Tools for computational pathology
Dana-Farber-AIOS/pathml tiene un índice de salud de 73 sobre 100, lo que lo sitúa en la banda Bueno. Su puntuación más alta es Engineering Quality (91/100) y la más baja, Security (21/100). Se actualizó por última vez hace 22 días. 2 personas concentran la mayor parte del trabajo reciente.
Las métricas se agrupan en categorías ponderadas sobre una escala estandarizada de 1 a 100. El resultado global parte de su media ponderada, calibrada contra la distribución del registro público para que las bandas tengan significado percentil; cuando la evidencia pública activa la Política de Jurisdicciones de Alto Riesgo, la calificación se ajusta y recibe un límite «En riesgo» de 34.
Cada eje es una categoría. La forma importa más que la media: un proyecto sano llena toda la figura, mientras que un perfil de picos y cráteres indica que la fortaleza en una dimensión enmascara el riesgo en otra.
El resultado global ponderado 64 se calibra a 73 en la escala publicada del índice (calibración del registro 2026-08-02).
Este repositorio está respaldado por una organización: una custodia compartida y responsable que puede sobrevivir a cualquier mantenedor individual.
| Registro | Paquete | Versión | Descargas / mes | Versiones | Última publicación |
|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | pathml | 3.0.8 | 629 | 23 | hace 22 días |
¿Está vivo el proyecto: se escribe código y se publican versiones?
| 28.8/36 | Recencia de push — último push hace 22 días |
| 4.8/36 | Cadencia de commits — 7/52 semanas con commits |
| 17.3/18 | Volumen de commits — 84 commits en el último año |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — sin datos |
| commits_last_year | 84 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 22 |
| active_weeks_last_year | 7 |
| 27/27 | Publica versiones — 25 versiones publicadas |
| 36/36 | Recencia de las versiones — última versión hace 22 días |
| 12.6/27 | Cadencia de publicación — una versión cada ~131,5 días |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — sin datos |
| releases_count | 25 |
| latest_release_tag | v3.0.8 |
| releases_from_tags | no |
| days_since_latest_release | 22 |
| mean_days_between_releases | 131,5 |
¿Tiene el proyecto usuarios, descargas, atención y unas condiciones acogedoras para quienes contribuyen?
| 43.2/60 | Estrellas — 462 estrellas |
| 16.1/25 | Forks — 87 forks |
| 5.6/15 | Observadores — 11 observadores |
| forks | 87 |
| stars | 462 |
| watchers | 11 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Licencia — licencia reconocida (GPL-2.0) |
| 18/18 | Guía CONTRIBUTING |
| 0/13.5 | Código de conducta |
| 0/7.2 | Plantilla de issues |
| 0/6.3 | Plantilla de PR |
| has_readme | sí |
| has_license | sí |
| readme_badges | 6 |
| has_contributing | sí |
| has_issue_template | no |
| has_code_of_conduct | no |
| readme_badge_services | codecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io |
| has_pull_request_template | no |
| 37.3/80 | Descargas mensuales — 629 descargas/mes en pypi |
| 0/20 | Dependientes en el registro — no lo informa este ecosistema |
| packages | pathml |
| dependents | — |
| ecosystems | pypi |
| total_downloads | — |
| monthly_downloads | 629 |
| unverified_packages_excluded | — |
¿Sobrevivirá el proyecto a sus personas: factor bus, capacidad de respuesta, quién lo respalda y mantenimiento del paquete?
| 25.2/54 | Factor bus — la mitad de los commits recae en 2 contribuyente(s) |
| 13.8/22.5 | Distribución de commits — el principal contribuyente firma el 39% de los commits |
| 13.5/13.5 | Amplitud de contribuyentes — 15 contribuyentes |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — sin datos |
| bus_factor | 2 |
| contributors_sampled | 15 |
| top_contributor_share | 0,387 |
| 33.2/42 | Resolución de issues — 79% de issues cerradas |
| 24.4/30 | Aceptación de PR — 215/264 PR decididos fusionados |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — ningún PR de un contribuyente primerizo decidido en 30 d |
| 0/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — sin datos |
| merged_prs | 215 |
| open_issues | 43 |
| closed_issues | 163 |
| prs_merged_7d | 0 |
| prs_decided_7d | 0 |
| prs_merged_30d | 4 |
| prs_decided_30d | 4 |
| issue_closed_ratio | 0,791 |
| closed_unmerged_prs | 49 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
| 30/30 | Respaldo de la propiedad — propiedad de una organización |
| 0/20 | Dominio verificado |
| 11.2/25 | Alcance del propietario — 35 seguidores de Dana-Farber-AIOS |
| 16.4/25 | Trayectoria — 4 repos públicos, cuenta de ~5 años |
| followers | 35 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | no |
| owner_login | Dana-Farber-AIOS |
| public_repos | 4 |
| account_age_days | 2060 |
| 25/25 | Publicado y resoluble — 1 paquete(s) en pypi |
| 35/35 | Recencia de publicación — última publicación hace 22 días |
| 20/20 | Historial de versiones — 23 versiones en el registro |
| 20/20 | No obsoleto — activo, ni obsoleto ni retirado |
| packages | pathml |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | no |
| min_days_since_publish | 22 |
¿Existen unas prácticas mínimas de ingeniería y documentación?
| 24/24 | Flujos de trabajo de CI — 6 flujo(s) de trabajo |
| 24/24 | Pruebas presentes |
| 16/16 | Configuración de linter — .flake8, pyproject.toml ([tool.isort]) |
| 9.6/9.6 | Hooks de pre-commit |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 0/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — sin datos |
| has_ci | sí |
| has_tests | sí |
| has_editorconfig | no |
| has_linter_config | sí |
| has_precommit_config | sí |
| 30/30 | README |
| 25/25 | Directorio de documentación |
| 15/15 | Sitio de documentación / página del proyecto — https://pathml.org |
| 10/10 | Descripción del repositorio |
| 10/10 | Topics — 15 topics |
| 0/10 | Wiki |
| topics | machine-learning, digital-pathology, computational-pathology, biomedical-image-processing, pathology, histopathology, spatial-transcriptomics, image-analysis, microscopy, fluorescence-microscopy-imaging, deep-learning, python, pytorch, research, pathml |
| has_wiki | no |
| homepage | https://pathml.org |
| docs_site | https://pathml.org |
| has_readme | sí |
| has_docs_dir | sí |
| has_description | sí |
¿Son sólidas las prácticas visibles de seguridad y de cadena de suministro, sin exposición jurisdiccional de alto riesgo sin resolver?
| 0/30 | Política de seguridad (SECURITY.md) |
| 0/25 | Configuración de Dependabot |
| 0/25 | Lockfiles de dependencias — biblioteca publicada — los lockfiles son cosa de las aplicaciones, no se esperan aquí |
| 0/20 | Flujo de trabajo de CodeQL |
| source | file_signals |
| lockfiles | — |
| manifests | pyproject.toml, requirements/requirements_torch.txt, setup.py |
| has_codeql_workflow | no |
| has_security_policy | no |
| has_dependabot_config | no |
| 35/35 | Dependencias directas libres de avisos conocidos — ninguna dependencia directa tiene un aviso conocido |
| 0/25 | Dependencias indirectas libres de avisos conocidos — el conjunto transitivo no es separable de las dependencias de desarrollo y prueba en este alcance |
| 0/40 | Sin avisos pendientes — ningún aviso tiene fecha de publicación |
| source | osv |
| advisories | 1 |
| affected_packages | 1 |
| assessed_packages | 20 |
| unassessed_packages | 13 |
| affected_by_severity | moderate 1 |
| direct_affected_packages | 0 |
¿Hasta qué punto está el repositorio preparado para desarrollarse y mantenerse con agentes de codificación de IA? Tiene un peso deliberadamente pequeño (4%): las herramientas para agentes son una señal real de mantenimiento, pero un repositorio sin ninguna puede alcanzar igualmente 100/100.
| 0/45 | Instrucciones para agentes — sin CLAUDE.md / AGENTS.md / reglas de editor |
| 0/15 | Documentación legible por máquinas (llms.txt) |
| 11.7/40 | Historial de commits legible — 22 de 100 commits humanos declaran su intención (asunto estructurado o cuerpo explicativo) |
| has_llms_txt | no |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,22 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
| 18/18 | Arranque con un solo comando — docs/Makefile |
| 22/22 | Pruebas automatizadas |
| 11/11 | Configuración de lint / formato — .flake8, pyproject.toml ([tool.isort]) |
| 0/11 | Verificación estática de tipos |
| 10/10 | Entorno reproducible — Dockerfile |
| 0/10 | Práctica demostrada con agentes — ningún commit con autoría de agente entre los últimos 100 |
| 0/8 | Mantenimiento automatizado — no se observan actualizaciones automáticas de dependencias |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — sin datos |
| has_nix | no |
| has_tests | sí |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | sí |
| typed_language | no |
| bootstrap_files | docs/Makefile |
| has_devcontainer | no |
| has_linter_config | sí |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
| 0/45 | Código verificable por tipos — Python sin configuración de verificación de tipos |
| 54.3/55 | Tamaños de archivo manejables — 1/78 archivos fuente de más de 60 KB |
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 62.110 |
| source_files_sampled | 78 |
| oversized_source_files | 1 |
| 0/40 | Esquema de API (OpenAPI/GraphQL/proto) — no aplicable a este tipo de software |
| 0/20 | Servidor MCP — no aplicable a este tipo de software |
| 40/40 | Ejemplos ejecutables — examples, notebooks |
| example_dirs | examples, notebooks |
| has_mcp_signal | no |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
Cuándo se añadió cada estrella y fork, recopilado de GitHub y agrupado por día. El crecimiento acumulado se sitúa justo encima de las adiciones diarias que lo componen, de modo que ambos se leen en conjunto: la acumulación orgánica sostenida no se parece en nada a un pico abrupto y efímero. Cuando esa diferencia es medible, se informa como autenticidad del crecimiento.
Cada punto abarca 5 días.
Conjunto completo de dependencias resueltas según el grafo de dependencias de GitHub: 0 paquetes directos y 33 indirectos (transitivos). El cierre transitivo es completo cuando el repositorio incluye un lockfile.
| Registro | Paquete | Versión | Relación |
|---|---|---|---|
| PyPI | anndata | — | indirecta |
| PyPI | dask | — | indirecta |
| PyPI | h5py | 3.10.0 | indirecta |
| PyPI | ipython | 8.10.0 | indirecta |
| PyPI | jpype1 | — | indirecta |
| PyPI | loguru | 0.7.2 | indirecta |
| PyPI | matplotlib | — | indirecta |
| PyPI | nbsphinx | 0.9.3 | indirecta |
| PyPI | nbsphinx-link | 1.3.0 | indirecta |
| PyPI | networkx | — | indirecta |
| PyPI | numpy | — | indirecta |
| PyPI | onnx | 1.22.0 | indirecta |
| PyPI | onnxruntime | — | indirecta |
| PyPI | onnxscript | 0.7.1 | indirecta |
| PyPI | opencv-contrib-python | 4.8.1.78 | indirecta |
| PyPI | openslide-python | 1.3.1 | indirecta |
| PyPI | pandas | — | indirecta |
| PyPI | pydicom | 3.0.2 | indirecta |
| PyPI | python-bioformats | 4.1.0 | indirecta |
| PyPI | python-javabridge | 4.0.4 | indirecta |
| PyPI | scanpy | 1.9.6 | indirecta |
| PyPI | scikit-image | — | indirecta |
| PyPI | scikit-learn | — | indirecta |
| PyPI | scipy | — | indirecta |
| PyPI | setuptools | — | indirecta |
| PyPI | sphinx | 7.1.2 | indirecta |
| PyPI | sphinx-autoapi | 3.0.0 | indirecta |
| PyPI | sphinx-copybutton | 0.5.2 | indirecta |
| PyPI | sphinx-rtd-theme | 1.3.0 | indirecta |
| PyPI | statsmodels | — | indirecta |
| PyPI | torch | 2.12.0 | indirecta |
| PyPI | torch-geometric | 2.8.0 | indirecta |
| PyPI | tqdm | 4.66.3 | indirecta |
Este repositorio no publica ningún paquete que el índice resuelva, así que se evaluó su propio grafo de dependencias — 20 paquetes, que incluyen también fijaciones de desarrollo y prueba que nunca se distribuyen: 1 tienen avisos conocidos, de los cuales 0 son directas. 13 no pudieron evaluarse: sin versión resuelta, ecosistema no admitido, o fuera de la lista de paquetes informada.
| Paquete | Versión | Relación | Gravedad | Avisos | Corregido en |
|---|---|---|---|---|---|
| torch | 2.12.0 | indirecta | moderada | 1 | 2.13.0 |
Un aviso significa que la versión registrada en el grafo de dependencias cae dentro del rango afectado de un aviso. No se analiza la alcanzabilidad, y el grafo incluye fijaciones de desarrollo y prueba: un hallazgo puede referirse al utillaje y no al software distribuido.
¿Algo no cuadra en este informe, o hay ideas que compartir? Mediciones erróneas, herramientas no detectadas, ideas, preguntas: todo es bienvenido. Cada mensaje se lee y recibe respuesta.
Las puntuaciones son señales, no garantías. Reflejan prácticas públicamente visibles en GitHub; no son una auditoría de código ni una garantía de seguridad.
Los datos ausentes se excluyen y los pesos se renormalizan; nunca se puntúan como cero. La metodología es versionada y abierta: métricas v2.10.0, esquema v0.34.0 — metodología completa · wiki de métricas.
Cómo se sitúa un resultado dentro del registro general: estadísticas agregadas — PyPI.