公开记录
软件健康报告模式 0.31.0 · 指标 2.10.0 · 2026-08-16 17:22 UTC

GenomiqueENS / eoulsan

A pipeline and a framework for NGS analysis (RNA-seq and scRNA-seq)

Java自定义许可证★ 56 星标⑂ 11 复刻始于 2014年6月在 GitHub 上查看 ↗
类型如何判定

GenomiqueENS/eoulsan 的健康指数为 100 分中的 50 分,处于「中等」区间。 其得分最高的类别是Vitality(70/100),最低的是Security(30/100)。 最近一次更新在 25 天前。 近期的大部分工作由 1 位贡献者完成。

50
总分 / 100
中等

软件健康指数

指标归入加权类别,统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均,再依据公开记录的分布进行校准,使各等级具有百分位含义;当公开证据触发高风险司法辖区政策时,评级会按政策调整,并设置 34(存在风险)的上限。

50
卓越93-100公开记录中的最高层级(约前 5%);基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲;仅有少量不足
良好65-79健康;不足之处有限且可控
中等50-64可接受,但存在明显不足;建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节;采用时应保持审慎
危急1-19问题严重(项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范)
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形,而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 50 经校准后在公布的指数量表上为 50(记录校准 2026-08-02)。

所有权

20 关注者21 个公开仓库始于 2014年6月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任,可延续于任何单一维护者之后。

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码,是否仍在发布版本?

70良好 · 占总体的 21%
评分方式
28.8/36推送新近度最近一次推送于 25 天前
9.7/36提交节奏52 周中有 14 周有提交
18/18提交量最近一年 102 次提交
10/10OpenSSF Scorecard:Maintained18 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year102
human_commit_share1
days_since_last_push25
active_weeks_last_year14

发布纪律

76良好
评分方式
27/27有发布版本已发布 25 个发布版本
36/36发布时效最近一次发布版本于 25 天前
12.6/27发布节奏约每 335.3 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard:Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
所用输入
releases_count25
latest_release_tagv2.8.1
releases_from_tags
days_since_latest_release25
mean_days_between_releases335.3

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度,并具备欢迎贡献者参与的配置?

43薄弱 · 占总体的 17%
评分方式
28.2/60星标56 个星标
8.3/25复刻11 个复刻
6.2/15关注者14 位关注者
所用输入
forks11
stars56
watchers14
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

44薄弱
评分方式
22.5/22.5README
16.9/22.5许可证存在许可证文件,但不是可识别的许可证
0/18CONTRIBUTING 指南
0/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme
has_license
readme_badges0
has_contributing
has_issue_template
has_code_of_conduct
readme_badge_services
has_pull_request_template

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持,以及软件包的维护状况?

55中等 · 占总体的 23%
评分方式
9/54巴士系数1 位贡献者贡献了半数提交
0.4/22.5提交分布头号贡献者编写了 98% 的提交
12.2/13.5贡献者广度9 位贡献者
10/10OpenSSF Scorecard:Contributorsproject has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10
所用输入
bus_factor1
contributors_sampled9
top_contributor_share0.984
评分方式
42/42议题解决100% 的议题已关闭
11.7/30PR 接受已裁定的 PR 中 9/23 已合并
0/13Newcomer PR acceptance30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
0/15OpenSSF Scorecard:Code-ReviewFound 0/28 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs9
open_issues0
closed_issues9
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d0
prs_decided_30d0
issue_closed_ratio1
closed_unmerged_prs14
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
已排除计分(无数据或不适用):Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。
评分方式
30/30所有权背书组织持有
0/20已验证域名未读取该组织的域名验证状态
9.5/25所有者影响力GenomiqueENS 有 20 位关注者
21.8/25既往记录21 个公开仓库,账户约 12 年
所用输入
followers20
owner_typeOrganization
is_verified
owner_loginGenomiqueENS
public_repos21
account_age_days4,458
已排除计分(无数据或不适用):已验证域名。 其余权重已重新归一化。

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位?

44薄弱 · 占总体的 19%

工程实践

24存在风险
评分方式
0/24CI 工作流
24/24存在测试
0/16Linter 配置
0/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
0/20OpenSSF Scorecard:CI-Tests0 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0
所用输入
has_ci
has_tests
has_editorconfig
has_linter_config
has_precommit_config

文档

75良好
评分方式
30/30README
0/25文档目录
15/15文档 / 主页站点http://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan2
10/10仓库描述
10/10主题标签6 个主题标签
10/10Wiki
所用输入
topicsrna-seq, java, cloud-computing-clusters, analysis, workflow-engine, bioinformatics-pipeline
has_wiki
homepagehttp://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan2
docs_sitehttp://www.outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan2
has_readme
has_docs_dir
has_description

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固,且不存在未解决的高风险司法辖区暴露?

