computational-biology — 开源软件健康

PyPI

95卓越健康指数

scverse/pertpy

Single-cell perturbation analysis

Python★ 337↓ 7,588/月2026年8月24日

MIT2026年8月24日 · 指标 2.10.0

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91优秀健康指数

opensim-org/opensim-core

SimTK OpenSim C++ libraries and command-line applications, and Java/Python wrapping.

C++★ 1,0982026年8月22日

Apache-2.02026年8月22日 · 指标 2.10.0

PyPI

86优秀健康指数

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Turn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 170,000+ scientists worldwide. 158 ready-to-use skills plus 100+ scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.

Python★ 32.6K2026年8月5日

MIT2026年8月5日 · 指标 2.10.0

PyPI · crates.io

86优秀健康指数

biotite-dev/biotite

A comprehensive library for computational molecular biology

Python · Rust★ 968↓ 3.7M/月2026年8月27日

BSD-3-Clause2026年8月27日 · 指标 2.10.0

PyPI

80优秀健康指数

cafferychen777/mLLMCelltype

Cell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensus

Python · R★ 655↓ 285/月2026年8月2日

MIT2026年8月2日 · 指标 2.10.0

crates.io

62中等健康指数

haddocking/haddock-restraints

Generate restraints to be used in HADDOCK

Rust★ 6↓ 54/月2026年7月17日

MIT2026年7月17日 · 指标 2.10.0

60中等健康指数

TimOthYStIles/poly

A Go package for engineering organisms.

Go★ 7312026年7月17日

MIT2026年7月17日 · 指标 2.10.0

PyPI

57中等健康指数

BioPandas/biopandas

Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python★ 7562026年7月21日

BSD-3-Clause2026年7月21日 · 指标 2.10.0

PyPI

56中等健康指数

DoctorDean/lazarus

An agent that takes a dead research repo and turns it into a callable pipeline component.

Python★ 13↓ 375/月2026年7月17日

MIT2026年7月17日 · 指标 2.10.0

crates.io

56中等健康指数

bio-rs/bio-rs

AI-ready biological data I/O, validation, and tokenization engine

Rust · Python★ 32026年7月15日

自定义许可证2026年7月15日 · 指标 2.10.0

PyPI

53中等健康指数

mooreneural/proteintensor

AI-native tensor format (.ptt) for protein-structure ML. Convert a structure or sequence once; load backbone, MSA, ESM embeddings, sparse pair features, and ligands with zero parsing. Feeds AlphaFold/Boltz (Boltz-2 verified). Zarr-backed, lossless, PyTorch/JAX-ready, streams from S3/GCS.

Python★ 12026年7月15日

MIT2026年7月15日 · 指标 2.10.0

PyPI · npm

36薄弱健康指数

smartsbio/smarts-bio-jupyterlab

该仓库未发布描述。

TypeScript★ 12026年7月17日

MIT2026年7月17日 · 指标 2.10.0

PyPI

25存在风险健康指数

chiffa/bioflow

Information Flow Analysis toolkit for biological networks