Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-10-18 19:25 UTC

prody / ProDy

A Python Package for Protein Dynamics Analysis

Python · CВласна ліцензія★ 560 зірок⑂ 185 форківз жовт. 2010 р.Переглянути на GitHub ↗

ТипІнструмент командного рядкаБібліотекаяк це визначено

prody/ProDy має індекс здоров’я 83 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Engineering Quality (81/100), найнижчий — AI Readiness (47/100). Останнє оновлення було 14 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконують 2 учасники.

загалом / 100

Відмінний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям

Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини

Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані

Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку

Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах

У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності

Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 70 калібровано до 83 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

ProDyОрганізація

31 підписник13 публічних репозиторіївз черв. 2012 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Пакетні екосистеми

Реєстр	Пакет	Версія	Завантажень / міс	Версії	Остання публікація	Теги
PyPI	ProDy	2.6.1	39 198	65	425 днів тому	protein dynamics elastic-network-model gaussian-network-model anisotropic-network-model essential-dynamics-analysis principal-component-analysis protein-data-bank pdb gnm anm sm pca

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

68Добрий · 21% загального індексу

Активність розробки

82Відмінний

Як обчислюється оцінка

28.8/36	Свіжість push — останній push 14 дн. тому
24.9/36	Ритм комітів — 36/52 тижнів із комітами
18/18	Обсяг комітів — 499 комітів за останній рік
10/10	OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10

Використані вхідні дані

commits_last_year	499
human_commit_share	1
days_since_last_push	14
active_weeks_last_year	36

Дисципліна релізів

47Слабкий

Як обчислюється оцінка

27/27	Випускає релізи — опубліковано 15 релізів
7.2/36	Свіжість релізів — останній реліз 430 дн. тому
12.6/27	Ритм релізів — реліз кожні ~134,9 дн.
0/10	OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.

Використані вхідні дані

releases_count	15
latest_release_tag	v2.6.1
releases_from_tags	ні
days_since_latest_release	430
mean_days_between_releases	134,9

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

75Добрий · 17% загального індексу

Здоров'я спільноти

79Добрий

Як обчислюється оцінка

22.5/22.5	README
16.9/22.5	Ліцензія — файл ліцензії наявний, не є визнаною ліцензією
18/18	Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5	Кодекс поведінки
0/7.2	Шаблон issue
0/6.3	Шаблон PR

Використані вхідні дані

has_readme	так
has_license	так
readme_badges	3
has_contributing	так
has_issue_template	ні
has_code_of_conduct	так
readme_badge_services	shields.io
has_pull_request_template	ні

Впровадження в екосистемі (завантаження)

76Добрий

Як обчислюється оцінка

61.2/80	Щомісячні завантаження — 39 198 завантажень/місяць у pypi
0/20	Залежні пакети в реєстрі — ця екосистема цього не повідомляє

Використані вхідні дані

packages	ProDy
dependents	—
ecosystems	pypi
total_downloads	—
monthly_downloads	39 198
unverified_packages_excluded	—

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Залежні пакети в реєстрі. Залишкові ваги перенормовано.

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

74Добрий · 23% загального індексу

Стійкість мейнтейнерів (бас-фактор)

63Помірний

Як обчислюється оцінка

25.2/54	Бас-фактор — на 2 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
14.6/22.5	Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 35% комітів
13.5/13.5	Широта контриб’юторів — 61 контриб’юторів
10/10	OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 14 contributing companies or organizations

Використані вхідні дані

bus_factor	2
contributors_sampled	61
top_contributor_share	0,352

Реактивність на issue та PR

97Винятковий

Як обчислюється оцінка

41.1/42	Вирішення issue — закрито 98% issue
27.5/30	Прийняття PR — злито 1 310/1 428 вирішених PR
13/13	Newcomer PR acceptance — злито 1/1 PR від новачків за 30 дн.
15/15	OpenSSF Scorecard: Code-Review — all changesets reviewed

Використані вхідні дані

merged_prs	1 310
open_issues	17
closed_issues	740
prs_merged_7d	0
prs_decided_7d	0
prs_merged_30d	3
prs_decided_30d	3
issue_closed_ratio	0,978
closed_unmerged_prs	118
first_time_authors_30d	1
first_time_prs_merged_30d	1
first_time_prs_decided_30d	1

Власність та опіка

61Помірний

Як обчислюється оцінка

30/30	Підтримка власника — у власності організації
0/20	Верифікований домен
10.8/25	Охоплення власника — 31 підписників у prody
20.3/25	Послужний список — 13 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~14 р.

