Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-09-10 09:06 UTC

JinyuanSun / PymolFold

Protein folding in Pymol

PythonMIT★ 149 зірок⑂ 27 форківз лист. 2022 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаМережевий сервісПлагінБібліотекаяк це визначено

JinyuanSun/PymolFold має індекс здоров’я 38 зі 100, що відповідає смузі «Слабкий». Найвищий показник — Sustainability & Governance (60/100), найнижчий — AI Readiness (27/100). Останнє оновлення було 290 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

38
загалом / 100
Слабкий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

38
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 47 калібровано до 45 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

jinyuan sunОсобистий обліковий запис
156 підписників124 публічні репозиторіїз лист. 2017 р.Institute of Microbiology, CAS

Цей репозиторій належить особистому обліковому запису. Проєкт з єдиним власником несе більший ризик безперервності, ніж підтримуваний організацією.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIpymolfold0.2.139414292 дні томуproteinstructure-predictionpymolbioinformaticsprotein-folding

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

33У зоні ризику · 21% загального індексу

Активність розробки

26У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
3.6/36Свіжість push — останній push 290 дн. тому
4.8/36Ритм комітів — 7/52 тижнів із комітами
17.1/18Обсяг комітів — 79 комітів за останній рік
0/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
commits_last_year79
human_commit_share0,94
days_since_last_push290
active_weeks_last_year7

Дисципліна релізів

44Слабкий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 3 релізів
0/36Свіжість релізів — останній реліз 771 дн. тому
12.6/27Ритм релізів — реліз кожні ~157,4 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count3
latest_release_tagv0.1.3
releases_from_tagsні
days_since_latest_release771
mean_days_between_releases157,4
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

45Слабкий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

47Слабкий
Як обчислюється оцінка
35.2/60Зірки — 149 зірок
11.8/25Форки — 27 форків
0/15Спостерігачі — 2 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks27
stars149
watchers2
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges0
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Впровадження в екосистемі (завантаження)

33У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
26.4/80Щомісячні завантаження — 94 завантажень/місяць у pypi
0/20Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє
Використані вхідні дані
packagespymolfold
dependents—
ecosystemspypi
total_downloads—
monthly_downloads94
unverified_packages_excluded—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Залежні пакети в реєстрі. Залишкові ваги перенормовано.

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

60Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

22У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
2.5/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 89% комітів
4.1/13.5Широта контриб’юторів — 3 контриб’юторів
6/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled3
top_contributor_share0,891

Реактивність на issue та PR

77Добрий
Як обчислюється оцінка
28/42Вирішення issue — закрито 67% issue
28.5/30Прийняття PR — злито 19/20 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
10.5/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 5/7 approved changesets -- score normalized to 7
Використані вхідні дані
merged_prs19
open_issues3
closed_issues6
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d0
prs_decided_30d0
issue_closed_ratio0,667
closed_unmerged_prs1
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

64Помірний
Як обчислюється оцінка
10/30Підтримка власника — особистий (користувацький) обліковий запис
0/20Верифікований домен — не застосовно до користувацьких облікових записів
15.8/25Охоплення власника — 156 підписників у JinyuanSun
25/25Послужний список — 124 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~8 р.
Використані вхідні дані
followers156
owner_typeUser
is_verified—
owner_loginJinyuanSun
public_repos124
account_age_days3 232
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

91Відмінний
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
26/35Свіжість публікацій — остання публікація 292 дн. тому
20/20Історія версій — 14 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagespymolfold
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish292

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

51Помірний · 19% загального індексу

Інженерні практики

42Слабкий
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 1 процес(ів) CI
0/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера — pyproject.toml ([tool.black])
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
2/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 1 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsні
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configні

Документація

65Добрий
Як обчислюється оцінка
30/30README
0/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://github.com/JinyuanSun/PymolFold#readme
10/10Опис репозиторію
0/10Теми
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topics—
has_wikiтак
homepage—
docs_sitehttps://github.com/JinyuanSun/PymolFold#readme
has_readmeтак
has_docs_dirні
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

48Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

50Помірний
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — немає даних
0.2/2.5CI-Tests — 1 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
5.2/7.5Code-Review — Found 5/7 approved changesets -- score normalized to 7
1.5/2.5Contributors — project has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
0/7.5Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0
0/5Packaging — немає даних
1/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 2
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
7.5/7.5Token-Permissions — GitHub workflow tokens follow principle of least privilege
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated15
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive3
scorecard_aggregate5,1
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Packaging, Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Сповіщення про залежності

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
13.5/35Прямі залежності без відомих сповіщень — уражено 3: flask 3.1.0 (moderate 4.3), python-dotenv 1.0.1 (moderate 6.6), streamlit 1.49.1 (moderate 4.8)
4.7/25Непрямі залежності без відомих сповіщень — уражено 2: pillow 11.3.0 (critical 9.1), transformers 4.48.1 (critical 9.6)
21.5/40Немає задавнених сповіщень — 5 пакет(ів) зі сповіщеннями без реакції понад 90 дн.; найдавніше опубліковано 498 дн. тому
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories81
affected_packages5
assessed_packages138
unassessed_packages0
affected_by_severitycritical 2, moderate 3
direct_affected_packages3
Звірено з runtime-замиканням залежностей pypi:pymolfold@0.2.13 — тим, що тягне за собою встановлення опублікованого пакета, — 138 пакетів. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

