公开记录良好
软件健康报告模式 0.34.0 · 指标 2.10.0 · 2026-10-25 14:57 UTC
Biohub / esm
Biohub/esm 的健康指数为 100 分中的 71 分，处于「良好」区间。 其得分最高的类别是Vitality（77/100），最低的是Security（10/100）。 最近一次更新在 3 天前。 近期的大部分工作由 4 位贡献者完成。
71
总分 / 100软件健康指数
指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。
71
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
评分画像
每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。
加权总体分 63 经校准后在公布的指数量表上为 71（记录校准 2026-08-02）。
所有权
软件包生态系统
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 月下载量 | 版本数 | 最近发布 |
|---|---|---|---|---|---|
| PyPI | esm | 3.4.1.post1 | 27,748 | 27 | 38 天前 |
按类别列示的指标
活力
项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？
77
开发活跃度
67良好
评分方式
| 36/36 | 推送新近度 — 最近一次推送于 3 天前 |
| 10.4/36 | 提交节奏 — 52 周中有 15 周有提交 |
| 13.6/18 | 提交量 — 最近一年 32 次提交 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Maintained — 无数据 |
所用输入
| commits_last_year | 32 |
| human_commit_share | 1 |
| days_since_last_push | 3 |
| active_weeks_last_year | 15 |
发布纪律
92优秀
评分方式
| 27/27 | 有发布版本 — 已发布 21 个发布版本 |
| 36/36 | 发布时效 — 最近一次发布版本于 39 天前 |
| 19.8/27 | 发布节奏 — 约每 62.2 天发布一次 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据 |
所用输入
| releases_count | 21 |
| latest_release_tag | v3.4.1.post1 |
| releases_from_tags | 否 |
| days_since_latest_release | 39 |
| mean_days_between_releases | 62.2 |
社区与采用
项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？
67
流行度与采用
87优秀
评分方式
| 56.4/60 | 星标 — 3,004 个星标 |
| 21.7/25 | 复刻 — 403 个复刻 |
| 8.9/15 | 关注者 — 41 位关注者 |
所用输入
| forks | 403 |
| stars | 3,004 |
| watchers | 41 |
| growth_state | unverified |
| growth_factor_pct | 100 |
| growth_unverified_reason | no_history |
社区健康
44薄弱
评分方式
| 22.5/22.5 | README |
| 16.9/22.5 | 许可证 — 存在许可证文件，但不是可识别的许可证 |
| 0/18 | CONTRIBUTING 指南 |
| 0/13.5 | 行为准则 |
| 0/7.2 | 议题模板 |
| 0/6.3 | PR 模板 |
所用输入
| has_readme | 是 |
| has_license | 是 |
| readme_badges | 0 |
| has_contributing | 否 |
| has_issue_template | 否 |
| has_code_of_conduct | 否 |
| readme_badge_services | — |
| has_pull_request_template | 否 |
可持续性与治理
项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？
77
维护者韧性（巴士系数）
82优秀
评分方式
| 43.2/54 | 巴士系数 — 4 位贡献者贡献了半数提交 |
| 17.3/22.5 | 提交分布 — 头号贡献者编写了 23% 的提交 |
| 13.5/13.5 | 贡献者广度 — 22 位贡献者 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Contributors — 无数据 |
所用输入
| bus_factor | 4 |
| contributors_sampled | 22 |
| top_contributor_share | 0.23 |
议题与 PR 响应能力
76良好
评分方式
| 31.3/42 | 议题解决 — 75% 的议题已关闭 |
| 23.2/30 | PR 接受 — 已裁定的 PR 中 95/123 已合并 |
| 0/13 | Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决 |
| 0/15 | OpenSSF Scorecard：Code-Review — 无数据 |
所用输入
| merged_prs | 95 |
| open_issues | 65 |
| closed_issues | 191 |
| prs_merged_7d | 1 |
| prs_decided_7d | 1 |
| prs_merged_30d | 1 |
| prs_decided_30d | 2 |
| issue_closed_ratio | 0.746 |
| closed_unmerged_prs | 28 |
| first_time_authors_30d | 0 |
| first_time_prs_merged_30d | 0 |
| first_time_prs_decided_30d | 0 |
已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。
所有权与托管责任
55中等
评分方式
| 30/30 | 所有权背书 — 组织持有 |
| 0/20 | 已验证域名 |
| 15.1/25 | 所有者影响力 — Biohub 有 127 位关注者 |
| 9.5/25 | 既往记录 — 12 个公开仓库，账户约 0 年 |
所用输入
| followers | 127 |
