Öffentliches RegisterExzellent
Software-GesundheitsberichtSchema 0.14.0 · Metriken 2.10.0 · 2026-07-19 00:03 UTC
cbioportal / genome-nexus
Backend server for Genome Nexus
cbioportal/genome-nexus erreicht einen Gesundheitsindex von 81 von 100 und liegt damit im Bereich Exzellent. Am stärksten schneidet es bei Engineering Quality (84/100) ab, am schwächsten bei AI Readiness (42/100). Zuletzt vor 4 Tagen aktualisiert. 2 Mitwirkende tragen den Großteil der jüngsten Arbeit.
81
gesamt / 100Software-Gesundheitsindex
Metriken werden auf einer standardisierten Skala von 1–100 in gewichtete Kategorien gruppiert. Der Gesamtwert beginnt als ihr gewichtetes Mittel, kalibriert auf die Verteilung des öffentlichen Registers, sodass die Stufen Perzentilbedeutung tragen; sobald öffentliche Evidenz die Richtlinie für Hochrisikojurisdiktionen auslöst, wird die Bewertung angepasst und erhält die Obergrenze Gefährdet von 34.
81
Außergewöhnlich93-100Die Spitzengruppe des Registers (≈ obere 5 %); erfüllt im Wesentlichen alle geprüften Kriterien
Exzellent80-92Durchgehend stark; geringfügige Lücken
Gut65-79Gesund; Lücken sind begrenzt und beherrschbar
Mittel50-64Akzeptabel mit deutlichen Lücken; Überprüfung empfohlen
Schwach35-49Wesentliche Schwächen in mehreren Bereichen
Gefährdet20-34Erhebliche Schwächen; eine Übernahme erfordert Vorsicht
Kritisch1-19Schwerwiegende Probleme (aufgegeben, nur ein Maintainer, keine Hygiene)
Bewertungsprofil
Jede Achse ist eine Kategorie. Die Form zählt mehr als der Durchschnitt — ein gesundes Projekt füllt die gesamte Fläche, während ein Profil aus Spitzen und Kratern bedeutet, dass Stärke in einer Dimension Risiken in einer anderen verdeckt.
Der gewichtete Gesamtwert 69 wird auf der veröffentlichten Indexskala auf 81 kalibriert (Register-Kalibrierung 2026-08-02).
Eigentümerschaft
Genome NexusOrganisation
22 Follower22 öffentliche Reposseit Feb. 2017
Dieses Repository wird von einer Organisation getragen — geteilte, rechenschaftspflichtige Trägerschaft, die jeden einzelnen Maintainer überdauern kann.
Metriken nach Kategorie
Vitalität
Lebt das Projekt — wird Code geschrieben und werden Releases ausgeliefert?
80
Wie die Bewertung erfolgt
| 36/36 | Push-Aktualität — letzter Push vor 4 Tagen |
| 11.1/36 | Commit-Rhythmus — 16/52 Wochen mit Commits |
| 15.1/18 | Commit-Volumen — 47 Commits im letzten Jahr |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
Verwendete Eingangsdaten
| commits_last_year | 47 |
| human_commit_share | — |
| days_since_last_push | 4 |
| active_weeks_last_year | 16 |
Release-Disziplin
92Exzellent
Wie die Bewertung erfolgt
| 27/27 | Liefert Releases aus — 83 Releases veröffentlicht |
| 36/36 | Release-Aktualität — letztes Release vor 4 Tagen |
| 19.8/27 | Release-Rhythmus — ein Release etwa alle 54,4 Tage |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| releases_count | 83 |
| latest_release_tag | v2.1.5 |
| releases_from_tags | nein |
| days_since_latest_release | 4 |
| mean_days_between_releases | 54,4 |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
Community & Verbreitung
Hat das Projekt Nutzer, Downloads, Aufmerksamkeit und ein einladendes Umfeld für Beitragende?