27У зоні ризику · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

14Критичний
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
13.6/40Читабельна історія комітів — намір зазначено у 24 з 94 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share0,255
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

21У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
0/18Розгортання однією командою
0/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера — pyproject.toml ([tool.black])
0/11Статична перевірка типів
0/10Відтворюване середовище
8/10Підтверджена практика роботи з агентами — 4 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням
0/8Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
2/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 2
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsні
lockfiles—
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_files—
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configs—
agent_commit_share0,04
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

Читабельність коду для моделей

55Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
55/55Керовані розміри файлів — 0/12 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes25 947
source_files_sampled12
oversized_source_files0

Машиночитні інтерфейси

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
0/40Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto)
0/20Сервер MCP
40/40Придатні до запуску приклади — example
Використані вхідні дані
example_dirsexample
has_mcp_signalні
api_schema_files—
interfaces_expected_ofnetwork-service

Ключові факти

149зірок GitHub
3контриб'юторів
79комітів за останні 12 місяців
290днів від останнього пушу
3релізів
1бас-фактор
3відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token

Докладніше

Історія зірок і форків 0 ★ / 27 ⇿
0Зірки
27Форки
3Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

4812162024282752022-112024-062026-02
Мажорні 0Мінорні 0Патчі 3

Кожна точка охоплює 3 днів.

OpenSSF Scorecard 5.1 / 10
5.1сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-09-10 09:05 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
н/дBranch-Protectioninternal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
1CI-Tests1 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 1
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
7Code-ReviewFound 5/7 approved changesets -- score normalized to 7
6Contributorsproject has 2 contributing companies or organizations -- score normalized to 6
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
0Maintained0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0
н/дPackagingpackaging workflow not detected
2Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 2
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
10Token-PermissionsGitHub workflow tokens follow principle of least privilege
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 15
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIrequests>=2.25.0pyproject.toml
PyPInumpy>=1.19.0pyproject.toml
PyPIhttpx>=0.24.0pyproject.toml
PyPIfastapi>=0.68.0pyproject.toml
PyPImatplotlib>=3.3.0pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.79pyproject.toml
PyPIstreamlit==1.49.1pyproject.toml
PyPIflask==3.1.0pyproject.toml
PyPIrdkit==2025.3.6pyproject.toml
PyPIuvicorn==0.22.0pyproject.toml
PyPIesm==3.2.1pyproject.toml
PyPItorch>=2.0.0pyproject.toml
PyPIshadowpxmeter==0.0.3pyproject.toml
PyPIseaborn==0.13.2pyproject.toml
PyPIpython-dotenv==1.0.1pyproject.toml
Усі залежності 15

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 15 прямих і 0 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIbiopython—пряма
PyPIesm3.2.1пряма
PyPIfastapi—пряма
PyPIflask3.1.0пряма
PyPIhttpx—пряма
PyPImatplotlib—пряма
PyPInumpy—пряма
PyPIpython-dotenv1.0.1пряма
PyPIrdkit2025.3.6пряма
PyPIrequests—пряма
PyPIseaborn0.13.2пряма
PyPIshadowpxmeter0.0.3пряма
PyPIstreamlit1.49.1пряма
PyPItorch—пряма
PyPIuvicorn0.22.0пряма
Сповіщення про залежності 5

Встановлення pypi:pymolfold@0.2.13 тягне 138 пакетів, прямих і транзитивних: 5 мають відомі сповіщення, з них 3 — прямі залежності.

ПакетВерсіяЗв'язокКритичністьСповіщеньВиправлено в
pillow11.3.0непрямакритична3612.3.0
transformers4.48.1непрямакритична355.10.0
flask3.1.0прямапомірна43.1.3
python-dotenv1.0.1прямапомірна21.2.2
streamlit1.49.1прямапомірна41.54.0

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з JinyuanSun/PymolFold. Читати поруч →

90biopython/biopythonOfficial git repository for Biopython (originally converted from CVS)Відмінний75sokrypton/ColabFoldMaking Protein folding accessible to all!Добрий71elkins-lab/synth-pdbGenerate realistic PDB files with mixed secondary structures for testing, education and bioinformatics tool development. Jupyter Notebook tutorials are available to visualize the concepts..Добрий65merv1n34k/sgffpRead, write, and manipulate SnapGene files (.dna, .rna, .prot)Добрий65elkins-lab/resonance-flowJAX-native differentiable protein folding framework integrating experimental NMR constraints (RDCs) and biophysical "self-correction." Several Jupyter Notebooks visualize the concepts.Добрий62bio-rs/bio-rsAI-ready biological data I/O, validation, and tokenization engineПомірний

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.