Registro público
Informe de salud del softwareesquema 0.34.0 · métricas 2.10.0 · 2026-09-10 12:30 UTC

EBI-Metagenomics / mgnify-pipelines-toolkit

This Python package contains a collection of scripts and tools for including in MGnify pipelines

PythonApache-2.0★ 1 estrella⑂ 2 forksdesde nov 2023Ver en GitHub ↗
TipoHerramienta de línea de comandosBibliotecacómo se determina

EBI-Metagenomics/mgnify-pipelines-toolkit tiene un índice de salud de 77 sobre 100, lo que lo sitúa en la banda Bueno. Su puntuación más alta es Vitality (90/100) y la más baja, Community & Adoption (24/100). Se actualizó por última vez hace 27 días. 2 personas concentran la mayor parte del trabajo reciente.

77
global / 100
Bueno

Índice de salud del software

Las métricas se agrupan en categorías ponderadas sobre una escala estandarizada de 1 a 100. El resultado global parte de su media ponderada, calibrada contra la distribución del registro público para que las bandas tengan significado percentil; cuando la evidencia pública activa la Política de Jurisdicciones de Alto Riesgo, la calificación se ajusta y recibe un límite «En riesgo» de 34.

77
Excepcional93-100El nivel más alto del registro (≈ el 5% superior); cumple prácticamente todos los criterios evaluados
Excelente80-92Sólido en todos los frentes; carencias menores
Bueno65-79Saludable; carencias limitadas y manejables
Moderado50-64Aceptable con carencias notables; se recomienda revisión
Débil35-49Debilidades sustanciales en varias áreas
En riesgo20-34Debilidades significativas; su adopción exige cautela
Crítico1-19Problemas graves (proyecto abandonado, un solo mantenedor, sin higiene)
VitalidadComunidad yAdopciónSostenibilidady GobernanzaCalidad deIngenieríaSeguridadPreparaciónpara IA

Perfil de puntuación

Cada eje es una categoría. La forma importa más que la media: un proyecto sano llena toda la figura, mientras que un perfil de picos y cráteres indica que la fortaleza en una dimensión enmascara el riesgo en otra.

El resultado global ponderado 66 se calibra a 77 en la escala publicada del índice (calibración del registro 2026-08-02).

Titularidad

MGnifyOrganización
175 seguidores236 repositorios públicosdesde oct 2017

Este repositorio está respaldado por una organización: una custodia compartida y responsable que puede sobrevivir a cualquier mantenedor individual.

Ecosistemas de paquetes

RegistroPaqueteVersiónDescargas / mesVersionesÚltima publicaciónEtiquetas
PyPImgnify_pipelines_toolkit1.5.4101572hace 59 díasbioinformaticspipelinesmetagenomics

Métricas por categoría

Vitalidad

¿Está vivo el proyecto: se escribe código y se publican versiones?

90Excelente · 21% del índice global

Actividad de desarrollo

83Excelente
Cómo se puntúa
28.8/36Recencia de push — último push hace 27 días
26.3/36Cadencia de commits — 38/52 semanas con commits
18/18Volumen de commits — 296 commits en el último año
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Datos de entrada utilizados
commits_last_year296
human_commit_share1
days_since_last_push27
active_weeks_last_year38

Disciplina de publicación

100Excepcional
Cómo se puntúa
27/27Publica versiones — 72 versiones publicadas
36/36Recencia de las versiones — última versión hace 59 días
27/27Cadencia de publicación — una versión cada ~13 días
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — sin datos
Datos de entrada utilizados
releases_count72
latest_release_tagv1.5.4
releases_from_tagsno
days_since_latest_release59
mean_days_between_releases13
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.

Comunidad y Adopción

¿Tiene el proyecto usuarios, descargas, atención y unas condiciones acogedoras para quienes contribuyen?

24En riesgo · 17% del índice global

Popularidad y adopción

2Crítico
Cómo se puntúa
0/60Estrellas — 1 estrellas
0/25Forks — 2 forks
1.7/15Observadores — 3 observadores
Datos de entrada utilizados
forks2
stars1
watchers3
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Salud de la comunidad

50Moderado
Cómo se puntúa
22.5/22.5README
22.5/22.5Licencia — licencia reconocida (Apache-2.0)
0/18Guía CONTRIBUTING
0/13.5Código de conducta
0/7.2Plantilla de issues
0/6.3Plantilla de PR
Datos de entrada utilizados
has_readmesí
has_licensesí
readme_badges0
has_contributingno
has_issue_templateno
has_code_of_conductno
readme_badge_services—
has_pull_request_templateno

Sostenibilidad y Gobernanza

¿Sobrevivirá el proyecto a sus personas: factor bus, capacidad de respuesta, quién lo respalda y mantenimiento del paquete?

