Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.12.0 · метрики 2.10.0 · 2026-07-17 21:33 UTC

ablab / IsoQuant

Transcript discovery and quantification with long RNA reads (Nanopores and PacBio)

PythonВласна ліцензія★ 233 зірки⑂ 21 форкз квіт. 2020 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипБібліотекаяк це визначено
#ngs#transcriptomics#pacbio#nanopore#bioinformatics#rna-seq

ablab/IsoQuant має індекс здоров’я 87 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Vitality (95/100), найнижчий — Security (51/100). Останнє оновлення — сьогодні. Більшість нещодавньої роботи виконує один учасник.

87
загалом / 100
Відмінний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

87
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 73 калібровано до 87 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Ex Center for Algorithmic BiotechnologyОрганізація
103 підписники30 публічних репозиторіївз серп. 2011 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

РеєстрПакетВерсіяЗавантажень / місВерсіїОстання публікаціяТеги
PyPIisoquant3.13.1-830 днів томуbioinformaticstranscriptomicslong-readsnanoporepacbioisoformssingle-cellspatial

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

95Винятковий · 21% загального індексу

Активність розробки

98Винятковий
Як обчислюється оцінка
36/36Свіжість push — останній push 0 дн. тому
33.9/36Ритм комітів — 49/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 588 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 8 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year588
human_commit_share—
days_since_last_push0
active_weeks_last_year49

Дисципліна релізів

90Відмінний
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 45 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 30 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~31,3 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
Використані вхідні дані
releases_count45
latest_release_tagv3.13.1
releases_from_tagsні
days_since_latest_release30
mean_days_between_releases31,3

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

56Помірний · 17% загального індексу

Популярність і впровадження

54Помірний
Як обчислюється оцінка
38.4/60Зірки — 233 зірок
10.8/25Форки — 21 форків
5.3/15Спостерігачі — 10 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks21
stars233
watchers10
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

Здоров'я спільноти

59Помірний
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
16.9/22.5Ліцензія — файл ліцензії наявний, не є визнаною ліцензією
0/18Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges—
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductтак
readme_badge_services—
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

69Добрий · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

35Слабкий
Як обчислюється оцінка
9/54Бас-фактор — на 1 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
2.8/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 88% комітів
13.5/13.5Широта контриб’юторів — 14 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor1
contributors_sampled14
top_contributor_share0,877

Реактивність на issue та PR

71Добрий
Як обчислюється оцінка
35.6/42Вирішення issue — закрито 85% issue
26.4/30Прийняття PR — злито 74/84 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs74
open_issues48
closed_issues265
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0,847
closed_unmerged_prs10
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.

Власність та опіка

84Відмінний
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен — статус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
14.5/25Охоплення власника — 103 підписників у ablab
22.9/25Послужний список — 30 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~14 р.
Використані вхідні дані
followers103
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginablab
public_repos30
account_age_days5 447
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Супровід пакетів

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
25/25Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
35/35Свіжість публікацій — остання публікація 30 дн. тому
20/20Історія версій — 8 опублікованих версій
20/20Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked
Використані вхідні дані
packagesisoquant
ecosystemspypi
any_deprecatedні
min_days_since_publish30

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

90Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

84Відмінний
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 56 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
16/16Конфігурація лінтера — tox.ini
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configтак
has_precommit_configні

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://ablab.github.io/IsoQuant/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 6 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsngs, transcriptomics, pacbio, nanopore, bioinformatics, rna-seq
has_wikiтак
homepagehttps://ablab.github.io/IsoQuant/
docs_sitehttps://ablab.github.io/IsoQuant/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

51Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

51Помірний
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — немає даних
2.5/2.5CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 4 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
7.5/7.5Dependency-Update-Tool — update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.2/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 8 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
0/5Packaging — немає даних
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated16
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive2
scorecard_aggregate5,1
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Packaging. Залишкові ваги перенормовано.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

55Помірний · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

75Добрий
Як обчислюється оцінка
45/45Інструкції для агентів — .claude/CLAUDE.md
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
0/40Читабельна історія комітів — немає даних
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files.claude/CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes19 827
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Читабельна історія комітів. Залишкові ваги перенормовано.

