Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-09-09 23:22 UTC

elkins-lab / synth-pdb

Generate realistic PDB files with mixed secondary structures for testing, education and bioinformatics tool development. Jupyter Notebook tutorials are available to visualize the concepts..

PythonMIT★ 2 зірки⑂ 0 форківз січ. 2026 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаяк це визначено
#peptide-sequences#protein-structure#structural-biology#bioinformatics#protein#structural-bioinformatics#protein-data-bank#molecular-modeling#ramachandran#secondary-structure#nmr-spectroscopy#computational-structural-biology#science-education#scientific-computing#nmr-tools#biophysics#simulation#computational-biophysics#molecular-dynamics

elkins-lab/synth-pdb має індекс здоров’я 71 зі 100, що відповідає смузі «Добрий». Найвищий показник — Engineering Quality (95/100), найнижчий — Sustainability & Governance (36/100). Останнє оновлення було 72 дні тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

71
загалом / 100
Добрий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

71
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 63 калібровано до 71 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Elkins LabОрганізація
1 підписник20 публічних репозиторіївз черв. 2026 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIsynth-pdbвказує на інший репозиторій — не оцінюється1.39.0-2472 дні томуpdbproteinstructurebioinformaticstestingpeptide-generationmolecular-modelingramachandransecondary-structurestructural-biologyprotein-foldingeducational-tool

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

77Добрий · 21% загального індексу

Активність розробки

62Помірний
Як обчислюється оцінка
18/36Свіжість push — останній push 72 дн. тому
15.9/36Ритм комітів — 23/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 657 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 26 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year657
human_commit_share1
days_since_last_push72
active_weeks_last_year23

Дисципліна релізів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 21 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 72 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~7 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count21
latest_release_tagv1.39.0
releases_from_tagsні
days_since_latest_release72
mean_days_between_releases7
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

43Слабкий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

1Критичний
Як обчислюється оцінка
0/60Зірки — 2 зірок
0/25Форки — 0 форків
0/15Спостерігачі — 0 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks0
stars2
watchers0
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

92Відмінний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
18/18Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
6.3/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges9
has_contributingтак
has_issue_templateні
has_code_of_conductтак
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, shields.io, www.bestpractices.dev
has_pull_request_templateтак

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

36Слабкий · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

10Критичний
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
0/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 100% комітів
1.4/13.5Широта контриб’юторів — 1 контриб’юторів
0/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 0 contributing companies or organizations -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled1
top_contributor_share1

Реактивність на issue та PR

61Помірний
Як обчислюється оцінка
0/42Вирішення issue — немає issue або даних
27.5/30Прийняття PR — злито 11/12 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs11
open_issues0
closed_issues0
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d0
prs_decided_30d0
issue_closed_ratio—
closed_unmerged_prs1
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Вирішення issue, Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

42Слабкий
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен
2.2/25Охоплення власника — 1 підписників у elkins-lab
10.1/25Послужний список — 20 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~0 р.
Використані вхідні дані
followers1
owner_typeOrganization
is_verifiedні
owner_loginelkins-lab
public_repos20
account_age_days89

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

95Винятковий · 19% загального індексу

Інженерні практики

92Відмінний
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 4 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.black])
9.6/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
0/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — немає даних
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configтак
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: CI-Tests. Залишкові ваги перенормовано.

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://elkins-lab.github.io/synth-pdb/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 19 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicspeptide-sequences, protein-structure, structural-biology, bioinformatics, protein, structural-bioinformatics, protein-data-bank, molecular-modeling, ramachandran, secondary-structure, nmr-spectroscopy, computational-structural-biology, science-education, scientific-computing, nmr-tools, biophysics, simulation, computational-biophysics, molecular-dynamics
has_wikiтак
homepagehttps://elkins-lab.github.io/synth-pdb/
docs_sitehttps://elkins-lab.github.io/synth-pdb/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

62Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

52Помірний
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
0/2.5CI-Tests — немає даних
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
0/2.5Contributors — project has 0 contributing companies or organizations -- score normalized to 0
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
7.5/7.5Dependency-Update-Tool — update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 26 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — no SAST tool detected
2/5Security-Policy — security policy file detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated16
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive2
scorecard_aggregate5,2
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): CI-Tests, Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Сповіщення про залежності

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
35/35Прямі залежності без відомих сповіщень — жодна пряма залежність не має відомих сповіщень
25/25Непрямі залежності без відомих сповіщень — жодна непряма залежність не має відомих сповіщень
0/40Немає задавнених сповіщень — жодне сповіщення не має дати публікації
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories0
affected_packages0
assessed_packages19
unassessed_packages0
affected_by_severitynone
direct_affected_packages0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Немає задавнених сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено з runtime-замиканням залежностей pypi:synth-pdb@1.39.0 — тим, що тягне за собою встановлення опублікованого пакета, — 19 пакетів. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

