TKanX / bio-forge
A high-performance, pure Rust toolkit for standardizing and preparing biomolecular systems (proteins & nucleic acids). It heals missing atoms, resolves protonation states, adds solvation, and unifies topologies to forge simulation-ready structures.
TKanX/bio-forge має індекс здоров’я 48 зі 100, що відповідає смузі «Слабкий». Найвищий показник — Engineering Quality (66/100), найнижчий — Security (28/100). Останнє оновлення було 208 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.
Індекс здоров'я програмного забезпечення
Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).
Профіль оцінок
Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.
Зважений загальний бал 49 калібровано до 48 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).
Власність
Цей репозиторій належить особистому обліковому запису. Проєкт з єдиним власником несе більший ризик безперервності, ніж підтримуваний організацією.
Пакетні екосистеми
| Реєстр | Пакет | Версія | Завантажень / міс | Версії | Остання публікація | Теги |
|---|---|---|---|---|---|---|
| crates.io | bio-forge | 0.4.1 | 244 | 8 | 208 днів тому | bioinformaticschemoinformaticsnucleic-acidspdbproteinsciencecommand-line-utilities |
Метрики за категоріями
Життєздатність
Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?
Активність розробки
Як обчислюється оцінка
| 3.6/36 | Свіжість push — останній push 208 дн. тому |
| 5.5/36 | Ритм комітів — 8/52 тижнів із комітами |
| 18/18 | Обсяг комітів — 538 комітів за останній рік |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
Використані вхідні дані
| commits_last_year | 538 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 208 |
| active_weeks_last_year | 8 |
Дисципліна релізів
Як обчислюється оцінка
| 27/27 | Випускає релізи — опубліковано 8 релізів |
| 16.2/36 | Свіжість релізів — останній реліз 208 дн. тому |
| 27/27 | Ритм релізів — реліз кожні ~17,7 дн. |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases. |
Використані вхідні дані
| releases_count | 8 |
| latest_release_tag | v0.4.1 |
| releases_from_tags | ні |
| days_since_latest_release | 208 |
| mean_days_between_releases | 17,7 |
Спільнота та впровадження
Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?
Популярність і впровадження
Як обчислюється оцінка
| 35/60 | Зірки — 144 зірок |
| 6.5/25 | Форки — 7 форків |
| 0/15 | Спостерігачі — 1 спостерігачів |
Використані вхідні дані
| forks | 7 |
| stars | 144 |
| watchers | 1 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Здоров'я спільноти
Як обчислюється оцінка
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Ліцензія — визнана ліцензія (MIT) |
| 0/18 | Настанови CONTRIBUTING |
| 0/13.5 | Кодекс поведінки |
| 0/7.2 | Шаблон issue |
| 0/6.3 | Шаблон PR |
Використані вхідні дані
| has_readme | так |
| has_license | так |
| readme_badges | 0 |
| has_contributing | ні |
| has_issue_template | ні |
| has_code_of_conduct | ні |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | ні |
Як обчислюється оцінка
| 31.9/80 | Щомісячні завантаження — 244 завантажень/місяць у crates |
| 0/20 | Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє |
Використані вхідні дані
| packages | bio-forge |
| dependents | — |
| ecosystems | crates |
| total_downloads | 1 616 |
| monthly_downloads | 244 |
| unverified_packages_excluded | — |
Сталість та врядування
Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?
Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)
Як обчислюється оцінка
| 9/54 | Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів |
| 0/22.5 | Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 100% комітів |
| 1.4/13.5 | Широта контриб’юторів — 1 контриб’юторів |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 8 contributing companies or organizations |
Використані вхідні дані
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 1 |
| top_contributor_share | 1 |
Реактивність на issue та PR
Як обчислюється оцінка
| 42/42 | Вирішення issue — закрито 100% issue |
| 30/30 | Прийняття PR — злито 20/20 вирішених PR |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка |
| 0/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/7 approved changesets -- score normalized to 0 |
Використані вхідні дані
| merged_prs | 20 |
| open_issues | 0 |
| closed_issues | 20 |
| prs_merged_7d | 0 |
| prs_decided_7d | 0 |
| prs_merged_30d | 0 |
| prs_decided_30d | 0 |
| issue_closed_ratio | 1 |
| closed_unmerged_prs | 0 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
Власність та опіка
Як обчислюється оцінка
| 10/30 | Підтримка власника — особистий (користувацький) обліковий запис |
| 0/20 | Верифікований домен — не застосовно до користувацьких облікових записів |
| 12.5/25 | Охоплення власника — 53 підписників у TKanX |
| 15.8/25 | Послужний список — 13 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~3 р. |
Використані вхідні дані
| followers | 53 |
| owner_type | User |
| is_verified | — |
| owner_login | TKanX |
| public_repos | 13 |
| account_age_days | 1 356 |
Супровід пакетів
Як обчислюється оцінка
| 25/25 | Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у crates |
| 26/35 | Свіжість публікацій — остання публікація 208 дн. тому |
| 20/20 | Історія версій — 8 опублікованих версій |
| 20/20 | Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked |
Використані вхідні дані
| packages | bio-forge |
| ecosystems | crates |
| any_deprecated | ні |
| min_days_since_publish | 208 |
Інженерна якість
Чи наявні базові інженерні практики та документація?
Інженерні практики
Як обчислюється оцінка
| 24/24 | Процеси CI — 3 процес(ів) CI |
| 0/24 | Наявні тести |
| 16/16 | Конфігурація лінтера — eslint.config.mjs |
| 0/9.6 | Pre-commit-хуки |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Використані вхідні дані
| has_ci | так |
| has_tests | ні |
| has_editorconfig | ні |
| has_linter_config | так |
| has_precommit_config | ні |
Документація
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | README |
| 0/25 | Каталог документації |
| 15/15 | Сайт документації / домашня сторінка — https://bio-forge.app |
| 10/10 | Опис репозиторію |
| 10/10 | Теми — 18 тем |
| 10/10 | Wiki |
Використані вхідні дані
| topics | bioinformatics, biology, chemistry, dna, molecule, nucleic-acids, rna, rust, high-performance, javascript, multithreading, typescript, wasm, web, webapp, cli, cheminformatics, protein |
| has_wiki | так |
| homepage | https://bio-forge.app |
| docs_site | https://bio-forge.app |
| has_readme | так |
| has_docs_dir | ні |
| has_description | так |
Безпека
Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?
Стан безпеки
Як обчислюється оцінка
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 2.2/7.5 | Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0/7.5 | Code-Review — Found 0/7 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 8 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Ліцензія — license file detected |
| 0/7.5 | Maintained — 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Packaging — немає даних |
| 0.5/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases. |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0/7.5 | Vulnerabilities — 77 existing vulnerabilities detected |
Використані вхідні дані
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 17 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 1 |
| scorecard_aggregate | 2,8 |
Готовність до ШІ
Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.
