Усі теги
Тег каталогу

#rna-seq

Усі репозиторії публічного реєстру з цим тегом — із тем GitHub або ключових слів, які публікують їхні реєстри пакетів. Здоров'я вимірюється за тією ж версіонованою методологією, що й решта реєстру.

13 записів
З тегом «rna-seq»Упорядковано за індексом здоров'я
PyPI
87Відміннийіндекс здоров'я
ablab/IsoQuant
A universal toolkit for upstream processing of long RNA reads
Python★ 23910 вер. 2026 р.
Власна ліцензія10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · npm
84Відміннийіндекс здоров'я
COMBINE-lab/salmon
🐟 🍣 🍱 Highly-accurate & wicked fast transcript-level quantification from RNA-seq reads using selective alignment
Rust★ 930↓ 1 792/міс8 вер. 2026 р.
BSD-3-Clause8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
81Відміннийіндекс здоров'я
cafferychen777/mLLMCelltype
Cell type annotation for single-cell RNA-seq using multi-LLM consensus
Python · R★ 661↓ 285/міс15 вер. 2026 р.
MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
78Добрийіндекс здоров'я
helicalAI/helical
A framework for state-of-the-art pre-trained bio foundation models on genomics and transcriptomics modalities.
Python★ 234↓ 999/міс20 жовт. 2026 р.
AGPL-3.020 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
75Добрийіндекс здоров'я
CDCgov/tostadas
🧬 💻 TOSTADAS → Toolkit for Open Sequence Triage, Annotation and DAtabase Submission
Python · Nextflow · Batchfile★ 2911 вер. 2026 р.
Apache-2.011 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · Go
71Добрийіндекс здоров'я
the-omics-os/lobster
The self-evolving agentic framework for bioinformatics
Python★ 45↓ 765/міс8 вер. 2026 р.
Власна ліцензія8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io · npm · PyPI
69Добрийіндекс здоров'я
COMBINE-lab/simpleaf
A rust framework to make using alevin-fry even simpler
Rust★ 68↓ 41/міс20 жовт. 2026 р.
BSD-3-Clause20 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · npm
67Добрийіндекс здоров'я
haqaliz/contig
An agentic bioinformatics analyst: it runs the analysis on your own compute, self-heals failures, verifies the output, and returns a reproducible result.
Python · TypeScript★ 2↓ 1 094/міс21 жовт. 2026 р.
Apache-2.021 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
crates.io
63Помірнийіндекс здоров'я
COMBINE-lab/piscem
Mapping sequencing data to De Bruijn graphs, fast
Rust · Shell★ 38↓ 22/міс20 жовт. 2026 р.
BSD-3-Clause20 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI
45Слабкийіндекс здоров'я
edgardomortiz/Captus
Assembly of Phylogenomic Datasets from High-Throughput Sequencing data
Python★ 4514 вер. 2026 р.
GPL-3.014 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
Maven
42Слабкийіндекс здоров'я
GenomiqueENS/eoulsan
A pipeline and a framework for NGS analysis (RNA-seq and scRNA-seq)
Java★ 5618 вер. 2026 р.
Власна ліцензія18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
PyPI · npm
36Слабкийіндекс здоров'я
smartsbio/smarts-bio-jupyterlab
Опис репозиторію не опубліковано.
TypeScript★ 1↓ 64/міс9 вер. 2026 р.
MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0
npm
17Критичнийіндекс здоров'я
Uauy-Lab/biojs-vis-expression-bar
Опис репозиторію не опубліковано.
JavaScript★ 2↓ 170/міс9 вер. 2026 р.
MIT9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0