公开记录卓越
软件健康报告模式 0.16.0 · 指标 2.10.0 · 2026-07-21 02:48 UTC
scverse / scanpy
Single-cell analysis in Python. Scales to >100M cells.
scverse/scanpy 的健康指数为 100 分中的 98 分，处于「卓越」区间。 其得分最高的类别是Vitality（96/100），最低的是AI Readiness（48/100）。 最近一次更新在今天。 近期的大部分工作由 2 位贡献者完成。
98
总分 / 100软件健康指数
指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。
98
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
评分画像
每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。
加权总体分 86 经校准后在公布的指数量表上为 98（记录校准 2026-08-02）。
所有权
软件包生态系统
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 月下载量 | 版本数 | 最近发布 |
|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | scanpy | 1.12.2 | 1,032,498 | 93 | 21 天前 |
按类别列示的指标
活力
项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？
96
开发活跃度
99卓越
评分方式
| 36/36 | 推送新近度 — 最近一次推送于 0 天前 |
| 34.6/36 | 提交节奏 — 52 周中有 50 周有提交 |
| 18/18 | 提交量 — 最近一年 220 次提交 |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
所用输入
| commits_last_year | 220 |
| human_commit_share | — |
| days_since_last_push | 0 |
| active_weeks_last_year | 50 |
发布纪律
92优秀
评分方式
| 27/27 | 有发布版本 — 已发布 98 个发布版本 |
| 36/36 | 发布时效 — 最近一次发布版本于 21 天前 |
| 19.8/27 | 发布节奏 — 约每 55.6 天发布一次 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据 |
所用输入
| releases_count | 98 |
| latest_release_tag | 1.12.2 |
| releases_from_tags | 否 |
| days_since_latest_release | 21 |
| mean_days_between_releases | 55.6 |
已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。
社区与采用
项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？
93
流行度与采用
89优秀
评分方式
| 55.2/60 | 星标 — 2,522 个星标 |
| 24/25 | 复刻 — 757 个复刻 |
| 9.4/15 | 关注者 — 51 位关注者 |
所用输入
| forks | 757 |
| stars | 2,522 |
| watchers | 51 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
社区健康
92优秀
评分方式
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | 许可证 — 可识别的许可证（BSD-3-Clause） |
| 18/18 | CONTRIBUTING 指南 |
| 13.5/13.5 | 行为准则 |
| 0/7.2 | 议题模板 |
| 6.3/6.3 | PR 模板 |
所用输入
| has_readme | 是 |
| has_license | 是 |
| readme_badges | — |
| has_contributing | 是 |
| has_issue_template | 否 |
| has_code_of_conduct | 是 |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | 是 |
生态采用（下载量）
100卓越
评分方式
| 80/80 | 月度下载量 — pypi 合计每月 1,032,498 次下载 |
| 0/20 | 注册表被依赖数 — 该生态系统不报告此项 |
所用输入
| packages | scanpy |
| dependents | — |
| ecosystems | pypi |
| total_downloads | — |
| monthly_downloads | 1,032,498 |
| unverified_packages_excluded | — |
已排除计分（无数据或不适用）：注册表被依赖数。 其余权重已重新归一化。
可持续性与治理
项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？
82
维护者韧性（巴士系数）
63中等
评分方式
| 25.2/54 | 巴士系数 — 2 位贡献者贡献了半数提交 |
| 14.6/22.5 | 提交分布 — 头号贡献者编写了 35% 的提交 |
| 13.5/13.5 | 贡献者广度 — 100 位贡献者 |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 49 contributing companies or organizations |
所用输入
| bus_factor | 2 |
| contributors_sampled | 100 |
| top_contributor_share | 0.35 |
议题与 PR 响应能力
79良好
评分方式
| 32/42 | 议题解决 — 76% 的议题已关闭 |
| 26.6/30 | PR 接受 — 已裁定的 PR 中 1,837/2,068 已合并 |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决 |
| 10.5/15 | OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 18/23 approved changesets -- score normalized to 7 |
所用输入
| merged_prs | 1,837 |
| open_issues | 478 |
| closed_issues | 1,540 |
| prs_merged_7d | — |
| prs_decided_7d | — |
| prs_merged_30d | — |
| prs_decided_30d | — |
| issue_closed_ratio | 0.763 |
| closed_unmerged_prs | 231 |
| first_time_authors_30d | — |
| first_time_prs_merged_30d | — |
| first_time_prs_decided_30d | — |
已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。
所有权与托管责任
94卓越
评分方式
| 30/30 | 所有权背书 — 组织持有 |
| 0/20 | 已验证域名 — 未读取该组织的域名验证状态 |
| 22.9/25 | 所有者影响力 — scverse 有 1,516 位关注者 |
| 22.3/25 | 既往记录 — 86 个公开仓库，账户约 4 年 |
所用输入
| followers | 1,516 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | — |
| owner_login | scverse |
| public_repos | 86 |
| account_age_days | 1,693 |
