computational-biology — 开源软件健康

PyPI

95卓越健康指数

scverse/pertpy

Single-cell perturbation analysis

Python★ 337↓ 7,588/月2026年8月24日

MIT2026年8月24日 · 指标 2.10.0

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92优秀健康指数

opensim-org/opensim-core

SimTK OpenSim C++ libraries and command-line applications, and Java/Python wrapping.

C++★ 1,1322026年10月20日

Apache-2.02026年10月20日 · 指标 2.10.0

PyPI

88优秀健康指数

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Turn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000+ scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100+ scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.

Python★ 45.2K2026年9月16日

MIT2026年9月16日 · 指标 2.10.0

PyPI · crates.io

86优秀健康指数

biotite-dev/biotite

A comprehensive library for computational molecular biology

Python · Rust★ 968↓ 3.7M/月2026年8月27日

BSD-3-Clause2026年8月27日 · 指标 2.10.0

PyPI · crates.io

84优秀健康指数

zqfang/GSEApy

Gene Set Enrichment Analysis in Python

Python · Rust★ 710↓ 186.5K/月2026年9月18日

BSD-3-Clause2026年9月18日 · 指标 2.10.0

PyPI

81优秀健康指数

cafferychen777/mLLMCelltype

Cell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensus

Python · R★ 661↓ 285/月2026年9月15日

MIT2026年9月15日 · 指标 2.10.0

PyPI

71良好健康指数

AADavin/zombi2

A Python library for simulating the evolution of species, genomes, sequences and traits

Python★ 3↓ 2,072/月2026年9月18日

MIT2026年9月18日 · 指标 2.10.0

PyPI

71良好健康指数

TimoLassmann/kalign

A fast multiple sequence alignment program.

C · Python★ 162↓ 9,617/月2026年9月19日

Apache-2.02026年9月19日 · 指标 2.10.0

PyPI

67良好健康指数

DoctorDean/lazarus

An agent that takes a dead research repo and turns it into a callable pipeline component.

Python★ 66↓ 151/月2026年9月10日

MIT2026年9月10日 · 指标 2.10.0

PyPI

67良好健康指数

bioio-devs/aicspylibczi

Python module utilizing libCZI for reading Zeiss CZI files.

C++★ 48↓ 25.3K/月2026年9月19日

GPL-3.02026年9月19日 · 指标 2.10.0

PyPI

65良好健康指数

BioPandas/biopandas

Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python★ 7562026年9月12日

BSD-3-Clause2026年9月12日 · 指标 2.10.0

crates.io

65良好健康指数

haddocking/haddock-restraints

Generate restraints to be used in HADDOCK

Rust★ 7↓ 89/月2026年9月9日

MIT2026年9月9日 · 指标 2.10.0

63中等健康指数

bebop/poly

A Go package for engineering organisms.

Go★ 7372026年9月9日

MIT2026年9月9日 · 指标 2.10.0

crates.io · npm · PyPI

62中等健康指数

bio-rs/bio-rs

AI-ready biological data I/O, validation, and tokenization engine

Rust · Python★ 3↓ 925/月2026年9月8日

自定义许可证2026年9月8日 · 指标 2.10.0

PyPI

56中等健康指数

mooreneural/ProteinTensor

AI-native tensor format (.ptt) for structural biology ML. Convert a protein/nucleic-acid/ligand structure or sequence once; load backbone, MSA, ESM embeddings, sparse pair features, and ligand pockets with zero parsing. Feeds Boltz-2 (verified), AlphaFold 3, Chai-1, Nesso. Zarr-backed, PyTorch/JAX, streams from S3/GCS.

Python★ 1↓ 58/月2026年9月8日

MIT2026年9月8日 · 指标 2.10.0

PyPI · npm

36薄弱健康指数