30存在风险 · 占总体的 16%

安全态势

33存在风险
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
0/2.5CI-Tests0 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0
0/2.5CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-ReviewFound 0/28 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributorsproject has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10
0/10Dangerous-Workflow无数据
7.5/7.5Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0/5Fuzzingproject is not fuzzed
2.2/2.5许可证license file detected
7.5/7.5Maintained18 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
0/5Packaging无数据
0/5Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policysecurity policy file not detected
0/7.5Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5Token-Permissions无数据
0/7.5Vulnerabilities39 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated15
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive3
scorecard_aggregate3.3
已排除计分(无数据或不适用):Dangerous-Workflow, Packaging, Token-Permissions。 其余权重已重新归一化。

依赖安全公告

20存在风险
评分方式
2.5/35直接依赖不含已知公告13 个受影响:log4j:log4j 1.2.17 (critical 9.8), org.python:jython-standalone 2.7.0 (critical 9.8), com.fasterxml.jackson.core:jackson-core 2.12.5 (high 7.5),另有 10 个
0/25间接依赖不含已知公告在此范围内,传递依赖集合无法与开发和测试依赖区分
12.2/40没有长期未处理的公告13 个携带公告的软件包超过 90 天未处理;最早一条发布于 2,413 天前
所用输入
sourceosv
advisories39
affected_packages13
assessed_packages73
unassessed_packages0
affected_by_severitycritical 2, high 5, moderate 5, low 1
direct_affected_packages13
已排除计分(无数据或不适用):间接依赖不含已知公告。 其余权重已重新归一化。 已将 73 个已解析依赖与 OSV 比对。 该仓库未发布任何索引可解析的软件包,因此改为评估仓库依赖图。该图将开发与测试版本固定同交付的依赖混在一起,因此仅对声明的运行时依赖计分;传递性发现仅作为背景信息列出,不计入评分。 未对可达性进行分析。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件?权重刻意设小(4%):代理工具链是一项真实的维护信号,但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

46薄弱 · 占总体的 4%
评分方式
0/45代理指令没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档(llms.txt)
5.3/40可读的提交历史100 次人类提交中有 10 次说明了意图(结构化标题或解释性正文)
所用输入
has_llms_txt
llms_txt_url
legible_history_share0.1
agent_instruction_files
agent_instruction_max_bytes
评分方式
12.6/18一条命令的引导启动pom.xml(工具链约定,无任务运行器)
22/22自动化测试
0/11Lint / 格式化配置
11/11静态类型检查Java(静态类型)
10/10可复现环境Dockerfile
0/10已体现的代理实践最近 100 次提交中没有代理编写的提交
0/8自动化维护未观察到自动依赖更新
0/10OpenSSF Scorecard:Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
所用输入
has_nix
has_tests
lockfiles
has_dockerfile
typed_language
bootstrap_files
has_devcontainer
has_linter_config
typecheck_configs
agent_commit_share0
toolchain_manifestspom.xml
dependency_bot_commit_share0
评分方式
45/45可类型检查的代码Java(静态类型)
55/55可控的文件大小采样的 533 个源文件中有 0 个超过 60KB
所用输入
primary_languageJava
largest_source_bytes54,573
source_files_sampled533
oversized_source_files0

关键数据

56GitHub 星标
9贡献者
102最近 12 个月提交数
25距最近推送天数
25发布版本数
1巴士系数(bus factor)
0开放议题
Maven软件包生态系统数

数据采集警告

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch maven package 'fr.ens.biologie.genomique:eoulsan' from its registry

更多细节

Star 与 Fork 历史 0 ★ / 11 ⇿
0Star
11Fork
9发布

每颗 star 和每个 fork 的添加时间,来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方,二者可相互对照:稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时,它会作为增长真实性予以报告。

