EBI-Metagenomics / genome_uploader
Python script to upload bins and MAGs to ENA (European Nucleotide Archive)
EBI-Metagenomics/genome_uploader tiene un índice de salud de 75 sobre 100, lo que lo sitúa en la banda Bueno. Su puntuación más alta es Vitality (78/100) y la más baja, Community & Adoption (38/100). Se actualizó por última vez hace 40 días. Una sola persona concentra la mayor parte del trabajo reciente.
Índice de salud del software
Las métricas se agrupan en categorías ponderadas sobre una escala estandarizada de 1 a 100. El resultado global parte de su media ponderada, calibrada contra la distribución del registro público para que las bandas tengan significado percentil; cuando la evidencia pública activa la Política de Jurisdicciones de Alto Riesgo, la calificación se ajusta y recibe un límite «En riesgo» de 34.
Perfil de puntuación
Cada eje es una categoría. La forma importa más que la media: un proyecto sano llena toda la figura, mientras que un perfil de picos y cráteres indica que la fortaleza en una dimensión enmascara el riesgo en otra.
El resultado global ponderado 65 se calibra a 75 en la escala publicada del índice (calibración del registro 2026-08-02).
Titularidad
Este repositorio está respaldado por una organización: una custodia compartida y responsable que puede sobrevivir a cualquier mantenedor individual.
Ecosistemas de paquetes
| Registro | Paquete | Versión | Descargas / mes | Versiones | Última publicación | Etiquetas |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | genome_uploader | 3.0.4 | - | 16 | hace 55 días | bioinformaticstoolmetagenomics |
Métricas por categoría
Vitalidad
¿Está vivo el proyecto: se escribe código y se publican versiones?
Actividad de desarrollo
Cómo se puntúa
| 18/36 | Recencia de push — último push hace 40 días |
| 17.3/36 | Cadencia de commits — 25/52 semanas con commits |
| 18/18 | Volumen de commits — 105 commits en el último año |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
Datos de entrada utilizados
| commits_last_year | 105 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 40 |
| active_weeks_last_year | 25 |
Disciplina de publicación
Cómo se puntúa
| 27/27 | Publica versiones — 15 versiones publicadas |
| 36/36 | Recencia de las versiones — última versión hace 55 días |
| 27/27 | Cadencia de publicación — una versión cada ~40,4 días |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — sin datos |
Datos de entrada utilizados
| releases_count | 15 |
| latest_release_tag | v3.0.4 |
| releases_from_tags | no |
| days_since_latest_release | 55 |
| mean_days_between_releases | 40,4 |
Comunidad y Adopción
¿Tiene el proyecto usuarios, descargas, atención y unas condiciones acogedoras para quienes contribuyen?
Popularidad y adopción
Cómo se puntúa
| 22.1/60 | Estrellas — 24 estrellas |
| 5/25 | Forks — 5 forks |
| 0/15 | Observadores — 1 observadores |
Datos de entrada utilizados
| forks | 5 |
| stars | 24 |
| watchers | 1 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Salud de la comunidad
Cómo se puntúa
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Licencia — licencia reconocida (Apache-2.0) |
| 0/18 | Guía CONTRIBUTING |
| 0/13.5 | Código de conducta |
| 0/7.2 | Plantilla de issues |
| 0/6.3 | Plantilla de PR |
Datos de entrada utilizados
| has_readme | sí |
| has_license | sí |
| readme_badges | 0 |
| has_contributing | no |
| has_issue_template | no |
| has_code_of_conduct | no |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | no |
Sostenibilidad y Gobernanza
¿Sobrevivirá el proyecto a sus personas: factor bus, capacidad de respuesta, quién lo respalda y mantenimiento del paquete?
Cómo se puntúa
| 9/54 | Factor bus — la mitad de los commits recae en 1 contribuyente(s) |
| 9.6/22.5 | Distribución de commits — el principal contribuyente firma el 57% de los commits |
| 10.8/13.5 | Amplitud de contribuyentes — 8 contribuyentes |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10 |
Datos de entrada utilizados
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 8 |
| top_contributor_share | 0,574 |
Capacidad de respuesta a issues y PR
Cómo se puntúa
| 42/42 | Resolución de issues — 100% de issues cerradas |
| 26/30 | Aceptación de PR — 39/45 PR decididos fusionados |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — ningún PR de un contribuyente primerizo decidido en 30 d |
| 15/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — all changesets reviewed |
Datos de entrada utilizados
| merged_prs | 39 |
| open_issues | 0 |
| closed_issues | 13 |
| prs_merged_7d | 0 |
| prs_decided_7d | 0 |
| prs_merged_30d | 0 |
| prs_decided_30d | 0 |
| issue_closed_ratio | 1 |
| closed_unmerged_prs | 6 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
Propiedad y custodia
Cómo se puntúa
| 30/30 | Respaldo de la propiedad — propiedad de una organización |
| 0/20 | Dominio verificado |
| 16.1/25 | Alcance del propietario — 175 seguidores de EBI-Metagenomics |
| 25/25 | Trayectoria — 230 repos públicos, cuenta de ~8 años |
Datos de entrada utilizados
| followers | 175 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | no |
| owner_login | EBI-Metagenomics |
| public_repos | 230 |
| account_age_days | 3248 |
Mantenimiento de paquetes
Cómo se puntúa
| 25/25 | Publicado y resoluble — 1 paquete(s) en pypi |
| 35/35 | Recencia de publicación — última publicación hace 55 días |
| 20/20 | Historial de versiones — 16 versiones en el registro |
| 20/20 | No obsoleto — activo, ni obsoleto ni retirado |
Datos de entrada utilizados
| packages | genome_uploader |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | no |
| min_days_since_publish | 55 |
Calidad de Ingeniería
¿Existen unas prácticas mínimas de ingeniería y documentación?
