Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-09-12 10:23 UTC

biopragmatics / bioregistry

📮 An integrative registry of biological databases, ontologies, and nomenclatures.

HTML · Python · Jupyter NotebookMIT★ 149 зірок⑂ 69 форківз груд. 2020 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаБібліотекаяк це визначено
#biopragmatics#bioregistry#biocuration

biopragmatics/bioregistry має індекс здоров’я 89 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Vitality (100/100), найнижчий — Security (49/100). Останнє оновлення — сьогодні. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

89
загалом / 100
Відмінний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

89
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 75 калібровано до 89 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Biopragmatics StackОрганізація
41 підписник21 публічний репозиторійз груд. 2019 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIbioregistry0.14.6102 5469070 днів томуsnekpackcookiecutterdatabasesbiological-databasesbiomedical-databasespersistent-identifiers

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

100Винятковий · 21% загального індексу

Активність розробки

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
36/36Свіжість push — останній push 0 дн. тому
36/36Ритм комітів — 52/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 607 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year607
human_commit_share0,96
days_since_last_push0
active_weeks_last_year52

Дисципліна релізів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 100 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 2 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~13,8 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count100
latest_release_tagv0.14.5
releases_from_tagsні
days_since_latest_release2
mean_days_between_releases13,8
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

72Добрий · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

52Помірний
Як обчислюється оцінка
35.2/60Зірки — 149 зірок
15.3/25Форки — 69 форків
1.7/15Спостерігачі — 3 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks69
stars149
watchers3
growth_stateorganic
growth_factor_pct100

Здоров'я спільноти

85Відмінний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
18/18Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges8
has_contributingтак
has_issue_templateні
has_code_of_conductтак
readme_badge_servicesgithub.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_templateні

Впровадження в екосистемі (завантаження)

84Відмінний
Як обчислюється оцінка
66.8/80Щомісячні завантаження — 102 546 завантажень/місяць у pypi
0/20Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє
Використані вхідні дані
packagesbioregistry
dependents—
ecosystemspypi
total_downloads—
monthly_downloads102 546
unverified_packages_excluded—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Залежні пакети в реєстрі. Залишкові ваги перенормовано.

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

64Помірний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

43Слабкий
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
10.9/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 52% комітів
13.5/13.5Широта контриб’юторів — 42 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 68 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled42
top_contributor_share0,517

Реактивність на issue та PR

60Помірний
Як обчислюється оцінка
32.5/42Вирішення issue — закрито 77% issue
28/30Прийняття PR — злито 1 255/1 344 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — злито 0/1 PR від новачків за 30 дн.
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs1 255
open_issues162
closed_issues554
prs_merged_7d12
prs_decided_7d13
prs_merged_30d29
prs_decided_30d30
issue_closed_ratio0,774
closed_unmerged_prs89
first_time_authors_30d1
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d1

Власність та опіка

64Помірний
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен
11.7/25Охоплення власника — 41 підписників у biopragmatics
21.8/25Послужний список — 21 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~6 р.
Використані вхідні дані
followers41
owner_typeOrganization
is_verifiedні
owner_loginbiopragmatics
public_repos21
account_age_days2 468

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 0 дн. тому
20/20Історія версій — 907 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagesbioregistry
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish0

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

86Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

84Відмінний
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 10 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера — pyproject.toml ([tool.ruff]), tox.ini
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configні

Документація

90Відмінний
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://bioregistry.io
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 3 тем
0/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsbiopragmatics, bioregistry, biocuration
has_wikiні
homepagehttps://bioregistry.io
docs_sitehttps://bioregistry.io
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

49Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

49Слабкий
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2.5/2.5CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 68 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
3/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4,9
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

66Добрий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

26У зоні ризику
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
26.1/40Читабельна історія комітів — намір зазначено у 47 з 96 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share0,49
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

78Добрий
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — justfile
22/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера — pyproject.toml ([tool.ruff]), tox.ini
11/11Статична перевірка типів — src/bioregistry/py.typed
10/10Відтворюване середовище — Dockerfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — серед останніх 100 комітів немає створених агентом
0/8Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
6/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfiles—
has_dockerfileтак
typed_languageні
bootstrap_filesjustfile
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configssrc/bioregistry/py.typed
agent_commit_share0
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

