PyPI
deepmodeling/abacus-develop
An electronic structure package based on either plane wave basis or numerical atomic orbitals.
LGPL-3.012 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
Усі теги
Тег каталогу
#molecular-dynamics
Усі репозиторії публічного реєстру з цим тегом — із тем GitHub або ключових слів, які публікують їхні реєстри пакетів. Здоров'я вимірюється за тією ж версіонованою методологією, що й решта реєстру.
24 записи
PyPI
MDAnalysis/mdanalysis
MDAnalysis is a Python library to analyze molecular dynamics simulations.
Власна ліцензія12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
glotzerlab/freud
Powerful, efficient particle trajectory analysis in scientific Python.
BSD-3-Clause13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
mosdef-hub/mbuild
A hierarchical, component based molecule builder
Власна ліцензія12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
glotzerlab/hoomd-blue
Molecular dynamics and Monte Carlo soft matter simulation on GPUs.
BSD-3-Clause20 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
BradyAJohnston/MolecularNodes
Toolbox for molecular animations in Blender, powered by Geometry Nodes.
GPL-3.08 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
lab-cosmo/upet
Universal machine-learning models for advanced atomistic simulations
BSD-3-Clause19 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io
kent-tokyo/chematic
A pure-Rust cheminformatics library targeting RDKit feature parity — zero C/C++ by default.
Apache-2.09 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
abhishektiwari/hbat
HBAT 2: A Python Package to analyse Hydrogen Bonds and Other Non-covalent Interactions in Macromolecular Structures https://hbat-web.abhishek-tiwari.com
MIT16 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
chemosim-lab/ProLIF
Interaction Fingerprints for protein-ligand complexes and more
Apache-2.019 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · PyPI
OmniPotentRPC/rgpot
A repository of potential energy surface functions
MIT16 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · crates.io
MolCrafts/molrs
[WIP] Molcrafts rust kernel
BSD-3-Clause8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
IRL2/nanover-server-py
Interactive Molecular Dynamics (iMD) in XR
MIT18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
elkins-lab/synth-pdb
Generate realistic PDB files with mixed secondary structures for testing, education and bioinformatics tool development. Jupyter Notebook tutorials are available to visualize the concepts..
MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
Marcello-Sega/pytim
a python package for the interfacial analysis of molecular simulations
GPL-3.05 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
molssi-seamm/lammps_step
A SEAMM plug-in for LAMMPS, a forcefield-based molecular dynamics code.
Власна ліцензія11 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
m3g/packmol
Packmol - Initial configurations for molecular dynamics simulations
MIT10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
SPONGEMM/XpongeCPP
Опис репозиторію не опубліковано.
Без ліцензії20 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
elkins-lab/synth-dynamics
Fast Langevin dynamics engine using the Anisotropic Network Model (ANM) for rapid protein conformational ensemble generation.
MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · npm
jigonzalez930209/sci-form
High-performance 3D molecular conformer generation inspired by RDKit's ETKDG algorithm. Built with Rust for maximum speed, providing scientific accuracy and native support for Python, TypeScript (WASM), and CLI.
MIT18 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
usnistgov/atomman
Atomistic Manipulation Toolkit
Власна ліцензія9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
Amber-MD/pytraj
Python interface of cpptraj
Власна ліцензія8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io
caltechmsc/dreid-pack
A high-performance, pure Rust library for full-atom protein side-chain packing using the DREIDING force field, Goldstein+Split DEE, and tree-decomposition DP—with native protein–ligand and protein–nucleic acid interface support.
MIT10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
npm
gvarnavi/d3-force-md
Force-directed graph layout using true velocity Verlet integration for use in molecular dynamics.
BSD-3-Clause5 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0