Контекст і настанови для агентів
Як обчислюється оцінка
| 0/45 | Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора |
| 0/15 | Машиночитана документація (llms.txt) |
| 40/40 | Читабельна історія комітів — намір зазначено у 100 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст) |
Використані вхідні дані
| has_llms_txt | ні |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 1 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Як обчислюється оцінка
| 12.6/18 | Розгортання однією командою — Cargo.toml, crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml, crates/bio-forge/Cargo.toml (домовленість інструментарію, без раннера задач) |
| 0/22 | Автоматизовані тести |
| 11/11 | Конфігурація лінтера / форматера — eslint.config.mjs |
| 11/11 | Статична перевірка типів — web/tsconfig.json |
| 10/10 | Відтворюване середовище — lockfile |
| 4/10 | Підтверджена практика роботи з агентами — 2 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням |
| 0/8 | Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено |
| 1/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1 |
Використані вхідні дані
| has_nix | ні |
| has_tests | ні |
| lockfiles | package-lock.json |
| has_dockerfile | ні |
| typed_language | так |
| bootstrap_files | — |
| has_devcontainer | ні |
| has_linter_config | так |
| typecheck_configs | web/tsconfig.json |
| agent_commit_share | 0,02 |
| toolchain_manifests | Cargo.toml, crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml, crates/bio-forge/Cargo.toml |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
Читабельність коду для моделей
Як обчислюється оцінка
| 45/45 | Типізований код — Rust (статично типізована) |
| 54.6/55 | Керовані розміри файлів — 1/130 файлів вихідного коду понад 60 КБ |
Використані вхідні дані
| primary_language | Rust |
| largest_source_bytes | 96 082 |
| source_files_sampled | 130 |
| oversized_source_files | 1 |
Машиночитні інтерфейси
Як обчислюється оцінка
| 0/40 | Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) — не застосовно до цього типу програмного забезпечення |
| 0/20 | Сервер MCP — не застосовно до цього типу програмного забезпечення |
| 40/40 | Придатні до запуску приклади — examples |
Використані вхідні дані
| example_dirs | examples |
| has_mcp_signal | ні |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
Ключові факти
Попередження щодо збору даних
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
- Could not fetch crates package 'bio-forge-wasm' from its registry
- GitHub dependency-graph SBOM unavailable (404); the dependency graph may be disabled for this repository
Докладніше
Історія зірок і форків 0 ★ / 7 ⇿
Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.
OpenSSF Scorecard 2.8 / 10
Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| 3 | Branch-Protection | branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 10 | CI-Tests | 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0 | Code-Review | Found 0/7 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 10 | Contributors | project has 8 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 0 | Maintained | 0 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 0 |
| н/д | Packaging | packaging workflow not detected |
| 1 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| 0 | Signed-Releases | Project has not signed or included provenance with any releases. |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0 | Vulnerabilities | 77 existing vulnerabilities detected |
Прямі залежності 30
| Реєстр | Пакет | Обмеження версії | Маніфест |
|---|---|---|---|
| npm | bio-forge | file:../crates/bio-forge-wasm/pkg | web/package.json |
| npm | jszip | ^3.10.1 | web/package.json |
| npm | molstar | ^5.5.0 | web/package.json |
| npm | zustand | ^5.0.9 | web/package.json |
| npm | clsx | ^2.1.1 | web/package.json |
| npm | tailwind-merge | ^3.4.0 | web/package.json |
| npm | lucide-react | ^0.562.0 | web/package.json |
| npm | framer-motion | ^12.23.26 | web/package.json |
| npm | react | ^19.2.3 | web/package.json |
| npm | react-dom | ^19.2.3 | web/package.json |
| npm | next | ^15.1.3 | web/package.json |
| crates.io | bio-forge | — | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | wasm-bindgen | 0.2.106 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | console_error_panic_hook | 0.1.7 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | serde | 1.0.228 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | serde-wasm-bindgen | 0.6.5 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | tsify | 0.5.6 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | js-sys | 0.3.83 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | getrandom | 0.3.4 | crates/bio-forge-wasm/Cargo.toml |
| crates.io | smol_str | 0.3.4 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | thiserror | 2.0.17 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | nalgebra | 0.34.1 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | rand | 0.9.2 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | serde | 1.0.228 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | toml | 0.9.8 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | rayon | 1.11.0 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | anyhow | 1.0.100 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | clap | 4.5.53 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | prettytable-rs | 0.10.0 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
| crates.io | indicatif | 0.18.3 | crates/bio-forge/Cargo.toml |
Усі залежності не зібрано
Не вдалося зібрати розв'язаний набір залежностей для цього звіту: GitHub dependency-graph SBOM unavailable (404); the dependency graph may be disabled for this repository
Звіт у форматі JSON машиночитний
Зворотний зв’язок
Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.
Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.
Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.
Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — crates.io.