Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-09-10 20:01 UTC

JLSteenwyk / orthosnap

a tree splitting and pruning algorithm for retrieving single-copy orthologs from gene family trees

PythonMIT★ 32 зірки⑂ 1 форкз лют. 2021 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаБібліотекаяк це визначено
#bioinformatics#evolution#evolutionary-biology#genomics#orthology#orthology-assignments#orthology-inference#phylogenetics#phylogenomics#python

JLSteenwyk/orthosnap має індекс здоров’я 59 зі 100, що відповідає смузі «Помірний». Найвищий показник — Engineering Quality (75/100), найнижчий — Community & Adoption (37/100). Останнє оновлення було 58 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

59
загалом / 100
Помірний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

59
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 56 калібровано до 59 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Jacob L. SteenwykОсобистий обліковий запис
136 підписників52 публічні репозиторіїз лют. 2016 р.University of California, Berkeley

Цей репозиторій належить особистому обліковому запису. Проєкт з єдиним власником несе більший ризик безперервності, ніж підтримуваний організацією.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікація
PyPIorthosnap1.7.02211458 днів тому

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

56Помірний · 21% загального індексу

Активність розробки

43Слабкий
Як обчислюється оцінка
18/36Свіжість push — останній push 58 дн. тому
2.8/36Ритм комітів — 4/52 тижнів із комітами
13.3/18Обсяг комітів — 29 комітів за останній рік
9/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 11 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 9
Використані вхідні дані
commits_last_year29
human_commit_share1
days_since_last_push58
active_weeks_last_year4

Дисципліна релізів

76Добрий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 8 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 58 дн. тому
12.6/27Ритм релізів — реліз кожні ~140,9 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
Використані вхідні дані
releases_count8
latest_release_tagv1.7.0
releases_from_tagsні
days_since_latest_release58
mean_days_between_releases140,9

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

37Слабкий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

24У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
24.2/60Зірки — 32 зірок
0/25Форки — 1 форків
0/15Спостерігачі — 2 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks1
stars32
watchers2
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges6
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_servicescodecov.io, shields.io
has_pull_request_templateні

Впровадження в екосистемі (завантаження)

39Слабкий
Як обчислюється оцінка
31.3/80Щомісячні завантаження — 221 завантажень/місяць у pypi
0/20Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє
Використані вхідні дані
packagesorthosnap
dependents—
ecosystemspypi
total_downloads—
monthly_downloads221
unverified_packages_excluded—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Залежні пакети в реєстрі. Залишкові ваги перенормовано.

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

61Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

16Критичний
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
0/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 100% комітів
1.4/13.5Широта контриб’юторів — 1 контриб’юторів
6/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled1
top_contributor_share1

Реактивність на issue та PR

83Відмінний
Як обчислюється оцінка
42/42Вирішення issue — закрито 100% issue
30/30Прийняття PR — злито 6/6 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/25 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs6
open_issues0
closed_issues10
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d0
prs_decided_30d0
issue_closed_ratio1
closed_unmerged_prs0
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

62Помірний
Як обчислюється оцінка
10/30Підтримка власника — особистий (користувацький) обліковий запис
0/20Верифікований домен — не застосовно до користувацьких облікових записів
15.4/25Охоплення власника — 136 підписників у JLSteenwyk
24.6/25Послужний список — 52 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~10 р.
Використані вхідні дані
followers136
owner_typeUser
is_verified—
owner_loginJLSteenwyk
public_repos52
account_age_days3 861
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 58 дн. тому
20/20Історія версій — 14 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagesorthosnap
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish58

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

75Добрий · 19% загального індексу

Інженерні практики

58Помірний
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 1 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
0/16Конфігурація лінтера
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
10/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 1 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 5
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configні
has_precommit_configні

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://jlsteenwyk.com/orthosnap/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 10 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsbioinformatics, evolution, evolutionary-biology, genomics, orthology, orthology-assignments, orthology-inference, phylogenetics, phylogenomics, python
has_wikiтак
homepagehttps://jlsteenwyk.com/orthosnap/
docs_sitehttps://jlsteenwyk.com/orthosnap/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

46Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

32У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — немає даних
1.2/2.5CI-Tests — 1 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 5
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/25 approved changesets -- score normalized to 0
1.5/2.5Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
6.8/7.5Maintained — 11 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 9
0/5Packaging — немає даних
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5Vulnerabilities — 24 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated16
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive2
scorecard_aggregate3,2
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Packaging. Залишкові ваги перенормовано.

