Тег каталогу

#genomics

Усі репозиторії публічного реєстру з цим тегом — із тем GitHub або ключових слів, які публікують їхні реєстри пакетів. Здоров'я вимірюється за тією ж версіонованою методологією, що й решта реєстру.

68 записів

З тегом «genomics»Упорядковано за індексом здоров'я

npm

67Добрийіндекс здоров'я

GMOD/ucsc-hub-js

read and write UCSC track and assembly hub files in node or the browser

TypeScript★ 5↓ 19.5K/міс15 вер. 2026 р.

MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI · npm

67Добрийіндекс здоров'я

haqaliz/contig

An agentic bioinformatics analyst: it runs the analysis on your own compute, self-heals failures, verifies the output, and returns a reproducible result.

Python · TypeScript★ 2↓ 1 094/міс21 жовт. 2026 р.

Apache-2.021 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io · PyPI

67Добрийіндекс здоров'я

kcleal/superintervals

Fast interval intersection library

C++ · Rust · Cython★ 45↓ 2 714/міс6 жовт. 2026 р.

MIT6 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

RubyGems

67Добрийіндекс здоров'я

kojix2/ruby-htslib

HTSlib bindings for Ruby

Ruby · C★ 1215 вер. 2026 р.

MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

65Добрийіндекс здоров'я

kcleal/dysgu

Toolkit for calling structural variants using short or long reads

Cython · Python · C++★ 117↓ 1 920/міс13 вер. 2026 р.

MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

63Помірнийіндекс здоров'я

COMBINE-lab/piscem

Mapping sequencing data to De Bruijn graphs, fast

Rust · Shell★ 38↓ 22/міс20 жовт. 2026 р.

BSD-3-Clause20 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

63Помірнийіндекс здоров'я

igvteam/igv-reports

Python application to generate self-contained pages embedding IGV visualizations, with no dependency on original input files.

Python · HTML★ 436↓ 3 026/міс13 вер. 2026 р.

MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

63Помірнийіндекс здоров'я

ngless-toolkit/ngless

NGLess: NGS with less work

Rust★ 15218 жовт. 2026 р.

Власна ліцензія18 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

63Помірнийіндекс здоров'я

theosanderson/gensplore

Lightweight genome browser for microbial genomes

JavaScript★ 11↓ 231/міс18 жовт. 2026 р.

Без ліцензії18 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

62Помірнийіндекс здоров'я

ArcInstitute/binseq

A high efficiency binary format for sequencing data

Rust★ 107↓ 1 251/міс12 вер. 2026 р.

Без ліцензії12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

62Помірнийіндекс здоров'я

fulcrumgenomics/bgzf

BGZF compression library in Rust

Rust★ 9↓ 8 536/міс18 вер. 2026 р.

Власна ліцензія18 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

62Помірнийіндекс здоров'я

iskandr/osteosarc

Cancer genomics data from osteosarc.com

Python★ 0↓ 3 939/міс26 вер. 2026 р.

Apache-2.026 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

60Помірнийіндекс здоров'я

GMOD/hic

Read .hic contact matrix files in node or the browser

TypeScript★ 0↓ 5 002/міс21 вер. 2026 р.

Власна ліцензія21 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

—

60Помірнийіндекс здоров'я

brentp/somalier

fast sample-swap and relatedness checks on BAMs/CRAMs/VCFs/GVCFs... "like damn that is one smart wine guy"

Nim · HTML★ 33412 вер. 2026 р.

MIT12 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

RubyGems

60Помірнийіндекс здоров'я

kojix2/ruby-minimap2

Powerful long read aligner for Ruby

C · Ruby★ 1419 жовт. 2026 р.

MIT19 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

60Помірнийіндекс здоров'я

pangenome/seqwish

alignment to variation graph inducer

Rust · C++★ 165↓ 5/міс19 вер. 2026 р.

MIT19 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

60Помірнийіндекс здоров'я

tanaylab/pymisha

Genomic data analysis suite in python

Python · C++★ 2↓ 2 400/міс25 серп. 2026 р.

MIT25 серп. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

59Помірнийіндекс здоров'я

JLSteenwyk/orthosnap

a tree splitting and pruning algorithm for retrieving single-copy orthologs from gene family trees

Python★ 32↓ 221/міс10 вер. 2026 р.

MIT10 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

57Помірнийіндекс здоров'я

biowasm/aioli

Framework for building fast genomics web tools with WebAssembly and WebWorkers

JavaScript★ 121↓ 7 768/міс13 вер. 2026 р.

MIT13 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

56Помірнийіндекс здоров'я

GMOD/gff-js

parse and format streams of GFF3, for node or webpack

TypeScript★ 10↓ 76.2K/міс15 вер. 2026 р.

MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

—

56Помірнийіндекс здоров'я

TobyBaril/EarlGrey

Earl Grey: A fully automated TE curation and annotation pipeline

Python · Shell · R★ 22719 жовт. 2026 р.

Власна ліцензія19 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

56Помірнийіндекс здоров'я

kmaneesh/biopython-mcp

MCP interface to BioPython

Python★ 3↓ 503/міс8 вер. 2026 р.

MIT8 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

53Помірнийіндекс здоров'я

y9c/coralsnake

Опис репозиторію не опубліковано.

Python★ 0↓ 2 492/міс6 жовт. 2026 р.

Без ліцензії6 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

51Помірнийіндекс здоров'я

qby1613527176-cmd/tbtools-cli

Опис репозиторію не опубліковано.

Pep8★ 0↓ 2 227/міс12 жовт. 2026 р.

MIT12 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

—

48Слабкийіндекс здоров'я

MPUSP/snakemake-simple-mapping

A Snakemake workflow for the mapping of reads to reference genomes, minimalistic and simple.

Python★ 114 вер. 2026 р.

MIT14 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

crates.io

48Слабкийіндекс здоров'я

noamteyssier/binseq

Опис репозиторію не опубліковано.

Rust★ 0↓ 2 636/міс3 жовт. 2026 р.

Без ліцензії3 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

45Слабкийіндекс здоров'я

neuhausi/canvasxpress-node

Node application to run CanvasXpress

CSS★ 5↓ 5 690/міс9 вер. 2026 р.

Власна ліцензія9 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

45Слабкийіндекс здоров'я

pyranges/pyrle

Numerical Run Length Encoding and Arithmetic in Cython

Python · Cython★ 19↓ 2 252/міс15 вер. 2026 р.

MIT15 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0

npm

44Слабкийіндекс здоров'я

pentamorfico/hoodini-viz

GPU-powered interactive gene neighborhood visualization with deck.gl and React

HTML · TypeScript★ 4↓ 169/міс18 жовт. 2026 р.

MIT18 жовт. 2026 р. · метрики 2.10.0

PyPI

42Слабкийіндекс здоров'я

liguowang/CrossMap

CrossMap is a python program to lift over genome coordinates from one genome version to another.

Python★ 100↓ 7 250/міс20 вер. 2026 р.

Власна ліцензія20 вер. 2026 р. · метрики 2.10.0