公开记录
软件健康报告模式 0.34.0 · 指标 2.10.0 · 2026-09-12 10:23 UTC

biopragmatics / bioregistry

📮 An integrative registry of biological databases, ontologies, and nomenclatures.

HTML · Python · Jupyter NotebookMIT★ 149 星标⑂ 69 复刻始于 2020年12月在 GitHub 上查看 ↗
类型命令行工具库如何判定
#biopragmatics#bioregistry#biocuration

biopragmatics/bioregistry 的健康指数为 100 分中的 89 分，处于「优秀」区间。 其得分最高的类别是Vitality（100/100），最低的是Security（49/100）。 最近一次更新在今天。 近期的大部分工作由 1 位贡献者完成。

89
总分 / 100
优秀

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

89
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 75 经校准后在公布的指数量表上为 89（记录校准 2026-08-02）。

所有权

Biopragmatics Stack组织
41 关注者21 个公开仓库始于 2019年12月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任，可延续于任何单一维护者之后。

软件包生态系统

注册表软件包版本月下载量版本数最近发布标签
PyPIbioregistry0.14.6102,5469070 天前snekpackcookiecutterdatabasesbiological-databasesbiomedical-databasespersistent-identifiers

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

100卓越 · 占总体的 21%

开发活跃度

100卓越
评分方式
36/36推送新近度 — 最近一次推送于 0 天前
36/36提交节奏 — 52 周中有 52 周有提交
18/18提交量 — 最近一年 607 次提交
10/10OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year607
human_commit_share0.96
days_since_last_push0
active_weeks_last_year52

发布纪律

100卓越
评分方式
27/27有发布版本 — 已发布 100 个发布版本
36/36发布时效 — 最近一次发布版本于 2 天前
27/27发布节奏 — 约每 13.8 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据
所用输入
releases_count100
latest_release_tagv0.14.5
releases_from_tags否
days_since_latest_release2
mean_days_between_releases13.8
已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

72良好 · 占总体的 17%

流行度与采用

52中等
评分方式
35.2/60星标 — 149 个星标
15.3/25复刻 — 69 个复刻
1.7/15关注者 — 3 位关注者
所用输入
forks69
stars149
watchers3
growth_stateorganic
growth_factor_pct100

社区健康

85优秀
评分方式
22.5/22.5README
22.5/22.5许可证 — 可识别的许可证（MIT）
18/18CONTRIBUTING 指南
13.5/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme是
has_license是
readme_badges8
has_contributing是
has_issue_template否
has_code_of_conduct是
readme_badge_servicesgithub.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_template否

生态采用（下载量）

84优秀
评分方式
66.8/80月度下载量 — pypi 合计每月 102,546 次下载
0/20注册表被依赖数 — 该生态系统不报告此项
所用输入
packagesbioregistry
dependents—
ecosystemspypi
total_downloads—
monthly_downloads102,546
unverified_packages_excluded—
已排除计分（无数据或不适用）：注册表被依赖数。 其余权重已重新归一化。

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

64中等 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

43薄弱
评分方式
9/54巴士系数 — 1 位贡献者贡献了半数提交
10.9/22.5提交分布 — 头号贡献者编写了 52% 的提交
13.5/13.5贡献者广度 — 42 位贡献者
10/10OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 68 contributing companies or organizations
所用输入
bus_factor1
contributors_sampled42
top_contributor_share0.517

议题与 PR 响应能力

60中等
评分方式
32.5/42议题解决 — 77% 的议题已关闭
28/30PR 接受 — 已裁定的 PR 中 1,255/1,344 已合并
0/13Newcomer PR acceptance — 30 天内首次贡献者的 PR 已合并 0/1
0/15OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs1,255
open_issues162
closed_issues554
prs_merged_7d12
prs_decided_7d13
prs_merged_30d29
prs_decided_30d30
issue_closed_ratio0.774
closed_unmerged_prs89
first_time_authors_30d1
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d1

所有权与托管责任

64中等
评分方式
30/30所有权背书 — 组织持有
0/20已验证域名
11.7/25所有者影响力 — biopragmatics 有 41 位关注者
21.8/25既往记录 — 21 个公开仓库，账户约 6 年
所用输入
followers41
owner_typeOrganization
is_verified否
owner_loginbiopragmatics
public_repos21
account_age_days2,468

软件包维护

100卓越
评分方式
25/25已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35发布时效 — 最近一次发布于 0 天前
20/20版本历史 — 907 个已发布版本
20/20未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回
所用输入
packagesbioregistry
ecosystemspypi
any_deprecated否
min_days_since_publish0

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

86优秀 · 占总体的 19%

工程实践

84优秀
评分方式
24/24CI 工作流 — 10 个工作流
24/24存在测试
16/16Linter 配置 — pyproject.toml ([tool.ruff]), tox.ini
0/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
所用输入
has_ci是
has_tests是
has_editorconfig否
has_linter_config是
has_precommit_config否

