Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.31.0 · метрики 2.10.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

broadinstitute / viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

PythonMIT★ 198 зірок⑂ 67 форківз вер. 2014 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаяк це визначено

broadinstitute/viral-ngs має індекс здоров’я 88 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Vitality (88/100), найнижчий — Security (55/100). Останнє оновлення було 10 днів тому. Більшість нещодавньої роботи виконують 2 учасники.

88
загалом / 100
Відмінний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

88
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 74 калібровано до 88 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Broad InstituteОрганізація
1 300 підписників1 526 публічних репозиторіївз вер. 2010 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

88Відмінний · 21% загального індексу
Як обчислюється оцінка
28.8/36Свіжість pushостанній push 10 дн. тому
22.8/36Ритм комітів33/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів572 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year572
human_commit_share0,96
days_since_last_push10
active_weeks_last_year33
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізиопубліковано 100 релізів
36/36Свіжість релізівостанній реліз 13 дн. тому
27/27Ритм релізівреліз кожні ~13,8 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releasesнемає даних
Використані вхідні дані
releases_count100
latest_release_tagv3.0.20
releases_from_tagsні
days_since_latest_release13
mean_days_between_releases13,8
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

62Помірний · 17% загального індексу
Як обчислюється оцінка
37.2/60Зірки198 зірок
15.2/25Форки67 форків
7.9/15Спостерігачі27 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks67
stars198
watchers27
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензіявизнана ліцензія (MIT)
0/18Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges4
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductтак
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

78Добрий · 23% загального індексу
Як обчислюється оцінка
25.2/54Бас-факторна 2 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
11.4/22.5Розподіл комітівголовний контриб’ютор — автор 49% комітів
13.5/13.5Широта контриб’юторів16 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor2
contributors_sampled16
top_contributor_share0,492
Як обчислюється оцінка
41.5/42Вирішення issueзакрито 99% issue
27.9/30Прийняття PRзлито 779/839 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptanceза 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs779
open_issues3
closed_issues266
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d5
prs_decided_30d5
issue_closed_ratio0,989
closed_unmerged_prs60
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власникау власності організації
0/20Верифікований доменстатус підтвердженого домену для цієї організації не зчитано
22.4/25Охоплення власника1 300 підписників у broadinstitute
25/25Послужний список1 526 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~15 р.
Використані вхідні дані
followers1 300
owner_typeOrganization
is_verified
owner_loginbroadinstitute
public_repos1 526
account_age_days5 821
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Верифікований домен. Залишкові ваги перенормовано.

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

81Відмінний · 19% загального індексу
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI5 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
0/16Конфігурація лінтера
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configні
has_precommit_configні

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінкаhttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми15 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsviral-ngs, viral, genomics, genome, genome-assembly, genome-sequencing, bam, fastq, variant-calling, variant-annotations, illumina, bioinformatics, docker, ngs, python
has_wikiтак
homepagehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
docs_sitehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

55Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

58Помірний
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifactsno binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Toolno update tool detected
0/5Fuzzingproject is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензіяlicense file detected
7.5/7.5Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packagingpackaging workflow detected
0.5/5Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
5/5SASTSAST tool is run on all commits
0/5Security-Policysecurity policy file not detected
0/7.5Signed-Releasesнемає даних
6/7.5Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5.2/7.5Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate5,8
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.
Як обчислюється оцінка
5.6/35Прямі залежності без відомих сповіщеньуражено 3: pyyaml 5.1 (critical 9.8), jinja2 3.1.4 (high 8.8), biopython 1.72 (moderate 4.9)
0/25Непрямі залежності без відомих сповіщеньтранзитивний набір не відокремлюється від залежностей розробки й тестування в цьому обсязі
25.2/40Немає задавнених сповіщень3 пакет(ів) зі сповіщеннями без реакції понад 90 дн.; найдавніше опубліковано 2 371 дн. тому
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories16
affected_packages4
assessed_packages53
unassessed_packages92
affected_by_severitycritical 1, high 2, moderate 1
direct_affected_packages3
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Непрямі залежності без відомих сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено 53 резолвлених залежностей із OSV. 92 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза межами звітованого переліку пакетів. Цей репозиторій не публікує пакета, який резолвить індекс, тож натомість оцінено граф залежностей репозиторію. Цей граф змішує закріплені версії для розробки й тестування зі справді постачаними залежностями, тож оцінюються лише задекларовані runtime-залежності; транзитивні знахідки подаються як контекст і в оцінку не входять. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

