软件健康报告模式 0.23.0 · 指标 2.10.0 · 2026-07-21 20:45 UTC

Clinical-Genomics / scout

VCF visualization interface

HTML · PythonBSD-3-Clause★ 179 星标⑂ 51 复刻始于 2014年10月在 GitHub 上查看 ↗

类型网络服务库命令行工具如何判定

Clinical-Genomics/scout 的健康指数为 100 分中的 95 分，处于「卓越」区间。其得分最高的类别是Vitality（98/100），最低的是AI Readiness（53/100）。最近一次更新在 1 天前。近期的大部分工作由 2 位贡献者完成。

总分 / 100

卓越

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准

优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足

良好65-79健康；不足之处有限且可控

中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查

薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节

存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎

危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 82 经校准后在公布的指数量表上为 95（记录校准 2026-08-02）。

所有权

Clinical Genomics组织

96 关注者123 个公开仓库始于 2014年1月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任，可延续于任何单一维护者之后。

软件包生态系统

注册表	软件包	版本	月下载量	版本数	最近发布	标签
PyPI	scout-browser	4.113.3	-	194	6 天前	acmg beacon cancer clingen-cgc-vicc clinvar cnv coverage dna fusion genome-visualisation lrs matchmaker-exchange ogm outliers panel panelapp phenopacket rna sma snv str sv variant-ranking variant-triage variants vcf wes wgs wts

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

98卓越 · 占总体的 21%

开发活跃度

96卓越

评分方式

36/36	推送新近度 — 最近一次推送于 1 天前
32.5/36	提交节奏 — 52 周中有 47 周有提交
18/18	提交量 — 最近一年 376 次提交
10/10	OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 27 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10

所用输入

commits_last_year	376
human_commit_share	1
days_since_last_push	1
active_weeks_last_year	47

发布纪律

100卓越

评分方式

27/27	有发布版本 — 已发布 100 个发布版本
36/36	发布时效 — 最近一次发布版本于 6 天前
27/27	发布节奏 — 约每 9.1 天发布一次
0/10	OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据

所用输入

releases_count	100
latest_release_tag	v4.113.3
releases_from_tags	否
days_since_latest_release	6
mean_days_between_releases	9.1

已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。其余权重已重新归一化。

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

66良好 · 占总体的 17%

流行度与采用

57中等

评分方式

36.5/60	星标 — 179 个星标
14.2/25	复刻 — 51 个复刻
6/15	关注者 — 13 位关注者

所用输入

forks	51
stars	179
watchers	13
growth_state	organic
growth_factor_pct	100

社区健康

77良好

评分方式

22.5/22.5	README
22.5/22.5	许可证 — 可识别的许可证（BSD-3-Clause）
18/18	CONTRIBUTING 指南
0/13.5	行为准则
0/7.2	议题模板
6.3/6.3	PR 模板

所用输入

has_readme	是
has_license	是
readme_badges	—
has_contributing	是
has_issue_template	否
has_code_of_conduct	否
readme_badge_services	—
has_pull_request_template	是

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

84优秀 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

63中等

评分方式

25.2/54	巴士系数 — 2 位贡献者贡献了半数提交
14/22.5	提交分布 — 头号贡献者编写了 38% 的提交
13.5/13.5	贡献者广度 — 33 位贡献者
10/10	OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 15 contributing companies or organizations

所用输入

bus_factor	2
contributors_sampled	33
top_contributor_share	0.377

议题与 PR 响应能力

92优秀

评分方式

38.9/42	议题解决 — 93% 的议题已关闭
27.6/30	PR 接受 — 已裁定的 PR 中 2,732/2,973 已合并
0/13	Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
13.5/15	OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 29/30 approved changesets -- score normalized to 9

所用输入

merged_prs	2,732
open_issues	245
closed_issues	3,097
prs_merged_7d	—
prs_decided_7d	—
prs_merged_30d	—
prs_decided_30d	—
issue_closed_ratio	0.927
closed_unmerged_prs	241
first_time_authors_30d	—
first_time_prs_merged_30d	—
first_time_prs_decided_30d	—

