Registro público
Informe de salud del softwareesquema 0.31.0 · métricas 2.10.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

broadinstitute / viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

PythonMIT★ 198 estrellas⑂ 67 forksdesde sept 2014Ver en GitHub ↗
TipoHerramienta de línea de comandoscómo se determina

broadinstitute/viral-ngs tiene un índice de salud de 88 sobre 100, lo que lo sitúa en la banda Excelente. Su puntuación más alta es Vitality (88/100) y la más baja, Security (55/100). Se actualizó por última vez hace 10 días. 2 personas concentran la mayor parte del trabajo reciente.

88
global / 100
Excelente

Índice de salud del software

Las métricas se agrupan en categorías ponderadas sobre una escala estandarizada de 1 a 100. El resultado global parte de su media ponderada, calibrada contra la distribución del registro público para que las bandas tengan significado percentil; cuando la evidencia pública activa la Política de Jurisdicciones de Alto Riesgo, la calificación se ajusta y recibe un límite «En riesgo» de 34.

88
Excepcional93-100El nivel más alto del registro (≈ el 5% superior); cumple prácticamente todos los criterios evaluados
Excelente80-92Sólido en todos los frentes; carencias menores
Bueno65-79Saludable; carencias limitadas y manejables
Moderado50-64Aceptable con carencias notables; se recomienda revisión
Débil35-49Debilidades sustanciales en varias áreas
En riesgo20-34Debilidades significativas; su adopción exige cautela
Crítico1-19Problemas graves (proyecto abandonado, un solo mantenedor, sin higiene)
VitalidadComunidad yAdopciónSostenibilidady GobernanzaCalidad deIngenieríaSeguridadPreparaciónpara IA

Perfil de puntuación

Cada eje es una categoría. La forma importa más que la media: un proyecto sano llena toda la figura, mientras que un perfil de picos y cráteres indica que la fortaleza en una dimensión enmascara el riesgo en otra.

El resultado global ponderado 74 se calibra a 88 en la escala publicada del índice (calibración del registro 2026-08-02).

Titularidad

Broad InstituteOrganización
1300 seguidores1526 repositorios públicosdesde sept 2010

Este repositorio está respaldado por una organización: una custodia compartida y responsable que puede sobrevivir a cualquier mantenedor individual.

Métricas por categoría

Vitalidad

¿Está vivo el proyecto: se escribe código y se publican versiones?

88Excelente · 21% del índice global
Cómo se puntúa
28.8/36Recencia de pushúltimo push hace 10 días
22.8/36Cadencia de commits33/52 semanas con commits
18/18Volumen de commits572 commits en el último año
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Datos de entrada utilizados
commits_last_year572
human_commit_share0,96
days_since_last_push10
active_weeks_last_year33
Cómo se puntúa
27/27Publica versiones100 versiones publicadas
36/36Recencia de las versionesúltima versión hace 13 días
27/27Cadencia de publicaciónuna versión cada ~13,8 días
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releasessin datos
Datos de entrada utilizados
releases_count100
latest_release_tagv3.0.20
releases_from_tagsno
days_since_latest_release13
mean_days_between_releases13,8
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.

Comunidad y Adopción

¿Tiene el proyecto usuarios, descargas, atención y unas condiciones acogedoras para quienes contribuyen?

62Moderado · 17% del índice global
Cómo se puntúa
37.2/60Estrellas198 estrellas
15.2/25Forks67 forks
7.9/15Observadores27 observadores
Datos de entrada utilizados
forks67
stars198
watchers27
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history
Cómo se puntúa
22.5/22.5README
22.5/22.5Licencialicencia reconocida (MIT)
0/18Guía CONTRIBUTING
13.5/13.5Código de conducta
0/7.2Plantilla de issues
0/6.3Plantilla de PR
Datos de entrada utilizados
has_readme
has_license
readme_badges4
has_contributingno
has_issue_templateno
has_code_of_conduct
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_templateno

Sostenibilidad y Gobernanza

¿Sobrevivirá el proyecto a sus personas: factor bus, capacidad de respuesta, quién lo respalda y mantenimiento del paquete?

