公开记录良好
软件健康报告模式 0.34.0 · 指标 2.10.0 · 2026-09-10 12:30 UTC
EBI-Metagenomics / mgnify-pipelines-toolkit
This Python package contains a collection of scripts and tools for including in MGnify pipelines
EBI-Metagenomics/mgnify-pipelines-toolkit 的健康指数为 100 分中的 77 分，处于「良好」区间。 其得分最高的类别是Vitality（90/100），最低的是Community & Adoption（24/100）。 最近一次更新在 27 天前。 近期的大部分工作由 2 位贡献者完成。
77
总分 / 100软件健康指数
指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。
77
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
评分画像
每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。
加权总体分 66 经校准后在公布的指数量表上为 77（记录校准 2026-08-02）。
所有权
软件包生态系统
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 月下载量 | 版本数 | 最近发布 | 标签 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | mgnify_pipelines_toolkit | 1.5.4 | 1,015 | 72 | 59 天前 | bioinformaticspipelinesmetagenomics |
按类别列示的指标
活力
项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？
90
开发活跃度
83优秀
评分方式
| 28.8/36 | 推送新近度 — 最近一次推送于 27 天前 |
| 26.3/36 | 提交节奏 — 52 周中有 38 周有提交 |
| 18/18 | 提交量 — 最近一年 296 次提交 |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
所用输入
| commits_last_year | 296 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 27 |
| active_weeks_last_year | 38 |
发布纪律
100卓越
评分方式
| 27/27 | 有发布版本 — 已发布 72 个发布版本 |
| 36/36 | 发布时效 — 最近一次发布版本于 59 天前 |
| 27/27 | 发布节奏 — 约每 13 天发布一次 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据 |
所用输入
| releases_count | 72 |
| latest_release_tag | v1.5.4 |
| releases_from_tags | 否 |
| days_since_latest_release | 59 |
| mean_days_between_releases | 13 |
已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。
社区与采用
项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？
24
流行度与采用
2危急
评分方式
| 0/60 | 星标 — 1 个星标 |
| 0/25 | 复刻 — 2 个复刻 |
| 1.7/15 | 关注者 — 3 位关注者 |
所用输入
| forks | 2 |
| stars | 1 |
| watchers | 3 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
社区健康
50中等
评分方式
| 22.5/22.5 | README |
| 22.5/22.5 | 许可证 — 可识别的许可证（Apache-2.0） |
| 0/18 | CONTRIBUTING 指南 |
| 0/13.5 | 行为准则 |
| 0/7.2 | 议题模板 |
| 0/6.3 | PR 模板 |
所用输入
| has_readme | 是 |
| has_license | 是 |
| readme_badges | 0 |
| has_contributing | 否 |
| has_issue_template | 否 |
| has_code_of_conduct | 否 |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | 否 |
可持续性与治理
项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？
81
维护者韧性（巴士系数）
63中等
评分方式
| 25.2/54 | 巴士系数 — 2 位贡献者贡献了半数提交 |
| 13.9/22.5 | 提交分布 — 头号贡献者编写了 38% 的提交 |
| 13.5/13.5 | 贡献者广度 — 11 位贡献者 |
| 10/10 | OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 4 contributing companies or organizations |
所用输入
| bus_factor | 2 |
| contributors_sampled | 11 |
| top_contributor_share | 0.384 |
议题与 PR 响应能力
99卓越
评分方式
| 0/42 | 议题解决 — 没有议题或无数据 |
| 29.4/30 | PR 接受 — 已裁定的 PR 中 158/161 已合并 |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决 |
| 15/15 | OpenSSF Scorecard：Code-Review — all changesets reviewed |
所用输入
| merged_prs | 158 |
| open_issues | 0 |
| closed_issues | 0 |
| prs_merged_7d | 0 |
| prs_decided_7d | 0 |
| prs_merged_30d | 1 |
| prs_decided_30d | 1 |
| issue_closed_ratio | — |
| closed_unmerged_prs | 3 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
已排除计分（无数据或不适用）：议题解决, Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。
所有权与托管责任
71良好
评分方式