81Excelente · 23% del índice global

Resiliencia de mantenedores (factor bus)

63Moderado
Cómo se puntúa
25.2/54Factor bus — la mitad de los commits recae en 2 contribuyente(s)
13.9/22.5Distribución de commits — el principal contribuyente firma el 38% de los commits
13.5/13.5Amplitud de contribuyentes — 11 contribuyentes
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
Datos de entrada utilizados
bus_factor2
contributors_sampled11
top_contributor_share0,384

Capacidad de respuesta a issues y PR

99Excepcional
Cómo se puntúa
0/42Resolución de issues — sin issues o sin datos
29.4/30Aceptación de PR — 158/161 PR decididos fusionados
0/13Newcomer PR acceptance — ningún PR de un contribuyente primerizo decidido en 30 d
15/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — all changesets reviewed
Datos de entrada utilizados
merged_prs158
open_issues0
closed_issues0
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d1
prs_decided_30d1
issue_closed_ratio—
closed_unmerged_prs3
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Resolución de issues, Newcomer PR acceptance. Los pesos restantes se han renormalizado.

Propiedad y custodia

71Bueno
Cómo se puntúa
30/30Respaldo de la propiedad — propiedad de una organización
0/20Dominio verificado
16.1/25Alcance del propietario — 175 seguidores de EBI-Metagenomics
25/25Trayectoria — 236 repos públicos, cuenta de ~8 años
Datos de entrada utilizados
followers175
owner_typeOrganization
is_verifiedno
owner_loginEBI-Metagenomics
public_repos236
account_age_days3249

Mantenimiento de paquetes

100Excepcional
Cómo se puntúa
25/25Publicado y resoluble — 1 paquete(s) en pypi
35/35Recencia de publicación — última publicación hace 59 días
20/20Historial de versiones — 72 versiones en el registro
20/20No obsoleto — activo, ni obsoleto ni retirado
Datos de entrada utilizados
packagesmgnify_pipelines_toolkit
ecosystemspypi
any_deprecatedno
min_days_since_publish59

Calidad de Ingeniería

¿Existen unas prácticas mínimas de ingeniería y documentación?

76Bueno · 19% del índice global

Prácticas de ingeniería

90Excelente
Cómo se puntúa
24/24Flujos de trabajo de CI — 4 flujo(s) de trabajo
24/24Pruebas presentes
16/16Configuración de linter — pyproject.toml ([tool.ruff])
9.6/9.6Hooks de pre-commit
0/6.4.editorconfig
16/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
Datos de entrada utilizados
has_cisí
has_testssí
has_editorconfigno
has_linter_configsí
has_precommit_configsí

Documentación

55Moderado
Cómo se puntúa
30/30README
0/25Directorio de documentación
15/15Sitio de documentación / página del proyecto — https://www.ebi.ac.uk/metagenomics
10/10Descripción del repositorio
0/10Topics
0/10Wiki
Datos de entrada utilizados
topics—
has_wikino
homepagehttps://www.ebi.ac.uk/metagenomics
docs_sitehttps://www.ebi.ac.uk/metagenomics
has_readmesí
has_docs_dirno
has_descriptionsí

Seguridad

¿Son sólidas las prácticas visibles de seguridad y de cadena de suministro, sin exposición jurisdiccional de alto riesgo sin resolver?

50Moderado · 16% del índice global

Postura de seguridad

46Débil
Cómo se puntúa
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0.8/7.5Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches
2/2.5CI-Tests — 6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
7.5/7.5Code-Review — all changesets reviewed
2.5/2.5Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Licencia — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — sin datos
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5Vulnerabilities — 21 existing vulnerabilities detected
Datos de entrada utilizados
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4,6
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.

Avisos de dependencias

64Moderado
Cómo se puntúa
8/35Dependencias directas libres de avisos conocidos — 3 afectados: click 8.1.8 (high 7.2), datamodel-code-generator 0.54.1 (high 8.8), biopython 1.85.0 (moderate 4.9)
25/25Dependencias indirectas libres de avisos conocidos — ninguna dependencia indirecta tiene un aviso conocido
30.7/40Sin avisos pendientes — 2 paquete(s) con avisos sin atender más allá de 90 días; el más antiguo publicado hace 266 días
Datos de entrada utilizados
sourceosv
advisories25
affected_packages3
assessed_packages39
unassessed_packages0
affected_by_severityhigh 2, moderate 1
direct_affected_packages3
Se cotejó el cierre de dependencias en tiempo de ejecución de pypi:mgnify_pipelines_toolkit@1.5.4 —lo que arrastra la instalación del paquete publicado—: 39 paquetes. No se analiza la alcanzabilidad.