78Bueno · 23% del índice global
Cómo se puntúa
25.2/54Factor busla mitad de los commits recae en 2 contribuyente(s)
11.4/22.5Distribución de commitsel principal contribuyente firma el 49% de los commits
13.5/13.5Amplitud de contribuyentes16 contribuyentes
10/10OpenSSF Scorecard: Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
Datos de entrada utilizados
bus_factor2
contributors_sampled16
top_contributor_share0,492
Cómo se puntúa
41.5/42Resolución de issues99% de issues cerradas
27.9/30Aceptación de PR779/839 PR decididos fusionados
0/13Newcomer PR acceptanceningún PR de un contribuyente primerizo decidido en 30 d
0/15OpenSSF Scorecard: Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
Datos de entrada utilizados
merged_prs779
open_issues3
closed_issues266
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d5
prs_decided_30d5
issue_closed_ratio0,989
closed_unmerged_prs60
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Newcomer PR acceptance. Los pesos restantes se han renormalizado.
Cómo se puntúa
30/30Respaldo de la propiedadpropiedad de una organización
0/20Dominio verificadoel estado de dominio verificado no se leyó para esta organización
22.4/25Alcance del propietario1300 seguidores de broadinstitute
25/25Trayectoria1526 repos públicos, cuenta de ~15 años
Datos de entrada utilizados
followers1300
owner_typeOrganization
is_verified
owner_loginbroadinstitute
public_repos1526
account_age_days5821
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Dominio verificado. Los pesos restantes se han renormalizado.

Calidad de Ingeniería

¿Existen unas prácticas mínimas de ingeniería y documentación?

81Excelente · 19% del índice global
Cómo se puntúa
24/24Flujos de trabajo de CI5 flujo(s) de trabajo
24/24Pruebas presentes
0/16Configuración de linter
0/9.6Hooks de pre-commit
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Datos de entrada utilizados
has_ci
has_tests
has_editorconfigno
has_linter_configno
has_precommit_configno

Documentación

100Excepcional
Cómo se puntúa
30/30README
25/25Directorio de documentación
15/15Sitio de documentación / página del proyectohttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
10/10Descripción del repositorio
10/10Topics15 topics
10/10Wiki
Datos de entrada utilizados
topicsviral-ngs, viral, genomics, genome, genome-assembly, genome-sequencing, bam, fastq, variant-calling, variant-annotations, illumina, bioinformatics, docker, ngs, python
has_wiki
homepagehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
docs_sitehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
has_readme
has_docs_dir
has_description

Seguridad

¿Son sólidas las prácticas visibles de seguridad y de cadena de suministro, sin exposición jurisdiccional de alto riesgo sin resolver?

55Moderado · 16% del índice global
Cómo se puntúa
7.5/7.5Binary-Artifactsno binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Toolno update tool detected
0/5Fuzzingproject is not fuzzed
2.5/2.5Licencialicense file detected
7.5/7.5Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packagingpackaging workflow detected
0.5/5Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
5/5SASTSAST tool is run on all commits
0/5Security-Policysecurity policy file not detected
0/7.5Signed-Releasessin datos
6/7.5Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5.2/7.5Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Datos de entrada utilizados
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate5,8
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.
Cómo se puntúa
5.6/35Dependencias directas libres de avisos conocidos3 afectados: pyyaml 5.1 (critical 9.8), jinja2 3.1.4 (high 8.8), biopython 1.72 (moderate 4.9)
0/25Dependencias indirectas libres de avisos conocidosel conjunto transitivo no es separable de las dependencias de desarrollo y prueba en este alcance
25.2/40Sin avisos pendientes3 paquete(s) con avisos sin atender más allá de 90 días; el más antiguo publicado hace 2371 días
Datos de entrada utilizados
sourceosv
advisories16
affected_packages4
assessed_packages53
unassessed_packages92
affected_by_severitycritical 1, high 2, moderate 1
direct_affected_packages3
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Dependencias indirectas libres de avisos conocidos. Los pesos restantes se han renormalizado. Se cotejaron 53 dependencias resueltas con OSV. 92 no pudieron evaluarse: sin versión resuelta, ecosistema no admitido o fuera de la lista de paquetes informada. Este repositorio no publica ningún paquete que el índice resuelva, por lo que se evaluó en su lugar el grafo de dependencias del repositorio. Ese grafo mezcla fijaciones de desarrollo y prueba con las dependencias distribuidas, de modo que solo se puntúan las dependencias declaradas en tiempo de ejecución; los hallazgos transitivos se informan como contexto y quedan excluidos de la puntuación. No se analiza la alcanzabilidad.

