Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.12.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-17 21:56 UTC

EBi-Metagenomics / mgnify-pipelines-toolkit

This Python package contains a collection of scripts and tools for including in MGnify pipelines

PythonApache-2.0★ 1 зірка⑂ 2 форкиз лист. 2023 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипБібліотекаІнструмент командного рядкаяк це визначено

EBi-Metagenomics/mgnify-pipelines-toolkit має індекс здоров’я 78 зі 100, що відповідає смузі «Добрий». Найвищий показник — Vitality (94/100), найнижчий — Community & Adoption (24/100). Останнє оновлення було 4 дні тому. Більшість нещодавньої роботи виконують 2 учасники.

78
загалом / 100
Добрий

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

78
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 67 калібровано до 78 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

MGnifyОрганізація
171 підписник225 публічних репозиторіївз жовт. 2017 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPImgnify_pipelines_toolkit1.5.41 147724 дні томуbioinformaticspipelinesmetagenomics

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

94Винятковий · 21% загального індексу

Активність розробки

90Відмінний
Як обчислюється оцінка
36/36Свіжість push — останній push 4 дн. тому
26.3/36Ритм комітів — 38/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 330 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year330
human_commit_share—
days_since_last_push4
active_weeks_last_year38

Дисципліна релізів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 72 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 4 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~13 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count72
latest_release_tagv1.5.4
releases_from_tagsні
days_since_latest_release4
mean_days_between_releases13
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

24У зоні ризику · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

2Критичний
Як обчислюється оцінка
0/60Зірки — 1 зірок
0/25Форки — 2 форків
1.7/15Спостерігачі — 3 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks2
stars1
watchers3
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

50Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (Apache-2.0)
0/18Настанови CONTRIBUTING
0/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges—
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductні
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

86Відмінний · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

62Помірний
Як обчислюється оцінка
25.2/54Бас-фактор — на 2 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
13.8/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 38% комітів
13.5/13.5Широта контриб’юторів — 11 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor2
contributors_sampled11
top_contributor_share0,385

Реактивність на issue та PR

99Винятковий
Як обчислюється оцінка
0/42Вирішення issue — немає issue або даних
29.4/30Прийняття PR — злито 157/160 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
15/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — all changesets reviewed
Використані вхідні дані
merged_prs157
open_issues0
closed_issues0
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio—
closed_unmerged_prs3
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Вирішення issue, Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

89Відмінний
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
16.1/25Охоплення власника — 171 підписників у EBI-Metagenomics
25/25Послужний список — 225 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~8 р.
Використані вхідні дані
followers171
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginEBI-Metagenomics
public_repos225
account_age_days3 194
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 4 дн. тому
20/20Історія версій — 72 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagesmgnify_pipelines_toolkit
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish4

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

76Добрий · 19% загального індексу

Інженерні практики

90Відмінний
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 4 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера
9.6/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
16/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 5 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configтак

Документація

55Помірний
Як обчислюється оцінка
30/30README
0/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://www.ebi.ac.uk/metagenomics
10/10Опис репозиторію
0/10Теми
0/10Wiki
Використані вхідні дані
topics—
has_wikiні
homepagehttps://www.ebi.ac.uk/metagenomics
docs_sitehttps://www.ebi.ac.uk/metagenomics
has_readmeтак
has_docs_dirні
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

46Слабкий · 16% загального індексу

Стан безпеки

46Слабкий
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0.8/7.5Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches
2/2.5CI-Tests — 5 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
7.5/7.5Code-Review — all changesets reviewed
2.5/2.5Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5Vulnerabilities — 10 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4,6
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

45Слабкий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

1Критичний
Як обчислюється оцінка
0/45Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
0/40Читабельна історія комітів — немає даних
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

74Добрий
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — Taskfile.yml
22/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера
0/11Статична перевірка типів
10/10Відтворюване середовище — Dockerfile, lockfile
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних
0/8Автоматизоване супроводження — немає даних
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfilesuv.lock
has_dockerfileтак
typed_languageні
bootstrap_filesTaskfile.yml
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configs—
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.

