公开记录
软件健康报告模式 0.34.0 · 指标 2.10.0 · 2026-09-10 06:11 UTC

sokrypton / ColabFold

Making Protein folding accessible to all!

Jupyter NotebookMIT★ 2,909 星标⑂ 744 复刻始于 2021年7月在 GitHub 上查看 ↗
类型命令行工具库如何判定
#bioinformatics#multiple-sequence-alignment#protein-structure#structure-prediction

sokrypton/ColabFold 的健康指数为 100 分中的 75 分，处于「良好」区间。 其得分最高的类别是Community & Adoption（80/100），最低的是Security（32/100）。 最近一次更新在 13 天前。 近期的大部分工作由 2 位贡献者完成。

75
总分 / 100
良好

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

75
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 65 经校准后在公布的指数量表上为 75（记录校准 2026-08-02）。

所有权

Sergey Ovchinnikov个人账户
752 关注者72 个公开仓库始于 2013年4月

该仓库由个人账户拥有。相较于组织支持的项目，单一所有者项目的延续性风险更高。

软件包生态系统

注册表软件包版本月下载量版本数最近发布
PyPIcolabfold1.6.27,753857 天前

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

73良好 · 占总体的 21%

开发活跃度

65良好
评分方式
28.8/36推送新近度 — 最近一次推送于 13 天前
13.8/36提交节奏 — 52 周中有 20 周有提交
16.3/18提交量 — 最近一年 64 次提交
0/10OpenSSF Scorecard：Maintained — 无数据
所用输入
commits_last_year64
human_commit_share1
days_since_last_push13
active_weeks_last_year20

发布纪律

84优秀
评分方式
27/27有发布版本 — 已发布 9 个发布版本
36/36发布时效 — 最近一次发布版本于 57 天前
12.6/27发布节奏 — 约每 227.2 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据
所用输入
releases_count9
latest_release_tagv1.6.2
releases_from_tags否
days_since_latest_release57
mean_days_between_releases227.2

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

80优秀 · 占总体的 17%

流行度与采用

90优秀
评分方式
56.2/60星标 — 2,909 个星标
23.9/25复刻 — 744 个复刻
9.7/15关注者 — 57 位关注者
所用输入
forks744
stars2,909
watchers57
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

78良好
评分方式
22.5/22.5README
22.5/22.5许可证 — 可识别的许可证（MIT）
18/18CONTRIBUTING 指南
0/13.5行为准则
7.2/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme是
has_license是
readme_badges0
has_contributing是
has_issue_template是
has_code_of_conduct否
readme_badge_services—
has_pull_request_template否

生态采用（下载量）

65良好
评分方式
51.9/80月度下载量 — pypi 合计每月 7,753 次下载
0/20注册表被依赖数 — 该生态系统不报告此项
所用输入
packagescolabfold
dependents—
ecosystemspypi
total_downloads—
monthly_downloads7,753
unverified_packages_excluded—
已排除计分（无数据或不适用）：注册表被依赖数。 其余权重已重新归一化。

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

66良好 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

58中等
评分方式
25.2/54巴士系数 — 2 位贡献者贡献了半数提交
13.7/22.5提交分布 — 头号贡献者编写了 39% 的提交
13.5/13.5贡献者广度 — 43 位贡献者
0/10OpenSSF Scorecard：Contributors — 无数据
所用输入
bus_factor2
contributors_sampled43
top_contributor_share0.389

议题与 PR 响应能力

46薄弱
评分方式
18.2/42议题解决 — 43% 的议题已关闭
21.2/30PR 接受 — 已裁定的 PR 中 89/126 已合并
0/13Newcomer PR acceptance — 30 天内首次贡献者的 PR 已合并 0/1
0/15OpenSSF Scorecard：Code-Review — 无数据
所用输入
merged_prs89
open_issues396
closed_issues304
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d0
prs_decided_30d1
issue_closed_ratio0.434
closed_unmerged_prs37
first_time_authors_30d1
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d1

所有权与托管责任

70良好
评分方式
10/30所有权背书 — 个人（用户）账户
0/20已验证域名 — 不适用于个人账户
20.7/25所有者影响力 — sokrypton 有 752 位关注者
25/25既往记录 — 72 个公开仓库，账户约 13 年
所用输入
followers752
owner_typeUser
is_verified—
owner_loginsokrypton
public_repos72
account_age_days4,893
已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。 其余权重已重新归一化。

软件包维护

100卓越
评分方式
25/25已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35发布时效 — 最近一次发布于 57 天前
20/20版本历史 — 8 个已发布版本
20/20未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回
所用输入
packagescolabfold
ecosystemspypi
any_deprecated否
min_days_since_publish57