Використані вхідні дані

followers	31
owner_type	Organization
is_verified	ні
owner_login	prody
public_repos	13
account_age_days	5 249

Супровід пакетів

79Добрий

Як обчислюється оцінка

25/25	Опубліковано й доступно — 1 пакет(ів) у pypi
14/35	Свіжість публікацій — остання публікація 425 дн. тому
20/20	Історія версій — 65 опублікованих версій
20/20	Не застарілий — активний, не deprecated і не yanked

Використані вхідні дані

packages	ProDy
ecosystems	pypi
any_deprecated	ні
min_days_since_publish	425

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

81Відмінний · 19% загального індексу

Інженерні практики

68Добрий

Як обчислюється оцінка

24/24	Процеси CI — 1 процес(ів) CI
24/24	Наявні тести
0/16	Конфігурація лінтера
0/9.6	Pre-commit-хуки
0/6.4	.editorconfig
20/20	OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10

Використані вхідні дані

has_ci	так
has_tests	так
has_editorconfig	ні
has_linter_config	ні
has_precommit_config	ні

Документація

100Винятковий

Як обчислюється оцінка

30/30	README
25/25	Каталог документації
15/15	Сайт документації / домашня сторінка — http://prody.csb.pitt.edu
10/10	Опис репозиторію
10/10	Теми — 3 тем
10/10	Wiki

Використані вхідні дані

topics	python, protein, dynamics
has_wiki	так
homepage	http://prody.csb.pitt.edu
docs_site	http://prody.csb.pitt.edu
has_readme	так
has_docs_dir	так
has_description	так

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

57Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

46Слабкий

Як обчислюється оцінка

3/7.5	Binary-Artifacts — binaries present in source code
0/7.5	Branch-Protection — немає даних
2.5/2.5	CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5	CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
7.5/7.5	Code-Review — all changesets reviewed
2.5/2.5	Contributors — project has 14 contributing companies or organizations
10/10	Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5	Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5	Fuzzing — project is not fuzzed
2.2/2.5	Ліцензія — license file detected
7.5/7.5	Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
0/5	Packaging — немає даних
0/5	Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5	SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5	Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5	Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5	Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5	Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected

Використані вхідні дані

source	openssf_scorecard
checks_evaluated	16
scorecard_version	v5.5.0
checks_inconclusive	2
scorecard_aggregate	4,6

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Branch-Protection, Packaging. Залишкові ваги перенормовано.

Сповіщення про залежності

100Винятковий

Як обчислюється оцінка

35/35	Прямі залежності без відомих сповіщень — жодна пряма залежність не має відомих сповіщень
25/25	Непрямі залежності без відомих сповіщень — жодна непряма залежність не має відомих сповіщень
0/40	Немає задавнених сповіщень — жодне сповіщення не має дати публікації

Використані вхідні дані

source	osv
advisories	0
affected_packages	0
assessed_packages	4
unassessed_packages	0
affected_by_severity	none
direct_affected_packages	0

Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Немає задавнених сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено з runtime-замиканням залежностей pypi:ProDy@2.6.1 — тим, що тягне за собою встановлення опублікованого пакета, — 4 пакетів. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

47Слабкий · 4% загального індексу

Контекст і настанови для агентів

40Слабкий

Як обчислюється оцінка

0/45	Інструкції для агентів — немає CLAUDE.md / AGENTS.md / правил редактора
0/15	Машиночитана документація (llms.txt)
40/40	Читабельна історія комітів — намір зазначено у 78 з 100 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)

Використані вхідні дані

has_llms_txt	ні
llms_txt_url	—
legible_history_share	0,78
agent_instruction_files	—
agent_instruction_max_bytes	—

Цикл верифікації (збірка / тести / перевірка типів)

