chapmanb / bcbb
Incubator for useful bioinformatics code, primarily in Python and R
chapmanb/bcbb erreicht einen Gesundheitsindex von 30 von 100 und liegt damit im Bereich Gefährdet. Am stärksten schneidet es bei Sustainability & Governance (59/100) ab, am schwächsten bei Vitality (10/100). Zuletzt vor 531 Tagen aktualisiert. Ein einzelner Mitwirkender trägt den Großteil der jüngsten Arbeit.
Software-Gesundheitsindex
Metriken werden auf einer standardisierten Skala von 1–100 in gewichtete Kategorien gruppiert. Der Gesamtwert beginnt als ihr gewichtetes Mittel, kalibriert auf die Verteilung des öffentlichen Registers, sodass die Stufen Perzentilbedeutung tragen; sobald öffentliche Evidenz die Richtlinie für Hochrisikojurisdiktionen auslöst, wird die Bewertung angepasst und erhält die Obergrenze Gefährdet von 34.
Bewertungsprofil
Jede Achse ist eine Kategorie. Die Form zählt mehr als der Durchschnitt — ein gesundes Projekt füllt die gesamte Fläche, während ein Profil aus Spitzen und Kratern bedeutet, dass Stärke in einer Dimension Risiken in einer anderen verdeckt.
Der gewichtete Gesamtwert 40 wird auf der veröffentlichten Indexskala auf 35 kalibriert (Register-Kalibrierung 2026-08-02).
Eigentümerschaft
Dieses Repository gehört einem persönlichen Konto. Ein Projekt mit nur einem Eigentümer trägt ein höheres Kontinuitätsrisiko als ein organisationsgetragenes.
Paket-Ökosysteme
| Registry | Paket | Version | Downloads / Monat | Versionen | Zuletzt veröffentlicht |
|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | bcbio-gff | 0.7.1 | - | 15 | vor 904 Tagen |
| PyPI | bcbio-phyloblastverweist auf ein anderes Repo — nicht bewertet | 0.1.2 | - | 3 | vor 4891 Tagen |
Metriken nach Kategorie
Vitalität
Lebt das Projekt — wird Code geschrieben und werden Releases ausgeliefert?
Entwicklungsaktivität
Arbeit ist eingegangen, und niemand hat sich darum gekümmert
Stille allein ist nie der Befund — eine kleine, fertige Bibliothek braucht womöglich jahrelang keinen Commit. Dieser Hinweis verlangt beides: lange keinen menschlichen Commit und Pflichten, denen das Projekt sichtbar nicht nachkommt. Automatisierte Commits gelten nicht als Pflege.
Wie Verwaisung bewertet wirdWie die Bewertung erfolgt
| 0/36 | Push-Aktualität — letzter Push vor 531 Tagen |
| 0/36 | Commit-Rhythmus — 0/52 Wochen mit Commits |
| 0/18 | Commit-Volumen — 0 Commits im letzten Jahr |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
Verwendete Eingangsdaten
| commits_last_year | 0 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 531 |
| active_weeks_last_year | 0 |
Release-Disziplin
Wie die Bewertung erfolgt
| 16.2/27 | Liefert Releases aus — 2 Versions-Tags (keine GitHub-Releases) |
| 0/36 | Release-Aktualität — letztes Release vor 1.749 Tagen |
| 5.4/27 | Release-Rhythmus — ein Release etwa alle 3.164,1 Tage |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| releases_count | 2 |
| latest_release_tag | v0.6.7 |
| releases_from_tags | ja |
| days_since_latest_release | 1.749 |
| mean_days_between_releases | 3.164,1 |
Community & Verbreitung
Hat das Projekt Nutzer, Downloads, Aufmerksamkeit und ein einladendes Umfeld für Beitragende?
