公开记录
软件健康报告模式 0.12.0 · 指标 2.10.0 · 2026-07-17 18:15 UTC

pdbeurope / pdbe-mcp-servers

PDBe MCP Servers integrate Protein Data Bank Europe resources with LLMs via Model Context Protocol. Provides seamless access to protein structure data through API tools and graph database schema assistance for intelligent Cypher query generation, bridging structural biology and AI research.

PythonApache-2.0★ 36 星标⑂ 1 复刻始于 2025年6月在 GitHub 上查看 ↗
类型MCP 服务器库网络服务命令行工具如何判定
#ai-integration#api-server#bioinformatics#knowledge-graph#llm-tools#mcp#pdbe#protein-structures#python#structural-biology

pdbeurope/pdbe-mcp-servers 的健康指数为 100 分中的 78 分，处于「良好」区间。 其得分最高的类别是Vitality（81/100），最低的是Community & Adoption（46/100）。 最近一次更新在今天。 近期的大部分工作由 1 位贡献者完成。

78
总分 / 100
良好

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

78
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 67 经校准后在公布的指数量表上为 78（记录校准 2026-08-02）。

所有权

PDBe EMBL-EBI组织
86 关注者48 个公开仓库始于 2014年9月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任，可延续于任何单一维护者之后。

软件包生态系统

注册表软件包版本月下载量版本数最近发布标签
PyPIpdbe-mcp-server1.1.53,297162 天前automationfetchhttpllmmcpstatelessstreamableweb

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

81优秀 · 占总体的 21%

开发活跃度

69良好
评分方式
36/36推送新近度 — 最近一次推送于 0 天前
10.4/36提交节奏 — 52 周中有 15 周有提交
12.6/18提交量 — 最近一年 24 次提交
10/10OpenSSF Scorecard：Maintained — 14 commit(s) and 1 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year24
human_commit_share—
days_since_last_push0
active_weeks_last_year15

发布纪律

100卓越
评分方式
27/27有发布版本 — 已发布 17 个发布版本
36/36发布时效 — 最近一次发布版本于 2 天前
27/27发布节奏 — 约每 8.6 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据
所用输入
releases_count17
latest_release_tagv1.1.6
releases_from_tags否
days_since_latest_release2
mean_days_between_releases8.6
已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

46薄弱 · 占总体的 17%

流行度与采用

25存在风险
评分方式
25/60星标 — 36 个星标
0/25复刻 — 1 个复刻
0/15关注者 — 0 位关注者
所用输入
forks1
stars36
watchers0
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

70良好
评分方式
22.5/22.5README
22.5/22.5许可证 — 可识别的许可证（Apache-2.0）
18/18CONTRIBUTING 指南
0/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme是
has_license是
readme_badges—
has_contributing是
has_issue_template否
has_code_of_conduct否
readme_badge_services—
has_pull_request_template否

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

65良好 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

18危急
评分方式
9/54巴士系数 — 1 位贡献者贡献了半数提交
0.7/22.5提交分布 — 头号贡献者编写了 97% 的提交
2.7/13.5贡献者广度 — 2 位贡献者
6/10OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
所用输入
bus_factor1
contributors_sampled2
top_contributor_share0.968

议题与 PR 响应能力

73良好
评分方式
42/42议题解决 — 100% 的议题已关闭
21.7/30PR 接受 — 已裁定的 PR 中 26/36 已合并
0/13Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
0/15OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 0/27 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs26
open_issues0
closed_issues2
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio1
closed_unmerged_prs10
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。

所有权与托管责任

85优秀
评分方式
30/30所有权背书 — 组织持有
0/20已验证域名 — 未读取该组织的域名验证状态
13.9/25所有者影响力 — PDBeurope 有 86 位关注者
24.3/25既往记录 — 48 个公开仓库，账户约 11 年
所用输入
followers86
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginPDBeurope
public_repos48
account_age_days4,321
已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。 其余权重已重新归一化。