Читабельність коду для моделей

55Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
55/55Керовані розміри файлів — 0/86 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes48 176
source_files_sampled86
oversized_source_files0

Ключові факти

1зірок GitHub
11контриб'юторів
330комітів за останні 12 місяців
4днів від останнього пушу
72релізів
2бас-фактор
0відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Докладніше

OpenSSF Scorecard 4.6 / 10
4.6сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-07-17 21:56 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
1Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
8CI-Tests5 out of 6 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 8
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
10Code-Reviewall changesets reviewed
10Contributorsproject has 4 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0Vulnerabilities10 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 10
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIbiopython==1.85pyproject.toml
PyPIpandas==2.2.3pyproject.toml
PyPIpandera==0.27.1pyproject.toml
PyPIpydantic<2.12.0pyproject.toml
PyPIpyfastx==2.2.0pyproject.toml
PyPIintervaltree==3.1.0pyproject.toml
PyPIclick~=8.1.8pyproject.toml
PyPIrequests~=2.32pyproject.toml
PyPIbcbio-gff==0.7.1pyproject.toml
PyPIdatamodel-code-generator==0.54.1pyproject.toml
Усі залежності 65

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 10 прямих і 55 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIbcbio-gff0.7.1пряма
PyPIbiopython1.85пряма
PyPIclick8.1.8пряма
PyPIdatamodel-code-generator0.54.1пряма
PyPIintervaltree3.1.0пряма
PyPIpandas2.2.3пряма
PyPIpandera0.27.1пряма
PyPIpydantic2.11.10пряма
PyPIpyfastx2.2.0пряма
PyPIrequests2.32.5пряма
PyPIannotated-types0.7.0непряма
PyPIargcomplete3.6.3непряма
PyPIattrs25.4.0непряма
PyPIblack26.5.1непряма
PyPIcertifi2025.11.12непряма
PyPIcfgv3.5.0непряма
PyPIcharset-normalizer3.4.4непряма
PyPIcolorama0.4.6непряма
PyPIdistlib0.4.0непряма
PyPIfilelock3.20.1непряма
PyPIgenson1.3.0непряма
PyPIidentify2.6.15непряма
PyPIidna3.11непряма
PyPIinflect7.5.0непряма
PyPIiniconfig2.3.0непряма
PyPIisal1.8.0непряма
PyPIisort8.0.1непряма
PyPIjinja23.1.6непряма
PyPIjsonschema4.25.1непряма
PyPIjsonschema-specifications2025.9.1непряма
PyPImarkupsafe3.0.3непряма
PyPImgnify-pipelines-toolkit1.5.2непряма
PyPImore-itertools10.8.0непряма
PyPImypy-extensions1.1.0непряма
PyPInodeenv1.10.0непряма
PyPInumpy2.4.0непряма
PyPIpackaging25.0непряма
PyPIpathspec1.1.1непряма
PyPIplatformdirs4.5.1непряма
PyPIpluggy1.6.0непряма
PyPIpre-commit4.2.0непряма
PyPIpydantic-core2.33.2непряма
PyPIpytest8.3.5непряма
PyPIpytest-md0.2.0непряма
PyPIpytest-workflow2.1.0непряма
PyPIpython-dateutil2.9.0.post0непряма
PyPIpytokens0.4.1непряма
PyPIpytz2025.2непряма
PyPIpyyaml6.0.3непряма
PyPIreferencing0.37.0непряма
PyPIrpds-py0.30.0непряма
PyPIruff0.8.4непряма
PyPIsix1.17.0непряма
PyPIsortedcontainers2.4.0непряма
PyPItomli2.4.0непряма
PyPItypeguard4.4.4непряма
PyPItyping-extensions4.15.0непряма
PyPItyping-inspect0.9.0непряма
PyPItyping-inspection0.4.2непряма
PyPItzdata2025.3непряма
PyPIurllib32.6.2непряма
PyPIvirtualenv20.35.4непряма
PyPIxopen2.0.2непряма
PyPIzlib-ng1.0.0непряма
PyPIzstandard0.25.0непряма
Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з EBi-Metagenomics/mgnify-pipelines-toolkit. Читати поруч →

80EBI-Metagenomics/genome_uploaderPython script to upload bins and MAGs to ENA (European Nucleotide Archive)Відмінний80BigDataBiology/SemiBinSemiBin: metagenomics binning with self-supervised deep learningВідмінний78rhysnewell/aviaryA hybrid assembly and MAG recovery pipeline (and more!)Добрий41jolespin/vebaA modular end-to-end suite for in silico recovery, clustering, and analysis of prokaryotic, microeukaryotic, and viral genomes from metagenomes Слабкий100apache/airflowApache Airflow - A platform to programmatically author, schedule, and monitor workflowsВинятковий99kedro-org/kedroKedro is a toolbox for production-ready data science. It uses software engineering best practices to help you create data engineering and data science pipelines that are reproducible, maintainable, and modular.Винятковий

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.12.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.