文档

90优秀
评分方式
30/30README
25/25文档目录
15/15文档 / 主页站点 — https://bioregistry.io
10/10仓库描述
10/10主题标签 — 3 个主题标签
0/10Wiki
所用输入
topicsbiopragmatics, bioregistry, biocuration
has_wiki否
homepagehttps://bioregistry.io
docs_sitehttps://bioregistry.io
has_readme是
has_docs_dir是
has_description是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

49薄弱 · 占总体的 16%

安全态势

49薄弱
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2.5/2.5CI-Tests — 21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 68 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5许可证 — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
3/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — 无数据
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4.9
已排除计分（无数据或不适用）：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

66良好 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

26存在风险
评分方式
0/45代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档（llms.txt）
26.1/40可读的提交历史 — 96 次人类提交中有 47 次说明了意图（结构化标题或解释性正文）
所用输入
has_llms_txt否
llms_txt_url—
legible_history_share0.49
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

78良好
评分方式
18/18一条命令的引导启动 — justfile
22/22自动化测试
11/11Lint / 格式化配置 — pyproject.toml ([tool.ruff]), tox.ini
11/11静态类型检查 — src/bioregistry/py.typed
10/10可复现环境 — Dockerfile
0/10已体现的代理实践 — 最近 100 次提交中没有代理编写的提交
0/8自动化维护 — 未观察到自动依赖更新
6/10OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
所用输入
has_nix否
has_tests是
lockfiles—
has_dockerfile是
typed_language否
bootstrap_filesjustfile
has_devcontainer否
has_linter_config是
typecheck_configssrc/bioregistry/py.typed
agent_commit_share0
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

面向模型的代码可读性

81优秀
评分方式
27/45可类型检查的代码 — HTML，已配置类型检查（src/bioregistry/py.typed）
54.2/55可控的文件大小 — 采样的 199 个源文件中有 3 个超过 60KB
所用输入
primary_languageHTML
largest_source_bytes138,069
source_files_sampled199
oversized_source_files3

机器可读接口

100卓越
评分方式
0/40API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto） — 不适用于此类软件
0/20MCP 服务器 — 不适用于此类软件
40/40可运行示例 — notebooks
所用输入
example_dirsnotebooks
has_mcp_signal否
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
已排除计分（无数据或不适用）：API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）, MCP 服务器。 其余权重已重新归一化。

关键数据

149GitHub 星标
42贡献者
607最近 12 个月提交数
0距最近推送天数
100发布版本数
1巴士系数（bus factor）
162开放议题
PyPI软件包生态系统数

数据采集警告

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Star history carried forward from 2026-06-29: GitHub restricted the stargazers API to repository admins, so it can no longer be collected. The repository has 149 stars today.
  • deps.dev does not index pypi:bioregistry@0.14.6; advisories assessed against the repository dependency graph instead
  • No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem

更多细节

Star 与 Fork 历史 145 ★ / 69 ⇿
145Star
69Fork
96发布

每颗 star 和每个 fork 的添加时间，来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方，二者可相互对照：稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时，它会作为增长真实性予以报告。

星标历史显示的是 2026-06-29 采集时的状态。GitHub 已于 2026 年 7 月将 stargazers API 限制为仓库管理员，因此该序列无法再延续；上方的星标总数仍然实时更新。

02550751001251501456862020-122023-092026-06
主版本 0次版本 9修订 86

每个点涵盖 6 天。

OpenSSF Scorecard 4.9 / 10
4.9综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。Scorecard v5.5.0 · 2026-09-12 10:22 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
10CI-Tests21 out of 21 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 1/28 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 68 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 15 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
6Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 6
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
不适用Signed-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
直接依赖 11
注册表软件包版本约束清单文件
PyPIrequests—pyproject.toml
PyPItqdm—pyproject.toml
PyPIpystow>=0.9.0pyproject.toml
PyPIclick—pyproject.toml
PyPImore-click>=0.1.2pyproject.toml
PyPIpydantic>=2.0pyproject.toml
PyPIcuries>=0.15.0pyproject.toml
PyPIsssom-pydantic>=0.6.4pyproject.toml
PyPIurllib3>=2.7.0pyproject.toml
PyPIpython-multipart>=0.0.27pyproject.toml
PyPIidna>=3.15pyproject.toml
全部依赖 20

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：8 个直接依赖与 12 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
PyPIcuries—直接
PyPIidna—直接
PyPImore-click—直接
PyPIpydantic—直接
PyPIpystow—直接
PyPIpython-multipart—直接
PyPIsssom-pydantic—直接
PyPIurllib3—直接
PyPIfairsharing-client—间接
PyPIflask—间接
PyPIontoportal-client—间接
PyPIpandas—间接
PyPIpubmed-downloader—间接
PyPIpyobo—间接
PyPIrdflib-endpoint—间接
PyPIsphinx—间接
PyPIsphinx-rtd-theme—间接
PyPIstarlette—间接
PyPIuv-build—间接
PyPIwerkzeug—间接
依赖安全公告 未评估

本报告未能完成公告比对：No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem

原始 JSON 报告 机器可读

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评分是信号，而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计，也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重，绝不按零分计。方法论已版本化并公开：指标 v2.10.0、模式 v0.34.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置： 汇总统计 — PyPI.