Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.11.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-15 11:23 UTC

PDBeurope / rellig

Identifies relevant ligands in the PDB

PythonApache-2.0★ 9 зірок⑂ 0 форківз жовт. 2024 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипБібліотекаІнструмент командного рядкаяк це визначено
#bioinformatics#cheminformatics#drug-discovery#ligands#mmcif#pdb#protein-ligand#python#structural-biology

PDBeurope/rellig має індекс здоров’я 59 зі 100, що відповідає смузі «Помірний». Найвищий показник — Engineering Quality (80/100), найнижчий — Community & Adoption (32/100). Останнє оновлення було 15 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

59
загалом / 100
Помірний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

59
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 56 калібровано до 59 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

PDBe EMBL-EBIОрганізація
85 підписників48 публічних репозиторіївз вер. 2014 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIpdberellig1.0.4-515 днів томуpdbligandcofactorreactantdrugannotation

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

63Помірний · 21% загального індексу

Активність розробки

54Помірний
Як обчислюється оцінка
28.8/36Свіжість push — останній push 15 дн. тому
2.1/36Ритм комітів — 3/52 тижнів із комітами
12.6/18Обсяг комітів — 24 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 15 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year24
human_commit_share—
days_since_last_push15
active_weeks_last_year3

Дисципліна релізів

76Добрий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 2 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 15 дн. тому
5.4/27Ритм релізів — реліз кожні ~606,8 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count2
latest_release_tagv1.0.4
releases_from_tagsні
days_since_latest_release15
mean_days_between_releases606,8
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

32У зоні ризику · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

16Критичний
Як обчислюється оцінка
14.6/60Зірки — 9 зірок
0/25Форки — 0 форків
1.7/15Спостерігачі — 3 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks0
stars9
watchers3
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (Apache-2.0)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges—
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

58Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

21У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
6.4/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 71% комітів
2.7/13.5Широта контриб’юторів — 2 контриб’юторів
3/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled2
top_contributor_share0,714

Реактивність на issue та PR

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
21/42Вирішення issue — закрито 50% issue
13.6/30Прийняття PR — злито 5/11 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 1/11 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs5
open_issues1
closed_issues1
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0,5
closed_unmerged_prs6
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

85Відмінний
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
13.9/25Охоплення власника — 85 підписників у PDBeurope
24.3/25Послужний список — 48 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~11 р.
Використані вхідні дані
followers85
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginPDBeurope
public_repos48
account_age_days4 318
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 15 дн. тому
20/20Історія версій — 5 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagespdberellig
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish15

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

80Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

66Добрий
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 2 процес(ів) CI
0/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера
9.6/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
16/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 4 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsні
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configтак

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://pdbeurope.github.io/rellig/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 9 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsbioinformatics, cheminformatics, drug-discovery, ligands, mmcif, pdb, protein-ligand, python, structural-biology
has_wikiтак
homepagehttps://pdbeurope.github.io/rellig/
docs_sitehttps://pdbeurope.github.io/rellig/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

44Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

44Слабкий
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2/2.5CI-Tests — 4 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 1/11 approved changesets -- score normalized to 0
0.8/2.5Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 15 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
4/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 8
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
3.8/7.5Vulnerabilities — 5 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4,4
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

33У зоні ризику · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

1Критичний
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
0/40Читабельна історія комітів — немає даних
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

48Слабкий
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — doc/Makefile
0/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера
0/11Статична перевірка типів
10/10Відтворюване середовище — lockfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних
0/8Автоматизоване супроводження — немає даних
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsні
lockfilespoetry.lock
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_filesdoc/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configs—
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.

