Registro público
Informe de salud del softwareesquema 0.34.0 · métricas 2.10.0 · 2026-10-19 15:48 UTC

broadinstitute / viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

PythonMIT★ 197 estrellas⑂ 67 forksdesde sept 2014Ver en GitHub ↗
TipoHerramienta de línea de comandoscómo se determina

broadinstitute/viral-ngs tiene un índice de salud de 88 sobre 100, lo que lo sitúa en la banda Excelente. Su puntuación más alta es Vitality (93/100) y la más baja, Security (55/100). Se actualizó por última vez hace 3 días. 2 personas concentran la mayor parte del trabajo reciente.

88
global / 100
Excelente

Índice de salud del software

Las métricas se agrupan en categorías ponderadas sobre una escala estandarizada de 1 a 100. El resultado global parte de su media ponderada, calibrada contra la distribución del registro público para que las bandas tengan significado percentil; cuando la evidencia pública activa la Política de Jurisdicciones de Alto Riesgo, la calificación se ajusta y recibe un límite «En riesgo» de 34.

88
Excepcional93-100El nivel más alto del registro (≈ el 5% superior); cumple prácticamente todos los criterios evaluados
Excelente80-92Sólido en todos los frentes; carencias menores
Bueno65-79Saludable; carencias limitadas y manejables
Moderado50-64Aceptable con carencias notables; se recomienda revisión
Débil35-49Debilidades sustanciales en varias áreas
En riesgo20-34Debilidades significativas; su adopción exige cautela
Crítico1-19Problemas graves (proyecto abandonado, un solo mantenedor, sin higiene)
VitalidadComunidad yAdopciónSostenibilidady GobernanzaCalidad deIngenieríaSeguridadPreparaciónpara IA

Perfil de puntuación

Cada eje es una categoría. La forma importa más que la media: un proyecto sano llena toda la figura, mientras que un perfil de picos y cráteres indica que la fortaleza en una dimensión enmascara el riesgo en otra.

El resultado global ponderado 74 se calibra a 88 en la escala publicada del índice (calibración del registro 2026-08-02).

Titularidad

Broad InstituteOrganización
1339 seguidores1543 repositorios públicosdesde sept 2010

Este repositorio está respaldado por una organización: una custodia compartida y responsable que puede sobrevivir a cualquier mantenedor individual.

Métricas por categoría

Vitalidad

¿Está vivo el proyecto: se escribe código y se publican versiones?

93Excepcional · 21% del índice global
Cómo se puntúa
36/36Recencia de push — último push hace 3 días
23.5/36Cadencia de commits — 34/52 semanas con commits
18/18Volumen de commits — 582 commits en el último año
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Datos de entrada utilizados
commits_last_year582
human_commit_share0,94
days_since_last_push3
active_weeks_last_year34
Cómo se puntúa
27/27Publica versiones — 100 versiones publicadas
36/36Recencia de las versiones — última versión hace 4 días
27/27Cadencia de publicación — una versión cada ~9,3 días
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — sin datos
Datos de entrada utilizados
releases_count100
latest_release_tagv3.0.27
releases_from_tagsno
days_since_latest_release4
mean_days_between_releases9,3
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.

Comunidad y Adopción

¿Tiene el proyecto usuarios, descargas, atención y unas condiciones acogedoras para quienes contribuyen?

62Moderado · 17% del índice global
Cómo se puntúa
37.2/60Estrellas — 197 estrellas
15.2/25Forks — 67 forks
7.8/15Observadores — 26 observadores
Datos de entrada utilizados
forks67
stars197
watchers26
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history
Cómo se puntúa
22.5/22.5README
22.5/22.5Licencia — licencia reconocida (MIT)
0/18Guía CONTRIBUTING
13.5/13.5Código de conducta
0/7.2Plantilla de issues
0/6.3Plantilla de PR
Datos de entrada utilizados
has_readmesí
has_licensesí
readme_badges4
has_contributingno
has_issue_templateno
has_code_of_conductsí
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_templateno

Sostenibilidad y Gobernanza

¿Sobrevivirá el proyecto a sus personas: factor bus, capacidad de respuesta, quién lo respalda y mantenimiento del paquete?