| 30/30 | 所有权背书 — 组织持有 |
| 0/20 | 已验证域名 |
| 16.1/25 | 所有者影响力 — EBI-Metagenomics 有 175 位关注者 |
| 25/25 | 既往记录 — 236 个公开仓库，账户约 8 年 |
所用输入
| followers | 175 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | 否 |
| owner_login | EBI-Metagenomics |
| public_repos | 236 |
| account_age_days | 3,249 |
软件包维护
100卓越
评分方式
| 25/25 | 已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包 |
| 35/35 | 发布时效 — 最近一次发布于 59 天前 |
| 20/20 | 版本历史 — 72 个已发布版本 |
| 20/20 | 未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回 |
所用输入
| packages | mgnify_pipelines_toolkit |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | 否 |
| min_days_since_publish | 59 |
工程质量
基础的工程与文档实践是否到位？
76
工程实践
90优秀
评分方式
| 24/24 | CI 工作流 — 4 个工作流 |
| 24/24 | 存在测试 |
| 16/16 | Linter 配置 — pyproject.toml ([tool.ruff]) |
| 9.6/9.6 | Pre-commit 钩子 |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 16/20 | OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8 |
所用输入
| has_ci | 是 |
| has_tests | 是 |
| has_editorconfig | 否 |
| has_linter_config | 是 |
| has_precommit_config | 是 |
文档
55中等
评分方式
| 30/30 | README |
| 0/25 | 文档目录 |
| 15/15 | 文档 / 主页站点 — https://www.ebi.ac.uk/metagenomics |
| 10/10 | 仓库描述 |
| 0/10 | 主题标签 |
| 0/10 | Wiki |
所用输入
| topics | — |
| has_wiki | 否 |
| homepage | https://www.ebi.ac.uk/metagenomics |
| docs_site | https://www.ebi.ac.uk/metagenomics |
| has_readme | 是 |
| has_docs_dir | 否 |
| has_description | 是 |
安全
可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？
50
安全态势
46薄弱
评分方式
| 7.5/7.5 | Binary-Artifacts — no binaries found in the repo |
| 0.8/7.5 | Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 2/2.5 | CI-Tests — 6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8 |
| 0/2.5 | CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 7.5/7.5 | Code-Review — all changesets reviewed |
| 2.5/2.5 | Contributors — project has 4 contributing companies or organizations |
| 10/10 | Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected |
| 0/7.5 | Dependency-Update-Tool — no update tool detected |
| 0/5 | Fuzzing — project is not fuzzed |
| 2.5/2.5 | 许可证 — license file detected |
| 7.5/7.5 | Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 5/5 | Packaging — packaging workflow detected |
| 0/5 | Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0/5 | SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0/5 | Security-Policy — security policy file not detected |
| 0/7.5 | Signed-Releases — 无数据 |
| 0/7.5 | Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0/7.5 | Vulnerabilities — 21 existing vulnerabilities detected |
所用输入
| source | openssf_scorecard |
| checks_evaluated | 17 |
| scorecard_version | v5.5.0 |
| checks_inconclusive | 1 |
| scorecard_aggregate | 4.6 |
已排除计分（无数据或不适用）：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。
依赖安全公告
64中等
评分方式
| 8/35 | 直接依赖不含已知公告 — 3 个受影响：click 8.1.8 (high 7.2), datamodel-code-generator 0.54.1 (high 8.8), biopython 1.85.0 (moderate 4.9) |
| 25/25 | 间接依赖不含已知公告 — 没有间接依赖携带已知公告 |
| 30.7/40 | 没有长期未处理的公告 — 2 个携带公告的软件包超过 90 天未处理；最早一条发布于 266 天前 |
所用输入
| source | osv |
| advisories | 25 |
| affected_packages | 3 |
| assessed_packages | 39 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | high 2, moderate 1 |