Читабельність коду для моделей

55Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
55/55Керовані розміри файлів — 0/12 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes12 008
source_files_sampled12
oversized_source_files0

Ключові факти

9зірок GitHub
2контриб'юторів
24комітів за останні 12 місяців
15днів від останнього пушу
2релізів
1бас-фактор
1відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Докладніше

OpenSSF Scorecard 4.4 / 10
4.4сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-07-15 11:23 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
8CI-Tests4 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 1/11 approved changesets -- score normalized to 0
3Contributorsproject has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained15 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
8SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 8
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5Vulnerabilities5 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 4
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIclick>=8.4.0,<9.0.0pyproject.toml
PyPIpdbeccdutils>=1.0.4pyproject.toml
PyPIsparqlwrapper^2.0.0pyproject.toml
PyPIpandas>=2.2.3,<3.0.0pyproject.toml
Усі залежності 66

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 4 прямих і 62 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIclick8.4.2пряма
PyPIpandas2.3.3пряма
PyPIpdbeccdutils1.0.4пряма
PyPIsparqlwrapper2.0.0пряма
PyPIalabaster0.7.16непряма
PyPIbabel2.18.0непряма
PyPIcertifi2026.6.17непряма
PyPIcfgv3.5.0непряма
PyPIcharset-normalizer3.4.7непряма
PyPIcolorama0.4.6непряма
PyPIcoverage7.14.3непряма
PyPIdistlib0.4.3непряма
PyPIdocutils0.18.1непряма
PyPIexceptiongroup1.3.1непряма
PyPIfilelock3.29.4непряма
PyPIgemmi0.7.5непряма
PyPIidentify2.6.19непряма
PyPIidna3.18непряма
PyPIimagesize1.5.0непряма
PyPIiniconfig2.3.0непряма
PyPIisodate0.7.2непряма
PyPIjinja23.1.6непряма
PyPImarkdown3.10.2непряма
PyPImarkdown-it-py3.0.0непряма
PyPImarkupsafe3.0.3непряма
PyPImdit-py-plugins0.6.1непряма
PyPImdurl0.1.2непряма
PyPImyst-parser2.0.0непряма
PyPInetworkx3.4.2непряма
PyPInodeenv1.10.0непряма
PyPInumpy2.2.6непряма
PyPIpackaging26.2непряма
PyPIpillow12.2.0непряма
PyPIplatformdirs4.10.0непряма
PyPIpluggy1.6.0непряма
PyPIpre-commit3.8.0непряма
PyPIpygments2.20.0непряма
PyPIpyparsing3.3.2непряма
PyPIpytest9.1.1непряма
PyPIpytest-cov5.0.0непряма
PyPIpython-dateutil2.9.0.post0непряма
PyPIpython-discovery1.4.2непряма
PyPIpytz2026.2непряма
PyPIpyyaml6.0.3непряма
PyPIrdflib7.6.0непряма
PyPIrdkit2026.3.3непряма
PyPIrequests2.34.2непряма
PyPIscipy1.15.3непряма
PyPIsix1.17.0непряма
PyPIsnowballstemmer3.1.1непряма
PyPIsphinx7.3.7непряма
PyPIsphinx-autodoc-typehints1.25.3непряма
PyPIsphinx-markdown-tables0.0.17непряма
PyPIsphinx-rtd-theme1.3.0непряма
PyPIsphinxcontrib-applehelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-devhelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-htmlhelp2.1.0непряма
PyPIsphinxcontrib-jquery4.1непряма
PyPIsphinxcontrib-jsmath1.0.1непряма
PyPIsphinxcontrib-qthelp2.0.0непряма
PyPIsphinxcontrib-serializinghtml2.0.0непряма
PyPItomli2.4.1непряма
PyPItyping-extensions4.15.0непряма
PyPItzdata2026.2непряма
PyPIurllib32.7.0непряма
PyPIvirtualenv21.5.1непряма
Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з PDBeurope/rellig. Читати поруч →

98scverse/scanpySingle-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.Винятковий96plotly/dashData Apps & Dashboards for Python. No JavaScript Required.Винятковий100PrefectHQ/prefectPrefect is a workflow orchestration framework for building resilient data pipelines in Python.Винятковий100astropy/astropyAstronomy and astrophysics core libraryВинятковий100open-telemetry/opentelemetry-pythonOpenTelemetry Python API and SDK Винятковий100streamlit/streamlitStreamlit — A faster way to build and share data apps.Винятковий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.11.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.