evolbioinfo / goalign
Goalign : a set of command line tools and an API to manipulate multiple sequence alignments.
evolbioinfo/goalign має індекс здоров’я 63 зі 100, що відповідає смузі «Помірний». Найвищий показник — Engineering Quality (76/100), найнижчий — Security (35/100). Останнє оновлення було 7 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.
Індекс здоров'я програмного забезпечення
Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).
Профіль оцінок
Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.
Зважений загальний бал 59 калібровано до 63 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).
Власність
За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.
Пакетні екосистеми
| Реєстр | Пакет | Версія | Завантажень / міс | Версії | Остання публікація |
|---|---|---|---|---|---|
| Go | github.com/evolbioinfo/goalign | v0.4.1 | - | 41 | 12 днів тому |
Метрики за категоріями
Життєздатність
Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?
Активність розробки
Як обчислюється оцінка
| 36/36 | Свіжість push — останній push 7 дн. тому |
| 9.7/36 | Ритм комітів — 14/52 тижнів із комітами |
| 14/18 | Обсяг комітів — 35 комітів за останній рік |
| 2/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 3 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 2 |
Використані вхідні дані
| commits_last_year | 35 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 7 |
| active_weeks_last_year | 14 |
Дисципліна релізів
Як обчислюється оцінка
| 27/27 | Випускає релізи — опубліковано 49 релізів |
| 36/36 | Свіжість релізів — останній реліз 7 дн. тому |
| 12.6/27 | Ритм релізів — реліз кожні ~211,5 дн. |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases. |
Використані вхідні дані
| releases_count | 49 |
| latest_release_tag | v0.4.1 |
| releases_from_tags | ні |
| days_since_latest_release | 7 |
| mean_days_between_releases | 211,5 |
Спільнота та впровадження
Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?
Популярність і впровадження
Як обчислюється оцінка
| 31.6/60 | Зірки — 90 зірок |
| 7/25 | Форки — 8 форків |
| 5.6/15 | Спостерігачі — 11 спостерігачів |
Використані вхідні дані
| forks | 8 |
| stars | 90 |
| watchers | 11 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Здоров'я спільноти
Як обчислюється оцінка
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Ліцензія — визнана ліцензія (GPL-2.0) |
| 0/18 | Настанови CONTRIBUTING |
| 0/13.5 | Кодекс поведінки |
| 0/7.2 | Шаблон issue |
| 0/6.3 | Шаблон PR |
Використані вхідні дані
| has_readme | так |
| has_license | так |
| readme_badges | — |
| has_contributing | ні |
| has_issue_template | ні |
| has_code_of_conduct | ні |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | ні |
Сталість та врядування
Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?
Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)
Як обчислюється оцінка
| 9/54 | Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів |
| 0.1/22.5 | Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 100% комітів |
| 2.7/13.5 | Широта контриб’юторів — 2 контриб’юторів |
| 3/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3 |
Використані вхідні дані
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 2 |
| top_contributor_share | 0,996 |
Реактивність на issue та PR
Як обчислюється оцінка
| 42/42 | Вирішення issue — закрито 100% issue |
| 30/30 | Прийняття PR — злито 2/2 вирішених PR |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка |
| 0/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
Використані вхідні дані
| merged_prs | 2 |
| open_issues | 0 |
| closed_issues | 18 |
| prs_merged_7d | — |
| prs_decided_7d | — |
| prs_merged_30d | — |
| prs_decided_30d | — |
| issue_closed_ratio | 1 |
| closed_unmerged_prs | 0 |
| first_time_authors_30d | — |
| first_time_prs_merged_30d | — |
| first_time_prs_decided_30d | — |
Власність та опіка
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | Підтримка власника — у власності організації |
| 0/20 | Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано |
| 12.3/25 | Охоплення власника — 50 підписників у evolbioinfo |
| 22.9/25 | Послужний список — 30 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~9 р. |
Використані вхідні дані
| followers | 50 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | — |
| owner_login | evolbioinfo |
| public_repos | 30 |
| account_age_days | 3 437 |
Супровід пакетів
Як обчислюється оцінка
| 25/25 | Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у go |
| 35/35 | Свіжість публікацій — остання публікація 12 дн. тому |
| 20/20 | Історія версій — 41 опублікованих версій |
| 20/20 | Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked |
Використані вхідні дані
| packages | github.com/evolbioinfo/goalign |
| ecosystems | go |
| any_deprecated | ні |
| min_days_since_publish | 12 |
Інженерна якість
Чи наявні базові інженерні практики та документація?