| direct_affected_packages | 3 |
比对的是 pypi:mgnify_pipelines_toolkit@1.5.4 的运行时依赖闭包——安装已发布的软件包时真正被拉取进来的内容——共 39 个软件包。 未对可达性进行分析。
AI 就绪度
该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。
43
AI 代理上下文与指引
13危急
评分方式
| 0/45 | 代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则 |
| 0/15 | 机器可读文档（llms.txt） |
| 13.3/40 | 可读的提交历史 — 100 次人类提交中有 25 次说明了意图（结构化标题或解释性正文） |
所用输入
| has_llms_txt | 否 |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0.25 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
评分方式
| 18/18 | 一条命令的引导启动 — Taskfile.yml |
| 22/22 | 自动化测试 |
| 11/11 | Lint / 格式化配置 — pyproject.toml ([tool.ruff]) |
| 0/11 | 静态类型检查 |
| 10/10 | 可复现环境 — Dockerfile, lockfile |
| 0/10 | 已体现的代理实践 — 最近 100 次提交中没有代理编写的提交 |
| 0/8 | 自动化维护 — 未观察到自动依赖更新 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
所用输入
| has_nix | 否 |
| has_tests | 是 |
| lockfiles | uv.lock |
| has_dockerfile | 是 |
| typed_language | 否 |
| bootstrap_files | Taskfile.yml |
| has_devcontainer | 否 |
| has_linter_config | 是 |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
面向模型的代码可读性
55中等
评分方式
| 0/45 | 可类型检查的代码 — Python，未配置类型检查 |
| 55/55 | 可控的文件大小 — 采样的 87 个源文件中有 0 个超过 60KB |
所用输入
| primary_language | Python |
| largest_source_bytes | 48,176 |
| source_files_sampled | 87 |
| oversized_source_files | 0 |
关键数据
1GitHub 星标
11贡献者
296最近 12 个月提交数
27距最近推送天数
72发布版本数
2巴士系数（bus factor）
0开放议题
PyPI软件包生态系统数
数据采集警告
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
更多细节
Star 与 Fork 历史 0 ★ / 2 ⇿
0Star
2Fork
12发布
每颗 star 和每个 fork 的添加时间，来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方，二者可相互对照：稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时，它会作为增长真实性予以报告。
主版本 1次版本 1修订 8
OpenSSF Scorecard 4.6 / 10
4.6综合
来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。
| 10 | Binary-Artifacts | no binaries found in the repo |
| 1 | Branch-Protection | branch protection is not maximal on development and all release branches |
| 8 | CI-Tests | 6 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8 |
| 0 | CII-Best-Practices | no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected |
| 10 | Code-Review | all changesets reviewed |
| 10 | Contributors | project has 4 contributing companies or organizations |
| 10 | Dangerous-Workflow | no dangerous workflow patterns detected |
| 0 | Dependency-Update-Tool | no update tool detected |
| 0 | Fuzzing | project is not fuzzed |
| 10 | License | license file detected |
| 10 | Maintained | 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10 |
| 10 | Packaging | packaging workflow detected |
| 0 | Pinned-Dependencies | dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0 |
| 0 | SAST | SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0 |
| 0 | Security-Policy | security policy file not detected |
| 不适用 | Signed-Releases | no releases found |
| 0 | Token-Permissions | detected GitHub workflow tokens with excessive permissions |
| 0 | Vulnerabilities | 21 existing vulnerabilities detected |
直接依赖 10
| 注册表 | 软件包 | 版本约束 | 清单文件 |
|---|---|---|---|
| PyPI | biopython | ==1.85 | pyproject.toml |
| PyPI | pandas | ==2.2.3 | pyproject.toml |
| PyPI | pandera | ==0.27.1 | pyproject.toml |
| PyPI | pydantic | <2.12.0 | pyproject.toml |