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

72良好 · 占总体的 19%

工程实践

80优秀
评分方式
24/24CI 工作流 — 3 个工作流
24/24存在测试
16/16Linter 配置 — pyproject.toml ([tool.black])
0/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
0/20OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 无数据
所用输入
has_ci是
has_tests是
has_editorconfig否
has_linter_config是
has_precommit_config否

文档

60中等
评分方式
30/30README
0/25文档目录
0/15文档 / 主页站点
10/10仓库描述
10/10主题标签 — 4 个主题标签
10/10Wiki
所用输入
topicsbioinformatics, multiple-sequence-alignment, protein-structure, structure-prediction
has_wiki是
homepage—
docs_site—
has_readme是
has_docs_dir否
has_description是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

32存在风险 · 占总体的 16%

安全态势

25存在风险
评分方式
0/30安全策略（SECURITY.md）
0/25Dependabot 配置
25/25依赖锁定文件 — poetry.lock
0/20CodeQL 工作流
所用输入
sourcefile_signals
lockfilespoetry.lock
manifestspyproject.toml
has_codeql_workflow否
has_security_policy否
has_dependabot_config否

依赖安全公告

60中等
评分方式
15.8/35直接依赖不含已知公告 — 3 个受影响：biopython 1.82 (moderate 4.9), requests 2.31.0 (moderate 5.6), tqdm 4.66.1 (low 3.9)
0/25间接依赖不含已知公告 — 在此范围内，传递依赖集合无法与开发和测试依赖区分
29.4/40没有长期未处理的公告 — 3 个携带公告的软件包超过 90 天未处理；最早一条发布于 859 天前
所用输入
sourceosv
advisories75
affected_packages12
assessed_packages63
unassessed_packages0
affected_by_severitycritical 2, high 5, moderate 4, low 1
direct_affected_packages3
已排除计分（无数据或不适用）：间接依赖不含已知公告。 其余权重已重新归一化。 已将 63 个已解析依赖与 OSV 比对。 该仓库未发布任何索引可解析的软件包，因此改为评估仓库依赖图。该图将开发与测试版本固定同交付的依赖混在一起，因此仅对声明的运行时依赖计分；传递性发现仅作为背景信息列出，不计入评分。 未对可达性进行分析。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

44薄弱 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

6危急
评分方式
0/45代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档（llms.txt）
5.9/40可读的提交历史 — 100 次人类提交中有 11 次说明了意图（结构化标题或解释性正文）
所用输入
has_llms_txt否
llms_txt_url—
legible_history_share0.11
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

48薄弱
评分方式
0/18一条命令的引导启动
22/22自动化测试
11/11Lint / 格式化配置 — pyproject.toml ([tool.black])
0/11静态类型检查
10/10可复现环境 — Dockerfile, lockfile
0/10已体现的代理实践 — 最近 100 次提交中没有代理编写的提交
0/8自动化维护 — 未观察到自动依赖更新
0/10OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — 无数据
所用输入
has_nix否
has_tests是
lockfilespoetry.lock
has_dockerfile是
typed_language否
bootstrap_files—
has_devcontainer否
has_linter_config是
typecheck_configs—
agent_commit_share0
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0

面向模型的代码可读性

53中等
评分方式
0/45可类型检查的代码 — Jupyter Notebook，未配置类型检查
53.1/55可控的文件大小 — 采样的 29 个源文件中有 1 个超过 60KB
所用输入
primary_languageJupyter Notebook
largest_source_bytes92,433
source_files_sampled29
oversized_source_files1

机器可读接口

100卓越
评分方式
0/40API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto） — 不适用于此类软件
0/20MCP 服务器 — 不适用于此类软件
40/40可运行示例 — notebooks
所用输入
example_dirsnotebooks
has_mcp_signal否
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
已排除计分（无数据或不适用）：API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）, MCP 服务器。 其余权重已重新归一化。

关键数据

2,909GitHub 星标
43贡献者
64最近 12 个月提交数
13距最近推送天数
9发布版本数
2巴士系数（bus factor）
396开放议题
PyPI软件包生态系统数

数据采集警告

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Runtime dependency closure could not be resolved from deps.dev ([Errno -5] No address associated with hostname); advisories assessed against the repository dependency graph instead
  • OpenSSF Scorecard did not return a usable result (exit code 0; Skipping github.com/sokrypton/ColabFold: run: RepoClient.LocalPath: error during tarballHandler.setup: internal error: handler.httpClient.Do: Get "https://codeload.github.com/sokrypton/ColabFold/legacy.tar.gz/refs/heads/main": internal error: innerTransport.RoundTrip: internal error: innerTransport.RoundTrip: error in HTTP: dial tcp: lookup codeload.github.com on 127.0.0.11:53: server misbehaving); skipping Scorecard checks

更多细节

Star 与 Fork 历史 0 ★ / 744 ⇿
0Star
744Fork
9发布

每颗 star 和每个 fork 的添加时间，来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方，二者可相互对照：稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时，它会作为增长真实性予以报告。