已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。 其余权重已重新归一化。
软件包维护
100卓越
评分方式
| 25/25 | 已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包 |
| 35/35 | 发布时效 — 最近一次发布于 21 天前 |
| 20/20 | 版本历史 — 93 个已发布版本 |
| 20/20 | 未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回 |
所用输入
| packages | scanpy |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | 否 |
| min_days_since_publish | 21 |
工程质量
基础的工程与文档实践是否到位？
96
工程实践
100卓越
评分方式
| 24/24 | CI 工作流 — 4 个工作流 |
| 24/24 | 存在测试 |
| 16/16 | Linter 配置 |
| 9.6/9.6 | Pre-commit 钩子 |
| 6.4/6.4 | .editorconfig |
| 20/20 | OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
所用输入
| has_ci | 是 |
| has_tests | 是 |
| has_editorconfig | 是 |
| has_linter_config | 是 |
| has_precommit_config | 是 |
文档
90优秀
评分方式
| 30/30 | README |
| 25/25 | 文档目录 |
| 15/15 | 文档 / 主页站点 — https://scanpy.scverse.org |
| 10/10 | 仓库描述 |
| 10/10 | 主题标签 — 9 个主题标签 |
| 0/10 | Wiki |
所用输入
| topics | machine-learning, data-science, visualize-data, transcriptomics, bioinformatics, scanpy, anndata, python, scverse |
| has_wiki | 否 |
| homepage | https://scanpy.scverse.org |
| docs_site | https://scanpy.scverse.org |
| has_readme | 是 |
| has_docs_dir | 是 |
| has_description | 是 |
安全
可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？
69
安全态势
61中等
评分方式
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 2.2/7.5 | Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 2.5/2.5 | CI-Tests — 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 5.2/7.5 | Code-Review — Found 18/23 approved changesets -- score normalized to 7 |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 49 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 7.5/7.5 | Dependency-Update-Tool — update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | 许可证 — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — 无数据 |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 7.5/7.5 | Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected |
所用输入
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 17 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 1 |
| scorecard_aggregate | 6.2 |
已排除计分（无数据或不适用）：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。
依赖安全公告
100卓越
评分方式
| 35/35 | 直接依赖不含已知公告 — 没有直接依赖携带已知公告 |
| 25/25 | 间接依赖不含已知公告 — 没有间接依赖携带已知公告 |
| 0/40 | 没有长期未处理的公告 — 没有公告带有发布日期 |
所用输入
| source | osv |
| advisories | 0 |
| affected_packages | 0 |
| assessed_packages | 47 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | none |
| direct_affected_packages | 0 |
已排除计分（无数据或不适用）：没有长期未处理的公告。 其余权重已重新归一化。 比对的是 pypi:scanpy@1.12.2 的运行时依赖闭包——安装已发布的软件包时真正被拉取进来的内容——共 47 个软件包。 未对可达性进行分析。
AI 就绪度
该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。
48
AI 代理上下文与指引
1危急
评分方式
| 0/45 | 代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则 |
| 0/15 | 机器可读文档（llms.txt） |
| 0/40 | 可读的提交历史 — 无数据 |
所用输入
| has_llms_txt | 否 |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | — |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
已排除计分（无数据或不适用）：可读的提交历史。 其余权重已重新归一化。
评分方式
| 18/18 | 一条命令的引导启动 — docs/Makefile |
| 22/22 | 自动化测试 |
| 11/11 | Lint / 格式化配置 |
| 0/11 | 静态类型检查 |
| 0/10 | 可复现环境 |
| 0/10 | 已体现的代理实践 — 无数据 |
| 5/8 | 自动化维护 — 已配置依赖自动化，但在抽样提交中未观察到 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
所用输入
| has_nix | 否 |
| has_tests | 是 |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | 否 |
| typed_language | 否 |
| bootstrap_files | docs/Makefile |
| has_devcontainer | 否 |
| has_linter_config | 是 |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | — |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
已排除计分（无数据或不适用）：已体现的代理实践。 其余权重已重新归一化。
面向模型的代码可读性
54中等
评分方式
| 0/45 | 可类型检查的代码 — Python，未配置类型检查 |
| 54.5/55 | 可控的文件大小 — 采样的 205 个源文件中有 2 个超过 60KB |
所用输入
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 92,167 |
| source_files_sampled | 205 |