72Добрий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

85Відмінний
Як обчислюється оцінка
45/45Інструкції для агентів — GEMINI.md
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
40/40Читабельна історія комітів — намір зазначено у 76 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share0,76
agent_instruction_filesGEMINI.md
agent_instruction_max_bytes514

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

48Слабкий
Як обчислюється оцінка
0/18Розгортання однією командою
22/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.black])
11/11Статична перевірка типів — synth_pdb/py.typed
0/10Відтворюване середовище
4/10Підтверджена практика роботи з агентами — 2 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням
0/8Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfiles—
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_files—
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configssynth_pdb/py.typed
agent_commit_share0,02
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

Читабельність коду для моделей

81Відмінний
Як обчислюється оцінка
27/45Типізований код — Python з конфігурацією перевірки типів (synth_pdb/py.typed)
54.1/55Керовані розміри файлів — 5/308 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes580 108
source_files_sampled308
oversized_source_files5

Машиночитні інтерфейси

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
0/40Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
0/20Сервер MCP — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
40/40Придатні до запуску приклади — examples, notebooks
Використані вхідні дані
example_dirsexamples, notebooks
has_mcp_signalні
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto), Сервер MCP. Залишкові ваги перенормовано.

Ключові факти

2зірок GitHub
1контриб'юторів
657комітів за останні 12 місяців
72днів від останнього пушу
21релізів
1бас-фактор
0відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • pypi package 'synth-pdb' points at a different repository (https://github.com/elkins/synth-pdb); excluded from ecosystem scoring

Докладніше

OpenSSF Scorecard 5.2 / 10
5.2сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-09-09 23:21 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
н/дCI-Testsno pull request found
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
0Contributorsproject has 0 contributing companies or organizations -- score normalized to 0
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
10Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained26 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTno SAST tool detected
4Security-Policysecurity policy file detected
н/дSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 8
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPInumpy>=1.26.4pyproject.toml
PyPIbiotite>=0.35.0pyproject.toml
PyPIopenmm>=8.1.0,!=8.5.0,!=8.5.1pyproject.toml
PyPInumba>=0.57.0pyproject.toml
PyPIsynth-nmr>=0.9.0pyproject.toml
PyPIsynth-saxs>=0.1.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.7.0pyproject.toml
PyPImrcfile>=1.5.0pyproject.toml
Усі залежності 37

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 8 прямих і 29 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIbiotite—пряма
PyPImrcfile—пряма
PyPInumba—пряма
PyPInumpy—пряма
PyPIopenmm—пряма
PyPIscipy—пряма
PyPIsynth-nmr—пряма
PyPIsynth-saxs—пряма
PyPIblack—непряма
PyPIhuggingface-hub—непряма
PyPIhypothesis—непряма
PyPIjoblib—непряма
PyPIllama-cpp-python—непряма
PyPImatplotlib—непряма
PyPImistune—непряма
PyPImkdocs—непряма
PyPImkdocs-gallery—непряма
PyPImkdocs-jupyter0.24.7непряма
PyPImkdocs-material—непряма
PyPImkdocstrings—непряма
PyPImypy—непряма
PyPInbconvert7.17.1непряма
PyPIpandas—непряма
PyPIpre-commit—непряма
PyPIpsutil—непряма
PyPIpymdown-extensions—непряма
PyPIpytest—непряма
PyPIpytest-cov—непряма
PyPIpytest-mock—непряма
PyPIruff—непряма
PyPIscikit-learn—непряма
PyPIsetuptools—непряма
PyPIsetuptools-scm—непряма
PyPIstreamlit—непряма
PyPItorch—непряма
PyPItorch-geometric—непряма
PyPItransformers—непряма
Сповіщення про залежності 0

Встановлення pypi:synth-pdb@1.39.0 тягне 19 пакетів, прямих і транзитивних: 0 мають відомі сповіщення, з них 0 — прямі залежності.

Жодне відоме сповіщення не стосується оцінених залежностей.

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з elkins-lab/synth-pdb. Читати поруч →

87BradyAJohnston/MolecularNodesToolbox for molecular animations in Blender, powered by Geometry Nodes.Відмінний78abhishektiwari/hbatHBAT 2: A Python Package to analyse Hydrogen Bonds and Other Non-covalent Interactions in Macromolecular Structures https://hbat-web.abhishek-tiwari.comДобрий91glotzerlab/freudPowerful, efficient particle trajectory analysis in scientific Python.Відмінний90biopython/biopythonOfficial git repository for Biopython (originally converted from CVS)Відмінний83project-gemmi/gemmimacromolecular crystallography library and utilitiesВідмінний75MolCrafts/molrs[WIP] Molcrafts rust kernelДобрий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.