Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.11.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-15 12:07 UTC

PDBeurope / ccdutils

A set of python tools to deal with PDB chemical components definitions for small molecules, taken from the wwPDB Chemical Component Dictionary, uses RDKit

PythonApache-2.0★ 82 зірки⑂ 12 форківз трав. 2020 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипБібліотекаяк це визначено
#bioinformatics#chemical-database#cheminformatics#ligands#mmcif#pdb#python#rdkit#structural-biology#chemical-components

PDBeurope/ccdutils має індекс здоров’я 67 зі 100, що відповідає смузі «Добрий». Найвищий показник — Engineering Quality (86/100), найнижчий — Security (40/100). Останнє оновлення було 15 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

67
загалом / 100
Добрий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

67
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 61 калібровано до 67 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

PDBe EMBL-EBIОрганізація
85 підписників48 публічних репозиторіївз вер. 2014 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIpdbeccdutils1.0.4-2215 днів томуpdbligandsmall-moleculecomplexccdprdclc

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

59Помірний · 21% загального індексу

Активність розробки

42Слабкий
Як обчислюється оцінка
28.8/36Свіжість push — останній push 15 дн. тому
2.8/36Ритм комітів — 4/52 тижнів із комітами
9/18Обсяг комітів — 9 комітів за останній рік
1/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 2 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 1
Використані вхідні дані
commits_last_year9
human_commit_share—
days_since_last_push15
active_weeks_last_year4

Дисципліна релізів

84Відмінний
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 10 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 15 дн. тому
12.6/27Ритм релізів — реліз кожні ~130,6 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count10
latest_release_tagv1.0.4
releases_from_tagsні
days_since_latest_release15
mean_days_between_releases130,6
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

47Слабкий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

44Слабкий
Як обчислюється оцінка
31/60Зірки — 82 зірок
8.7/25Форки — 12 форків
3.9/15Спостерігачі — 6 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks12
stars82
watchers6
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (Apache-2.0)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges—
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

72Добрий · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

36Слабкий
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
7.6/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 66% комітів
9.5/13.5Широта контриб’юторів — 7 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 5 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled7
top_contributor_share0,662

Реактивність на issue та PR

79Добрий
Як обчислюється оцінка
36.8/42Вирішення issue — закрито 88% issue
23/30Прийняття PR — злито 23/30 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
9/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 20/30 approved changesets -- score normalized to 6
Використані вхідні дані
merged_prs23
open_issues1
closed_issues7
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0,875
closed_unmerged_prs7
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

85Відмінний
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
13.9/25Охоплення власника — 85 підписників у PDBeurope
24.3/25Послужний список — 48 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~11 р.
Використані вхідні дані
followers85
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginPDBeurope
public_repos48
account_age_days4 318
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 15 дн. тому
20/20Історія версій — 22 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagespdbeccdutils
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish15

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

86Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

76Добрий
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 3 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера
9.6/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
2/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 3 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configтак

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://pdbeurope.github.io/ccdutils/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 10 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsbioinformatics, chemical-database, cheminformatics, ligands, mmcif, pdb, python, rdkit, structural-biology, chemical-components
has_wikiтак
homepagehttps://pdbeurope.github.io/ccdutils/
docs_sitehttps://pdbeurope.github.io/ccdutils/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

40Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — немає даних
0.2/2.5CI-Tests — 3 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
4.5/7.5Code-Review — Found 20/30 approved changesets -- score normalized to 6
2.5/2.5Contributors — project has 5 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
0.8/7.5Maintained — 2 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 1
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
3/7.5Vulnerabilities — 6 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated16
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive2
scorecard_aggregate4
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

45Слабкий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

1Критичний
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
0/40Читабельна історія комітів — немає даних
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

74Добрий
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — Makefile, doc/Makefile
22/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера
0/11Статична перевірка типів
10/10Відтворюване середовище — Dockerfile, lockfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних
0/8Автоматизоване супроводження — немає даних
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfilespoetry.lock
has_dockerfileтак
typed_languageні
bootstrap_filesMakefile, doc/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configs—
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.

