PyPI
deepmodeling/abacus-develop
An electronic structure package based on either plane wave basis or numerical atomic orbitals.
LGPL-3.02026年9月12日 · 指标 2.10.0
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#molecular-dynamics
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24 条记录
PyPI
MDAnalysis/mdanalysis
MDAnalysis is a Python library to analyze molecular dynamics simulations.
自定义许可证2026年9月12日 · 指标 2.10.0
PyPI
glotzerlab/freud
Powerful, efficient particle trajectory analysis in scientific Python.
BSD-3-Clause2026年9月13日 · 指标 2.10.0
PyPI
mosdef-hub/mbuild
A hierarchical, component based molecule builder
自定义许可证2026年9月12日 · 指标 2.10.0
PyPI
glotzerlab/hoomd-blue
Molecular dynamics and Monte Carlo soft matter simulation on GPUs.
BSD-3-Clause2026年9月20日 · 指标 2.10.0
PyPI
BradyAJohnston/MolecularNodes
Toolbox for molecular animations in Blender, powered by Geometry Nodes.
GPL-3.02026年9月8日 · 指标 2.10.0
PyPI
lab-cosmo/upet
Universal machine-learning models for advanced atomistic simulations
BSD-3-Clause2026年9月19日 · 指标 2.10.0
crates.io
kent-tokyo/chematic
A pure-Rust cheminformatics library targeting RDKit feature parity — zero C/C++ by default.
Apache-2.02026年9月9日 · 指标 2.10.0
PyPI
abhishektiwari/hbat
HBAT 2: A Python Package to analyse Hydrogen Bonds and Other Non-covalent Interactions in Macromolecular Structures https://hbat-web.abhishek-tiwari.com
MIT2026年9月16日 · 指标 2.10.0
PyPI
chemosim-lab/ProLIF
Interaction Fingerprints for protein-ligand complexes and more
Apache-2.02026年9月19日 · 指标 2.10.0
crates.io · PyPI
OmniPotentRPC/rgpot
A repository of potential energy surface functions
MIT2026年9月16日 · 指标 2.10.0
PyPI · crates.io
MolCrafts/molrs
[WIP] Molcrafts rust kernel
BSD-3-Clause2026年9月8日 · 指标 2.10.0
PyPI
IRL2/nanover-server-py
Interactive Molecular Dynamics (iMD) in XR
MIT2026年9月18日 · 指标 2.10.0
PyPI
elkins-lab/synth-pdb
Generate realistic PDB files with mixed secondary structures for testing, education and bioinformatics tool development. Jupyter Notebook tutorials are available to visualize the concepts..
MIT2026年9月9日 · 指标 2.10.0
PyPI
molssi-seamm/lammps_step
A SEAMM plug-in for LAMMPS, a forcefield-based molecular dynamics code.
自定义许可证2026年10月11日 · 指标 2.10.0
PyPI
m3g/packmol
Packmol - Initial configurations for molecular dynamics simulations
MIT2026年9月10日 · 指标 2.10.0
PyPI
Marcello-Sega/pytim
a python package for the interfacial analysis of molecular simulations
GPL-3.02026年10月21日 · 指标 2.10.0
PyPI
SPONGEMM/XpongeCPP
该仓库未发布描述。
无许可证2026年10月20日 · 指标 2.10.0
PyPI
elkins-lab/synth-dynamics
Fast Langevin dynamics engine using the Anisotropic Network Model (ANM) for rapid protein conformational ensemble generation.
MIT2026年9月9日 · 指标 2.10.0
crates.io · npm
jigonzalez930209/sci-form
High-performance 3D molecular conformer generation inspired by RDKit's ETKDG algorithm. Built with Rust for maximum speed, providing scientific accuracy and native support for Python, TypeScript (WASM), and CLI.
MIT2026年10月18日 · 指标 2.10.0
PyPI
usnistgov/atomman
Atomistic Manipulation Toolkit
自定义许可证2026年9月9日 · 指标 2.10.0
PyPI
Amber-MD/pytraj
Python interface of cpptraj
自定义许可证2026年9月8日 · 指标 2.10.0
crates.io
caltechmsc/dreid-pack
A high-performance, pure Rust library for full-atom protein side-chain packing using the DREIDING force field, Goldstein+Split DEE, and tree-decomposition DP—with native protein–ligand and protein–nucleic acid interface support.
MIT2026年9月10日 · 指标 2.10.0
npm
gvarnavi/d3-force-md
Force-directed graph layout using true velocity Verlet integration for use in molecular dynamics.
BSD-3-Clause2026年10月21日 · 指标 2.10.0