| oversized_source_files | 2 |
机器可读接口
100卓越
评分方式
| 0/40 | API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto） — 不适用于此类软件 |
| 0/20 | MCP 服务器 — 不适用于此类软件 |
| 40/40 | 可运行示例 — notebooks |
所用输入
| example_dirs | notebooks |
| has_mcp_signal | 否 |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
已排除计分（无数据或不适用）：API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）, MCP 服务器。 其余权重已重新归一化。
关键数据
2,522GitHub 星标
100贡献者
220最近 12 个月提交数
0距最近推送天数
98发布版本数
2巴士系数（bus factor）
478开放议题
PyPI软件包生态系统数
更多细节
OpenSSF Scorecard 6.2 / 10
6.2综合
来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| 3 | Branch-Protection | branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 10 | CI-Tests | 29 out of 29 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 7 | Code-Review | Found 18/23 approved changesets -- score normalized to 7 |
| 10 | Contributors | project has 49 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 10 | Dependency-Update-Tool | update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| 不适用 | Signed-Releases | no releases found |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 10 | Vulnerabilities | 0 existing vulnerabilities detected |
直接依赖 23
| 注册表 | 软件包 | 版本约束 | 清单文件 |
|---|---|---|---|
| PyPI | anndata | >=0.11.2 | pyproject.toml |
| PyPI | certifi | — | pyproject.toml |
| PyPI | fast-array-utils | >=1.4 | pyproject.toml |
| PyPI | h5py | >=3.11 | pyproject.toml |
| PyPI | joblib | — | pyproject.toml |
| PyPI | matplotlib | >=3.10,!=3.11.0rc1,!=3.11.0rc2,!=3.11 | pyproject.toml |
| PyPI | natsort | — | pyproject.toml |
| PyPI | networkx | >=3.4 | pyproject.toml |
| PyPI | numba | >=0.61 | pyproject.toml |
| PyPI | numpy | >=2.1 | pyproject.toml |
| PyPI | packaging | >=25 | pyproject.toml |
| PyPI | pandas | >=2.3 | pyproject.toml |
| PyPI | patsy | — | pyproject.toml |
| PyPI | pynndescent | >=0.5.13 | pyproject.toml |
| PyPI | scikit-learn | >=1.6 | pyproject.toml |
| PyPI | scipy | >=1.15 | pyproject.toml |
| PyPI | scverse-misc | >=0.1.1 | pyproject.toml |
| PyPI | seaborn | >=0.13.2 | pyproject.toml |
| PyPI | session-info2 | — | pyproject.toml |
| PyPI | statsmodels | >=0.14.5 | pyproject.toml |
| PyPI | tqdm | — | pyproject.toml |
| PyPI | typing-extensions | — | pyproject.toml |
| PyPI | umap-learn | >=0.5.12 | pyproject.toml |
全部依赖 35
来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：16 个直接依赖与 19 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 关系 |
|---|---|---|---|
| PyPI | anndata | — | 直接 |
| PyPI | fast-array-utils | — | 直接 |
| PyPI | h5py | — | 直接 |
| PyPI | matplotlib | — | 直接 |
| PyPI | networkx | — | 直接 |
| PyPI | numba | — | 直接 |
| PyPI | numpy | — | 直接 |
| PyPI | packaging | — | 直接 |
| PyPI | pandas | — | 直接 |
| PyPI | pynndescent | — | 直接 |
| PyPI | scikit-learn | — | 直接 |
| PyPI | scipy | — | 直接 |
| PyPI | scverse-misc | — | 直接 |
| PyPI | seaborn | — | 直接 |
| PyPI | statsmodels | — | 直接 |
| PyPI | umap-learn | — | 直接 |
| PyPI | dask | — | 间接 |
| PyPI | igraph | — | 间接 |
| PyPI | illico | — | 间接 |
| PyPI | ipython | — | 间接 |
| PyPI | leidenalg | — | 间接 |
| PyPI | louvain | — | 间接 |
| PyPI | magic-impute | — | 间接 |
| PyPI | myst-nb | — | 间接 |
| PyPI | myst-parser | — | 间接 |
| PyPI | nbsphinx | — | 间接 |
| PyPI | scanpydoc | — | 间接 |
| PyPI | scikit-image | — | 间接 |
| PyPI | scikit-misc | — | 间接 |
| PyPI | sphinx | — | 间接 |
| PyPI | sphinx-autodoc-typehints | — | 间接 |
| PyPI | sphinx-book-theme | — | 间接 |
| PyPI | sphinx-exec-jupyter | — | 间接 |
| PyPI | sphinx-issues | — | 间接 |
| PyPI | zarr | — | 间接 |
依赖安全公告 0
安装 pypi:scanpy@1.12.2 会引入 47 个包（直接与传递）：其中 0 个存在已知公告，0 个为直接依赖。
没有已知公告影响已评估的依赖。
公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析，且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。
原始 JSON 报告 机器可读
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