computational-biology — здоров'я програмного забезпечення з відкритим кодом

PyPI

95Винятковийіндекс здоров'я

scverse/pertpy

Single-cell perturbation analysis

Python★ 337↓ 7 588/міс24 серп. 2026 р.

MIT24 серп. 2026 р. · метрики 2.10.0

—

92Відміннийіндекс здоров'я

opensim-org/opensim-core

SimTK OpenSim C++ libraries and command-line applications, and Java/Python wrapping.

C++★ 1 13220 жовт. 2026 р.

Apache-2.020 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

88Відміннийіндекс здоров'я

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Turn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 190,000+ scientists worldwide. 165 ready-to-use validated skills plus 100+ scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.

Python★ 45.2K16 вер. 2026 р.

MIT16 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI · crates.io

86Відміннийіндекс здоров'я

biotite-dev/biotite

A comprehensive library for computational molecular biology

Python · Rust★ 968↓ 3.7M/міс27 серп. 2026 р.

BSD-3-Clause27 серп. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI · crates.io

84Відміннийіндекс здоров'я

zqfang/GSEApy

Gene Set Enrichment Analysis in Python

Python · Rust★ 710↓ 186.5K/міс18 вер. 2026 р.

BSD-3-Clause18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

81Відміннийіндекс здоров'я

cafferychen777/mLLMCelltype

Cell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensus

Python · R★ 661↓ 285/міс15 вер. 2026 р.

MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

71Добрийіндекс здоров'я

AADavin/zombi2

A Python library for simulating the evolution of species, genomes, sequences and traits

Python★ 3↓ 2 072/міс18 вер. 2026 р.

MIT18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

71Добрийіндекс здоров'я

TimoLassmann/kalign

A fast multiple sequence alignment program.

C · Python★ 162↓ 9 617/міс19 вер. 2026 р.

Apache-2.019 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

67Добрийіндекс здоров'я

DoctorDean/lazarus

An agent that takes a dead research repo and turns it into a callable pipeline component.

Python★ 66↓ 151/міс10 вер. 2026 р.

MIT10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

67Добрийіндекс здоров'я

bioio-devs/aicspylibczi

Python module utilizing libCZI for reading Zeiss CZI files.

C++★ 48↓ 25.3K/міс19 вер. 2026 р.

GPL-3.019 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

65Добрийіндекс здоров'я

BioPandas/biopandas

Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python★ 75612 вер. 2026 р.

BSD-3-Clause12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

65Добрийіндекс здоров'я

haddocking/haddock-restraints

Generate restraints to be used in HADDOCK

Rust★ 7↓ 89/міс9 вер. 2026 р.

MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

63Помірнийіндекс здоров'я

bebop/poly

A Go package for engineering organisms.

Go★ 7379 вер. 2026 р.

MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI · crates.io · npm

54Помірнийіндекс здоров'я

bio-rs/bio-rs

AI-ready biological data I/O, validation, and tokenization engine

Rust · Python★ 3↓ 441/міс22 жовт. 2026 р.

Власна ліцензія22 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

53Помірнийіндекс здоров'я

mooreneural/ProteinTensor

AI-native tensor format (.ptt) for structural biology ML. Convert a protein/nucleic-acid/ligand structure or sequence once; load backbone, MSA, ESM embeddings, sparse pair features, and ligand pockets with zero parsing. Feeds Boltz-2 (verified), AlphaFold 3, Chai-1, Nesso. Zarr-backed, PyTorch/JAX, streams from S3/GCS.

Python★ 1↓ 27/міс22 жовт. 2026 р.

MIT22 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI · npm

36Слабкийіндекс здоров'я