Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.17.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-21 06:09 UTC

JLSteenwyk / PhyKIT

a UNIX shell toolkit for processing and analyzing multiple sequence alignments and phylogenies

PythonMIT★ 88 зірок⑂ 9 форківз трав. 2020 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипБібліотекаяк це визначено
#bioinformatics#evolution#evolutionary-biology#genomics#phylogenetics#phylogenomics#python#multiple-sequence-alignments

JLSteenwyk/PhyKIT має індекс здоров’я 73 зі 100, що відповідає смузі «Добрий». Найвищий показник — Vitality (81/100), найнижчий — Community & Adoption (46/100). Останнє оновлення — сьогодні. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

73
загалом / 100
Добрий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

73
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 64 калібровано до 73 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Jacob L. SteenwykОсобистий обліковий запис
134 підписники51 публічний репозиторійз лют. 2016 р.University of California, Berkeley

Цей репозиторій належить особистому обліковому запису. Проєкт з єдиним власником несе більший ризик безперервності, ніж підтримуваний організацією.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікація
PyPIphykit2.4.1-1550 днів тому

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

81Відмінний · 21% загального індексу

Активність розробки

75Добрий
Як обчислюється оцінка
36/36Свіжість push — останній push 0 дн. тому
11.1/36Ритм комітів — 16/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 1 355 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 2 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year1 355
human_commit_share—
days_since_last_push0
active_weeks_last_year16

Дисципліна релізів

90Відмінний
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 81 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 0 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~12,3 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
Використані вхідні дані
releases_count81
latest_release_tagv2.4.1
releases_from_tagsні
days_since_latest_release0
mean_days_between_releases12,3

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

46Слабкий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

42Слабкий
Як обчислюється оцінка
31.5/60Зірки — 88 зірок
7.5/25Форки — 9 форків
2.7/15Спостерігачі — 4 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks9
stars88
watchers4
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonbelow_threshold

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges—
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

60Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

25У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
0.3/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 99% комітів
5.4/13.5Широта контриб’юторів — 4 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled4
top_contributor_share0,986

Реактивність на issue та PR

66Добрий
Як обчислюється оцінка
40.5/42Вирішення issue — закрито 96% issue
17.1/30Прийняття PR — злито 29/51 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/2 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs29
open_issues2
closed_issues53
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0,964
closed_unmerged_prs22
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

62Помірний
Як обчислюється оцінка
10/30Підтримка власника — особистий (користувацький) обліковий запис
0/20Верифікований домен — не застосовно до користувацьких облікових записів
15.3/25Охоплення власника — 134 підписників у JLSteenwyk
24.5/25Послужний список — 51 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~10 р.
Використані вхідні дані
followers134
owner_typeUser
is_verified—
owner_loginJLSteenwyk
public_repos51
account_age_days3 810
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 0 дн. тому
20/20Історія версій — 155 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagesphykit
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish0

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

81Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

68Добрий
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 1 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
0/16Конфігурація лінтера
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 1 out of 1 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configні
has_precommit_configні

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://jlsteenwyk.com/PhyKIT/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 8 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsbioinformatics, evolution, evolutionary-biology, genomics, phylogenetics, phylogenomics, python, multiple-sequence-alignments
has_wikiтак
homepagehttps://jlsteenwyk.com/PhyKIT/
docs_sitehttps://jlsteenwyk.com/PhyKIT/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

52Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2.5/2.5CI-Tests — 1 out of 1 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/2 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
7.5/7.5Dependency-Update-Tool — update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 2 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
0/5Packaging — немає даних
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5Vulnerabilities — 25 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Packaging. Залишкові ваги перенормовано.

Сповіщення про залежності

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
35/35Прямі залежності без відомих сповіщень — жодна пряма залежність не має відомих сповіщень
0/25Непрямі залежності без відомих сповіщень — транзитивний набір не відокремлюється від залежностей розробки й тестування в цьому обсязі
0/40Немає задавнених сповіщень — жодне сповіщення не має дати публікації
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories55
affected_packages13
assessed_packages45
unassessed_packages7
affected_by_severitycritical 1, high 5, moderate 5, low 1, unknown 1
direct_affected_packages0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Непрямі залежності без відомих сповіщень, Немає задавнених сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено 45 резолвлених залежностей із OSV. 7 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза межами звітованого переліку пакетів. Цей репозиторій не публікує пакета, який резолвить індекс, тож натомість оцінено граф залежностей репозиторію. Цей граф змішує закріплені версії для розробки й тестування зі справді постачаними залежностями, тож оцінюються лише задекларовані runtime-залежності; транзитивні знахідки подаються як контекст і в оцінку не входять. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

47Слабкий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

25У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
15/15Машиночитана документація (llms.txt) — llms.txt наявний
0/40Читабельна історія комітів — немає даних
Використані вхідні дані
has_llms_txtтак
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

61Помірний
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — Makefile, docs/Makefile
22/22Автоматизовані тести
0/11Конфігурація лінтера / форматера
0/11Статична перевірка типів
10/10Відтворюване середовище — lockfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних
0/8Автоматизоване супроводження — немає даних
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfilesPipfile.lock
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_filesMakefile, docs/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configні
typecheck_configs—
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.

Читабельність коду для моделей

52Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
52.4/55Керовані розміри файлів — 19/409 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes436 472
source_files_sampled409
oversized_source_files19

Ключові факти

88зірок GitHub
4контриб'юторів
1 355комітів за останні 12 місяців
0днів від останнього пушу
81релізів
1бас-фактор
2відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • deps.dev does not index pypi:phykit@2.4.1; advisories assessed against the repository dependency graph instead

Докладніше

Історія зірок і форків 88 ★ / 0 ⇿
88Зірки

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

0204060801008852020-102023-092026-07

Кожна точка охоплює 6 днів.

OpenSSF Scorecard 4.0 / 10
4.0сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-07-21 06:08 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
10CI-Tests1 out of 1 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/2 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 4 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
10Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 2 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
н/дPackagingpackaging workflow not detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
0Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0Vulnerabilities25 existing vulnerabilities detected
Усі залежності 52

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 0 прямих і 52 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIalabaster0.7.16непряма
PyPIanyio4.4.0непряма
PyPIbabel2.15.0непряма
PyPIbiopython—непряма
PyPIbiopython1.76непряма
PyPIcertifi2024.6.2непряма
PyPIcharset-normalizer3.3.2непряма
PyPIclick8.1.7непряма
PyPIcolorama0.4.6непряма
PyPIdocutils0.20.1непряма
PyPIexceptiongroup1.2.1непряма
PyPIh110.14.0непряма
PyPIidna3.7непряма
PyPIimagesize1.4.1непряма
PyPIimportlib-metadata7.1.0непряма
PyPIjinja23.1.4непряма
PyPImarkupsafe2.1.5непряма
PyPImatplotlib—непряма
PyPImock5.1.0непряма
PyPInumpy—непряма
PyPIpackaging24.0непряма
PyPIpygments2.18.0непряма
PyPIpytest8.3.5непряма
PyPIpytest-cov4.1.0непряма
PyPIpytest-mock3.14.0непряма
PyPIrequests2.32.3непряма
PyPIscikit-learn—непряма
PyPIscikit-learn1.4.2непряма
PyPIscipy—непряма
PyPIscipy1.4.1непряма
PyPIsniffio1.3.1непряма
PyPIsnowballstemmer2.2.0непряма
PyPIsphinx7.3.7непряма
PyPIsphinx-autobuild2024.4.16непряма
PyPIsphinx-rtd-theme2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-applehelp1.0.8непряма
PyPIsphinxcontrib-devhelp1.0.6непряма
PyPIsphinxcontrib-htmlhelp2.0.5непряма
PyPIsphinxcontrib-jquery4.1непряма
PyPIsphinxcontrib-jsmath1.0.1непряма
PyPIsphinxcontrib-qthelp1.0.7непряма
PyPIsphinxcontrib-serializinghtml1.1.10непряма
PyPIstarlette0.37.2непряма
PyPItomli2.0.1непряма
PyPItqdm—непряма
PyPItyping-extensions4.12.1непряма
PyPIumap-learn—непряма
PyPIurllib32.2.1непряма
PyPIuvicorn0.30.1непряма
PyPIwatchfiles0.22.0непряма
PyPIwebsockets12.0непряма
PyPIzipp3.19.1непряма
Сповіщення про залежності 13

Цей репозиторій не публікує пакета, який розпізнає індекс, тож оцінено його власний граф залежностей — 45 пакетів, серед яких є й піниї розробки та тестування, що ніколи не постачаються: 13 мають відомі сповіщення, з них 0 прямі. 7 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза наведеним переліком пакетів.

ПакетВерсіяЗв'язокКритичністьСповіщеньВиправлено в
h110.14.0непрямакритична20.16.0
certifi2024.6.2непрямависока22024.7.4
click8.1.7непрямависока18.3.3
jinja23.1.4непрямависока63.1.6
starlette0.37.2непрямависока141.3.1
urllib32.2.1непрямависока142.7.0
biopython1.76непрямапомірна21.87
idna3.7непрямапомірна23.15
pytest8.3.5непрямапомірна29.0.3
requests2.32.3непрямапомірна42.33.0
scikit-learn1.4.2непрямапомірна21.5.0
pygments2.18.0непряманизька22.20.0
scipy1.4.1непряманевідома21.10.0

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з JLSteenwyk/PhyKIT. Читати поруч →

98scverse/scanpySingle-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.Винятковий96plotly/dashData Apps & Dashboards for Python. No JavaScript Required.Винятковий100reflex-dev/reflex🕸️ Web apps in pure Python 🐍Винятковий100PrefectHQ/prefectPrefect is a workflow orchestration framework for building resilient data pipelines in Python.Винятковий100streamlit/streamlitStreamlit — A faster way to build and share data apps.Винятковий100matplotlib/matplotlibmatplotlib: plotting with PythonВинятковий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.17.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.