Wie die Bewertung erfolgt
| 45.6/60 | Stars — 644 Stars |
| 19.8/25 | Forks — 241 Forks |
| 9.6/15 | Watcher — 55 Watcher |
Verwendete Eingangsdaten
| forks | 241 |
| stars | 644 |
| watchers | 55 |
| growth_state | organic |
| growth_factor_pct | 100 |
Community-Gesundheit
Wie die Bewertung erfolgt
| 22.5/22.5 | README |
| 0/22.5 | Lizenz — keine Lizenzdatei erkannt |
| 0/18 | CONTRIBUTING-Leitfaden |
| 0/13.5 | Verhaltenskodex |
| 0/7.2 | Issue-Vorlage |
| 0/6.3 | PR-Vorlage |
Verwendete Eingangsdaten
| has_readme | ja |
| has_license | nein |
| readme_badges | — |
| has_contributing | nein |
| has_issue_template | nein |
| has_code_of_conduct | nein |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | nein |
Nachhaltigkeit & Governance
Überdauert das Projekt die Menschen, die es tragen — Bus-Faktor, Reaktionsfähigkeit, Trägerschaft und Paketpflege?
Maintainer-Resilienz (Bus-Faktor)
Wie die Bewertung erfolgt
| 9/54 | Bus-Faktor — 1 Beitragende decken die Hälfte aller Commits ab |
| 2.2/22.5 | Commit-Verteilung — wichtigste beitragende Person verfasste 90 % der Commits |
| 13.5/13.5 | Breite der Beitragenden — 25 Beitragende |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 25 contributing companies or organizations |
Verwendete Eingangsdaten
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 25 |
| top_contributor_share | 0,904 |
Wie die Bewertung erfolgt
| 32.6/42 | Issue-Lösungsquote — 78 % der Issues geschlossen |
| 20.6/30 | PR-Annahme — 46/67 entschiedene PRs gemergt |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — kein PR eines Erstbeitragenden in 30 Tagen entschieden |
| 6/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 9/20 approved changesets -- score normalized to 4 |
Verwendete Eingangsdaten
| merged_prs | 46 |
| open_issues | 18 |
| closed_issues | 62 |
| prs_merged_7d | — |
| prs_decided_7d | — |
| prs_merged_30d | — |
| prs_decided_30d | — |
| issue_closed_ratio | 0,775 |
| closed_unmerged_prs | 21 |
| first_time_authors_30d | — |
| first_time_prs_merged_30d | — |
| first_time_prs_decided_30d | — |
Wie die Bewertung erfolgt
| 10/30 | Organisatorische Trägerschaft — persönliches (Nutzer-)Konto |
| 0/20 | Verifizierte Domain — für Nutzerkonten nicht anwendbar |
| 21.5/25 | Reichweite des Inhabers — 982 Follower von chapmanb |
| 25/25 | Kontohistorie — 121 öffentliche Repos, Kontoalter ca. 17 Jahre |
Verwendete Eingangsdaten
| followers | 982 |
| owner_type | User |
| is_verified | — |
| owner_login | chapmanb |
| public_repos | 121 |
| account_age_days | 6.433 |
Paketpflege
Wie die Bewertung erfolgt
| 25/25 | Veröffentlicht & auflösbar — 1 Paket(e) auf pypi |
| 4/35 | Veröffentlichungsaktualität — letzte Veröffentlichung vor 904 Tagen |
| 20/20 | Versionshistorie — 15 veröffentlichte Versionen |
| 20/20 | Nicht veraltet — aktiv, nicht veraltet oder zurückgezogen |
Verwendete Eingangsdaten
| packages | bcbio-gff |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | nein |
| min_days_since_publish | 904 |
Engineering-Qualität
Sind grundlegende Engineering- und Dokumentationspraktiken vorhanden?
Engineering-Praktiken
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/24 | CI-Workflows |
| 24/24 | Tests vorhanden |
| 0/16 | Linter-Konfiguration |
| 0/9.6 | Pre-Commit-Hooks |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 0/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 0 out of 9 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0 |
Verwendete Eingangsdaten
| has_ci | nein |
| has_tests | ja |
| has_editorconfig | nein |
| has_linter_config | nein |
| has_precommit_config | nein |
Dokumentation
Wie die Bewertung erfolgt
| 30/30 | README |
| 0/25 | Dokumentationsverzeichnis |
| 15/15 | Dokumentations-/Homepage-Site — http://bcbio.wordpress.com |
| 10/10 | Repository-Beschreibung |
| 0/10 | Topics |
| 0/10 | Wiki |
Verwendete Eingangsdaten
| topics | — |
| has_wiki | nein |
| homepage | http://bcbio.wordpress.com |
| docs_site | http://bcbio.wordpress.com |
| has_readme | ja |
| has_docs_dir | nein |
| has_description | ja |
Sicherheit
Sind die sichtbaren Sicherheits- und Lieferkettenpraktiken belastbar, ohne ungeklärte Exposition gegenüber Hochrisikojurisdiktionen?