0125250375500625750722182021-072024-022026-09
主版本 0次版本 4修订 4

每个点涵盖 5 天。

直接依赖 17
注册表软件包版本约束清单文件
PyPIabsl-py^1.0.0pyproject.toml
PyPIjax>=0.5.2,<0.11pyproject.toml
PyPImatplotlib^3.8.4pyproject.toml
PyPIbiopython<1.86pyproject.toml
PyPInumpy^2.0.2pyproject.toml
PyPIpandas^2.2.2pyproject.toml
PyPIalphafold-colabfold2.3.18pyproject.toml
PyPIrequests^2.26.0pyproject.toml
PyPItqdm^4.62.2pyproject.toml
PyPIappdirs^1.4.4pyproject.toml
PyPIpy3Dmol^2.0.1pyproject.toml
PyPIdm-tree^0.1.9pyproject.toml
PyPIdm-haiku^0.0.16pyproject.toml
PyPIimportlib-metadata^8.6.1pyproject.toml
PyPIpdbfixer^1.12.0pyproject.toml
PyPIopenmm^8.2.0pyproject.toml
PyPIorjson^3.11.4pyproject.toml
全部依赖 63

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：17 个直接依赖与 46 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
PyPIabsl-py1.4.0直接
PyPIalphafold-colabfold2.3.18直接
PyPIappdirs1.4.4直接
PyPIbiopython1.82直接
PyPIdm-haiku0.0.16直接
PyPIdm-tree0.1.9直接
PyPIimportlib-metadata8.7.0直接
PyPIjax0.5.3直接
PyPImatplotlib3.10.5直接
PyPInumpy2.2.6直接
PyPIopenmm8.4.0.post2直接
PyPIorjson3.11.7直接
PyPIpandas2.3.2直接
PyPIpdbfixer1.12.0直接
PyPIpy3dmol2.0.4直接
PyPIrequests2.31.0直接
PyPItqdm4.66.1直接
PyPIatomicwrites1.4.1间接
PyPIattrs23.1.0间接
PyPIblack23.12.1间接
PyPIcertifi2023.11.17间接
PyPIcharset-normalizer3.3.2间接
PyPIchex0.1.85间接
PyPIclick8.1.7间接
PyPIcolorama0.4.6间接
PyPIcontextlib221.6.0间接
PyPIcontourpy1.3.2间接
PyPIcycler0.12.1间接
PyPIfonttools4.47.0间接
PyPIidna3.6间接
PyPIimmutabledict4.2.1间接
PyPIiniconfig2.0.0间接
PyPIjaxlib0.5.3间接
PyPIjmp0.0.4间接
PyPIkiwisolver1.4.5间接
PyPIlegacy-cgi2.6.4间接
PyPIml-collections0.1.1间接
PyPIml-dtypes0.5.3间接
PyPImypy-extensions1.0.0间接
PyPIopt-einsum3.3.0间接
PyPIpackaging23.2间接
PyPIpathspec0.12.1间接
PyPIpillow10.1.0间接
PyPIplatformdirs4.1.0间接
PyPIpluggy1.3.0间接
PyPIpy1.11.0间接
PyPIpyparsing3.1.1间接
PyPIpytest6.2.5间接
PyPIpython-dateutil2.8.2间接
PyPIpytz2023.3.post1间接
PyPIpyyaml6.0.1间接
PyPIscipy1.15.3间接
PyPIsetuptools69.0.3间接
PyPIsix1.16.0间接
PyPItabulate0.9.0间接
PyPItoml0.10.2间接
PyPItomli2.0.1间接
PyPItoolz0.12.0间接
PyPItyping-extensions4.15.0间接
PyPItzdata2025.2间接
PyPIurllib32.1.0间接
PyPIwrapt1.16.0间接
PyPIzipp3.23.0间接
依赖安全公告 12

该仓库未发布可被索引解析的包，因此评估的是其自身的依赖图——共 63 个包，其中也包含从不交付的开发与测试版本固定：12 个存在已知公告，3 个为直接依赖。

软件包版本关系严重程度公告数修复版本
black23.12.1间接严重426.3.1
pillow10.1.0间接严重3212.3.0
certifi2023.11.17间接高22024.7.4
click8.1.7间接高18.3.3
idna3.6间接高43.15
setuptools69.0.3间接高683.0.0
urllib32.1.0间接高122.7.0
biopython1.82直接中21.87
requests2.31.0直接中62.33.0
fonttools4.47.0间接中24.60.2
pytest6.2.5间接中29.0.3
tqdm4.66.1直接低24.66.3

公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析，且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。

原始 JSON 报告 机器可读

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评分是信号，而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计，也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重，绝不按零分计。方法论已版本化并公开：指标 v2.10.0、模式 v0.34.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置： 汇总统计 — PyPI.