软件包维护

100卓越
评分方式
25/25已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35发布时效 — 最近一次发布于 2 天前
20/20版本历史 — 16 个已发布版本
20/20未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回
所用输入
packagespdbe-mcp-server
ecosystemspypi
any_deprecated否
min_days_since_publish2

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

78良好 · 占总体的 19%

工程实践

90优秀
评分方式
24/24CI 工作流 — 1 个工作流
24/24存在测试
16/16Linter 配置 — ruff.toml
9.6/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
16/20OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 23 out of 26 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
所用输入
has_ci是
has_tests是
has_editorconfig否
has_linter_config是
has_precommit_config是

文档

60中等
评分方式
30/30README
0/25文档目录
0/15文档 / 主页站点
10/10仓库描述
10/10主题标签 — 10 个主题标签
10/10Wiki
所用输入
topicsai-integration, api-server, bioinformatics, knowledge-graph, llm-tools, mcp, pdbe, protein-structures, python, structural-biology
has_wiki是
homepage—
docs_site—
has_readme是
has_docs_dir否
has_description是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

65良好 · 占总体的 16%

安全态势

65良好
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — 无数据
2/2.5CI-Tests — 23 out of 26 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/27 approved changesets -- score normalized to 0
1.5/2.5Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
7.5/7.5Dependency-Update-Tool — update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5许可证 — license file detected
7.5/7.5Maintained — 14 commit(s) and 1 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
2/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 4
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — 无数据
7.5/7.5Token-Permissions — GitHub workflow tokens follow principle of least privilege
5.2/7.5Vulnerabilities — 3 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated16
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive2
scorecard_aggregate6.5
已排除计分（无数据或不适用）：Branch-Protection, Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

51中等 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

1危急
评分方式
0/45代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档（llms.txt）
0/40可读的提交历史 — 无数据
所用输入
has_llms_txt否
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
已排除计分（无数据或不适用）：可读的提交历史。 其余权重已重新归一化。

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

88优秀
评分方式
18/18一条命令的引导启动 — Makefile
22/22自动化测试
11/11Lint / 格式化配置 — ruff.toml
11/11静态类型检查 — pdbe_mcp_server/py.typed
10/10可复现环境 — lockfile
0/10已体现的代理实践 — 无数据
0/8自动化维护 — 无数据
0/10OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
所用输入
has_nix否
has_tests是
lockfilesuv.lock
has_dockerfile否
typed_language否
bootstrap_filesMakefile
has_devcontainer否
has_linter_config是
typecheck_configspdbe_mcp_server/py.typed
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
已排除计分（无数据或不适用）：已体现的代理实践, 自动化维护。 其余权重已重新归一化。

面向模型的代码可读性

82优秀
评分方式
27/45可类型检查的代码 — Python，已配置类型检查（pdbe_mcp_server/py.typed）
55/55可控的文件大小 — 采样的 15 个源文件中有 0 个超过 60KB
所用输入
primary_languagePython
largest_source_bytes28,927
source_files_sampled15
oversized_source_files0

机器可读接口

20存在风险
评分方式
0/40API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）
20/20MCP 服务器
0/40可运行示例
所用输入
example_dirs—
has_mcp_signal是
api_schema_files—
interfaces_expected_ofnetwork-service

关键数据

36GitHub 星标
2贡献者
24最近 12 个月提交数
0距最近推送天数
17发布版本数
1巴士系数（bus factor）
0开放议题
PyPI软件包生态系统数

更多细节

OpenSSF Scorecard 6.5 / 10
6.5综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。Scorecard v5.5.0 · 2026-07-17 18:15 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
不适用Branch-Protectioninternal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
8CI-Tests23 out of 26 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/27 approved changesets -- score normalized to 0
6Contributorsproject has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
10Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained14 commit(s) and 1 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
4SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 4
0Security-Policysecurity policy file not detected
不适用Signed-Releasesno releases found
10Token-PermissionsGitHub workflow tokens follow principle of least privilege
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
直接依赖 10
注册表软件包版本约束清单文件
PyPIanyio>=4.5pyproject.toml
PyPIclick>=8.1.0pyproject.toml
PyPIhttpx>=0.27pyproject.toml
PyPImcp>=1.23.0pyproject.toml
PyPIneo4j>=5.0pyproject.toml
PyPIomegaconf>=2.3.0pyproject.toml
PyPIpython-toon>=0.1.3pyproject.toml
PyPIrequests>=2.33.0pyproject.toml
PyPIstarlette>=1.0.1pyproject.toml
PyPIuvicorn—pyproject.toml
全部依赖 79