Prácticas de ingeniería
Cómo se puntúa
| 24/24 | Flujos de trabajo de CI — 3 flujo(s) de trabajo |
| 24/24 | Pruebas presentes |
| 16/16 | Configuración de linter — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.black], [tool.isort]) |
| 9.6/9.6 | Hooks de pre-commit |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Datos de entrada utilizados
| has_ci | sí |
| has_tests | sí |
| has_editorconfig | no |
| has_linter_config | sí |
| has_precommit_config | sí |
Documentación
Cómo se puntúa
| 30/30 | README |
| 0/25 | Directorio de documentación |
| 0/15 | Sitio de documentación / página del proyecto |
| 10/10 | Descripción del repositorio |
| 0/10 | Topics |
| 10/10 | Wiki |
Datos de entrada utilizados
| topics | — |
| has_wiki | sí |
| homepage | — |
| docs_site | — |
| has_readme | sí |
| has_docs_dir | no |
| has_description | sí |
Seguridad
¿Son sólidas las prácticas visibles de seguridad y de cadena de suministro, sin exposición jurisdiccional de alto riesgo sin resolver?
Postura de seguridad
Cómo se puntúa
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — sin datos |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 7.5/7.5 | Code-Review — all changesets reviewed |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10 |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Licencia — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — sin datos |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 7.5/7.5 | Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected |
Datos de entrada utilizados
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 16 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 2 |
| scorecard_aggregate | 5,8 |
Avisos de dependencias
Cómo se puntúa
| 14.8/35 | Dependencias directas libres de avisos conocidos — 1 afectados: click 8.1.8 (high 7.2) |
| 6.6/25 | Dependencias indirectas libres de avisos conocidos — 2 afectados: datamodel-code-generator 0.54.1 (high 8.8), biopython 1.85.0 (moderate 4.9) |
| 30.7/40 | Sin avisos pendientes — 2 paquete(s) con avisos sin atender más allá de 90 días; el más antiguo publicado hace 265 días |
Datos de entrada utilizados
| source | osv |
| advisories | 25 |
| affected_packages | 3 |
| assessed_packages | 44 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | high 2, moderate 1 |
| direct_affected_packages | 1 |
Preparación para IA
¿Hasta qué punto está el repositorio preparado para desarrollarse y mantenerse con agentes de codificación de IA? Tiene un peso deliberadamente pequeño (4%): las herramientas para agentes son una señal real de mantenimiento, pero un repositorio sin ninguna puede alcanzar igualmente 100/100.
Contexto y guía para agentes
Cómo se puntúa
| 0/45 | Instrucciones para agentes — sin CLAUDE.md / AGENTS.md / reglas de editor |
| 0/15 | Documentación legible por máquinas (llms.txt) |
| 12.8/40 | Historial de commits legible — 24 de 100 commits humanos declaran su intención (asunto estructurado o cuerpo explicativo) |
Datos de entrada utilizados
| has_llms_txt | no |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,24 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Cómo se puntúa
| 0/18 | Arranque con un solo comando |
| 22/22 | Pruebas automatizadas |
| 11/11 | Configuración de lint / formato — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.black], [tool.isort]) |
| 0/11 | Verificación estática de tipos |
| 10/10 | Entorno reproducible — Dockerfile |
| 2/10 | Práctica demostrada con agentes — 1 de los últimos 100 commits con autoría o crédito de agente |
| 0/8 | Mantenimiento automatizado — no se observan actualizaciones automáticas de dependencias |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
Datos de entrada utilizados
| has_nix | no |
| has_tests | sí |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | sí |
| typed_language | no |
| bootstrap_files | — |
| has_devcontainer | no |
| has_linter_config | sí |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0,01 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
Legibilidad del código para modelos
Cómo se puntúa
| 0/45 | Código verificable por tipos — Python sin configuración de verificación de tipos |
| 55/55 | Tamaños de archivo manejables — 0/14 archivos fuente de más de 60 KB |
Datos de entrada utilizados
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 43.961 |
| source_files_sampled | 14 |
| oversized_source_files | 0 |
Interfaces legibles por máquina
Cómo se puntúa
| 0/40 | Esquema de API (OpenAPI/GraphQL/proto) — no aplicable a este tipo de software |
| 0/20 | Servidor MCP — no aplicable a este tipo de software |
| 40/40 | Ejemplos ejecutables — examples |
Datos de entrada utilizados
| example_dirs | examples |
| has_mcp_signal | no |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
Datos clave
Advertencias de recopilación de datos
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
- pypi download statistics for 'genome_uploader' unavailable this scan (stats endpoint failed after retries); adoption may be under-evidenced
Más detalle
Historial de estrellas y forks 0 ★ / 5 ⇿
Cuándo se añadió cada estrella y fork, recopilado de GitHub y agrupado por día. El crecimiento acumulado se sitúa justo encima de las adiciones diarias que lo componen, de modo que ambos se leen en conjunto: la acumulación orgánica sostenida no se parece en nada a un pico abrupto y efímero. Cuando esa diferencia es medible, se informa como autenticidad del crecimiento.