已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。其余权重已重新归一化。

所有权与托管责任

87优秀

评分方式

30/30	所有权背书 — 组织持有
0/20	已验证域名 — 未读取该组织的域名验证状态
14.3/25	所有者影响力 — Clinical-Genomics 有 96 位关注者
25/25	既往记录 — 123 个公开仓库，账户约 12 年

所用输入

followers	96
owner_type	Organization
is_verified	—
owner_login	Clinical-Genomics
public_repos	123
account_age_days	4,570

已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。其余权重已重新归一化。

软件包维护

100卓越

评分方式

25/25	已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35	发布时效 — 最近一次发布于 6 天前
20/20	版本历史 — 194 个已发布版本
20/20	未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回

所用输入

packages	scout-browser
ecosystems	pypi
any_deprecated	否
min_days_since_publish	6

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

96卓越 · 占总体的 19%

工程实践

100卓越

评分方式

24/24	CI 工作流 — 9 个工作流
24/24	存在测试
16/16	Linter 配置
9.6/9.6	Pre-commit 钩子
6.4/6.4	.editorconfig
20/20	OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 30 out of 30 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10

所用输入

has_ci	是
has_tests	是
has_editorconfig	是
has_linter_config	是
has_precommit_config	是

文档

90优秀

评分方式

30/30	README
25/25	文档目录
15/15	文档 / 主页站点 — https://clinical-genomics.github.io/scout
10/10	仓库描述
0/10	主题标签
10/10	Wiki

所用输入

topics	—
has_wiki	是
homepage	https://clinical-genomics.github.io/scout
docs_site	https://clinical-genomics.github.io/scout
has_readme	是
has_docs_dir	是
has_description	是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

66良好 · 占总体的 16%

安全态势

65良好

评分方式

7.5/7.5	Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5	Branch-Protection — 无数据
2.5/2.5	CI-Tests — 30 out of 30 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5	CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
6.8/7.5	Code-Review — Found 29/30 approved changesets -- score normalized to 9
2.5/2.5	Contributors — project has 15 contributing companies or organizations
10/10	Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5	Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5	Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5	许可证 — license file detected
7.5/7.5	Maintained — 30 commit(s) and 27 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5	Packaging — packaging workflow detected
0/5	Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
5/5	SAST — SAST tool is run on all commits
2/5	Security-Policy — security policy file detected
0/7.5	Signed-Releases — 无数据
0/7.5	Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
6.8/7.5	Vulnerabilities — 1 existing vulnerabilities detected

所用输入

source	openssf_scorecard
checks_evaluated	16
scorecard_version	v5.5.0
checks_inconclusive	2
scorecard_aggregate	6.4

已排除计分（无数据或不适用）：Branch-Protection, Signed-Releases。其余权重已重新归一化。

依赖安全公告

69良好

评分方式

11.5/35	直接依赖不含已知公告 — 1 个受影响：pdfkit 1.0.0 (high 8.4)
0/25	间接依赖不含已知公告 — 在此范围内，传递依赖集合无法与开发和测试依赖区分
40/40	没有长期未处理的公告 — 没有公告公开超过 90 天

所用输入

source	osv
advisories	2
affected_packages	1
assessed_packages	118
unassessed_packages	0
affected_by_severity	high 1
direct_affected_packages	1

已排除计分（无数据或不适用）：间接依赖不含已知公告。其余权重已重新归一化。已将 118 个已解析依赖与 OSV 比对。该仓库未发布任何索引可解析的软件包，因此改为评估仓库依赖图。该图将开发与测试版本固定同交付的依赖混在一起，因此仅对声明的运行时依赖计分；传递性发现仅作为背景信息列出，不计入评分。未对可达性进行分析。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

53中等 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

40薄弱

评分方式

0/45	代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15	机器可读文档（llms.txt）
40/40	可读的提交历史 — 100 次人类提交中有 100 次说明了意图（结构化标题或解释性正文）

所用输入

has_llms_txt	否
llms_txt_url	—
legible_history_share	1
agent_instruction_files	—
agent_instruction_max_bytes	—