Preparación para IA

¿Hasta qué punto está el repositorio preparado para desarrollarse y mantenerse con agentes de codificación de IA? Tiene un peso deliberadamente pequeño (4%): las herramientas para agentes son una señal real de mantenimiento, pero un repositorio sin ninguna puede alcanzar igualmente 100/100.

43Débil · 4% del índice global

Contexto y guía para agentes

13Crítico
Cómo se puntúa
0/45Instrucciones para agentes — sin CLAUDE.md / AGENTS.md / reglas de editor
0/15Documentación legible por máquinas (llms.txt)
13.3/40Historial de commits legible — 25 de 100 commits humanos declaran su intención (asunto estructurado o cuerpo explicativo)
Datos de entrada utilizados
has_llms_txtno
llms_txt_url—
legible_history_share0,25
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—

Bucle de verificación (compilación / pruebas / verificación de tipos)

61Moderado
Cómo se puntúa
18/18Arranque con un solo comando — Taskfile.yml
22/22Pruebas automatizadas
11/11Configuración de lint / formato — pyproject.toml ([tool.ruff])
0/11Verificación estática de tipos
10/10Entorno reproducible — Dockerfile, lockfile
0/10Práctica demostrada con agentes — ningún commit con autoría de agente entre los últimos 100
0/8Mantenimiento automatizado — no se observan actualizaciones automáticas de dependencias
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Datos de entrada utilizados
has_nixno
has_testssí
lockfilesuv.lock
has_dockerfilesí
typed_languageno
bootstrap_filesTaskfile.yml
has_devcontainerno
has_linter_configsí
typecheck_configs—
agent_commit_share0
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

Legibilidad del código para modelos

55Moderado
Cómo se puntúa
0/45Código verificable por tipos — Python sin configuración de verificación de tipos
55/55Tamaños de archivo manejables — 0/87 archivos fuente de más de 60 KB
Datos de entrada utilizados
primary_languagePython
largest_source_bytes48.176
source_files_sampled87
oversized_source_files0

Datos clave

1estrellas de GitHub
11contribuidores
296commits en los últimos 12 meses
27días desde el último push
72versiones publicadas
2factor bus
0issues abiertas
PyPIecosistemas de paquetes

Advertencias de recopilación de datos

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token

Más detalle

Historial de estrellas y forks 0 ★ / 2 ⇿
0Estrellas
2Forks
12Versiones

Cuándo se añadió cada estrella y fork, recopilado de GitHub y agrupado por día. El crecimiento acumulado se sitúa justo encima de las adiciones diarias que lo componen, de modo que ambos se leen en conjunto: la acumulación orgánica sostenida no se parece en nada a un pico abrupto y efímero. Cuando esa diferencia es medible, se informa como autenticidad del crecimiento.

111222212024-082024-122025-03
Mayor 1Menor 1Parche 8
OpenSSF Scorecard 4.6 / 10
4.6agregado

Evaluación de seguridad independiente y agnóstica en cuanto a herramientas, procedente del proyecto de código abierto OpenSSF Scorecard. Cada comprobación premia una práctica de seguridad, no la herramienta de un proveedor concreto. Las comprobaciones que Scorecard no pudo determinar se marcan como n/d y se excluyen de la puntuación de seguridad (nunca se cuentan como cero).Scorecard v5.5.0 · 2026-09-10 12:29 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
1Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
8CI-Tests6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
10Code-Reviewall changesets reviewed
10Contributorsproject has 4 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
n/dSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0Vulnerabilities21 existing vulnerabilities detected
Dependencias directas 10
RegistroPaqueteRestricción de versiónManifiesto
PyPIbiopython==1.85pyproject.toml
PyPIpandas==2.2.3pyproject.toml
PyPIpandera==0.27.1pyproject.toml
PyPIpydantic<2.12.0pyproject.toml
PyPIpyfastx==2.2.0pyproject.toml
PyPIintervaltree==3.1.0pyproject.toml
PyPIclick~=8.1.8pyproject.toml
PyPIrequests~=2.32pyproject.toml
PyPIbcbio-gff==0.7.1pyproject.toml
PyPIdatamodel-code-generator==0.54.1pyproject.toml
Todas las dependencias 65

Conjunto completo de dependencias resueltas según el grafo de dependencias de GitHub: 10 paquetes directos y 55 indirectos (transitivos). El cierre transitivo es completo cuando el repositorio incluye un lockfile.