Cada punto abarca 3 días.
OpenSSF Scorecard 5.8 / 10
Evaluación de seguridad independiente y agnóstica en cuanto a herramientas, procedente del proyecto de código abierto OpenSSF Scorecard. Cada comprobación premia una práctica de seguridad, no la herramienta de un proveedor concreto. Las comprobaciones que Scorecard no pudo determinar se marcan como n/d y se excluyen de la puntuación de seguridad (nunca se cuentan como cero).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| n/d | Branch-Protection | internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md |
| 10 | CI-Tests | 5 out of 5 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 10 | Code-Review | all changesets reviewed |
| 10 | Contributors | project has 3 contributing companies or organizations -- score normalized to 10 |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| n/d | Signed-Releases | no releases found |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 10 | Vulnerabilities | 0 existing vulnerabilities detected |
Dependencias directas 7
| Registro | Paquete | Restricción de versión | Manifiesto |
|---|---|---|---|
| PyPI | requests | >=2.26 | pyproject.toml |
| PyPI | pandas | >=1.4 | pyproject.toml |
| PyPI | numpy | >=1.21 | pyproject.toml |
| PyPI | python-dotenv | >=1.0 | pyproject.toml |
| PyPI | click | ==8.1.8 | pyproject.toml |
| PyPI | mgnify-pipelines-toolkit | >=1.4.22 | pyproject.toml |
| PyPI | retry | >=0.9.2 | pyproject.toml |
Todas las dependencias 18
Conjunto completo de dependencias resueltas según el grafo de dependencias de GitHub: 7 paquetes directos y 11 indirectos (transitivos). El cierre transitivo es completo cuando el repositorio incluye un lockfile.
| Registro | Paquete | Versión | Relación |
|---|---|---|---|
| PyPI | click | 8.1.8 | directa |
| PyPI | mgnify-pipelines-toolkit | — | directa |
| PyPI | numpy | — | directa |
| PyPI | pandas | — | directa |
| PyPI | python-dotenv | — | directa |
| PyPI | requests | — | directa |
| PyPI | retry | — | directa |
| PyPI | black | 23.7.0 | indirecta |
| PyPI | bump-my-version | 0.9.2 | indirecta |
| PyPI | isort | 5.12.0 | indirecta |
| PyPI | pre-commit | 3.3.3 | indirecta |
| PyPI | pytest | 7.4.0 | indirecta |
| PyPI | pytest-cov | 3.0.0 | indirecta |
| PyPI | pytest-md | 0.2.0 | indirecta |
| PyPI | pytest-workflow | 2.0.1 | indirecta |
| PyPI | responses | 0.23.1 | indirecta |
| PyPI | ruff | v0.0.286 | indirecta |
| PyPI | setuptools | — | indirecta |
Avisos de dependencias 3
Instalar pypi:genome_uploader@3.0.4 arrastra 44 paquetes, directos y transitivos: 3 tienen avisos conocidos, de los cuales 1 son dependencias directas.
| Paquete | Versión | Relación | Gravedad | Avisos | Corregido en |
|---|---|---|---|---|---|
| click | 8.1.8 | directa | alta | 1 | 8.3.3 |
| datamodel-code-generator | 0.54.1 | indirecta | alta | 22 | 0.64.0 |
| biopython | 1.85.0 | indirecta | moderada | 2 | 1.87 |
Un aviso significa que la versión registrada en el grafo de dependencias cae dentro del rango afectado de un aviso. No se analiza la alcanzabilidad, y el grafo incluye fijaciones de desarrollo y prueba: un hallazgo puede referirse al utillaje y no al software distribuido.
Informe JSON sin procesar legible por máquina
Comentarios
¿Algo no cuadra en este informe, o hay ideas que compartir? Mediciones erróneas, herramientas no detectadas, ideas, preguntas: todo es bienvenido. Cada mensaje se lee y recibe respuesta.
Las puntuaciones son señales, no garantías. Reflejan prácticas públicamente visibles en GitHub; no son una auditoría de código ni una garantía de seguridad.
Los datos ausentes se excluyen y los pesos se renormalizan; nunca se puntúan como cero. La metodología es versionada y abierta: métricas v2.10.0, esquema v0.34.0 — metodología completa · wiki de métricas.
Cómo se sitúa un resultado dentro del registro general: estadísticas agregadas — PyPI.