0246810121112016-112021-012025-03
主版本 0次版本 0修订 1

每个点涵盖 8 天。

OpenSSF Scorecard 3.3 / 10
3.3综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身,而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用,并从安全评分中剔除(绝不按零分计)。Scorecard v5.5.0 · 2026-08-16 17:22 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
0CI-Tests0 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/28 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10
不适用Dangerous-Workflowno workflows found
10Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
9Licenselicense file detected
10Maintained18 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
不适用Packagingpackaging workflow not detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
0Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
不适用Token-PermissionsNo tokens found
0Vulnerabilities39 existing vulnerabilities detected
直接依赖 60
注册表软件包版本约束清单文件
Mavenorg.testng:testng6.1.1pom.xml
Mavenorg.beanshell:bsh2.0b4pom.xml
Mavencom.beust:jcommander1.12pom.xml
Mavenorg.apache.hadoop:hadoop-client${hadoop.version}pom.xml
Mavenorg.apache.hadoop:zookeeper3.3.0pom.xml
Mavencommons-cli:commons-cli1.11.0pom.xml
Mavenorg.apache.commons:commons-compress1.21pom.xml
Mavencom.google.guava:guava30.1.1-jrepom.xml
Mavencom.google.guava:failureaccess1.0.1pom.xml
Mavencom.github.samtools:htsjdk${htsjdk.version}pom.xml
Mavencom.github.broadinstitute:picard${htsjdk.version}pom.xml
Mavenorg.nuiton.thirdparty:REngine0.6-1pom.xml
Mavenorg.nuiton.thirdparty:Rserve0.6-1pom.xml
Mavencom.sun.mail:javax.mail1.4.5pom.xml
Mavencom.googlecode.lanterna:lanterna3.0.1pom.xml
Mavenorg.glassfish:javax.json1.0.2pom.xml
Mavenorg.apache.poi:poi${poi.version}pom.xml
Mavenorg.apache.poi:poi-ooxml${poi.version}pom.xml
Mavenorg.apache.poi:poi-ooxml-schemas${poi.version}pom.xml
Mavenorg.apache.odftoolkit:odfdom-java0.8.8-incubatingpom.xml
Mavenorg.apache.odftoolkit:simple-odf0.7-incubatingpom.xml
Mavenorg.apache.xmlbeans:xmlbeans3.0.2pom.xml
Mavenxerces:xercesImpl2.12.0pom.xml
Mavenorg.python:jython-standalone2.7.0pom.xml
Mavenuk.ac.babraham:fastqc0.11.2pom.xml
Mavenorg.seqdoop:hadoop-bam7.10.0pom.xml
Mavenitadaki:jbzip20.9pom.xml
Mavenorg.apache.ant:ant1.10.11pom.xml
Mavenorg.apache.logging.log4j:log4j-core2.17.1pom.xml
Mavenorg.javassist:javassist3.28.0-GApom.xml
Mavenorg.slf4j:slf4j-api1.7.6pom.xml
Mavenorg.slf4j:slf4j-log4j121.7.6pom.xml
Mavenlog4j:log4j1.2.17pom.xml
Mavenorg.xerial.snappy:snappy-java1.0.3-rc3pom.xml
Mavenorg.cheetahtemplate:cheetah2.4.4pom.xml
Mavenorg.usadellab:trimmomatic0.36pom.xml
Mavencisd:jhdf519.04.0pom.xml
Mavenorg.apache.commons:commons-collections44.1pom.xml
Mavenjavax.xml.bind:jaxb-api2.2.11pom.xml
Mavencom.sun.xml.bind:jaxb-core2.2.11pom.xml
Mavencom.sun.xml.bind:jaxb-impl2.2.11pom.xml
Mavenjavax.activation:activation1.1.1pom.xml
Mavencom.github.docker-java:docker-java-api3.2.11pom.xml
Mavencom.github.docker-java:docker-java-core3.2.11pom.xml
Mavencom.github.docker-java:docker-java-transport3.2.11pom.xml
Mavencom.github.docker-java:docker-java-transport-zerodep3.2.11pom.xml
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-core2.12.5pom.xml
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-databind2.12.5pom.xml
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations2.12.5pom.xml
Mavennet.java.dev.jna:jna5.8.0pom.xml
Mavencommons-lang:commons-lang2.6pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-core${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-bio${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-mappers${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-expressioncounters${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-docker${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-illumina${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-translators${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-storages${kenetre.version}pom.xml
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-it${kenetre.version}pom.xml
全部依赖 73

