Усі теги
Тег каталогу

#single-cell

Усі репозиторії публічного реєстру з цим тегом — із тем GitHub або ключових слів, які публікують їхні реєстри пакетів. Здоров'я вимірюється за тією ж версіонованою методологією, що й решта реєстру.

16 записів
З тегом «single-cell»Упорядковано за індексом здоров'я
PyPI
95Винятковийіндекс здоров'я
scverse/pertpy
Single-cell perturbation analysis
Python★ 337↓ 7 588/міс24 серп. 2026 р.
MIT24 серп. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
92Відміннийіндекс здоров'я
PixelgenTechnologies/pixelator
A command-line tool and library to process and analyze sequencing data from Molecular Pixelation (MPX) and Proximity Network (PNA) assays.
Python★ 22↓ 169/міс19 жовт. 2026 р.
MIT19 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
92Відміннийіндекс здоров'я
scverse/liana
LIANA+: an all-in-one framework for cell-cell communication
Python★ 31512 вер. 2026 р.
BSD-3-Clause12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
91Відміннийіндекс здоров'я
scverse/decoupler
Python package to perform enrichment analysis from omics data.
Python★ 29418 вер. 2026 р.
BSD-3-Clause18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
90Відміннийіндекс здоров'я
scverse/rapids-singlecell
rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis
Python · Cuda★ 39412 вер. 2026 р.
MIT12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
87Відміннийіндекс здоров'я
ablab/IsoQuant
A universal toolkit for upstream processing of long RNA reads
Python★ 23910 вер. 2026 р.
Власна ліцензія10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
npm
87Відміннийіндекс здоров'я
vitessce/vitessce
Vitessce is a visual integration tool for exploration of spatial single-cell experiments.
JavaScript · TypeScript★ 268↓ 26.4K/міс13 вер. 2026 р.
MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · npm
84Відміннийіндекс здоров'я
COMBINE-lab/salmon
🐟 🍣 🍱 Highly-accurate & wicked fast transcript-level quantification from RNA-seq reads using selective alignment
Rust★ 930↓ 1 792/міс8 вер. 2026 р.
BSD-3-Clause8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
81Відміннийіндекс здоров'я
cafferychen777/mLLMCelltype
Cell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensus
Python · R★ 661↓ 285/міс15 вер. 2026 р.
MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · Go
71Добрийіндекс здоров'я
the-omics-os/lobster
The self-evolving agentic framework for bioinformatics
Python★ 45↓ 765/міс8 вер. 2026 р.
Власна ліцензія8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · npm · PyPI
69Добрийіндекс здоров'я
COMBINE-lab/simpleaf
A rust framework to make using alevin-fry even simpler
Rust★ 68↓ 41/міс20 жовт. 2026 р.
BSD-3-Clause20 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · npm
67Добрийіндекс здоров'я
vitessce/vitessce-python
Python API and Jupyter widget for Vitessce
Python★ 67↓ 3 553/міс13 вер. 2026 р.
MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
50Помірнийіндекс здоров'я
jamesjcai/scGEAToolbox
scGEAToolbox: Matlab toolbox for single-cell gene expression analyses
MATLAB★ 3011 вер. 2026 р.
MIT11 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
47Слабкийіндекс здоров'я
dawe/schist
An interface for Nested Stochastic Block Model for single cell analysis
Python★ 4018 жовт. 2026 р.
BSD-3-Clause18 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
42Слабкийіндекс здоров'я
Teichlab/Genes2Genes
Aligning gene expression trajectories of single-cell reference and query systems
Jupyter Notebook★ 9313 вер. 2026 р.
MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · npm
36Слабкийіндекс здоров'я
smartsbio/smarts-bio-jupyterlab
Опис репозиторію не опубліковано.
TypeScript★ 1↓ 64/міс9 вер. 2026 р.
MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0