Читабельність коду для моделей

81Відмінний
Як обчислюється оцінка
27/45Типізований код — HTML з конфігурацією перевірки типів (src/bioregistry/py.typed)
54.2/55Керовані розміри файлів — 3/199 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languageHTML
largest_source_bytes138 069
source_files_sampled199
oversized_source_files3

Машиночитні інтерфейси

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
0/40Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto) — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
0/20Сервер MCP — не застосовно до цього типу програмного забезпечення
40/40Придатні до запуску приклади — notebooks
Використані вхідні дані
example_dirsnotebooks
has_mcp_signalні
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Схема API (OpenAPI/GraphQL/proto), Сервер MCP. Залишкові ваги перенормовано.

Ключові факти

149зірок GitHub
42контриб'юторів
607комітів за останні 12 місяців
0днів від останнього пушу
100релізів
1бас-фактор
162відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Star history carried forward from 2026-06-29: GitHub restricted the stargazers API to repository admins, so it can no longer be collected. The repository has 149 stars today.
  • deps.dev does not index pypi:bioregistry@0.14.6; advisories assessed against the repository dependency graph instead
  • No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem

Докладніше

Історія зірок і форків 145 ★ / 69 ⇿
145Зірки
69Форки
96Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

Історію зірок показано станом на 2026-06-29. У липні 2026 року GitHub обмежив доступ до API stargazers адміністраторами репозиторію, тож цей ряд більше не продовжується; загальна кількість зірок вище лишається актуальною.

02550751001251501456862020-122023-092026-06
Мажорні 0Мінорні 9Патчі 86

Кожна точка охоплює 6 днів.

OpenSSF Scorecard 4.9 / 10
4.9сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-09-12 10:22 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
10CI-Tests21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 68 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
6Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 11
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIrequests—pyproject.toml
PyPItqdm—pyproject.toml
PyPIpystow>=0.9.0pyproject.toml
PyPIclick—pyproject.toml
PyPImore-click>=0.1.2pyproject.toml
PyPIpydantic>=2.0pyproject.toml
PyPIcuries>=0.15.0pyproject.toml
PyPIsssom-pydantic>=0.6.4pyproject.toml
PyPIurllib3>=2.7.0pyproject.toml
PyPIpython-multipart>=0.0.27pyproject.toml
PyPIidna>=3.15pyproject.toml
Усі залежності 20

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 8 прямих і 12 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIcuries—пряма
PyPIidna—пряма
PyPImore-click—пряма
PyPIpydantic—пряма
PyPIpystow—пряма
PyPIpython-multipart—пряма
PyPIsssom-pydantic—пряма
PyPIurllib3—пряма
PyPIfairsharing-client—непряма
PyPIflask—непряма
PyPIontoportal-client—непряма
PyPIpandas—непряма
PyPIpubmed-downloader—непряма
PyPIpyobo—непряма
PyPIrdflib-endpoint—непряма
PyPIsphinx—непряма
PyPIsphinx-rtd-theme—непряма
PyPIstarlette—непряма
PyPIuv-build—непряма
PyPIwerkzeug—непряма
Сповіщення про залежності не оцінено

Звірка сповіщень не відбулася для цього звіту: No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з biopragmatics/bioregistry. Читати поруч →

83biopragmatics/bioversions🪝 What's the latest version for each database?Відмінний84biopragmatics/pyobo📛 A Python package for using ontologies, terminologies, and biomedical nomenclaturesВідмінний88cthoyt/pystow👜 Easily pick a place to store data for your Python code.Відмінний86biopragmatics/curies🐸 Idiomatic conversion between URIs and compact URIs (CURIEs) in PythonВідмінний75sec2pri/pysec2priGenerate and use secondary identifier and symbol/label mapping sets for life sciences databasesДобрий75cthoyt/functional-owlA Python implementation of the Functional OWL (OFN) object model.Добрий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.