| owner_type | Organization |
| is_verified | 否 |
| owner_login | Biohub |
| public_repos | 12 |
| account_age_days | 247 |
软件包维护
100卓越
评分方式
| 25/25 | 已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包 |
| 35/35 | 发布时效 — 最近一次发布于 38 天前 |
| 20/20 | 版本历史 — 27 个已发布版本 |
| 20/20 | 未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回 |
所用输入
| packages | esm |
| ecosystems | pypi |
| any_deprecated | 否 |
| min_days_since_publish | 38 |
工程质量
基础的工程与文档实践是否到位？
71
工程实践
92优秀
评分方式
| 24/24 | CI 工作流 — 2 个工作流 |
| 24/24 | 存在测试 |
| 16/16 | Linter 配置 — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.isort]) |
| 9.6/9.6 | Pre-commit 钩子 |
| 0/6.4 | .editorconfig |
| 0/20 | OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 无数据 |
所用输入
| has_ci | 是 |
| has_tests | 是 |
| has_editorconfig | 否 |
| has_linter_config | 是 |
| has_precommit_config | 是 |
文档
40薄弱
评分方式
| 30/30 | README |
| 0/25 | 文档目录 |
| 0/15 | 文档 / 主页站点 |
| 0/10 | 仓库描述 |
| 0/10 | 主题标签 |
| 10/10 | Wiki |
所用输入
| topics | — |
| has_wiki | 是 |
| homepage | — |
| docs_site | — |
| has_readme | 是 |
| has_docs_dir | 否 |
| has_description | 否 |
安全
可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？
10
安全态势
1危急
评分方式
| 0/30 | 安全策略（SECURITY.md） |
| 0/25 | Dependabot 配置 |
| 0/25 | 依赖锁定文件 — 已发布的类库——锁定文件属于应用层关注点，不作要求 |
| 0/20 | CodeQL 工作流 |
所用输入
| source | file_signals |
| lockfiles | — |
| manifests | pyproject.toml |
| has_codeql_workflow | 否 |
| has_security_policy | 否 |
| has_dependabot_config | 否 |
已排除计分（无数据或不适用）：依赖锁定文件。 其余权重已重新归一化。
依赖安全公告
46薄弱
评分方式
| 7.2/35 | 直接依赖不含已知公告 — 2 个受影响：transformers 4.57.6 (critical 9.6), torch 2.11.0 (moderate 5.3) |
| 12.8/25 | 间接依赖不含已知公告 — 1 个受影响：setuptools 81.0.0 (moderate 6.1) |
| 26.2/40 | 没有长期未处理的公告 — 3 个携带公告的软件包超过 90 天未处理；最早一条发布于 572 天前 |
所用输入
| source | osv |
| advisories | 15 |
| affected_packages | 3 |
| assessed_packages | 112 |
| unassessed_packages | 0 |
| affected_by_severity | critical 1, moderate 2 |
| direct_affected_packages | 2 |
比对的是 pypi:esm@3.4.1.post1 的运行时依赖闭包——安装已发布的软件包时真正被拉取进来的内容——共 112 个软件包。 未对可达性进行分析。
AI 就绪度
该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。
67
AI 代理上下文与指引
40薄弱
评分方式
| 0/45 | 代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则 |
| 0/15 | 机器可读文档（llms.txt） |
| 40/40 | 可读的提交历史 — 100 次人类提交中有 82 次说明了意图（结构化标题或解释性正文） |
所用输入
| has_llms_txt | 否 |
| llms_txt_url | — |
| legible_history_share | 0.82 |
| agent_instruction_files | — |
| agent_instruction_max_bytes | — |
评分方式
| 18/18 | 一条命令的引导启动 — tests/Makefile |
| 22/22 | 自动化测试 |
| 11/11 | Lint / 格式化配置 — pyproject.toml ([tool.ruff], [tool.isort]) |
| 0/11 | 静态类型检查 |
| 10/10 | 可复现环境 — Dockerfile |
| 10/10 | 已体现的代理实践 — 最近 100 次提交中有 6 次由代理编写或署名代理 |
| 0/8 | 自动化维护 — 未观察到自动依赖更新 |
| 0/10 | OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — 无数据 |
所用输入
| has_nix | 否 |
| has_tests | 是 |
| lockfiles | — |
| has_dockerfile | 是 |
| typed_language | 否 |
| bootstrap_files | tests/Makefile |
| has_devcontainer | 否 |
| has_linter_config | 是 |
| typecheck_configs | — |
| agent_commit_share | 0.06 |
| toolchain_manifests | — |
| dependency_bot_commit_share | 0 |
面向模型的代码可读性
54中等
评分方式