| PyPI | pyfastx | ==2.2.0 | pyproject.toml |
| PyPI | intervaltree | ==3.1.0 | pyproject.toml |
| PyPI | click | ~=8.1.8 | pyproject.toml |
| PyPI | requests | ~=2.32 | pyproject.toml |
| PyPI | bcbio-gff | ==0.7.1 | pyproject.toml |
| PyPI | datamodel-code-generator | ==0.54.1 | pyproject.toml |
全部依赖 65
来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：10 个直接依赖与 55 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 关系 |
|---|---|---|---|
| PyPI | bcbio-gff | 0.7.1 | 直接 |
| PyPI | biopython | 1.85 | 直接 |
| PyPI | click | 8.1.8 | 直接 |
| PyPI | datamodel-code-generator | 0.54.1 | 直接 |
| PyPI | intervaltree | 3.1.0 | 直接 |
| PyPI | pandas | 2.2.3 | 直接 |
| PyPI | pandera | 0.27.1 | 直接 |
| PyPI | pydantic | 2.11.10 | 直接 |
| PyPI | pyfastx | 2.2.0 | 直接 |
| PyPI | requests | 2.32.5 | 直接 |
| PyPI | annotated-types | 0.7.0 | 间接 |
| PyPI | argcomplete | 3.6.3 | 间接 |
| PyPI | attrs | 25.4.0 | 间接 |
| PyPI | black | 26.5.1 | 间接 |
| PyPI | certifi | 2025.11.12 | 间接 |
| PyPI | cfgv | 3.5.0 | 间接 |
| PyPI | charset-normalizer | 3.4.4 | 间接 |
| PyPI | colorama | 0.4.6 | 间接 |
| PyPI | distlib | 0.4.0 | 间接 |
| PyPI | filelock | 3.20.1 | 间接 |
| PyPI | genson | 1.3.0 | 间接 |
| PyPI | identify | 2.6.15 | 间接 |
| PyPI | idna | 3.11 | 间接 |
| PyPI | inflect | 7.5.0 | 间接 |
| PyPI | iniconfig | 2.3.0 | 间接 |
| PyPI | isal | 1.8.0 | 间接 |
| PyPI | isort | 8.0.1 | 间接 |
| PyPI | jinja2 | 3.1.6 | 间接 |
| PyPI | jsonschema | 4.25.1 | 间接 |
| PyPI | jsonschema-specifications | 2025.9.1 | 间接 |
| PyPI | markupsafe | 3.0.3 | 间接 |
| PyPI | mgnify-pipelines-toolkit | 1.5.2 | 间接 |
| PyPI | more-itertools | 10.8.0 | 间接 |
| PyPI | mypy-extensions | 1.1.0 | 间接 |
| PyPI | nodeenv | 1.10.0 | 间接 |
| PyPI | numpy | 2.4.0 | 间接 |
| PyPI | packaging | 25.0 | 间接 |
| PyPI | pathspec | 1.1.1 | 间接 |
| PyPI | platformdirs | 4.5.1 | 间接 |
| PyPI | pluggy | 1.6.0 | 间接 |
| PyPI | pre-commit | 4.2.0 | 间接 |
| PyPI | pydantic-core | 2.33.2 | 间接 |
| PyPI | pytest | 8.3.5 | 间接 |
| PyPI | pytest-md | 0.2.0 | 间接 |
| PyPI | pytest-workflow | 2.1.0 | 间接 |
| PyPI | python-dateutil | 2.9.0.post0 | 间接 |
| PyPI | pytokens | 0.4.1 | 间接 |
| PyPI | pytz | 2025.2 | 间接 |
| PyPI | pyyaml | 6.0.3 | 间接 |
| PyPI | referencing | 0.37.0 | 间接 |
| PyPI | rpds-py | 0.30.0 | 间接 |
| PyPI | ruff | 0.8.4 | 间接 |
| PyPI | six | 1.17.0 | 间接 |
| PyPI | sortedcontainers | 2.4.0 | 间接 |
| PyPI | tomli | 2.4.0 | 间接 |
| PyPI | typeguard | 4.4.4 | 间接 |
| PyPI | typing-extensions | 4.15.0 | 间接 |
| PyPI | typing-inspect | 0.9.0 | 间接 |
| PyPI | typing-inspection | 0.4.2 | 间接 |
| PyPI | tzdata | 2025.3 | 间接 |
| PyPI | urllib3 | 2.6.2 | 间接 |
| PyPI | virtualenv | 20.35.4 | 间接 |
| PyPI | xopen | 2.0.2 | 间接 |
| PyPI | zlib-ng | 1.0.0 | 间接 |
| PyPI | zstandard | 0.25.0 | 间接 |
依赖安全公告 3
安装 pypi:mgnify_pipelines_toolkit@1.5.4 会引入 39 个包（直接与传递）：其中 3 个存在已知公告，3 个为直接依赖。
| 软件包 | 版本 | 关系 | 严重程度 | 公告数 | 修复版本 |
|---|---|---|---|---|---|
| click | 8.1.8 | 直接 | 高 | 1 | 8.3.3 |
| datamodel-code-generator | 0.54.1 | 直接 | 高 | 22 | 0.64.0 |
| biopython | 1.85.0 | 直接 | 中 | 2 | 1.87 |
公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析，且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。
原始 JSON 报告 机器可读
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