50Помірний

Як обчислюється оцінка

18/18	Розгортання однією командою — Makefile, docs/Makefile
22/22	Автоматизовані тести
0/11	Конфігурація лінтера / форматера
0/11	Статична перевірка типів
0/10	Відтворюване середовище
10/10	Підтверджена практика роботи з агентами — 12 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням
0/8	Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
0/10	OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0

Використані вхідні дані

has_nix	ні
has_tests	так
lockfiles	—
has_dockerfile	ні
typed_language	ні
bootstrap_files	Makefile, docs/Makefile
has_devcontainer	ні
has_linter_config	ні
typecheck_configs	—
agent_commit_share	0,12
toolchain_manifests	—
dependency_bot_commit_share	0

Читабельність коду для моделей

52Помірний

Як обчислюється оцінка

0/45	Типізований код — Python без конфігурації перевірки типів
52.4/55	Керовані розміри файлів — 15/322 файлів вихідного коду понад 60 КБ

Використані вхідні дані

primary_language	Python
largest_source_bytes	603 399
source_files_sampled	322
oversized_source_files	15

Ключові факти

560зірок GitHub

61контриб'юторів

499комітів за останні 12 місяців

14днів від останнього пушу

15релізів

2бас-фактор

17відкритих issue

PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token

Докладніше

Історія зірок і форків 0 ★ / 185 ⇿

0Зірки

185Форки

15Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

Мажорні 0Мінорні 6Патчі 7

Кожна точка охоплює 14 днів.

OpenSSF Scorecard 4.6 / 10

4.6сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-10-18 19:24 UTC

4	Binary-Artifacts	binaries present in source code
н/д	Branch-Protection	internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
10	CI-Tests	7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0	CII-Best-Practices	no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
10	Code-Review	all changesets reviewed
10	Contributors	project has 14 contributing companies or organizations
10	Dangerous-Workflow	no dangerous workflow patterns detected
0	Dependency-Update-Tool	no update tool detected
0	Fuzzing	project is not fuzzed
9	License	license file detected
10	Maintained	30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
н/д	Packaging	packaging workflow not detected
0	Pinned-Dependencies	dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0	SAST	SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0	Security-Policy	security policy file not detected
0	Signed-Releases	Project has not signed or included provenance with any releases.
0	Token-Permissions	detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10	Vulnerabilities	0 existing vulnerabilities detected

Прямі залежності 4

Реєстр	Пакет	Обмеження версії	Маніфест
PyPI	numpy	`>=1.10`	pyproject.toml
PyPI	biopython	`—`	pyproject.toml
PyPI	pyparsing	`<=3.1.1`	pyproject.toml
PyPI	scipy	`—`	pyproject.toml

Усі залежності 13

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 4 прямих і 9 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

Реєстр	Пакет	Версія	Зв'язок
PyPI	biopython	`—`	пряма
PyPI	numpy	`—`	пряма
PyPI	pyparsing	`—`	пряма
PyPI	scipy	`—`	пряма
PyPI	ipykernel	`—`	непряма
PyPI	ipython	`—`	непряма
PyPI	matplotlib	`—`	непряма
PyPI	nbsphinx	`—`	непряма
PyPI	pandoc	`—`	непряма
PyPI	sphinx	`—`	непряма
PyPI	sphinx-copybutton	`—`	непряма
PyPI	sphinx-rtd-theme	`—`	непряма
PyPI	sphinxcontrib-jquery	`—`	непряма

Сповіщення про залежності 0

Встановлення pypi:ProDy@2.6.1 тягне 4 пакетів, прямих і транзитивних: 0 мають відомі сповіщення, з них 0 — прямі залежності.

Жодне відоме сповіщення не стосується оцінених залежностей.

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика — PyPI.

44.6/60	Зірки — 560 зірок
18.9/25	Форки — 185 форків
7.1/15	Спостерігачі — 20 спостерігачів

forks	185
stars	560
watchers	20
growth_state	unverified
growth_factor_pct	100
growth_unverified_reason	no_history

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Профіль оцінок

Власність

Пакетні екосистеми

Метрики за категоріями

Ключові факти

Попередження щодо збору даних

Докладніше

Зворотний зв’язок

Пов’язані записи