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

61中等

评分方式

18/18	一条命令的引导启动 — Makefile
22/22	自动化测试
11/11	Lint / 格式化配置
0/11	静态类型检查
10/10	可复现环境 — Dockerfile, lockfile
0/10	已体现的代理实践 — 最近 100 次提交中没有代理编写的提交
0/8	自动化维护 — 未观察到自动依赖更新
0/10	OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0

所用输入

has_nix	否
has_tests	是
lockfiles	uv.lock
has_dockerfile	是
typed_language	否
bootstrap_files	Makefile
has_devcontainer	否
has_linter_config	是
typecheck_configs	—
agent_commit_share	0
toolchain_manifests	—
dependency_bot_commit_share	0

面向模型的代码可读性

55中等

评分方式

0/45	可类型检查的代码 — HTML，未配置类型检查
54.7/55	可控的文件大小 — 采样的 566 个源文件中有 3 个超过 60KB

所用输入

primary_language	HTML
largest_source_bytes	79,453
source_files_sampled	566
oversized_source_files	3

关键数据

179GitHub 星标

33贡献者

376最近 12 个月提交数

1距最近推送天数

100发布版本数

2巴士系数（bus factor）

245开放议题

PyPI软件包生态系统数

数据采集警告

deps.dev does not index pypi:scout-browser@4.113.3; advisories assessed against the repository dependency graph instead

更多细节

Star 与 Fork 历史 179 ★ / 51 ⇿

179Star

51Fork

99发布

每颗 star 和每个 fork 的添加时间，来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方，二者可相互对照：稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时，它会作为增长真实性予以报告。

主版本 0次版本 1修订 42

每个点涵盖 11 天。

OpenSSF Scorecard 6.4 / 10

6.4综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。Scorecard v5.5.0 · 2026-07-21 20:44 UTC

10	Binary-Artifacts	no binaries found in the repo
不适用	Branch-Protection	internal error: error during branchesHandler.setup: internal error: some github tokens can't read classic branch protection rules: https://github.com/ossf/scorecard-action/blob/main/docs/authentication/fine-grained-auth-token.md
10	CI-Tests	30 out of 30 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0	CII-Best-Practices	no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
9	Code-Review	Found 29/30 approved changesets -- score normalized to 9
10	Contributors	project has 15 contributing companies or organizations
10	Dangerous-Workflow	no dangerous workflow patterns detected
0	Dependency-Update-Tool	no update tool detected
0	Fuzzing	project is not fuzzed
10	License	license file detected
10	Maintained	30 commit(s) and 27 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10	Packaging	packaging workflow detected
0	Pinned-Dependencies	dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
10	SAST	SAST tool is run on all commits
4	Security-Policy	security policy file detected
不适用	Signed-Releases	no releases found
0	Token-Permissions	detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
9	Vulnerabilities	1 existing vulnerabilities detected

直接依赖 36

注册表	软件包	版本约束	清单文件
PyPI	werkzeug	`—`	pyproject.toml
PyPI	Flask	`>=2.0`	pyproject.toml
PyPI	Flask-Bootstrap	`—`	pyproject.toml
PyPI	Flask-CORS	`—`	pyproject.toml
PyPI	path.py	`—`	pyproject.toml
PyPI	markdown	`—`	pyproject.toml
PyPI	WTForms	`—`	pyproject.toml
PyPI	Flask-WTF	`—`	pyproject.toml
PyPI	Flask-Mail	`—`	pyproject.toml
PyPI	coloredlogs	`—`	pyproject.toml
PyPI	query_phenomizer	`—`	pyproject.toml
PyPI	Flask-Babel	`>=3`	pyproject.toml
PyPI	livereload	`>=2.7`	pyproject.toml
PyPI	tornado	`>=6.4.1`	pyproject.toml
PyPI	python-dateutil	`—`	pyproject.toml
PyPI	pymongo	`—`	pyproject.toml
PyPI	pathlib	`—`	pyproject.toml
PyPI	pdfkit	`—`	pyproject.toml
PyPI	phenopackets	`—`	pyproject.toml
PyPI	xlsxwriter	`—`	pyproject.toml
PyPI	click	`—`	pyproject.toml
PyPI	cryptography	`—`	pyproject.toml
PyPI	defusedxml	`—`	pyproject.toml
PyPI	importlib_resources	`—`	pyproject.toml
PyPI	authlib	`—`	pyproject.toml
PyPI	flask-login	`—`	pyproject.toml
PyPI	cyvcf2	`—`	pyproject.toml
PyPI	configobj	`—`	pyproject.toml
PyPI	ped_parser	`—`	pyproject.toml
PyPI	pydantic	`>=2`	pyproject.toml
PyPI	PyYaml	`>=5.1`	pyproject.toml
PyPI	intervaltree	`==3.0.2`	pyproject.toml
PyPI	anytree	`—`	pyproject.toml
PyPI	tabulate	`—`	pyproject.toml
PyPI	flask-ldap3-login	`>=1.0.2`	pyproject.toml
PyPI	chanjo-report	`>=4.12.2`	pyproject.toml