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合:60 个直接依赖与 13 个间接(传递)软件包。仓库提交锁文件时,传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
Mavencisd:jhdf519.04.0直接
Mavencom.beust:jcommander1.12直接
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-annotations2.12.5直接
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-core2.12.5直接
Mavencom.fasterxml.jackson.core:jackson-databind2.12.5直接
Mavencom.github.broadinstitute:picard2.13.2直接
Mavencom.github.docker-java:docker-java-api3.2.11直接
Mavencom.github.docker-java:docker-java-core3.2.11直接
Mavencom.github.docker-java:docker-java-transport3.2.11直接
Mavencom.github.docker-java:docker-java-transport-zerodep3.2.11直接
Mavencom.github.samtools:htsjdk2.13.2直接
Mavencom.google.guava:failureaccess1.0.1直接
Mavencom.google.guava:guava30.1.1-jre直接
Mavencom.googlecode.lanterna:lanterna3.0.1直接
Mavencom.sun.mail:javax.mail1.4.5直接
Mavencom.sun.xml.bind:jaxb-core2.2.11直接
Mavencom.sun.xml.bind:jaxb-impl2.2.11直接
Mavencommons-cli:commons-cli1.11.0直接
Mavencommons-lang:commons-lang2.6直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-bio0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-core0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-docker0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-expressioncounters0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-illumina0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-it0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-mappers0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-storages0.44.0直接
Mavenfr.ens.biologie.genomique:kenetre-translators0.44.0直接
Mavenitadaki:jbzip20.9直接
Mavenjavax.activation:activation1.1.1直接
Mavenjavax.xml.bind:jaxb-api2.2.11直接
Mavenlog4j:log4j1.2.17直接
Mavennet.java.dev.jna:jna5.8.0直接
Mavenorg.apache.ant:ant1.10.11直接
Mavenorg.apache.commons:commons-collections44.1直接
Mavenorg.apache.commons:commons-compress1.21直接
Mavenorg.apache.hadoop:hadoop-client2.3.0直接
Mavenorg.apache.hadoop:zookeeper3.3.0直接
Mavenorg.apache.logging.log4j:log4j-core2.17.1直接
Mavenorg.apache.odftoolkit:odfdom-java0.8.8-incubating直接
Mavenorg.apache.odftoolkit:simple-odf0.7-incubating直接
Mavenorg.apache.poi:poi4.1.2直接
Mavenorg.apache.poi:poi-ooxml4.1.2直接
Mavenorg.apache.poi:poi-ooxml-schemas4.1.2直接
Mavenorg.apache.xmlbeans:xmlbeans3.0.2直接
Mavenorg.beanshell:bsh2.0b4直接
Mavenorg.cheetahtemplate:cheetah2.4.4直接
Mavenorg.glassfish:javax.json1.0.2直接
Mavenorg.javassist:javassist3.28.0-GA直接
Mavenorg.nuiton.thirdparty:REngine0.6-1直接
Mavenorg.nuiton.thirdparty:Rserve0.6-1直接
Mavenorg.python:jython-standalone2.7.0直接
Mavenorg.seqdoop:hadoop-bam7.10.0直接
Mavenorg.slf4j:slf4j-api1.7.6直接
Mavenorg.slf4j:slf4j-log4j121.7.6直接
Mavenorg.testng:testng6.1.1直接
Mavenorg.usadellab:trimmomatic0.36直接
Mavenorg.xerial.snappy:snappy-java1.0.3-rc3直接
Mavenuk.ac.babraham:fastqc0.11.2直接
Mavenxerces:xercesImpl2.12.0直接
Mavencom.diffplug.spotless:spotless-maven-plugin2.43.0间接
Mavencom.github.spotbugs:spotbugs-maven-plugin4.7.2.1间接
Mavenjunit:junit4.13.1间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-changes-plugin2.12.1间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-checkstyle-plugin3.0.0间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin3.14.0间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-dependency-plugin3.1.1间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-failsafe-plugin2.22.0间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-jar-plugin3.1.0间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-project-info-reports-plugin3.4.1间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-site-plugin3.12.1间接
Mavenorg.apache.maven.plugins:maven-surefire-plugin2.22.0间接
Mavenorg.gaul:modernizer-maven-plugin3.1.0间接
依赖安全公告 13

该仓库未发布可被索引解析的包,因此评估的是其自身的依赖图——共 73 个包,其中也包含从不交付的开发与测试版本固定:13 个存在已知公告,13 个为直接依赖。

软件包版本关系严重程度公告数修复版本
log4j:log4j1.2.17直接严重62.0
org.python:jython-standalone2.7.0直接严重22.7.2b3
com.fasterxml.jackson.core:jackson-core2.12.5直接33.1.4
com.fasterxml.jackson.core:jackson-databind2.12.5直接93.1.4
com.github.samtools:htsjdk2.13.2直接13.0.1
org.apache.hadoop:hadoop-client2.3.0直接32.7.0
org.xerial.snappy:snappy-java1.0.3-rc3直接41.1.10.4
com.google.guava:guava30.1.1-jre直接232.0.0-android
commons-lang:commons-lang2.6直接13.18.0
org.apache.commons:commons-compress1.21直接21.26.0
org.apache.poi:poi-ooxml4.1.2直接15.4.0
xerces:xercesImpl2.12.0直接22.12.2
org.apache.logging.log4j:log4j-core2.17.1直接32.25.4

公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析,且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。

原始 JSON 报告 机器可读

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评分是信号,而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计,也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重,绝不按零分计。方法论已版本化并公开:指标 v2.10.0、模式 v0.31.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置: 汇总统计.