scverse / pertpy
Single-cell perturbation analysis
scverse/pertpy має індекс здоров’я 95 зі 100, що відповідає смузі «Винятковий». Найвищий показник — Engineering Quality (100/100), найнижчий — Sustainability & Governance (71/100). Останнє оновлення — сьогодні. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.
Індекс здоров'я програмного забезпечення
Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).
Профіль оцінок
Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.
Зважений загальний бал 82 калібровано до 95 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).
Власність
За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.
Пакетні екосистеми
| Реєстр | Пакет | Версія | Завантажень / міс | Версії | Остання публікація | Теги |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | pertpy | 1.3.0 | 7 588 | 30 | 0 днів тому | crisprperturb-seqanndatabioinformaticscompositional-analysiscomputational-biologydifferential-abundancedifferential-expressionperturbationscrna-seqscversesingle-cell |
Метрики за категоріями
Життєздатність
Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?
Активність розробки
Як обчислюється оцінка
| 36/36 | Свіжість push — останній push 0 дн. тому |
| 30.5/36 | Ритм комітів — 44/52 тижнів із комітами |
| 18/18 | Обсяг комітів — 158 комітів за останній рік |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 19 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
Використані вхідні дані
| commits_last_year | 158 |
| human_commit_share | 0,75 |
| days_since_last_push | 0 |
| active_weeks_last_year | 44 |
Дисципліна релізів
Як обчислюється оцінка
| 27/27 | Випускає релізи — опубліковано 28 релізів |
| 36/36 | Свіжість релізів — останній реліз 0 дн. тому |
| 27/27 | Ритм релізів — реліз кожні ~44,3 дн. |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних |
Використані вхідні дані
| releases_count | 28 |
| latest_release_tag | 1.3.0 |
| releases_from_tags | ні |
| days_since_latest_release | 0 |
| mean_days_between_releases | 44,3 |
Спільнота та впровадження
Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?
Популярність і впровадження
Як обчислюється оцінка
| 41/60 | Зірки — 337 зірок |
| 15/25 | Форки — 64 форків |
| 3.3/15 | Спостерігачі — 5 спостерігачів |
Використані вхідні дані
| forks | 64 |
| stars | 337 |
| watchers | 5 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
Здоров'я спільноти
Як обчислюється оцінка
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | Ліцензія — визнана ліцензія (MIT) |
| 18/18 | Настанови CONTRIBUTING |
| 13.5/13.5 | Кодекс поведінки |
| 0/7.2 | Шаблон issue |
| 6.3/6.3 | Шаблон PR |
Використані вхідні дані
| has_readme | так |
| has_license | так |
| readme_badges | 8 |
| has_contributing | так |
| has_issue_template | ні |
| has_code_of_conduct | так |
| readme_badge_services | codecov.io, github.com, shields.io |
| has_pull_request_template | так |
Як обчислюється оцінка
| 51.7/80 | Щомісячні завантаження — 7 588 завантажень/місяць у pypi |
| 0/20 | Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє |
Використані вхідні дані
| packages | pertpy |
| dependents | — |
| ecosystems | pypi |
| total_downloads | — |
| monthly_downloads | 7 588 |
| unverified_packages_excluded | — |
Сталість та врядування
Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?
Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)
Як обчислюється оцінка
| 9/54 | Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів |
| 6.9/22.5 | Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 69% комітів |
| 13.5/13.5 | Широта контриб’юторів — 49 контриб’юторів |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 20 contributing companies or organizations |
Використані вхідні дані
| bus_factor | 1 |
| contributors_sampled | 49 |
| top_contributor_share | 0,693 |
Реактивність на issue та PR
Як обчислюється оцінка
| 41.1/42 | Вирішення issue — закрито 98% issue |
| 27.1/30 | Прийняття PR — злито 599/664 вирішених PR |
| 13/13 | Newcomer PR acceptance — злито 3/3 PR від новачків за 30 дн. |
| 1.5/15 | OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 3/24 approved changesets -- score normalized to 1 |
Використані вхідні дані
| merged_prs | 599 |
| open_issues | 9 |
| closed_issues | 398 |
| prs_merged_7d | 6 |
| prs_decided_7d | 6 |
| prs_merged_30d | 24 |
| prs_decided_30d | 24 |
| issue_closed_ratio | 0,978 |
| closed_unmerged_prs | 65 |
| first_time_authors_30d | 2 |
| first_time_prs_merged_30d | 3 |
| first_time_prs_decided_30d | 3 |
Власність та опіка
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | Підтримка власника — у власності організації |
| 0/20 | Верифікований домен |
| 22.9/25 | Охоплення власника — 1 546 підписників у scverse |
| 22.5/25 | Послужний список — 88 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~4 р. |
Використані вхідні дані
| followers | 1 546 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | ні |
| owner_login | scverse |
| public_repos | 88 |
| account_age_days | 1 727 |
Супровід пакетів
Як обчислюється оцінка
| 25/25 | Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi |
| 35/35 | Свіжість публікацій — остання публікація 0 дн. тому |
| 20/20 | Історія версій — 30 опублікованих версій |
| 20/20 | Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked |
Використані вхідні дані
| packages | pertpy |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | ні |
| min_days_since_publish | 0 |
Інженерна якість
Чи наявні базові інженерні практики та документація?
Інженерні практики
Як обчислюється оцінка
| 24/24 | Процеси CI — 6 процес(ів) CI |
| 24/24 | Наявні тести |
| 16/16 | Конфігурація лінтера — pyproject.toml ([tool.ruff]) |
| 9.6/9.6 | Pre-commit-хуки |
| 6.4/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
Використані вхідні дані
| has_ci | так |
| has_tests | так |
| has_editorconfig | так |
| has_linter_config | так |
| has_precommit_config | так |
Документація
Як обчислюється оцінка
| 30/30 | README |
| 25/25 | Каталог документації |
| 15/15 | Сайт документації / домашня сторінка — https://pertpy.readthedocs.io/en/stable |
| 10/10 | Опис репозиторію |
| 10/10 | Теми — 13 тем |
| 10/10 | Wiki |
Використані вхідні дані
| topics | scverse, single-cell, perturbation, anndata, bioinformatics, computational-biology, crispr, differential-abundance, differential-expression, drug-discovery, perturb-seq, python, scrna-seq |
| has_wiki | так |
| homepage | https://pertpy.readthedocs.io/en/stable |
| docs_site | https://pertpy.readthedocs.io/en/stable |
| has_readme | так |
| has_docs_dir | так |
| has_description | так |
Безпека
Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?
Стан безпеки
Як обчислюється оцінка
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0/7.5 | Branch-Protection — немає даних |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 0.8/7.5 | Code-Review — Found 3/24 approved changesets -- score normalized to 1 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 20 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 7.5/7.5 | Dependency-Update-Tool — update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | Ліцензія — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 30 commit(s) and 19 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 5/5 | Pinned-Dependencies — all dependencies are pinned |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — немає даних |
| 7.5/7.5 | Token-Permissions — GitHub workflow tokens follow principle of least privilege |
| 7.5/7.5 | Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected |
Використані вхідні дані
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 16 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 2 |
| scorecard_aggregate | 7,3 |
Готовність до ШІ
Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.