Інженерні практики
Як обчислюється оцінка
| 24/24 | Процеси CI — 1 процес(ів) CI |
| 24/24 | Наявні тести |
| 0/16 | Конфігурація лінтера |
| 0/9.6 | Pre-commit-хуки |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 0/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — немає даних |
Використані вхідні дані
| has_ci | так |
| has_tests | так |
| has_editorconfig | ні |
| has_linter_config | ні |
| has_precommit_config | ні |
Документація
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | README |
| 25/25 | Каталог документації |
| 15/15 | Сайт документації / домашня сторінка — https://research.pasteur.fr/en/software/goalign-gotree/ |
| 10/10 | Опис репозиторію |
| 10/10 | Теми — 6 тем |
| 10/10 | Wiki |
Використані вхідні дані
| topics | phylogeny, alignment, phylip, fasta, phylip-alignment, nexus |
| has_wiki | так |
| homepage | https://research.pasteur.fr/en/software/goalign-gotree/ |
| docs_site | https://research.pasteur.fr/en/software/goalign-gotree/ |
| has_readme | так |
| has_docs_dir | так |
| has_description | так |
Безпека
Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?
Стан безпеки
Як обчислюється оцінка
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — немає даних |
| 0/2.5 | CI-Tests — немає даних |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0/7.5 | Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 0.8/2.5 | Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3 |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Ліцензія — license file detected |
| 1.5/7.5 | Maintained — 3 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 2 |
| 0/5 | Packaging — немає даних |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — no SAST tool detected |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases. |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0/7.5 | Vulnerabilities — 11 existing vulnerabilities detected |
Використані вхідні дані
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 15 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 3 |
| scorecard_aggregate | 2,5 |
Сповіщення про залежності
Як обчислюється оцінка
| 20.2/35 | Прямі залежності без відомих сповіщень — уражено 1: github.com/ulikunitz/xz v0.5.10 (moderate 5.3) |
| 0/25 | Непрямі залежності без відомих сповіщень — транзитивний набір не відокремлюється від залежностей розробки й тестування в цьому обсязі |
| 35.3/40 | Немає задавнених сповіщень — 1 пакет(ів) зі сповіщеннями без реакції понад 90 дн.; найдавніше опубліковано 327 дн. тому |
Використані вхідні дані
| source | osv |
| advisories | 14 |
| affected_packages | 4 |
| assessed_packages | 34 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | high 1, moderate 1, unknown 2 |
| direct_affected_packages | 1 |
Готовність до ШІ
Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.
Контекст і настанови для агентів
Як обчислюється оцінка
| 0/45 | Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора |
| 0/15 | Машиночитана документація (llms.txt) |
| 4.3/40 | Читабельна історія комітів — намір зазначено у 8 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст) |
Використані вхідні дані
| has_llms_txt | ні |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,08 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Як обчислюється оцінка
| 18/18 | Розгортання однією командою — Makefile |
| 22/22 | Автоматизовані тести |
| 0/11 | Конфігурація лінтера / форматера |
| 11/11 | Статична перевірка типів — Go (статично типізована) |
| 10/10 | Відтворюване середовище — lockfile |
| 0/10 | Підтверджена практика роботи з агентами — серед останніх 100 комітів немає створених агентом |
| 0/8 | Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
Використані вхідні дані
| has_nix | ні |
| has_tests | так |
| lockfiles | go.sum |
| has_dockerfile | ні |
| typed_language | так |
| bootstrap_files | Makefile |
| has_devcontainer | ні |
| has_linter_config | ні |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0 |
| toolchain_manifests | go.mod |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
Читабельність коду для моделей
Як обчислюється оцінка
| 45/45 | Типізований код — Go (статично типізована) |
| 54/55 | Керовані розміри файлів — 3/172 файлів вихідного коду понад 60 КБ |
Використані вхідні дані
| primary_language | Go |
| largest_source_bytes | 122 666 |
| source_files_sampled | 172 |
| oversized_source_files | 3 |
Ключові факти
Попередження щодо збору даних
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
Докладніше
Історія зірок і форків 0 ★ / 8 ⇿
Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.
Кожна точка охоплює 3 днів.