全部依赖 118

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：36 个直接依赖与 82 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表	软件包	版本	关系
PyPI	anytree	`2.13.0`	直接
PyPI	authlib	`1.7.2`	直接
PyPI	chanjo-report	`4.12.2`	直接
PyPI	click	`8.4.2`	直接
PyPI	coloredlogs	`15.0.1`	直接
PyPI	configobj	`5.0.9`	直接
PyPI	cryptography	`49.0.0`	直接
PyPI	cyvcf2	`0.34.0`	直接
PyPI	defusedxml	`0.7.1`	直接
PyPI	flask	`3.1.3`	直接
PyPI	flask-babel	`4.0.0`	直接
PyPI	flask-bootstrap	`3.3.7.1`	直接
PyPI	flask-cors	`6.0.5`	直接
PyPI	flask-ldap3-login	`1.0.2`	直接
PyPI	flask-login	`0.7.0.dev0`	直接
PyPI	flask-mail	`0.10.0`	直接
PyPI	flask-wtf	`1.3.0`	直接
PyPI	importlib-resources	`7.1.0`	直接
PyPI	intervaltree	`3.0.2`	直接
PyPI	livereload	`2.7.1`	直接
PyPI	markdown	`3.10.2`	直接
PyPI	path-py	`12.5.0`	直接
PyPI	pathlib	`1.0.1`	直接
PyPI	pdfkit	`1.0.0`	直接
PyPI	ped-parser	`1.6.6`	直接
PyPI	phenopackets	`2.0.2.post5`	直接
PyPI	pydantic	`2.13.4`	直接
PyPI	pymongo	`4.17.0`	直接
PyPI	python-dateutil	`2.9.0.post0`	直接
PyPI	pyyaml	`6.0.3`	直接
PyPI	query-phenomizer	`1.2.1`	直接
PyPI	tabulate	`0.10.0`	直接
PyPI	tornado	`6.5.7`	直接
PyPI	werkzeug	`3.1.8`	直接
PyPI	wtforms	`3.2.2`	直接
PyPI	xlsxwriter	`3.2.9`	直接
PyPI	annotated-types	`0.7.0`	间接
PyPI	babel	`2.18.0`	间接
PyPI	backrefs	`7.0`	间接
PyPI	black	`26.5.1`	间接
PyPI	blinker	`1.9.0`	间接
PyPI	certifi	`2026.6.17`	间接
PyPI	cffi	`2.1.0`	间接
PyPI	chanjo	`4.9.1`	间接
PyPI	charset-normalizer	`3.4.9`	间接
PyPI	colorama	`0.4.6`	间接
PyPI	coverage	`7.15.1`	间接
PyPI	dnspython	`2.8.0`	间接
PyPI	dominate	`2.9.1`	间接
PyPI	exceptiongroup	`1.3.1`	间接
PyPI	flask-debugtoolbar	`0.16.0`	间接
PyPI	flask-sqlalchemy	`3.1.1`	间接
PyPI	ghp-import	`2.1.0`	间接
PyPI	greenlet	`3.5.3`	间接
PyPI	humanfriendly	`10.0`	间接
PyPI	idna	`3.18`	间接
PyPI	importlib-metadata	`9.0.0`	间接
PyPI	iniconfig	`2.3.0`	间接
PyPI	invoke	`3.0.3`	间接
PyPI	isort	`8.0.1`	间接
PyPI	itsdangerous	`2.2.0`	间接
PyPI	jinja2	`3.1.6`	间接
PyPI	joserfc	`1.7.3`	间接
PyPI	ldap3	`2.9.1`	间接
PyPI	lxml	`6.1.1`	间接
PyPI	markdown-include	`0.8.1`	间接
PyPI	markupsafe	`3.0.3`	间接
PyPI	mergedeep	`1.3.4`	间接