55
Popularität & Verbreitung
46Schwach
Wie die Bewertung erfolgt
| 27/60 | Stars — 47 Stars |
| 13.8/25 | Forks — 46 Forks |
| 5.6/15 | Watcher — 11 Watcher |
Verwendete Eingangsdaten
| forks | 46 |
| stars | 47 |
| watchers | 11 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Community-Gesundheit
65Gut
Wie die Bewertung erfolgt
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Lizenz — anerkannte Lizenz (MIT) |
| 0/18 | CONTRIBUTING-Leitfaden |
| 13.5/13.5 | Verhaltenskodex |
| 0/7.2 | Issue-Vorlage |
| 0/6.3 | PR-Vorlage |
Verwendete Eingangsdaten
| has_readme | ja |
| has_license | ja |
| readme_badges | — |
| has_contributing | nein |
| has_issue_template | nein |
| has_code_of_conduct | ja |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | nein |
Nachhaltigkeit & Governance
Überdauert das Projekt die Menschen, die es tragen — Bus-Faktor, Reaktionsfähigkeit, Trägerschaft und Paketpflege?
70
Wie die Bewertung erfolgt
| 25.2/54 | Bus-Faktor — 2 Beitragende decken die Hälfte aller Commits ab |
| 13.3/22.5 | Commit-Verteilung — wichtigste beitragende Person verfasste 41 % der Commits |
| 13.5/13.5 | Breite der Beitragenden — 21 Beitragende |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 14 contributing companies or organizations |
Verwendete Eingangsdaten
| bus_factor | 2 |
| contributors_sampled | 21 |
| top_contributor_share | 0,41 |
Wie die Bewertung erfolgt
| 23.7/42 | Issue-Lösungsquote — 56 % der Issues geschlossen |
| 27/30 | PR-Annahme — 306/340 entschiedene PRs gemergt |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — kein PR eines Erstbeitragenden in 30 Tagen entschieden |
| 12/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
Verwendete Eingangsdaten
| merged_prs | 306 |
| open_issues | 223 |
| closed_issues | 288 |
| prs_merged_7d | — |
| prs_decided_7d | — |
| prs_merged_30d | — |
| prs_decided_30d | — |
| issue_closed_ratio | 0,564 |
| closed_unmerged_prs | 34 |
| first_time_authors_30d | — |
| first_time_prs_merged_30d | — |
| first_time_prs_decided_30d | — |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): Newcomer PR acceptance. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
Wie die Bewertung erfolgt
| 30/30 | Organisatorische Trägerschaft — im Besitz einer Organisation |
| 0/20 | Verifizierte Domain — Verifizierungsstatus der Domain für diese Organisation nicht ausgelesen |
| 9.8/25 | Reichweite des Inhabers — 22 Follower von genome-nexus |
| 21.9/25 | Kontohistorie — 22 öffentliche Repos, Kontoalter ca. 9 Jahre |
Verwendete Eingangsdaten
| followers | 22 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | — |
| owner_login | genome-nexus |
| public_repos | 22 |
| account_age_days | 3.454 |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): Verifizierte Domain. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
Engineering-Qualität
Sind grundlegende Engineering- und Dokumentationspraktiken vorhanden?
84
Wie die Bewertung erfolgt
| 24/24 | CI-Workflows — 4 Workflow(s) |
| 24/24 | Tests vorhanden |
| 0/16 | Linter-Konfiguration |
| 0/9.6 | Pre-Commit-Hooks |
| 6.4/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Verwendete Eingangsdaten
| has_ci | ja |
| has_tests | ja |
| has_editorconfig | ja |
| has_linter_config | nein |
| has_precommit_config | nein |
Dokumentation
100Außergewöhnlich
Wie die Bewertung erfolgt
| 30/30 | README |
| 25/25 | Dokumentationsverzeichnis |
| 15/15 | Dokumentations-/Homepage-Site — https://genomenexus.org |
| 10/10 | Repository-Beschreibung |
| 10/10 | Topics — 3 Topics |
| 10/10 | Wiki |
Verwendete Eingangsdaten
| topics | cancer-genomics, rest-api, knowledgebase |
| has_wiki | ja |
| homepage | https://genomenexus.org |
| docs_site | https://genomenexus.org |
| has_readme | ja |
| has_docs_dir | ja |
| has_description | ja |
Sicherheit
Sind die sichtbaren Sicherheits- und Lieferkettenpraktiken belastbar, ohne ungeklärte Exposition gegenüber Hochrisikojurisdiktionen?