OpenSSF Scorecard 2.5 / 10
Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| н/д | Branch-Protection | internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md |
| н/д | CI-Tests | no pull request found |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0 | Code-Review | Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0 |
| 3 | Contributors | project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3 |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 2 | Maintained | 3 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 2 |
| н/д | Packaging | packaging workflow not detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | no SAST tool detected |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| 0 | Signed-Releases | Project has not signed or included provenance with any releases. |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0 | Vulnerabilities | 11 existing vulnerabilities detected |
Прямі залежності 6
| Реєстр | Пакет | Обмеження версії | Маніфест |
|---|---|---|---|
| Go | github.com/armon/go-radix | v1.0.0 | go.mod |
| Go | github.com/fredericlemoine/cobrashell | v0.0.0-20180921081141-49c72f93426c | go.mod |
| Go | github.com/spf13/cobra | v1.5.0 | go.mod |
| Go | github.com/ulikunitz/xz | v0.5.10 | go.mod |
| Go | gonum.org/v1/gonum | v0.16.0 | go.mod |
| Go | gonum.org/v1/plot | v0.16.0 | go.mod |
Усі залежності 34
Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 6 прямих і 28 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.
| Реєстр | Пакет | Версія | Зв'язок |
|---|---|---|---|
| Go | github.com/armon/go-radix | v1.0.0 | пряма |
| Go | github.com/fredericlemoine/cobrashell | v0.0.0-20180921081141-49c72f93426c | пряма |
| Go | github.com/spf13/cobra | v1.5.0 | пряма |
| Go | github.com/ulikunitz/xz | v0.5.10 | пряма |
| Go | gonum.org/v1/gonum | v0.16.0 | пряма |
| Go | gonum.org/v1/plot | v0.16.0 | пряма |
| Go | codeberg.org/go-fonts/liberation | v0.5.0 | непряма |
| Go | codeberg.org/go-latex/latex | v0.1.0 | непряма |
| Go | codeberg.org/go-pdf/fpdf | v0.10.0 | непряма |
| Go | git.sr.ht/~sbinet/gg | v0.6.0 | непряма |
| Go | github.com/abiosoft/ishell | v2.0.0+incompatible | непряма |
| Go | github.com/abiosoft/readline | v0.0.0-20180607040430-155bce2042db | непряма |
| Go | github.com/ajstarks/svgo | v0.0.0-20211024235047-1546f124cd8b | непряма |
| Go | github.com/campoy/embedmd | v1.0.0 | непряма |
| Go | github.com/cpuguy83/go-md2man/v2 | v2.0.2 | непряма |
| Go | github.com/fatih/color | v1.7.0 | непряма |
| Go | github.com/flynn-archive/go-shlex | v0.0.0-20150515145356-3f9db97f8568 | непряма |
| Go | github.com/fogleman/gg | v1.3.0 | непряма |
| Go | github.com/go-fonts/liberation | v0.1.1 | непряма |
| Go | github.com/go-latex/latex | v0.0.0-20210118124228-b3d85cf34e07 | непряма |
| Go | github.com/golang/freetype | v0.0.0-20170609003504-e2365dfdc4a0 | непряма |
| Go | github.com/inconshreveable/mousetrap | v1.0.1 | непряма |
| Go | github.com/mattn/go-colorable | v0.0.9 | непряма |
| Go | github.com/mattn/go-isatty | v0.0.3 | непряма |
| Go | github.com/phpdave11/gofpdf | v1.4.2 | непряма |
| Go | github.com/pmezard/go-difflib | v1.0.0 | непряма |
| Go | github.com/russross/blackfriday/v2 | v2.1.0 | непряма |
| Go | github.com/shurcool/sanitized_anchor_name | v1.0.0 | непряма |
| Go | github.com/spf13/pflag | v1.0.5 | непряма |
| Go | golang.org/x/exp | v0.0.0-20200224162631-6cc2880d07d6 | непряма |
| Go | golang.org/x/image | v0.25.0 | непряма |
| Go | golang.org/x/sys | v0.30.0 | непряма |
| Go | golang.org/x/text | v0.23.0 | непряма |
| Go | gopkg.in/yaml.v2 | v2.4.0 | непряма |
Сповіщення про залежності 4
Цей репозиторій не публікує пакета, який розпізнає індекс, тож оцінено його власний граф залежностей — 34 пакетів, серед яких є й піниї розробки та тестування, що ніколи не постачаються: 4 мають відомі сповіщення, з них 1 прямі.
| Пакет | Версія | Зв'язок | Критичність | Сповіщень | Виправлено в |
|---|---|---|---|---|---|
| golang.org/x/image | v0.25.0 | непряма | висока | 10 | 0.43.0 |
| github.com/ulikunitz/xz | v0.5.10 | пряма | помірна | 2 | 0.5.15 |
| golang.org/x/sys | v0.30.0 | непряма | невідома | 1 | 0.44.0 |
| golang.org/x/text | v0.23.0 | непряма | невідома | 1 | 0.39.0 |
Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.
Звіт у форматі JSON машиночитний
Зворотний зв’язок
Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.
Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.
Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.26.0 — повна методологія · вікі метрик.
Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — Go.