Sicherheitslage
Wie die Bewertung erfolgt
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches |
| 0/2.5 | CI-Tests — 0 out of 9 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 3/7.5 | Code-Review — Found 9/20 approved changesets -- score normalized to 4 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 25 contributing companies or organizations |
| 0/10 | Dangerous-Workflow — keine Daten |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 0/2.5 | Lizenz — license file not detected |
| 0/7.5 | Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Packaging — keine Daten |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — keine Daten |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — keine Daten |
| 0/7.5 | Token-Permissions — keine Daten |
| 7.5/7.5 | Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected |
Verwendete Eingangsdaten
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 13 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 5 |
| scorecard_aggregate | 2,9 |
Abhängigkeits-Advisories
Wie die Bewertung erfolgt
| 35/35 | Direkte Abhängigkeiten ohne bekannte Advisories — keine direkte Abhängigkeit trägt ein bekanntes Advisory |
| 25/25 | Indirekte Abhängigkeiten ohne bekannte Advisories — keine indirekte Abhängigkeit trägt ein bekanntes Advisory |
| 0/40 | Keine offenen Advisories — kein Advisory trägt ein Veröffentlichungsdatum |
Verwendete Eingangsdaten
| source | osv |
| advisories | 0 |
| affected_packages | 0 |
| assessed_packages | 3 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | none |
| direct_affected_packages | 0 |
AI Readiness
Wie gut ist das Repository dafür ausgestattet, mit KI-Coding-Agenten entwickelt und gepflegt zu werden? Trägt ein bewusst kleines Gewicht (4 %): Agenten-Tooling ist ein echtes Pflegesignal, doch ein Repository ohne jedes Signal kann weiterhin 100/100 erreichen.
AI-Agentenkontext & Leitlinien
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/45 | Agentenanweisungen — keine CLAUDE.md / AGENTS.md / Editor-Regeln |
| 0/15 | Maschinenlesbare Doku (llms.txt) |
| 16/40 | Lesbare Commit-Historie — 30 von 100 menschlichen Commits benennen ihre Absicht (strukturierter Betreff oder erläuternder Text) |
Verwendete Eingangsdaten
| has_llms_txt | nein |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,3 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Wie die Bewertung erfolgt
| 18/18 | Bootstrap mit einem Befehl — abstracts/bosc_2015_bcbio_prioritization/Makefile, abstracts/bosc_2016_bcbio_cwl/Makefile, abstracts/bosc_2017_bcbio_integration/Makefile, abstracts/bosc_2018_bcbio_validation/Makefile, abstracts/hackathon_workshop_2017/Makefile, nextgen/docs/Makefile, papers/bcbio-nextgen/Makefile |
| 22/22 | Automatisierte Tests |
| 0/11 | Lint-/Format-Konfiguration |
| 0/11 | Statische Typprüfung |
| 0/10 | Reproduzierbare Umgebung |
| 0/10 | Belegte Agentenpraxis — keine von Agenten verfassten Commits unter den letzten 100 |
| 0/8 | Automatisierte Wartung — keine automatisierten Abhängigkeits-Updates beobachtet |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — keine Daten |
Verwendete Eingangsdaten
| has_nix | nein |
| has_tests | ja |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | nein |
| typed_language | nein |
| bootstrap_files | abstracts/bosc_2015_bcbio_prioritization/Makefile, abstracts/bosc_2016_bcbio_cwl/Makefile, abstracts/bosc_2017_bcbio_integration/Makefile, abstracts/bosc_2018_bcbio_validation/Makefile, abstracts/hackathon_workshop_2017/Makefile, nextgen/docs/Makefile, papers/bcbio-nextgen/Makefile |
| has_devcontainer | nein |
| has_linter_config | nein |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
AI-Code-Lesbarkeit für Modelle
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/45 | Typprüfbarer Code — Python ohne Typprüfungs-Konfiguration |
| 54.7/55 | Handhabbare Dateigrößen — 1/186 Quelldateien über 60 KB |
Verwendete Eingangsdaten
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 70.319 |
| source_files_sampled | 186 |
| oversized_source_files | 1 |
Maschinenlesbare AI-Schnittstellen
Wie die Bewertung erfolgt
| 0/40 | API-Schema (OpenAPI/GraphQL/proto) — für diese Art von Software nicht anwendbar |
| 0/20 | MCP-Server — für diese Art von Software nicht anwendbar |
| 40/40 | Lauffähige Beispiele — examples, notebooks |
Verwendete Eingangsdaten
| example_dirs | examples, notebooks |
| has_mcp_signal | nein |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
Eckdaten
Warnungen zur Datenerhebung
- pypi package 'bcbio-phyloblast' points at a different repository (http://bcbio.wordpress.com); excluded from ecosystem scoring
Weitere Details
Stern- und Fork-Verlauf 644 ★ / 241 ⇿
Wann jeder Stern und Fork hinzugefügt wurde, von GitHub erfasst und nach Tagen gruppiert. Das kumulierte Wachstum steht direkt über den täglichen Zugängen, aus denen es besteht, sodass beide gegeneinander lesbar sind: stetiger organischer Zuwachs sieht ganz anders aus als ein abrupter, kurzlebiger Ausschlag. Wo dieser Unterschied messbar ist, wird er als Wachstumsauthentizität ausgewiesen.