54
Sicherheitslage
54Mittel
Wie die Bewertung erfolgt
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — keine Daten |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 6/7.5 | Code-Review — Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 14 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Lizenz — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — keine Daten |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 5.2/7.5 | Vulnerabilities — 3 existing vulnerabilities detected |
Verwendete Eingangsdaten
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 16 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 2 |
| scorecard_aggregate | 5,4 |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): Branch-Protection, Signed-Releases. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
AI Readiness
Wie gut ist das Repository dafür ausgestattet, mit KI-Coding-Agenten entwickelt und gepflegt zu werden? Trägt ein bewusst kleines Gewicht (4 %): Agenten-Tooling ist ein echtes Pflegesignal, doch ein Repository ohne jedes Signal kann weiterhin 100/100 erreichen.
42
AI-Agentenkontext & Leitlinien
1Kritisch
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/45 | Agentenanweisungen — keine CLAUDE.md / AGENTS.md / Editor-Regeln |
| 0/15 | Maschinenlesbare Doku (llms.txt) |
| 0/40 | Lesbare Commit-Historie — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| has_llms_txt | nein |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | — |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): Lesbare Commit-Historie. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/18 | Bootstrap mit einem Befehl |
| 22/22 | Automatisierte Tests |
| 0/11 | Lint-/Format-Konfiguration |
| 11/11 | Statische Typprüfung — Java (statisch typisiert) |
| 10/10 | Reproduzierbare Umgebung — Dockerfile |
| 0/10 | Belegte Agentenpraxis — keine Daten |
| 0/8 | Automatisierte Wartung — keine Daten |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
Verwendete Eingangsdaten
| has_nix | nein |
| has_tests | ja |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | ja |
| typed_language | ja |
| bootstrap_files | — |
| has_devcontainer | nein |
| has_linter_config | nein |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | — |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | — |
Von der Bewertung ausgeschlossen (keine Daten oder nicht anwendbar): Belegte Agentenpraxis, Automatisierte Wartung. Die verbleibenden Gewichte wurden renormalisiert.
AI-Code-Lesbarkeit für Modelle
100Außergewöhnlich
Wie die Bewertung erfolgt
| 45/45 | Typprüfbarer Code — Java (statisch typisiert) |
| 55/55 | Handhabbare Dateigrößen — 0/405 Quelldateien über 60 KB |
Verwendete Eingangsdaten
| primary_language | Java |
| largest_source_bytes | 31.428 |
| source_files_sampled | 405 |
| oversized_source_files | 0 |
Maschinenlesbare AI-Schnittstellen
40Schwach
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/40 | API-Schema (OpenAPI/GraphQL/proto) |
| 0/20 | MCP-Server |
| 40/40 | Lauffähige Beispiele — notebooks |
Verwendete Eingangsdaten
| example_dirs | notebooks |
| has_mcp_signal | nein |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | network-service |
Eckdaten
47GitHub-Sterne
21Mitwirkende
47Commits, letzte 12 Monate
4Tage seit letztem Push
83Releases
2Bus-Faktor
223offene Issues
MavenPaket-Ökosysteme
Warnungen zur Datenerhebung
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:component' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:model' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:persistence' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:genome-nexus' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:service' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:web' from its registry
Weitere Details
OpenSSF Scorecard 5.4 / 10
5.4Gesamtwert
Unabhängige, werkzeugneutrale Sicherheitsbewertung durch das quelloffene OpenSSF Scorecard. Jede Prüfung honoriert eine Sicherheits-Praxis, nicht das Werkzeug eines bestimmten Anbieters. Prüfungen, die Scorecard nicht ermitteln konnte, sind mit k. A. markiert und vom Sicherheitswert ausgeschlossen (nie als null gezählt).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| k. A. | Branch-Protection | internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md |
| 10 | CI-Tests | 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 8 | Code-Review | Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
| 10 | Contributors | project has 14 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| k. A. | Signed-Releases | no releases found |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 7 | Vulnerabilities | 3 existing vulnerabilities detected |
Direkte Abhängigkeiten 27
| Registry | Paket | Versionsvorgabe | Manifest |
|---|---|---|---|