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

40Слабкий
Як обчислюється оцінка
0/18Розгортання однією командою
22/22Автоматизовані тести
11/11Конфігурація лінтера / форматера — tox.ini
0/11Статична перевірка типів
0/10Відтворюване середовище
0/10Підтверджена практика роботи з агентами — немає даних
0/8Автоматизоване супроводження — немає даних
0/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfiles—
has_dockerfileні
typed_languageні
bootstrap_files—
has_devcontainerні
has_linter_configтак
typecheck_configs—
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Підтверджена практика роботи з агентами, Автоматизоване супроводження. Залишкові ваги перенормовано.

Читабельність коду для моделей

54Помірний
Як обчислюється оцінка
0/45Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
54.4/55Керовані розміри файлів — 2/172 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes79 219
source_files_sampled172
oversized_source_files2

Ключові факти

233зірок GitHub
14контриб'юторів
588комітів за останні 12 місяців
0днів від останнього пушу
45релізів
1бас-фактор
48відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Докладніше

OpenSSF Scorecard 5.1 / 10
5.1сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-07-17 21:33 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
н/дBranch-Protectioninternal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
10CI-Tests2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 4 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
10Dependency-Update-Toolupdate tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
9Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 8 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
н/дPackagingpackaging workflow not detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
0Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 15
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIgffutils>=0.10.1pyproject.toml
PyPIpandas>=1.0.1pyproject.toml
PyPIpysam>=0.15pyproject.toml
PyPIpyfaidx>=0.7pyproject.toml
PyPIssw-py>=1.0.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=5.4pyproject.toml
PyPImatplotlib>=3.1.3pyproject.toml
PyPInumpy>=1.24pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.10.0pyproject.toml
PyPIeditdistance>=0.8.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.76pyproject.toml
PyPInumba>=0.58pyproject.toml
PyPIxgboost>=2.1.4pyproject.toml
PyPIscikit-learn>=1.3.2pyproject.toml
Усі залежності 26

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 15 прямих і 11 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIbiopython—пряма
PyPIeditdistance—пряма
PyPIgffutils—пряма
PyPImatplotlib—пряма
PyPInumba—пряма
PyPInumpy—пряма
PyPIpandas—пряма
PyPIpyfaidx—пряма
PyPIpysam—пряма
PyPIpyyaml—пряма
PyPIscikit-learn—пряма
PyPIscipy—пряма
PyPIseaborn—пряма
PyPIssw-py—пряма
PyPIxgboost—пряма
PyPIargcomplete—непряма
PyPIargh—непряма
PyPIcoverage—непряма
PyPIintervaltree—непряма
PyPImappy—непряма
PyPIpybedtools—непряма
PyPIpytest—непряма
PyPIpytest-cov—непряма
PyPIsetuptools—непряма
PyPIsimplejson—непряма
PyPIsix—непряма
Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Пов’язані записи

Перевірені репозиторії, що мають спільні каталожні теги або екосистеми з ablab/IsoQuant. Читати поруч →

65the-omics-os/lobsterThe self-evolving agentic framework for bioinformaticsДобрий80cafferychen777/mLLMCelltypeCell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensusВідмінний48edgardomortiz/CaptusAssembly of Phylogenomic Datasets from High-Throughput Sequencing dataСлабкий36smartsbio/smarts-bio-jupyterlabСлабкий35mr-eyes/cifi-toolkitToolkit for downstream processing of CiFi long reads.Слабкий80COMBINE-lab/salmon🐟 🍣 🍱 Highly-accurate & wicked fast transcript-level quantification from RNA-seq reads using selective alignmentВідмінний

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.12.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.