RegistroPaqueteVersiónRelación
PyPIbcbio-gff0.7.1directa
PyPIbiopython1.85directa
PyPIclick8.1.8directa
PyPIdatamodel-code-generator0.54.1directa
PyPIintervaltree3.1.0directa
PyPIpandas2.2.3directa
PyPIpandera0.27.1directa
PyPIpydantic2.11.10directa
PyPIpyfastx2.2.0directa
PyPIrequests2.32.5directa
PyPIannotated-types0.7.0indirecta
PyPIargcomplete3.6.3indirecta
PyPIattrs25.4.0indirecta
PyPIblack26.5.1indirecta
PyPIcertifi2025.11.12indirecta
PyPIcfgv3.5.0indirecta
PyPIcharset-normalizer3.4.4indirecta
PyPIcolorama0.4.6indirecta
PyPIdistlib0.4.0indirecta
PyPIfilelock3.20.1indirecta
PyPIgenson1.3.0indirecta
PyPIidentify2.6.15indirecta
PyPIidna3.11indirecta
PyPIinflect7.5.0indirecta
PyPIiniconfig2.3.0indirecta
PyPIisal1.8.0indirecta
PyPIisort8.0.1indirecta
PyPIjinja23.1.6indirecta
PyPIjsonschema4.25.1indirecta
PyPIjsonschema-specifications2025.9.1indirecta
PyPImarkupsafe3.0.3indirecta
PyPImgnify-pipelines-toolkit1.5.2indirecta
PyPImore-itertools10.8.0indirecta
PyPImypy-extensions1.1.0indirecta
PyPInodeenv1.10.0indirecta
PyPInumpy2.4.0indirecta
PyPIpackaging25.0indirecta
PyPIpathspec1.1.1indirecta
PyPIplatformdirs4.5.1indirecta
PyPIpluggy1.6.0indirecta
PyPIpre-commit4.2.0indirecta
PyPIpydantic-core2.33.2indirecta
PyPIpytest8.3.5indirecta
PyPIpytest-md0.2.0indirecta
PyPIpytest-workflow2.1.0indirecta
PyPIpython-dateutil2.9.0.post0indirecta
PyPIpytokens0.4.1indirecta
PyPIpytz2025.2indirecta
PyPIpyyaml6.0.3indirecta
PyPIreferencing0.37.0indirecta
PyPIrpds-py0.30.0indirecta
PyPIruff0.8.4indirecta
PyPIsix1.17.0indirecta
PyPIsortedcontainers2.4.0indirecta
PyPItomli2.4.0indirecta
PyPItypeguard4.4.4indirecta
PyPItyping-extensions4.15.0indirecta
PyPItyping-inspect0.9.0indirecta
PyPItyping-inspection0.4.2indirecta
PyPItzdata2025.3indirecta
PyPIurllib32.6.2indirecta
PyPIvirtualenv20.35.4indirecta
PyPIxopen2.0.2indirecta
PyPIzlib-ng1.0.0indirecta
PyPIzstandard0.25.0indirecta
Avisos de dependencias 3

Instalar pypi:mgnify_pipelines_toolkit@1.5.4 arrastra 39 paquetes, directos y transitivos: 3 tienen avisos conocidos, de los cuales 3 son dependencias directas.

PaqueteVersiónRelaciónGravedadAvisosCorregido en
click8.1.8directaalta18.3.3
datamodel-code-generator0.54.1directaalta220.64.0
biopython1.85.0directamoderada21.87

Un aviso significa que la versión registrada en el grafo de dependencias cae dentro del rango afectado de un aviso. No se analiza la alcanzabilidad, y el grafo incluye fijaciones de desarrollo y prueba: un hallazgo puede referirse al utillaje y no al software distribuido.

Informe JSON sin procesar legible por máquina

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Las puntuaciones son señales, no garantías. Reflejan prácticas públicamente visibles en GitHub; no son una auditoría de código ni una garantía de seguridad.

Los datos ausentes se excluyen y los pesos se renormalizan; nunca se puntúan como cero. La metodología es versionada y abierta: métricas v2.10.0, esquema v0.34.0 — metodología completa · wiki de métricas.

Cómo se sitúa un resultado dentro del registro general: estadísticas agregadas — PyPI.