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | ${project.version} | component/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | component/pom.xml |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | component/pom.xml |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | component/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-data-mongodb | — | model/pom.xml |
| Maven | com.univocity:univocity-parsers | 2.0.0 | model/pom.xml |
| Maven | com.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations | 2.9.5 | model/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | ${project.version} | persistence/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-cache | — | persistence/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | persistence/pom.xml |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPublicApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | pom.xml |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPrivateApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:component | ${project.version} | service/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | service/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | service/pom.xml |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | service/pom.xml |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | service/pom.xml |
| Maven | com.google.code.gson:gson | 2.3 | service/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | web/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:service | ${project.version} | web/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | web/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-actuator | — | web/pom.xml |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger2 | 2.7.0 | web/pom.xml |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger-ui | 2.7.0 | web/pom.xml |
| Maven | io.sentry:sentry-spring | 1.6.1 | web/pom.xml |
| Maven | ant-contrib:ant-contrib | 1.0b3 | web/pom.xml |
| Maven | org.apache.ant:ant-nodeps | 1.8.1 | web/pom.xml |
Alle Abhängigkeiten 31
Vollständig aufgelöster Abhängigkeitssatz aus dem GitHub-Abhängigkeitsgraphen: 20 direkte und 11 indirekte (transitive) Pakete. Die transitive Hülle ist vollständig, wenn das Repository eine Lockfile eincheckt.
| Registry | Paket | Version | Beziehung |
|---|---|---|---|
| Maven | ant-contrib:ant-contrib | 1.0b3 | direkt |
| Maven | com.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations | 2.9.5 | direkt |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPrivateApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | direkt |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPublicApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | direkt |
| Maven | com.google.code.gson:gson | 2.3 | direkt |
| Maven | com.univocity:univocity-parsers | 2.0.0 | direkt |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | direkt |
| Maven | io.sentry:sentry-spring | 1.6.1 | direkt |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger-ui | 2.7.0 | direkt |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger2 | 2.7.0 | direkt |
| Maven | org.apache.ant:ant-nodeps | 1.8.1 | direkt |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:component | 0-unknown-version-SNAPSHOT | direkt |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | 0-unknown-version-SNAPSHOT | direkt |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | 0-unknown-version-SNAPSHOT | direkt |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:service | 0-unknown-version-SNAPSHOT | direkt |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | direkt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-actuator | — | direkt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-cache | — | direkt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-data-mongodb | — | direkt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | direkt |
| Maven | ant-contrib:maven-antrun-plugin | 1.8 | indirekt |
| Maven | com.github.cbioportal.maven-external-version:maven-external-version-plugin | f09c2b9608 | indirekt |
| Maven | de.flapdoodle.embed:de.flapdoodle.embed.mongo | 2.2.0 | indirekt |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-dependency-plugin | 2.3 | indirekt |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin | — | indirekt |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-surefire-plugin | 3.0.0-M3 | indirekt |
| Maven | org.jacoco:jacoco-maven-plugin | 0.8.12 | indirekt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-maven-plugin | 2.2.1 | indirekt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-test | — | indirekt |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-tomcat | — | indirekt |
| Maven | pl.project13.maven:git-commit-id-plugin | — | indirekt |
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Wie ein einzelnes Ergebnis im Gesamtregister steht: aggregierte Statistiken.