Preparación para IA

¿Hasta qué punto está el repositorio preparado para desarrollarse y mantenerse con agentes de codificación de IA? Tiene un peso deliberadamente pequeño (4%): las herramientas para agentes son una señal real de mantenimiento, pero un repositorio sin ninguna puede alcanzar igualmente 100/100.

75Bueno · 4% del índice global
Cómo se puntúa
45/45Instrucciones para agentes.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
0/15Documentación legible por máquinas (llms.txt)
32.2/40Historial de commits legible58 de 96 commits humanos declaran su intención (asunto estructurado o cuerpo explicativo)
Datos de entrada utilizados
has_llms_txtno
llms_txt_url
legible_history_share0,604
agent_instruction_files.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes22.057
Cómo se puntúa
18/18Arranque con un solo comandodocs/Makefile
22/22Pruebas automatizadas
0/11Configuración de lint / formato
11/11Verificación estática de tipossrc/viral_ngs/py.typed
10/10Entorno reproducibleDockerfile
10/10Práctica demostrada con agentes7 de los últimos 100 commits con autoría o crédito de agente
0/8Mantenimiento automatizadono se observan actualizaciones automáticas de dependencias
1/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
Datos de entrada utilizados
has_nixno
has_tests
lockfiles
has_dockerfile
typed_languageno
bootstrap_filesdocs/Makefile
has_devcontainerno
has_linter_configno
typecheck_configssrc/viral_ngs/py.typed
agent_commit_share0,07
toolchain_manifests
dependency_bot_commit_share0
Cómo se puntúa
27/45Código verificable por tiposPython con configuración de verificación de tipos (src/viral_ngs/py.typed)
51.4/55Tamaños de archivo manejables8/122 archivos fuente de más de 60 KB
Datos de entrada utilizados
primary_languagePython
largest_source_bytes391.231
source_files_sampled122
oversized_source_files8

Datos clave

198estrellas de GitHub
16contribuidores
572commits en los últimos 12 meses
10días desde el último push
100versiones publicadas
2factor bus
3issues abiertas
PyPIecosistemas de paquetes

Advertencias de recopilación de datos

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch pypi package 'viral-ngs' from its registry

Más detalle

Historial de estrellas y forks 0 ★ / 67 ⇿
0Estrellas
67Forks
97Versiones

Cuándo se añadió cada estrella y fork, recopilado de GitHub y agrupado por día. El crecimiento acumulado se sitúa justo encima de las adiciones diarias que lo componen, de modo que ambos se leen en conjunto: la acumulación orgánica sostenida no se parece en nada a un pico abrupto y efímero. Cuando esa diferencia es medible, se informa como autenticidad del crecimiento.

01020304050606022014-122020-092026-07
Mayor 2Menor 26Parche 69

Cada punto abarca 11 días.

OpenSSF Scorecard 5.8 / 10
5.8agregado

Evaluación de seguridad independiente y agnóstica en cuanto a herramientas, procedente del proyecto de código abierto OpenSSF Scorecard. Cada comprobación premia una práctica de seguridad, no la herramienta de un proveedor concreto. Las comprobaciones que Scorecard no pudo determinar se marcan como n/d y se excluyen de la puntuación de seguridad (nunca se cuentan como cero).Scorecard v5.5.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
1Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
10SASTSAST tool is run on all commits
0Security-Policysecurity policy file not detected
n/dSigned-Releasesno releases found
8Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Dependencias directas 13
RegistroPaqueteRestricción de versiónManifiesto
PyPIarrow>=0.12.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.72pyproject.toml
PyPIjinja2>=2.11.3pyproject.toml
PyPIlz4>=2.2.1pyproject.toml
PyPImatplotlib>=2.2.4pyproject.toml
PyPIpandas>=2.0.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=6.1.0pyproject.toml
PyPIpybedtools>=0.7.10pyproject.toml
PyPIpysam>=0.23.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=6.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.12.0pyproject.toml
PyPIzstandard>=0.23.0pyproject.toml
Todas las dependencias 145

Conjunto completo de dependencias resueltas según el grafo de dependencias de GitHub: 21 paquetes directos y 124 indirectos (transitivos). El cierre transitivo es completo cuando el repositorio incluye un lockfile.

RegistroPaqueteVersiónRelación
PyPIarrowdirecta
PyPIarrow0.12.1directa
PyPIbiopythondirecta
PyPIbiopython1.72directa
PyPIjinja2directa
PyPIjinja23.1.4directa
PyPIlz4directa
PyPImatplotlibdirecta
PyPImatplotlib2.2.4directa
PyPIpandasdirecta
PyPIpsutildirecta
PyPIpybedtoolsdirecta
PyPIpybedtools0.7.10directa
PyPIpysamdirecta
PyPIpysam0.15.0directa
PyPIpyyamldirecta
PyPIpyyaml5.1directa
PyPIpyyaml6.0.1directa
PyPIscipydirecta
PyPIseaborndirecta
PyPIzstandarddirecta
PyPIanndataindirecta
PyPIawscliindirecta
PyPIbamtoolsindirecta
PyPIbbmapindirecta
PyPIbbmap38.56indirecta
PyPIbcftoolsindirecta
PyPIbedtoolsindirecta
PyPIbedtools2.28.0indirecta
PyPIblastindirecta
PyPIblast2.7.1indirecta
PyPIbmtaggerindirecta
PyPIbmtagger3.101indirecta
PyPIboto3indirecta
PyPIbwaindirecta
PyPIbwa0.7.17indirecta
PyPIcd-hitindirecta
PyPIcd-hit4.6.8indirecta
PyPIcd-hit-auxtoolsindirecta
PyPIcd-hit-auxtools4.6.8indirecta
PyPIcentrifugerindirecta
PyPIcryptographyindirecta
PyPIcsvkitindirecta
PyPIdiamond0.9.10indirecta
PyPIduckdbindirecta
PyPIfastaniindirecta
PyPIfastqcindirecta
PyPIfastqc0.11.7indirecta
PyPIfgbioindirecta
PyPIfilechunkioindirecta
PyPIfreebayesindirecta
PyPIfuture0.16.0indirecta
PyPIgap2seqindirecta
PyPIgap2seq3.1.1a2indirecta
PyPIgatk3.8indirecta
PyPIgenomadindirecta
PyPIgoogle-cloud-sdkindirecta
PyPIgoogle-cloud-storageindirecta
PyPIillumina-interop1.5.0indirecta
PyPIjqindirecta
PyPIkaiju1.6.3_yesimonindirecta
PyPIkallistoindirecta
PyPIkb-pythonindirecta
PyPIkmaindirecta
PyPIkmcindirecta
PyPIkmc3.1.1rc1indirecta
PyPIkraken2indirecta
PyPIkrakenuniq0.5.7_yesimonindirecta
PyPIkronaindirecta
PyPIkrona2.7.1indirecta
PyPIlastindirecta
PyPIlast876indirecta
PyPIlbzip2indirecta
PyPIlbzip22.5indirecta
PyPIlofreqindirecta
PyPIlz4-cindirecta
PyPIlz4-c1.9.1indirecta
PyPImafftindirecta
PyPImafft7.402indirecta
PyPIminimap2indirecta
PyPIminiwdlindirecta
PyPImockindirecta
PyPImock5.0.1indirecta
PyPImummer4indirecta
PyPImummer44.0.0beta2indirecta
PyPImuscleindirecta
PyPImuscle3.8.1551indirecta
PyPImvicunaindirecta
PyPImvicuna1.0indirecta
PyPInovoalignindirecta
PyPInovoalign3.07.00indirecta
PyPIparallelindirecta
PyPIparallel20160622indirecta
PyPIperl-bio-easelindirecta
PyPIpicardindirecta
PyPIpicard-slim2.21.1indirecta
PyPIpigzindirecta
PyPIpigz2.4indirecta
PyPIpillowindirecta
PyPIprinseqindirecta
PyPIprinseq0.20.4indirecta
PyPIpyasn1indirecta
PyPIpyopensslindirecta
PyPIpysftpindirecta
PyPIpytestindirecta
PyPIpytest-covindirecta
PyPIpytest-xdistindirecta
PyPIpython3.12indirecta
PyPIr-base3.5.1indirecta
PyPIrasusaindirecta
PyPIrecommonmarkindirecta
PyPIrpds-pyindirecta
PyPIsambambaindirecta
PyPIsamtoolsindirecta
PyPIsamtools1.9indirecta
PyPIsequipindirecta
PyPIsetuptoolsindirecta
PyPIskaniindirecta
PyPIsnakemake5.6.0indirecta
PyPIsnpeffindirecta
PyPIsnpeff4.3.1tindirecta
PyPIsourmash-minimalindirecta
PyPIspadesindirecta
PyPIspades3.12.0indirecta
PyPIsphinx1.4.4indirecta
PyPIsphinx7.4.7indirecta
PyPIsphinx-argparse0.1.15indirecta
PyPIsphinx-argparse0.5.2indirecta
PyPIsphinx-rtd-themeindirecta
PyPIsphinx-rtd-theme0.1.9indirecta
PyPIsplitcodeindirecta
PyPItable2asnindirecta
PyPItbl2asn25.6indirecta
PyPItensorflowindirecta
PyPItornadoindirecta
PyPItrimmomaticindirecta
PyPItrimmomatic0.38indirecta
PyPIudockerindirecta
PyPIunzipindirecta
PyPIunzip6.0indirecta
PyPIurllib3indirecta
PyPIvphaser2indirecta
PyPIvphaser22.0indirecta
PyPIwgsimindirecta
PyPIzstdindirecta
Avisos de dependencias 4

Este repositorio no publica ningún paquete que el índice resuelva, así que se evaluó su propio grafo de dependencias — 53 paquetes, que incluyen también fijaciones de desarrollo y prueba que nunca se distribuyen: 4 tienen avisos conocidos, de los cuales 3 son directas. 92 no pudieron evaluarse: sin versión resuelta, ecosistema no admitido, o fuera de la lista de paquetes informada.

PaqueteVersiónRelaciónGravedadAvisosCorregido en
pyyaml5.1directacrítica65.2b1
jinja23.1.4directaalta63.1.6
future0.16.0indirectaalta20.18.3
biopython1.72directamoderada21.87

Un aviso significa que la versión registrada en el grafo de dependencias cae dentro del rango afectado de un aviso. No se analiza la alcanzabilidad, y el grafo incluye fijaciones de desarrollo y prueba: un hallazgo puede referirse al utillaje y no al software distribuido.

Informe JSON sin procesar legible por máquina

Comentarios

¿Algo no cuadra en este informe, o hay ideas que compartir? Mediciones erróneas, herramientas no detectadas, ideas, preguntas: todo es bienvenido. Cada mensaje se lee y recibe respuesta.

El mensaje se conserva durante el inicio de sesión.

Las puntuaciones son señales, no garantías. Reflejan prácticas públicamente visibles en GitHub; no son una auditoría de código ni una garantía de seguridad.

Los datos ausentes se excluyen y los pesos se renormalizan; nunca se puntúan como cero. La metodología es versionada y abierta: métricas v2.10.0, esquema v0.31.0 — metodología completa · wiki de métricas.

Cómo se sitúa un resultado dentro del registro general: estadísticas agregadas.