Читабельність коду для моделей

55Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
55/55Керовані розміри файлів — 0/52 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes43 895
source_files_sampled52
oversized_source_files0

Ключові факти

82зірок GitHub
7контриб'юторів
9комітів за останні 12 місяців
15днів від останнього пушу
10релізів
1бас-фактор
1відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Докладніше

OpenSSF Scorecard 4.0 / 10
4.0сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-07-15 12:07 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
н/дBranch-Protectioninternal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
1CI-Tests3 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
6Code-ReviewFound 20/30 approved changesets -- score normalized to 6
10Contributorsproject has 5 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
1Maintained2 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 1
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
4Vulnerabilities6 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 7
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIpillow>=10.4.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.14.1pyproject.toml
PyPInumpy>=1.26.4pyproject.toml
PyPIrequests>=2.32.3pyproject.toml
PyPIgemmi>=0.6.6pyproject.toml
PyPInetworkx>=3.3pyproject.toml
PyPIrdkit>=2023.9.6pyproject.toml
Усі залежності 54

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 7 прямих і 47 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIgemmi0.7.3пряма
PyPInetworkx3.4.2пряма
PyPInumpy2.2.6пряма
PyPIpillow12.2.0пряма
PyPIrdkit2025.3.3пряма
PyPIrequests2.33.0пряма
PyPIscipy1.15.3пряма
PyPIalabaster0.7.16непряма
PyPIbabel2.17.0непряма
PyPIcertifi2025.7.9непряма
PyPIcfgv3.4.0непряма
PyPIcharset-normalizer3.4.2непряма
PyPIcolorama0.4.6непряма
PyPIcoverage7.9.2непряма
PyPIdistlib0.3.9непряма
PyPIdocutils0.20.1непряма
PyPIexceptiongroup1.3.0непряма
PyPIfilelock3.20.3непряма
PyPIidentify2.6.12непряма
PyPIidna3.15непряма
PyPIimagesize1.4.1непряма
PyPIiniconfig2.1.0непряма
PyPIjinja23.1.6непряма
PyPImarkdown3.8.2непряма
PyPImarkdown-it-py3.0.0непряма
PyPImarkupsafe3.0.2непряма
PyPImdit-py-plugins0.4.2непряма
PyPImdurl0.1.2непряма
PyPImyst-parser4.0.1непряма
PyPInodeenv1.9.1непряма
PyPIpackaging25.0непряма
PyPIplatformdirs4.3.8непряма
PyPIpluggy1.6.0непряма
PyPIpre-commit3.8.0непряма
PyPIpygments2.19.2непряма
PyPIpytest9.0.3непряма
PyPIpytest-cov5.0.0непряма
PyPIpyyaml6.0.2непряма
PyPIsnowballstemmer3.0.1непряма
PyPIsphinx7.4.7непряма
PyPIsphinx-autodoc-typehints2.3.0непряма
PyPIsphinx-markdown-tables0.0.17непряма
PyPIsphinx-rtd-theme2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-applehelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-devhelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-htmlhelp2.1.0непряма
PyPIsphinxcontrib-jquery4.1непряма
PyPIsphinxcontrib-jsmath1.0.1непряма
PyPIsphinxcontrib-qthelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-serializinghtml2.0.0непряма
PyPItomli2.2.1непряма
PyPItyping-extensions4.14.1непряма
PyPIurllib32.7.0непряма
PyPIvirtualenv20.36.1непряма
Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з PDBeurope/ccdutils. Читати поруч →

98scverse/scanpySingle-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.Винятковий96plotly/dashData Apps & Dashboards for Python. No JavaScript Required.Винятковий100optuna/optunaA hyperparameter optimization frameworkВинятковий100python-pillow/PillowPython Imaging Library (fork)Винятковий100numpy/numpyThe fundamental package for scientific computing with Python.Винятковий100deepset-ai/haystackOpen-source AI orchestration framework for building context-engineered, production-ready LLM applications. Design modular pipelines and agent workflows with explicit control over retrieval, routing, memory, and generation. Built for scalable agents, RAG, multimodal applications, semantic search, and conversational systems.Винятковий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.11.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.