PyPI	mkdocs	`1.6.1`	间接
PyPI	mkdocs-get-deps	`0.2.2`	间接
PyPI	mkdocs-material	`9.7.6`	间接
PyPI	mkdocs-material-extensions	`1.3.1`	间接
PyPI	mongomock	`4.3.0`	间接
PyPI	mypy-extensions	`1.1.0`	间接
PyPI	numpy	`2.2.6`	间接
PyPI	numpy	`2.4.6`	间接
PyPI	numpy	`2.5.1`	间接
PyPI	packaging	`26.2`	间接
PyPI	paginate	`0.5.7`	间接
PyPI	path	`17.1.1`	间接
PyPI	pathspec	`1.1.1`	间接
PyPI	platformdirs	`4.10.0`	间接
PyPI	pluggy	`1.6.0`	间接
PyPI	protobuf	`6.33.6`	间接
PyPI	pyasn1	`0.6.4`	间接
PyPI	pycparser	`3.0`	间接
PyPI	pydantic-core	`2.46.4`	间接
PyPI	pygments	`2.20.0`	间接
PyPI	pymdown-extensions	`11.0.1`	间接
PyPI	pymysql	`1.2.0`	间接
PyPI	pyreadline3	`3.5.6`	间接
PyPI	pyscss	`1.4.0`	间接
PyPI	pytest	`9.1.1`	间接
PyPI	pytest-cov	`7.1.0`	间接
PyPI	pytest-flask	`1.3.0`	间接
PyPI	pytest-mock	`3.15.1`	间接
PyPI	pytest-test-groups	`1.2.1`	间接
PyPI	pytokens	`0.4.1`	间接
PyPI	pytz	`2026.2`	间接
PyPI	pyyaml-env-tag	`1.1`	间接
PyPI	requests	`2.34.2`	间接
PyPI	responses	`0.26.2`	间接
PyPI	ruff	`0.15.21`	间接
PyPI	scout-browser	`4.113.3`	间接
PyPI	sentinels	`1.1.1`	间接
PyPI	six	`1.17.0`	间接
PyPI	sortedcontainers	`2.4.0`	间接
PyPI	sqlalchemy	`2.0.51`	间接
PyPI	sqlservice	`3.1.0`	间接
PyPI	toml	`0.10.2`	间接
PyPI	tomli	`2.4.1`	间接
PyPI	toolz	`1.1.0`	间接
PyPI	typing-extensions	`4.16.0`	间接
PyPI	typing-inspection	`0.4.2`	间接
PyPI	urllib3	`2.7.0`	间接
PyPI	visitor	`0.1.3`	间接
PyPI	watchdog	`6.0.0`	间接
PyPI	zipp	`4.1.0`	间接

依赖安全公告 1

该仓库未发布可被索引解析的包，因此评估的是其自身的依赖图——共 118 个包，其中也包含从不交付的开发与测试版本固定：1 个存在已知公告，1 个为直接依赖。

软件包	版本	关系	严重程度	公告数	修复版本
pdfkit	`1.0.0`	直接	高	2	—

公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析，且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。

原始 JSON 报告机器可读

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评分是信号，而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计，也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重，绝不按零分计。方法论已版本化并公开：指标 v2.10.0、模式 v0.23.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置：汇总统计 — PyPI.

软件健康指数

评分画像

所有权

软件包生态系统

按类别列示的指标

关键数据

数据采集警告

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