодо збору даних

Докладніше

Зворотний зв’язок

Пов’язані записи