72Bueno · 23% del índice global
Cómo se puntúa
25.2/54Factor bus — la mitad de los commits recae en 2 contribuyente(s)
11.4/22.5Distribución de commits — el principal contribuyente firma el 49% de los commits
13.5/13.5Amplitud de contribuyentes — 16 contribuyentes
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 19 contributing companies or organizations
Datos de entrada utilizados
bus_factor2
contributors_sampled16
top_contributor_share0,494
Cómo se puntúa
41.2/42Resolución de issues — 98% de issues cerradas
27.9/30Aceptación de PR — 789/849 PR decididos fusionados
0/13Newcomer PR acceptance — ningún PR de un contribuyente primerizo decidido en 30 d
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
Datos de entrada utilizados
merged_prs789
open_issues5
closed_issues275
prs_merged_7d2
prs_decided_7d2
prs_merged_30d4
prs_decided_30d4
issue_closed_ratio0,982
closed_unmerged_prs60
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Newcomer PR acceptance. Los pesos restantes se han renormalizado.
Cómo se puntúa
30/30Respaldo de la propiedad — propiedad de una organización
0/20Dominio verificado
22.5/25Alcance del propietario — 1339 seguidores de broadinstitute
25/25Trayectoria — 1543 repos públicos, cuenta de ~16 años
Datos de entrada utilizados
followers1339
owner_typeOrganization
is_verifiedno
owner_loginbroadinstitute
public_repos1543
account_age_days5883

Calidad de Ingeniería

¿Existen unas prácticas mínimas de ingeniería y documentación?

81Excelente · 19% del índice global
Cómo se puntúa
24/24Flujos de trabajo de CI — 6 flujo(s) de trabajo
24/24Pruebas presentes
0/16Configuración de linter
0/9.6Hooks de pre-commit
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Datos de entrada utilizados
has_cisí
has_testssí
has_editorconfigno
has_linter_configno
has_precommit_configno

Documentación

100Excepcional
Cómo se puntúa
30/30README
25/25Directorio de documentación
15/15Sitio de documentación / página del proyecto — https://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
10/10Descripción del repositorio
10/10Topics — 15 topics
10/10Wiki
Datos de entrada utilizados
topicsviral-ngs, viral, genomics, genome, genome-assembly, genome-sequencing, bam, fastq, variant-calling, variant-annotations, illumina, bioinformatics, docker, ngs, python
has_wikisí
homepagehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
docs_sitehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
has_readmesí
has_docs_dirsí
has_descriptionsí

Seguridad

¿Son sólidas las prácticas visibles de seguridad y de cadena de suministro, sin exposición jurisdiccional de alto riesgo sin resolver?

55Moderado · 16% del índice global
Cómo se puntúa
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 19 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Licencia — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0.5/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
5/5SAST — SAST tool is run on all commits
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — sin datos
6.8/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5.2/7.5Vulnerabilities — 3 existing vulnerabilities detected
Datos de entrada utilizados
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate5,9
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Signed-Releases. Los pesos restantes se han renormalizado.
Cómo se puntúa
5.6/35Dependencias directas libres de avisos conocidos — 3 afectados: pyyaml 5.1 (critical 9.8), jinja2 3.1.4 (high 8.8), biopython 1.72 (moderate 4.9)
0/25Dependencias indirectas libres de avisos conocidos — el conjunto transitivo no es separable de las dependencias de desarrollo y prueba en este alcance
25.2/40Sin avisos pendientes — 3 paquete(s) con avisos sin atender más allá de 90 días; el más antiguo publicado hace 2434 días
Datos de entrada utilizados
sourceosv
advisories16
affected_packages4
assessed_packages53
unassessed_packages91
affected_by_severitycritical 1, high 2, moderate 1
direct_affected_packages3
Excluidos de la puntuación (sin datos o no aplicable): Dependencias indirectas libres de avisos conocidos. Los pesos restantes se han renormalizado. Se cotejaron 53 dependencias resueltas con OSV. 91 no pudieron evaluarse: sin versión resuelta, ecosistema no admitido o fuera de la lista de paquetes informada. Este repositorio no publica ningún paquete que el índice resuelva, por lo que se evaluó en su lugar el grafo de dependencias del repositorio. Ese grafo mezcla fijaciones de desarrollo y prueba con las dependencias distribuidas, de modo que solo se puntúan las dependencias declaradas en tiempo de ejecución; los hallazgos transitivos se informan como contexto y quedan excluidos de la puntuación. No se analiza la alcanzabilidad.

Preparación para IA

¿Hasta qué punto está el repositorio preparado para desarrollarse y mantenerse con agentes de codificación de IA? Tiene un peso deliberadamente pequeño (4%): las herramientas para agentes son una señal real de mantenimiento, pero un repositorio sin ninguna puede alcanzar igualmente 100/100.

78Bueno · 4% del índice global
Cómo se puntúa
45/45Instrucciones para agentes — .github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
0/15Documentación legible por máquinas (llms.txt)
40/40Historial de commits legible — 89 de 94 commits humanos declaran su intención (asunto estructurado o cuerpo explicativo)
Datos de entrada utilizados
has_llms_txtno
llms_txt_url—
legible_history_share0,947
agent_instruction_files.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes22.432
Cómo se puntúa
18/18Arranque con un solo comando — docs/Makefile
22/22Pruebas automatizadas
0/11Configuración de lint / formato
11/11Verificación estática de tipos — src/viral_ngs/py.typed
10/10Entorno reproducible — Dockerfile
10/10Práctica demostrada con agentes — 13 de los últimos 100 commits con autoría o crédito de agente
0/8Mantenimiento automatizado — no se observan actualizaciones automáticas de dependencias
1/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
Datos de entrada utilizados
has_nixno
has_testssí
lockfiles—
has_dockerfilesí
typed_languageno
bootstrap_filesdocs/Makefile
has_devcontainerno
has_linter_configno
typecheck_configssrc/viral_ngs/py.typed
agent_commit_share0,13
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0
Cómo se puntúa
27/45Código verificable por tipos — Python con configuración de verificación de tipos (src/viral_ngs/py.typed)
51/55Tamaños de archivo manejables — 9/123 archivos fuente de más de 60 KB
Datos de entrada utilizados
primary_languagePython
largest_source_bytes391.231
source_files_sampled123
oversized_source_files9

Datos clave

197estrellas de GitHub
16contribuidores
582commits en los últimos 12 meses
3días desde el último push
100versiones publicadas
2factor bus
5issues abiertas
PyPIecosistemas de paquetes

Advertencias de recopilación de datos

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch pypi package 'viral-ngs' from its registry

Más detalle

Historial de estrellas y forks 0 ★ / 67 ⇿
0Estrellas
67Forks
90Versiones

Cuándo se añadió cada estrella y fork, recopilado de GitHub y agrupado por día. El crecimiento acumulado se sitúa justo encima de las adiciones diarias que lo componen, de modo que ambos se leen en conjunto: la acumulación orgánica sostenida no se parece en nada a un pico abrupto y efímero. Cuando esa diferencia es medible, se informa como autenticidad del crecimiento.

01020304050606022014-122020-092026-07
Mayor 1Menor 24Parche 65

Cada punto abarca 11 días.

OpenSSF Scorecard 5.9 / 10
5.9agregado

Evaluación de seguridad independiente y agnóstica en cuanto a herramientas, procedente del proyecto de código abierto OpenSSF Scorecard. Cada comprobación premia una práctica de seguridad, no la herramienta de un proveedor concreto. Las comprobaciones que Scorecard no pudo determinar se marcan como n/d y se excluyen de la puntuación de seguridad (nunca se cuentan como cero).Scorecard v5.5.0 · 2026-10-19 15:48 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
1Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
10SASTSAST tool is run on all commits
0Security-Policysecurity policy file not detected
n/dSigned-Releasesno releases found
9Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Dependencias directas 13
RegistroPaqueteRestricción de versiónManifiesto
PyPIarrow>=0.12.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.72pyproject.toml
PyPIjinja2>=2.11.3pyproject.toml
PyPIlz4>=2.2.1pyproject.toml
PyPImatplotlib>=2.2.4pyproject.toml
PyPIpandas>=2.0.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=6.1.0pyproject.toml
PyPIpybedtools>=0.7.10pyproject.toml
PyPIpysam>=0.23.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=6.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.12.0pyproject.toml
PyPIzstandard>=0.23.0pyproject.toml
Todas las dependencias 144

Conjunto completo de dependencias resueltas según el grafo de dependencias de GitHub: 21 paquetes directos y 123 indirectos (transitivos). El cierre transitivo es completo cuando el repositorio incluye un lockfile.

RegistroPaqueteVersiónRelación
PyPIarrow—directa
PyPIarrow0.12.1directa
PyPIbiopython—directa
PyPIbiopython1.72directa
PyPIjinja2—directa
PyPIjinja23.1.4directa
PyPIlz4—directa
PyPImatplotlib—directa
PyPImatplotlib2.2.4directa
PyPIpandas—directa
PyPIpsutil—directa
PyPIpybedtools—directa
PyPIpybedtools0.7.10directa
PyPIpysam—directa
PyPIpysam0.15.0directa
PyPIpyyaml—directa
PyPIpyyaml5.1directa
PyPIpyyaml6.0.1directa
PyPIscipy—directa
PyPIseaborn—directa
PyPIzstandard—directa
PyPIanndata—indirecta
PyPIawscli—indirecta
PyPIbamtools—indirecta
PyPIbbmap—indirecta
PyPIbbmap38.56indirecta
PyPIbcftools—indirecta
PyPIbedtools—indirecta
PyPIbedtools2.28.0indirecta
PyPIblast—indirecta
PyPIblast2.7.1indirecta
PyPIbmtagger—indirecta
PyPIbmtagger3.101indirecta
PyPIboto3—indirecta
PyPIbwa—indirecta
PyPIbwa0.7.17indirecta
PyPIcd-hit—indirecta
PyPIcd-hit4.6.8indirecta
PyPIcd-hit-auxtools—indirecta
PyPIcd-hit-auxtools4.6.8indirecta
PyPIcentrifuger—indirecta
PyPIcryptography—indirecta
PyPIcsvkit—indirecta
PyPIdiamond0.9.10indirecta
PyPIduckdb—indirecta
PyPIfastani—indirecta
PyPIfastqc—indirecta
PyPIfastqc0.11.7indirecta
PyPIfgbio—indirecta
PyPIfilechunkio—indirecta
PyPIfreebayes—indirecta
PyPIfuture0.16.0indirecta
PyPIgap2seq—indirecta
PyPIgap2seq3.1.1a2indirecta
PyPIgatk3.8indirecta
PyPIgenomad—indirecta
PyPIgoogle-cloud-sdk—indirecta
PyPIgoogle-cloud-storage—indirecta
PyPIillumina-interop1.5.0indirecta
PyPIjq—indirecta
PyPIkaiju1.6.3_yesimonindirecta
PyPIkallisto—indirecta
PyPIkb-python—indirecta
PyPIkma—indirecta
PyPIkmc—indirecta
PyPIkmc3.1.1rc1indirecta
PyPIkraken2—indirecta
PyPIkrakenuniq0.5.7_yesimonindirecta
PyPIkrona—indirecta
PyPIkrona2.7.1indirecta
PyPIlast—indirecta
PyPIlast876indirecta
PyPIlbzip2—indirecta
PyPIlbzip22.5indirecta
PyPIlofreq—indirecta
PyPIlz4-c—indirecta
PyPIlz4-c1.9.1indirecta
PyPImafft—indirecta
PyPImafft7.402indirecta
PyPIminimap2—indirecta
PyPIminiwdl—indirecta
PyPImock—indirecta
PyPImock5.0.1indirecta
PyPImummer4—indirecta
PyPImummer44.0.0beta2indirecta
PyPImuscle—indirecta
PyPImuscle3.8.1551indirecta
PyPImvicuna1.0indirecta
PyPInovoalign3.07.00indirecta
PyPIparallel—indirecta
PyPIparallel20160622indirecta
PyPIperl-bio-easel—indirecta
PyPIpicard—indirecta
PyPIpicard-slim2.21.1indirecta
PyPIpigz—indirecta
PyPIpigz2.4indirecta
PyPIpillow—indirecta
PyPIprinseq—indirecta
PyPIprinseq0.20.4indirecta
PyPIpyasn1—indirecta
PyPIpyopenssl—indirecta
PyPIpysftp—indirecta
PyPIpytest—indirecta
PyPIpytest-cov—indirecta
PyPIpytest-xdist—indirecta
PyPIpython3.12indirecta
PyPIr-base3.5.1indirecta
PyPIrasusa—indirecta
PyPIrecommonmark—indirecta
PyPIrpds-py—indirecta
PyPIruby—indirecta
PyPIsambamba—indirecta
PyPIsamtools—indirecta
PyPIsamtools1.9indirecta
PyPIsequip—indirecta
PyPIsetuptools—indirecta
PyPIskani—indirecta
PyPIsnakemake5.6.0indirecta
PyPIsnpeff—indirecta
PyPIsnpeff4.3.1tindirecta
PyPIsourmash-minimal—indirecta
PyPIspades—indirecta
PyPIspades3.12.0indirecta
PyPIsphinx1.4.4indirecta
PyPIsphinx7.4.7indirecta
PyPIsphinx-argparse0.1.15indirecta
PyPIsphinx-argparse0.5.2indirecta
PyPIsphinx-rtd-theme—indirecta
PyPIsphinx-rtd-theme0.1.9indirecta
PyPIsplitcode—indirecta
PyPItable2asn—indirecta
PyPItbl2asn25.6indirecta
PyPItensorflow—indirecta
PyPItornado—indirecta
PyPItrimmomatic—indirecta
PyPItrimmomatic0.38indirecta
PyPIudocker—indirecta
PyPIunzip—indirecta
PyPIunzip6.0indirecta
PyPIurllib3—indirecta
PyPIvphaser2—indirecta
PyPIvphaser22.0indirecta
PyPIwgsim—indirecta
PyPIzstd—indirecta
Avisos de dependencias 4

Este repositorio no publica ningún paquete que el índice resuelva, así que se evaluó su propio grafo de dependencias — 53 paquetes, que incluyen también fijaciones de desarrollo y prueba que nunca se distribuyen: 4 tienen avisos conocidos, de los cuales 3 son directas. 91 no pudieron evaluarse: sin versión resuelta, ecosistema no admitido, o fuera de la lista de paquetes informada.

PaqueteVersiónRelaciónGravedadAvisosCorregido en
pyyaml5.1directacrítica65.2b1
jinja23.1.4directaalta63.1.6
future0.16.0indirectaalta20.18.3
biopython1.72directamoderada21.87

Un aviso significa que la versión registrada en el grafo de dependencias cae dentro del rango afectado de un aviso. No se analiza la alcanzabilidad, y el grafo incluye fijaciones de desarrollo y prueba: un hallazgo puede referirse al utillaje y no al software distribuido.

Informe JSON sin procesar legible por máquina

Comentarios

¿Algo no cuadra en este informe, o hay ideas que compartir? Mediciones erróneas, herramientas no detectadas, ideas, preguntas: todo es bienvenido. Cada mensaje se lee y recibe respuesta.

El mensaje se conserva durante el inicio de sesión.

Las puntuaciones son señales, no garantías. Reflejan prácticas públicamente visibles en GitHub; no son una auditoría de código ni una garantía de seguridad.

Los datos ausentes se excluyen y los pesos se renormalizan; nunca se puntúan como cero. La metodología es versionada y abierta: métricas v2.10.0, esquema v0.34.0 — metodología completa · wiki de métricas.

Cómo se sitúa un resultado dentro del registro general: estadísticas agregadas.