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：10 个直接依赖与 69 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
PyPIanyio4.9.0直接
PyPIclick8.2.1直接
PyPIhttpx0.28.1直接
PyPImcp1.27.2直接
PyPIneo4j6.1.0直接
PyPIomegaconf2.3.0直接
PyPIpython-toon0.1.3直接
PyPIrequests2.34.2直接
PyPIstarlette1.3.1直接
PyPIuvicorn0.34.3直接
PyPIannotated-types0.7.0间接
PyPIantlr4-python3-runtime4.9.3间接
PyPIattrs26.1.0间接
PyPIbackports-asyncio-runner1.2.0间接
PyPIbackports-tarfile1.2.0间接
PyPIcertifi2025.4.26间接
PyPIcffi2.0.0间接
PyPIcharset-normalizer3.4.2间接
PyPIcolorama0.4.6间接
PyPIcoverage7.11.0间接
PyPIcryptography48.0.1间接
PyPIdocutils0.22.2间接
PyPIexceptiongroup1.3.0间接
PyPIh110.16.0间接
PyPIhttpcore1.0.9间接
PyPIhttpx-sse0.4.0间接
PyPIid1.5.0间接
PyPIidna3.18间接
PyPIimportlib-metadata8.7.0间接
PyPIiniconfig2.1.0间接
PyPIjaraco-classes3.4.0间接
PyPIjaraco-context6.0.1间接
PyPIjaraco-functools4.3.0间接
PyPIjeepney0.9.0间接
PyPIjsonschema4.26.0间接
PyPIjsonschema-specifications2025.9.1间接
PyPIkeyring25.6.0间接
PyPImarkdown-it-py4.0.0间接
PyPImdurl0.1.2间接
PyPImore-itertools10.8.0间接
PyPInh30.3.2间接
PyPInodeenv1.9.1间接
PyPIpackaging25.0间接
PyPIpdbe-mcp-server1.1.4间接
PyPIpluggy1.6.0间接
PyPIpycparser2.23间接
PyPIpydantic2.11.5间接
PyPIpydantic-core2.33.2间接
PyPIpydantic-settings2.9.1间接
PyPIpygments2.20.0间接
PyPIpyjwt2.13.0间接
PyPIpyright1.1.401间接
PyPIpytest9.0.3间接
PyPIpytest-asyncio1.4.0间接
PyPIpytest-cov7.0.0间接
PyPIpytest-mock3.15.1间接
PyPIpython-dotenv1.2.2间接
PyPIpython-multipart0.0.32间接
PyPIpytz2026.1.post1间接
PyPIpywin32312间接
PyPIpywin32-ctypes0.2.3间接
PyPIpyyaml6.0.3间接
PyPIreadme-renderer44.0间接
PyPIreferencing0.37.0间接
PyPIrequests-toolbelt1.0.0间接
PyPIrfc39862.0.0间接
PyPIrich14.2.0间接
PyPIrpds-py0.30.0间接
PyPIrpds-py2026.5.1间接
PyPIruff0.11.12间接
PyPIsecretstorage3.4.0间接
PyPIsniffio1.3.1间接
PyPIsse-starlette2.3.6间接
PyPItomli2.2.1间接
PyPItwine6.2.0间接
PyPItyping-extensions4.14.0间接
PyPItyping-inspection0.4.1间接
PyPIurllib32.7.0间接
PyPIzipp3.23.0间接
原始 JSON 报告 机器可读

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评分是信号，而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计，也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重，绝不按零分计。方法论已版本化并公开：指标 v2.10.0、模式 v0.12.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置： 汇总统计 — PyPI.