Контекст і настанови для агентів
Як обчислюється оцінка
| 0/45 | Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора |
| 15/15 | Машиночитана документація (llms.txt) — llms.txt наявний |
| 40/40 | Читабельна історія комітів — намір зазначено у 71 з 75 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст) |
Використані вхідні дані
| has_llms_txt | так |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0,947 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
Як обчислюється оцінка
| 18/18 | Розгортання однією командою — docs/Makefile |
| 22/22 | Автоматизовані тести |
| 11/11 | Конфігурація лінтера / форматера — pyproject.toml ([tool.ruff]) |
| 11/11 | Статична перевірка типів — src/pertpy/py.typed |
| 0/10 | Відтворюване середовище |
| 10/10 | Підтверджена практика роботи з агентами — 26 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням |
| 8/8 | Автоматизоване супроводження — 6 з останніх 100 комітів — автоматичні оновлення залежностей |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — all dependencies are pinned |
Використані вхідні дані
| has_nix | ні |
| has_tests | так |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | ні |
| typed_language | ні |
| bootstrap_files | docs/Makefile |
| has_devcontainer | ні |
| has_linter_config | так |
| typecheck_configs | src/pertpy/py.typed |
| agent_commit_share | 0,26 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0,06 |
Читабельність коду для моделей
Як обчислюється оцінка
| 27/45 | Типізований код — Python з конфігурацією перевірки типів (src/pertpy/py.typed) |
| 52.3/55 | Керовані розміри файлів — 5/103 файлів вихідного коду понад 60 КБ |
Використані вхідні дані
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 120 143 |
| source_files_sampled | 103 |
| oversized_source_files | 5 |
Ключові факти
Попередження щодо збору даних
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
- deps.dev does not index pypi:pertpy@1.3.0; advisories assessed against the repository dependency graph instead
- No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem
Докладніше
Історія зірок і форків 0 ★ / 64 ⇿
Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.
Кожна точка охоплює 4 днів.
OpenSSF Scorecard 7.3 / 10
Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| н/д | Branch-Protection | internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md |
| 10 | CI-Tests | 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 1 | Code-Review | Found 3/24 approved changesets -- score normalized to 1 |
| 10 | Contributors | project has 20 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 10 | Dependency-Update-Tool | update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 30 commit(s) and 19 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 10 | Pinned-Dependencies | all dependencies are pinned |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| н/д | Signed-Releases | no releases found |
| 10 | Token-Permissions | GitHub workflow tokens follow principle of least privilege |
| 10 | Vulnerabilities | 0 existing vulnerabilities detected |
Прямі залежності 17
| Реєстр | Пакет | Обмеження версії | Маніфест |
|---|---|---|---|
| PyPI | requests | — | pyproject.toml |
| PyPI | rich | — | pyproject.toml |
| PyPI | anndata | — | pyproject.toml |
| PyPI | scanpy | — | pyproject.toml |
| PyPI | mudata | — | pyproject.toml |
| PyPI | scikit-misc | — | pyproject.toml |
| PyPI | adjusttext | — | pyproject.toml |
| PyPI | sparsecca | — | pyproject.toml |
| PyPI | openpyxl | — | pyproject.toml |
| PyPI | pubchempy | — | pyproject.toml |
| PyPI | pyarrow | — | pyproject.toml |
| PyPI | blitzgsea | — | pyproject.toml |
| PyPI | scikit-learn | >=1.4 | pyproject.toml |
| PyPI | fast-array-utils | — | pyproject.toml |
| PyPI | arviz | >=1.2.0 | pyproject.toml |
| PyPI | pooch | — | pyproject.toml |
| PyPI | scverse-misc | — | pyproject.toml |
Усі залежності 8
Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 2 прямих і 6 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.
| Реєстр | Пакет | Версія | Зв'язок |
|---|---|---|---|
| PyPI | arviz | — | пряма |
| PyPI | scikit-learn | — | пряма |
| PyPI | docutils | — | непряма |
| PyPI | formulaic-contrasts | — | непряма |
| PyPI | pydeseq2 | — | непряма |
| PyPI | sphinx | — | непряма |
| PyPI | sphinxcontrib-bibtex | — | непряма |
| PyPI | toytree | — | непряма |
Сповіщення про залежності не оцінено
Звірка сповіщень не відбулася для цього звіту: No resolved dependencies carried a version and a supported ecosystem
Звіт у форматі JSON машиночитний
Зворотний зв’язок
Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.
Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.
Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.
Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.