| 0/45 | 可类型检查的代码 — Jupyter Notebook，未配置类型检查 |
| 54.2/55 | 可控的文件大小 — 采样的 212 个源文件中有 3 个超过 60KB |
所用输入
| primary_language | Jupyter Notebook |
| largest_source_bytes | 108,748 |
| source_files_sampled | 212 |
| oversized_source_files | 3 |
机器可读接口
100卓越
评分方式
| 0/40 | API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto） — 不适用于此类软件 |
| 0/20 | MCP 服务器 — 不适用于此类软件 |
| 40/40 | 可运行示例 — cookbook, notebooks |
所用输入
| example_dirs | cookbook, notebooks |
| has_mcp_signal | 否 |
| api_schema_files | — |
| interfaces_expected_of | — |
已排除计分（无数据或不适用）：API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）, MCP 服务器。 其余权重已重新归一化。
关键数据
3,004GitHub 星标
22贡献者
32最近 12 个月提交数
3距最近推送天数
21发布版本数
4巴士系数（bus factor）
65开放议题
PyPI软件包生态系统数
数据采集警告
- Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
- OpenSSF Scorecard did not return a usable result (killed by SIGKILL — most likely the container's memory limit); skipping Scorecard checks
更多细节
Star 与 Fork 历史 0 ★ / 403 ⇿
0Star
403Fork
21发布
每颗 star 和每个 fork 的添加时间，来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方，二者可相互对照：稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时，它会作为增长真实性予以报告。
主版本 0次版本 3修订 14
每个点涵盖 3 天。
直接依赖 26
| 注册表 | 软件包 | 版本约束 | 清单文件 |
|---|---|---|---|
| PyPI | torch | >=2.11.0,<2.12.0 | pyproject.toml |
| PyPI | transformers | >=4.57.6,<5.0.0 | pyproject.toml |
| PyPI | ipython | — | pyproject.toml |
| PyPI | einops | — | pyproject.toml |
| PyPI | biotite | >=1.0.0 | pyproject.toml |
| PyPI | rdkit | — | pyproject.toml |
| PyPI | msgpack-numpy | — | pyproject.toml |
| PyPI | biopython | — | pyproject.toml |
| PyPI | scikit-learn | — | pyproject.toml |
| PyPI | brotli | — | pyproject.toml |
| PyPI | attrs | — | pyproject.toml |
| PyPI | pandas | — | pyproject.toml |
| PyPI | cloudpathlib | — | pyproject.toml |
| PyPI | httpx | — | pyproject.toml |
| PyPI | tenacity | — | pyproject.toml |
| PyPI | zstd | — | pyproject.toml |
| PyPI | ipywidgets | — | pyproject.toml |
| PyPI | py3dmol | — | pyproject.toml |
| PyPI | pydssp | — | pyproject.toml |
| PyPI | boto3 | — | pyproject.toml |
| PyPI | huggingface_hub | — | pyproject.toml |
| PyPI | safetensors | — | pyproject.toml |
| PyPI | pygtrie | — | pyproject.toml |
| PyPI | dna_features_viewer | — | pyproject.toml |
| PyPI | accelerate | — | pyproject.toml |
| PyPI | triton | ==3.6.* | pyproject.toml |
全部依赖 6
来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：4 个直接依赖与 2 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。
| 注册表 | 软件包 | 版本 | 关系 |
|---|---|---|---|
| PyPI | biotite | — | 直接 |
| PyPI | torch | — | 直接 |
| PyPI | transformers | — | 直接 |
| PyPI | triton | — | 直接 |
| PyPI | esm | — | 间接 |
| PyPI | pytest | — | 间接 |
依赖安全公告 3
安装 pypi:esm@3.4.1.post1 会引入 112 个包（直接与传递）：其中 3 个存在已知公告，2 个为直接依赖。
| 软件包 | 版本 | 关系 | 严重程度 | 公告数 | 修复版本 |
|---|---|---|---|---|---|
| transformers | 4.57.6 | 直接 | 严重 | 11 | 5.10.0 |
| torch | 2.11.0 | 直接 | 中 | 1 | 2.13.0 |
| setuptools | 81.0.0 | 间接 | 中 | 3 | 84.1.0 |
公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析，且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。
原始 JSON 报告 机器可读
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