Jeder Punkt umfasst 17 Tage.
OpenSSF Scorecard 2.9 / 10
Unabhängige, werkzeugneutrale Sicherheitsbewertung durch das quelloffene OpenSSF Scorecard. Jede Prüfung honoriert eine Sicherheits-Praxis, nicht das Werkzeug eines bestimmten Anbieters. Prüfungen, die Scorecard nicht ermitteln konnte, sind mit k. A. markiert und vom Sicherheitswert ausgeschlossen (nie als null gezählt).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| 0 | Branch-Protection | branch protection not enabled on development/release branches |
| 0 | CI-Tests | 0 out of 9 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 0 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 4 | Code-Review | Found 9/20 approved changesets -- score normalized to 4 |
| 10 | Contributors | project has 25 contributing companies or organizations |
| k. A. | Dangerous-Workflow | no workflows found |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 0 | License | license file not detected |
| 0 | Maintained | 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
| k. A. | Packaging | packaging workflow not detected |
| k. A. | Pinned-Dependencies | no dependencies found |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| k. A. | Signed-Releases | no releases found |
| k. A. | Token-Permissions | No tokens found |
| 10 | Vulnerabilities | 0 existing vulnerabilities detected |
Alle Abhängigkeiten 3
Vollständig aufgelöster Abhängigkeitssatz aus dem GitHub-Abhängigkeitsgraphen: 0 direkte und 3 indirekte (transitive) Pakete. Die transitive Hülle ist vollständig, wenn das Repository eine Lockfile eincheckt.
| Registry | Paket | Version | Beziehung |
|---|---|---|---|
| PyPI | biopython | — | indirekt |
| PyPI | pyyaml | — | indirekt |
| PyPI | six | — | indirekt |
Abhängigkeits-Advisories 0
Die Installation von pypi:bcbio-gff@0.7.1 zieht 3 Pakete nach sich, direkt und transitiv: 0 tragen bekannte Advisories, davon 0 direkte Abhängigkeiten.
Keine bekannten Advisories betreffen die bewerteten Abhängigkeiten.
Ein Advisory bedeutet, dass die im Abhängigkeitsgraphen erfasste Version in den betroffenen Bereich eines Advisories fällt. Erreichbarkeit wird nicht analysiert, und der Graph enthält Entwicklungs- und Test-Pins — ein Fund kann das Werkzeug betreffen und nicht die ausgelieferte Software.
JSON-Rohbericht maschinenlesbar
Feedback
Stimmt etwas in diesem Bericht nicht, oder gibt es Gedanken dazu? Falsche Messungen, übersehene Tools, Ideen, Fragen — alles ist willkommen. Jede Nachricht wird gelesen und beantwortet.
Bewertungen sind Signale, keine Garantien. Sie spiegeln öffentlich sichtbare Praxis auf GitHub wider — kein Code-Audit und keine Sicherheitsgarantie.
Fehlende Daten werden ausgeschlossen und die Gewichte neu normiert, nie als null bewertet. Die Methodik ist versioniert und offen: Metriken v2.10.0, Schema v0.26.0 — vollständige Methodik · Metriken-Wiki.
Wie ein einzelnes Ergebnis im Gesamtregister steht: aggregierte Statistiken — PyPI.