Сповіщення про залежності

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
35/35Прямі залежності без відомих сповіщень — жодна пряма залежність не має відомих сповіщень
25/25Непрямі залежності без відомих сповіщень — жодна непряма залежність не має відомих сповіщень
0/40Немає задавнених сповіщень — жодне сповіщення не має дати публікації
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories0
affected_packages0
assessed_packages3
unassessed_packages0
affected_by_severitynone
direct_affected_packages0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Немає задавнених сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено з runtime-замиканням залежностей pypi:orthosnap@1.7.0 — тим, що тягне за собою встановлення опублікованого пакета, — 3 пакетів. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

58Помірний · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

49Слабкий
Як обчислюється оцінка
45/45Інструкції для агентів — AGENTS.md
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
4.3/40Читабельна історія комітів — намір зазначено у 8 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share0,08
agent_instruction_filesAGENTS.md
agent_instruction_max_bytes3 364

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

50Помірний
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — Makefile, docs/Makefile
22/22Автоматизовані тести
0/11Конфігурація лінтера / форматера
0/11Статична перевірка типів
10/10Відтворюване середовище — lockfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — серед останніх 100 комітів немає створених агентом
0/8Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfilesPipfile.lock
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_filesMakefile, docs/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configні
typecheck_configs—
agent_commit_share0
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

Читабельність коду для моделей

55Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
55/55Керовані розміри файлів — 0/22 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes53 603
source_files_sampled22
oversized_source_files0

Машиночитні інтерфейси

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
0/40Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
0/20Сервер MCP — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
40/40Придатні до запуску приклади — samples
Використані вхідні дані
example_dirssamples
has_mcp_signalні
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto), Сервер MCP. Залишкові ваги перенормовано.

Ключові факти

32зірок GitHub
1контриб'юторів
29комітів за останні 12 місяців
58днів від останнього пушу
8релізів
1бас-фактор
0відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • pypi download statistics for 'orthosnap' unavailable this scan (stats endpoint failed after retries); adoption may be under-evidenced
  • pypi download figures for orthosnap carried forward from the previous scan (stats endpoint unavailable this scan)

Докладніше

OpenSSF Scorecard 3.2 / 10
3.2сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-09-10 20:01 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
н/дBranch-Protectioninternal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
5CI-Tests1 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 5
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/25 approved changesets -- score normalized to 0
6Contributorsproject has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
9Maintained11 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 9
н/дPackagingpackaging workflow not detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
0Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0Vulnerabilities24 existing vulnerabilities detected
Усі залежності 54

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 0 прямих і 54 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIalabaster0.7.16непряма
PyPIanyio4.4.0непряма
PyPIbabel2.15.0непряма
PyPIbiopython—непряма
PyPIcertifi2024.6.2непряма
PyPIcharset-normalizer3.3.2непряма
PyPIclick8.1.7непряма
PyPIcolorama0.4.6непряма
PyPIcoverage—непряма
PyPIcython—непряма
PyPIdocutils0.20.1непряма
PyPIexceptiongroup—непряма
PyPIexceptiongroup1.2.1непряма
PyPIh110.14.0непряма
PyPIidna3.7непряма
PyPIimagesize1.4.1непряма
PyPIimportlib-metadata7.1.0непряма
PyPIiniconfig—непряма
PyPIjinja23.1.4непряма
PyPImarkupsafe2.1.5непряма
PyPImatplotlib—непряма
PyPImock—непряма
PyPInumpy—непряма
PyPIpackaging—непряма
PyPIpackaging24.0непряма
PyPIpluggy—непряма
PyPIpygments2.18.0непряма
PyPIpytest—непряма
PyPIpytest-cov—непряма
PyPIpytest-mock—непряма
PyPIrequests2.32.3непряма
PyPIsetuptools—непряма
PyPIsniffio1.3.1непряма
PyPIsnowballstemmer2.2.0непряма
PyPIsphinx7.3.7непряма
PyPIsphinx-autobuild2024.4.16непряма
PyPIsphinx-rtd-theme2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-applehelp1.0.8непряма
PyPIsphinxcontrib-devhelp1.0.6непряма
PyPIsphinxcontrib-htmlhelp2.0.5непряма
PyPIsphinxcontrib-jquery4.1непряма
PyPIsphinxcontrib-jsmath1.0.1непряма
PyPIsphinxcontrib-qthelp1.0.7непряма
PyPIsphinxcontrib-serializinghtml1.1.10непряма
PyPIstarlette0.37.2непряма
PyPItomli—непряма
PyPItomli2.0.1непряма
PyPItqdm—непряма
PyPItyping-extensions4.12.1непряма
PyPIurllib32.2.1непряма
PyPIuvicorn0.30.1непряма
PyPIwatchfiles0.22.0непряма
PyPIwebsockets12.0непряма
PyPIzipp3.19.1непряма
Сповіщення про залежності 0

Встановлення pypi:orthosnap@1.7.0 тягне 3 пакетів, прямих і транзитивних: 0 мають відомі сповіщення, з них 0 — прямі залежності.

Жодне відоме сповіщення не стосується оцінених залежностей.

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з JLSteenwyk/orthosnap. Читати поруч →

98scverse/scanpySingle-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.Винятковий97plotly/dashData Apps & Dashboards for Python. No JavaScript Required.Винятковий100scikit-learn/scikit-learnscikit-learn: machine learning in PythonВинятковий100PrefectHQ/prefectPrefect is a workflow orchestration framework for building resilient data pipelines in Python.Винятковий100optuna/optunaA hyperparameter optimization frameworkВинятковий100apache/airflowApache Airflow - A platform to programmatically author, schedule, and monitor workflowsВинятковий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.