75Добрий · 4% загального індексу
Як обчислюється оцінка
45/45Інструкції для агентів.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
32.2/40Читабельна історія комітівнамір зазначено у 58 з 96 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url
legible_history_share0,604
agent_instruction_files.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes22 057
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командоюdocs/Makefile
22/22Автоматизовані тести
0/11Конфігурація лінтера / форматера
11/11Статична перевірка типівsrc/viral_ngs/py.typed
10/10Відтворюване середовищеDockerfile
10/10Підтверджена практика роботи з агентами7 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням
0/8Автоматизоване супроводженняавтоматичних оновлень залежностей не виявлено
1/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfiles
has_dockerfileтак
typed_languageні
bootstrap_filesdocs/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configні
typecheck_configssrc/viral_ngs/py.typed
agent_commit_share0,07
toolchain_manifests
dependency_bot_commit_share0
Як обчислюється оцінка
27/45Типізований кодPython з конфігурацією перевірки типів (src/viral_ngs/py.typed)
51.4/55Керовані розміри файлів8/122 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes391 231
source_files_sampled122
oversized_source_files8

Ключові факти

198зірок GitHub
16контриб'юторів
572комітів за останні 12 місяців
10днів від останнього пушу
100релізів
2бас-фактор
3відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch pypi package 'viral-ngs' from its registry

Докладніше

Історія зірок і форків 0 ★ / 67 ⇿
0Зірки
67Форки
97Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

01020304050606022014-122020-092026-07
Мажорні 2Мінорні 26Патчі 69

Кожна точка охоплює 11 днів.

OpenSSF Scorecard 5.8 / 10
5.8сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
1Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
10SASTSAST tool is run on all commits
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
8Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 13
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIarrow>=0.12.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.72pyproject.toml
PyPIjinja2>=2.11.3pyproject.toml
PyPIlz4>=2.2.1pyproject.toml
PyPImatplotlib>=2.2.4pyproject.toml
PyPIpandas>=2.0.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=6.1.0pyproject.toml
PyPIpybedtools>=0.7.10pyproject.toml
PyPIpysam>=0.23.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=6.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.12.0pyproject.toml
PyPIzstandard>=0.23.0pyproject.toml
Усі залежності 145

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 21 прямих і 124 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIarrowпряма
PyPIarrow0.12.1пряма
PyPIbiopythonпряма
PyPIbiopython1.72пряма
PyPIjinja2пряма
PyPIjinja23.1.4пряма
PyPIlz4пряма
PyPImatplotlibпряма
PyPImatplotlib2.2.4пряма
PyPIpandasпряма
PyPIpsutilпряма
PyPIpybedtoolsпряма
PyPIpybedtools0.7.10пряма
PyPIpysamпряма
PyPIpysam0.15.0пряма
PyPIpyyamlпряма
PyPIpyyaml5.1пряма
PyPIpyyaml6.0.1пряма
PyPIscipyпряма
PyPIseabornпряма
PyPIzstandardпряма
PyPIanndataнепряма
PyPIawscliнепряма
PyPIbamtoolsнепряма
PyPIbbmapнепряма
PyPIbbmap38.56непряма
PyPIbcftoolsнепряма
PyPIbedtoolsнепряма
PyPIbedtools2.28.0непряма
PyPIblastнепряма
PyPIblast2.7.1непряма
PyPIbmtaggerнепряма
PyPIbmtagger3.101непряма
PyPIboto3непряма
PyPIbwaнепряма
PyPIbwa0.7.17непряма
PyPIcd-hitнепряма
PyPIcd-hit4.6.8непряма
PyPIcd-hit-auxtoolsнепряма
PyPIcd-hit-auxtools4.6.8непряма
PyPIcentrifugerнепряма
PyPIcryptographyнепряма
PyPIcsvkitнепряма
PyPIdiamond0.9.10непряма
PyPIduckdbнепряма
PyPIfastaniнепряма
PyPIfastqcнепряма
PyPIfastqc0.11.7непряма
PyPIfgbioнепряма
PyPIfilechunkioнепряма
PyPIfreebayesнепряма
PyPIfuture0.16.0непряма
PyPIgap2seqнепряма
PyPIgap2seq3.1.1a2непряма
PyPIgatk3.8непряма
PyPIgenomadнепряма
PyPIgoogle-cloud-sdkнепряма
PyPIgoogle-cloud-storageнепряма
PyPIillumina-interop1.5.0непряма
PyPIjqнепряма
PyPIkaiju1.6.3_yesimonнепряма
PyPIkallistoнепряма
PyPIkb-pythonнепряма
PyPIkmaнепряма
PyPIkmcнепряма
PyPIkmc3.1.1rc1непряма
PyPIkraken2непряма
PyPIkrakenuniq0.5.7_yesimonнепряма
PyPIkronaнепряма
PyPIkrona2.7.1непряма
PyPIlastнепряма
PyPIlast876непряма
PyPIlbzip2непряма
PyPIlbzip22.5непряма
PyPIlofreqнепряма
PyPIlz4-cнепряма
PyPIlz4-c1.9.1непряма
PyPImafftнепряма
PyPImafft7.402непряма
PyPIminimap2непряма
PyPIminiwdlнепряма
PyPImockнепряма
PyPImock5.0.1непряма
PyPImummer4непряма
PyPImummer44.0.0beta2непряма
PyPImuscleнепряма
PyPImuscle3.8.1551непряма
PyPImvicunaнепряма
PyPImvicuna1.0непряма
PyPInovoalignнепряма
PyPInovoalign3.07.00непряма
PyPIparallelнепряма
PyPIparallel20160622непряма
PyPIperl-bio-easelнепряма
PyPIpicardнепряма
PyPIpicard-slim2.21.1непряма
PyPIpigzнепряма
PyPIpigz2.4непряма
PyPIpillowнепряма
PyPIprinseqнепряма
PyPIprinseq0.20.4непряма
PyPIpyasn1непряма
PyPIpyopensslнепряма
PyPIpysftpнепряма
PyPIpytestнепряма
PyPIpytest-covнепряма
PyPIpytest-xdistнепряма
PyPIpython3.12непряма
PyPIr-base3.5.1непряма
PyPIrasusaнепряма
PyPIrecommonmarkнепряма
PyPIrpds-pyнепряма
PyPIsambambaнепряма
PyPIsamtoolsнепряма
PyPIsamtools1.9непряма
PyPIsequipнепряма
PyPIsetuptoolsнепряма
PyPIskaniнепряма
PyPIsnakemake5.6.0непряма
PyPIsnpeffнепряма
PyPIsnpeff4.3.1tнепряма
PyPIsourmash-minimalнепряма
PyPIspadesнепряма
PyPIspades3.12.0непряма
PyPIsphinx1.4.4непряма
PyPIsphinx7.4.7непряма
PyPIsphinx-argparse0.1.15непряма
PyPIsphinx-argparse0.5.2непряма
PyPIsphinx-rtd-themeнепряма
PyPIsphinx-rtd-theme0.1.9непряма
PyPIsplitcodeнепряма
PyPItable2asnнепряма
PyPItbl2asn25.6непряма
PyPItensorflowнепряма
PyPItornadoнепряма
PyPItrimmomaticнепряма
PyPItrimmomatic0.38непряма
PyPIudockerнепряма
PyPIunzipнепряма
PyPIunzip6.0непряма
PyPIurllib3непряма
PyPIvphaser2непряма
PyPIvphaser22.0непряма
PyPIwgsimнепряма
PyPIzstdнепряма
Сповіщення про залежності 4

Цей репозиторій не публікує пакета, який розпізнає індекс, тож оцінено його власний граф залежностей — 53 пакетів, серед яких є й піниї розробки та тестування, що ніколи не постачаються: 4 мають відомі сповіщення, з них 3 прямі. 92 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза наведеним переліком пакетів.

ПакетВерсіяЗв'язокКритичністьСповіщеньВиправлено в
pyyaml5.1прямакритична65.2b1
jinja23.1.4прямависока63.1.6
future0.16.0непрямависока20.18.3
biopython1.72прямапомірна21.87

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.31.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика.