Публічний реєстрВідмінний
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.14.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-19 00:03 UTC
cbioportal / genome-nexus
Backend server for Genome Nexus
cbioportal/genome-nexus має індекс здоров’я 81 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Engineering Quality (84/100), найнижчий — AI Readiness (42/100). Останнє оновлення було 4 дні тому. Більшість нещодавньої роботи виконують 2 учасники.
81
загалом / 100Індекс здоров'я програмного забезпечення
Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).
81
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
Профіль оцінок
Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.
Зважений загальний бал 69 калібровано до 81 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).
Власність
Genome NexusОрганізація
22 підписники22 публічні репозиторіїз лют. 2017 р.
За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.
Метрики за категоріями
Життєздатність
Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?
80
Активність розробки
72Добрий
Як обчислюється оцінка
| 36/36 | Свіжість push — останній push 4 дн. тому |
| 11.1/36 | Ритм комітів — 16/52 тижнів із комітами |
| 15.1/18 | Обсяг комітів — 47 комітів за останній рік |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
Використані вхідні дані
| commits_last_year | 47 |
| human_commit_share | — |
| days_since_last_push | 4 |
| active_weeks_last_year | 16 |
Дисципліна релізів
92Відмінний
Як обчислюється оцінка
| 27/27 | Випускає релізи — опубліковано 83 релізів |
| 36/36 | Свіжість релізів — останній реліз 4 дн. тому |
| 19.8/27 | Ритм релізів — реліз кожні ~54,4 дн. |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних |
Використані вхідні дані
| releases_count | 83 |
| latest_release_tag | v2.1.5 |
| releases_from_tags | ні |
| days_since_latest_release | 4 |
| mean_days_between_releases | 54,4 |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.
Спільнота та впровадження
Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?
55
Популярність і впровадження
46Слабкий
Як обчислюється оцінка
| 27/60 | Зірки — 47 зірок |
| 13.8/25 | Форки — 46 форків |
| 5.6/15 | Спостерігачі — 11 спостерігачів |
Використані вхідні дані
| forks | 46 |
| stars | 47 |
| watchers | 11 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Здоров'я спільноти
65Добрий
Як обчислюється оцінка
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Ліцензія — визнана ліцензія (MIT) |
| 0/18 | Настанови CONTRIBUTING |
| 13.5/13.5 | Кодекс поведінки |
| 0/7.2 | Шаблон issue |
| 0/6.3 | Шаблон PR |
Використані вхідні дані
| has_readme | так |
| has_license | так |
| readme_badges | — |
| has_contributing | ні |
| has_issue_template | ні |
| has_code_of_conduct | так |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | ні |
Сталість та врядування
Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?
70
Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)
62Помірний
Як обчислюється оцінка
| 25.2/54 | Бас-фактор — на 2 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів |
| 13.3/22.5 | Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 41% комітів |
| 13.5/13.5 | Широта контриб’юторів — 21 контриб’юторів |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 14 contributing companies or organizations |
Використані вхідні дані
| bus_factor | 2 |
| contributors_sampled | 21 |
| top_contributor_share | 0,41 |
Реактивність на issue та PR
72Добрий
Як обчислюється оцінка
| 23.7/42 | Вирішення issue — закрито 56% issue |
| 27/30 | Прийняття PR — злито 306/340 вирішених PR |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка |
| 12/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
Використані вхідні дані
| merged_prs | 306 |
| open_issues | 223 |
| closed_issues | 288 |
| prs_merged_7d | — |
| prs_decided_7d | — |
| prs_merged_30d | — |
| prs_decided_30d | — |
| issue_closed_ratio | 0,564 |
| closed_unmerged_prs | 34 |
| first_time_authors_30d | — |
| first_time_prs_merged_30d | — |
| first_time_prs_decided_30d | — |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.
Власність та опіка
77Добрий
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | Підтримка власника — у власності організації |
| 0/20 | Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано |
| 9.8/25 | Охоплення власника — 22 підписників у genome-nexus |
| 21.9/25 | Послужний список — 22 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~9 р. |
Використані вхідні дані
| followers | 22 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | — |
| owner_login | genome-nexus |
| public_repos | 22 |
| account_age_days | 3 454 |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.
Інженерна якість
Чи наявні базові інженерні практики та документація?
84
Інженерні практики
74Добрий
Як обчислюється оцінка
| 24/24 | Процеси CI — 4 процес(ів) CI |
| 24/24 | Наявні тести |
| 0/16 | Конфігурація лінтера |
| 0/9.6 | Pre-commit-хуки |
| 6.4/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Використані вхідні дані
| has_ci | так |
| has_tests | так |
| has_editorconfig | так |
| has_linter_config | ні |
| has_precommit_config | ні |
Документація
100Винятковий
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | README |
| 25/25 | Каталог документації |
| 15/15 | Сайт документації / домашня сторінка — https://genomenexus.org |
| 10/10 | Опис репозиторію |
| 10/10 | Теми — 3 тем |
| 10/10 | Wiki |
Використані вхідні дані
| topics | cancer-genomics, rest-api, knowledgebase |
| has_wiki | так |
| homepage | https://genomenexus.org |
| docs_site | https://genomenexus.org |
| has_readme | так |
| has_docs_dir | так |
| has_description | так |
Безпека
Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?
54
Стан безпеки
54Помірний
Як обчислюється оцінка
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — немає даних |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 6/7.5 | Code-Review — Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 14 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Ліцензія — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — немає даних |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 5.2/7.5 | Vulnerabilities — 3 existing vulnerabilities detected |
Використані вхідні дані
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 16 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 2 |
| scorecard_aggregate | 5,4 |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.
Готовність до ШІ
Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.
42
Контекст і настанови для агентів
1Критичний
Як обчислюється оцінка
| 0/45 | Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора |
| 0/15 | Машиночитана документація (llms.txt) |
| 0/40 | Читабельна історія комітів — немає даних |
Використані вхідні дані
| has_llms_txt | ні |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | — |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.
Як обчислюється оцінка
| 0/18 | Розгортання однією командою |
| 22/22 | Автоматизовані тести |
| 0/11 | Конфігурація лінтера / форматера |
| 11/11 | Статична перевірка типів — Java (статично типізована) |
| 10/10 | Відтворюване середовище — Dockerfile |
| 0/10 | Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних |
| 0/8 | Автоматизоване супроводження — немає даних |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
Використані вхідні дані
| has_nix | ні |
| has_tests | так |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | так |
| typed_language | так |
| bootstrap_files | — |
| has_devcontainer | ні |
| has_linter_config | ні |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | — |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | — |
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.
Читабельність коду для моделей
100Винятковий
Як обчислюється оцінка
| 45/45 | Типізований код — Java (статично типізована) |
| 55/55 | Керовані розміри файлів — 0/405 файлів вихідного коду понад 60 КБ |
Використані вхідні дані
| primary_language | Java |
| largest_source_bytes | 31 428 |
| source_files_sampled | 405 |
| oversized_source_files | 0 |
Машиночитні інтерфейси
40Слабкий
Як обчислюється оцінка
| 0/40 | Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) |
| 0/20 | Сервер MCP |
| 40/40 | Придатні до запуску приклади — notebooks |
Використані вхідні дані
| example_dirs | notebooks |
| has_mcp_signal | ні |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | network-service |
Ключові факти
47зірок GitHub
21контриб'юторів
47комітів за останні 12 місяців
4днів від останнього пушу
83релізів
2бас-фактор
223відкритих issue
Mavenпакетних екосистем
Попередження щодо збору даних
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:component' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:model' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:persistence' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:genome-nexus' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:service' from its registry
- Could not fetch maven package 'org.cbioportal.genome_nexus:web' from its registry
Докладніше
OpenSSF Scorecard 5.4 / 10
5.4сукупно
Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| н/д | Branch-Protection | internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md |
| 10 | CI-Tests | 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 8 | Code-Review | Found 4/5 approved changesets -- score normalized to 8 |
| 10 | Contributors | project has 14 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 29 commit(s) and 13 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| н/д | Signed-Releases | no releases found |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 7 | Vulnerabilities | 3 existing vulnerabilities detected |
Прямі залежності 27
| Реєстр | Пакет | Обмеження версії | Маніфест |
|---|---|---|---|
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | ${project.version} | component/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | component/pom.xml |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | component/pom.xml |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | component/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-data-mongodb | — | model/pom.xml |
| Maven | com.univocity:univocity-parsers | 2.0.0 | model/pom.xml |
| Maven | com.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations | 2.9.5 | model/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | ${project.version} | persistence/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-cache | — | persistence/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | persistence/pom.xml |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPublicApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | pom.xml |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPrivateApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:component | ${project.version} | service/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | service/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | service/pom.xml |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | service/pom.xml |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | service/pom.xml |
| Maven | com.google.code.gson:gson | 2.3 | service/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | ${project.version} | web/pom.xml |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:service | ${project.version} | web/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | web/pom.xml |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-actuator | — | web/pom.xml |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger2 | 2.7.0 | web/pom.xml |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger-ui | 2.7.0 | web/pom.xml |
| Maven | io.sentry:sentry-spring | 1.6.1 | web/pom.xml |
| Maven | ant-contrib:ant-contrib | 1.0b3 | web/pom.xml |
| Maven | org.apache.ant:ant-nodeps | 1.8.1 | web/pom.xml |
Усі залежності 31
Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 20 прямих і 11 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.
| Реєстр | Пакет | Версія | Зв'язок |
|---|---|---|---|
| Maven | ant-contrib:ant-contrib | 1.0b3 | пряма |
| Maven | com.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations | 2.9.5 | пряма |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPrivateApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | пряма |
| Maven | com.github.oncokb.oncokb-java-api-client:oncokbPublicApiClient | 6f86dd344b1d9ad07b59e560d96a02d289c4e5a4 | пряма |
| Maven | com.google.code.gson:gson | 2.3 | пряма |
| Maven | com.univocity:univocity-parsers | 2.0.0 | пряма |
| Maven | commons-lang:commons-lang | 2.6 | пряма |
| Maven | io.sentry:sentry-spring | 1.6.1 | пряма |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger-ui | 2.7.0 | пряма |
| Maven | io.springfox:springfox-swagger2 | 2.7.0 | пряма |
| Maven | org.apache.ant:ant-nodeps | 1.8.1 | пряма |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:component | 0-unknown-version-SNAPSHOT | пряма |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:model | 0-unknown-version-SNAPSHOT | пряма |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:persistence | 0-unknown-version-SNAPSHOT | пряма |
| Maven | org.cbioportal.genome_nexus:service | 0-unknown-version-SNAPSHOT | пряма |
| Maven | org.jetbrains:annotations | 16.0.1 | пряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-actuator | — | пряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-cache | — | пряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-data-mongodb | — | пряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-web | — | пряма |
| Maven | ant-contrib:maven-antrun-plugin | 1.8 | непряма |
| Maven | com.github.cbioportal.maven-external-version:maven-external-version-plugin | f09c2b9608 | непряма |
| Maven | de.flapdoodle.embed:de.flapdoodle.embed.mongo | 2.2.0 | непряма |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-dependency-plugin | 2.3 | непряма |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-resources-plugin | — | непряма |
| Maven | org.apache.maven.plugins:maven-surefire-plugin | 3.0.0-M3 | непряма |
| Maven | org.jacoco:jacoco-maven-plugin | 0.8.12 | непряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-maven-plugin | 2.2.1 | непряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-test | — | непряма |
| Maven | org.springframework.boot:spring-boot-starter-tomcat | — | непряма |
| Maven | pl.project13.maven:git-commit-id-plugin | — | непряма |
Звіт у форматі JSON машиночитний
Зворотний зв’язок
Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.
Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.
Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.14.0 — повна методологія · вікі метрик.
Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика.