Публічний реєстр
Звіт про здоров'я програмного забезпеченнясхема 0.34.0 · метрики 2.10.0 · 2026-10-19 15:48 UTC

broadinstitute / viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

PythonMIT★ 197 зірок⑂ 67 форківз вер. 2014 р.Переглянути на GitHub ↗
ТипІнструмент командного рядкаяк це визначено

broadinstitute/viral-ngs має індекс здоров’я 88 зі 100, що відповідає смузі «Відмінний». Найвищий показник — Vitality (93/100), найнижчий — Security (55/100). Останнє оновлення було 3 дні тому. Більшість нещодавньої роботи виконують 2 учасники.

88
загалом / 100
Відмінний

Індекс здоров'я програмного забезпечення

Метрики згруповано у зважені категорії на шкалі 1–100. Загальна оцінка починається як їхнє зважене середнє, відкаліброване за розподілом публічного реєстру, тож діапазони мають перцентильний зміст; коли публічні дані активують Політику юрисдикцій високого ризику, рейтинг коригується й отримує верхню межу 34 («У зоні ризику»).

88
Винятковий93-100Верхній щабель реєстру (≈ топ-5%); відповідає практично всім перевіреним критеріям
Відмінний80-92Сильний за всіма напрямами; незначні прогалини
Добрий65-79Здоровий; прогалини обмежені та керовані
Помірний50-64Прийнятний, але з помітними прогалинами; рекомендовано перевірку
Слабкий35-49Суттєві недоліки в кількох сферах
У зоні ризику20-34Суттєві слабкі місця; впровадження потребує обережності
Критичний1-19Серйозні проблеми (покинутий, єдиний мейнтейнер, без базової гігієни)
ЖиттєздатністьСпільнота тавпровадженняСталість таврядуванняІнженернаякістьБезпекаГотовність доШІ

Профіль оцінок

Кожна вісь — окрема категорія. Форма важить більше, ніж середнє: здоровий об'єкт заповнює всю фігуру, тоді як профіль із піками та провалами означає, що сила в одному вимірі маскує ризик в іншому.

Зважений загальний бал 74 калібровано до 88 за шкалою опублікованого індексу (калібрування реєстру 2026-08-02).

Власність

Broad InstituteОрганізація
1 339 підписників1 543 публічні репозиторіїз вер. 2010 р.

За цим репозиторієм стоїть організація — спільна, підзвітна опіка, здатна пережити будь-якого окремого мейнтейнера.

Метрики за категоріями

Життєздатність

Чи живий проєкт — чи пишеться код і чи виходять релізи?

93Винятковий · 21% загального індексу
Як обчислюється оцінка
36/36Свіжість push — останній push 3 дн. тому
23.5/36Ритм комітів — 34/52 тижнів із комітами
18/18Обсяг комітів — 582 комітів за останній рік
10/10OpenSSF Scorecard: Maintained — 30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
commits_last_year582
human_commit_share0,94
days_since_last_push3
active_weeks_last_year34
Як обчислюється оцінка
27/27Випускає релізи — опубліковано 100 релізів
36/36Свіжість релізів — останній реліз 4 дн. тому
27/27Ритм релізів — реліз кожні ~9,3 дн.
0/10OpenSSF Scorecard: Signed-Releases — немає даних
Використані вхідні дані
releases_count100
latest_release_tagv3.0.27
releases_from_tagsні
days_since_latest_release4
mean_days_between_releases9,3
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): OpenSSF Scorecard: Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.

Спільнота та впровадження

Чи має проєкт користувачів, завантаження, увагу та влаштовані умови для контриб’юторів?

62Помірний · 17% загального індексу
Як обчислюється оцінка
37.2/60Зірки — 197 зірок
15.2/25Форки — 67 форків
7.8/15Спостерігачі — 26 спостерігачів
Використані вхідні дані
forks67
stars197
watchers26
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history
Як обчислюється оцінка
22.5/22.5README
22.5/22.5Ліцензія — визнана ліцензія (MIT)
0/18Настанови CONTRIBUTING
13.5/13.5Кодекс поведінки
0/7.2Шаблон issue
0/6.3Шаблон PR
Використані вхідні дані
has_readmeтак
has_licenseтак
readme_badges4
has_contributingні
has_issue_templateні
has_code_of_conductтак
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_templateні

Сталість та врядування

Чи переживе проєкт своїх людей — бас-фактор, реактивність, хто за ним стоїть і як супроводжуються пакети?

72Добрий · 23% загального індексу
Як обчислюється оцінка
25.2/54Бас-фактор — на 2 контриб’ютор(ів) припадає половина всіх комітів
11.4/22.5Розподіл комітів — головний контриб’ютор — автор 49% комітів
13.5/13.5Широта контриб’юторів — 16 контриб’юторів
10/10OpenSSF Scorecard: Contributors — project has 19 contributing companies or organizations
Використані вхідні дані
bus_factor2
contributors_sampled16
top_contributor_share0,494
Як обчислюється оцінка
41.2/42Вирішення issue — закрито 98% issue
27.9/30Прийняття PR — злито 789/849 вирішених PR
0/13Newcomer PR acceptance — за 30 дн. не вирішено жодного PR від новачка
0/15OpenSSF Scorecard: Code-Review — Found 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
Використані вхідні дані
merged_prs789
open_issues5
closed_issues275
prs_merged_7d2
prs_decided_7d2
prs_merged_30d4
prs_decided_30d4
issue_closed_ratio0,982
closed_unmerged_prs60
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Newcomer PR acceptance. Залишкові ваги перенормовано.
Як обчислюється оцінка
30/30Підтримка власника — у власності організації
0/20Верифікований домен
22.5/25Охоплення власника — 1 339 підписників у broadinstitute
25/25Послужний список — 1 543 публічних репозиторіїв, вік облікового запису ~16 р.
Використані вхідні дані
followers1 339
owner_typeOrganization
is_verifiedні
owner_loginbroadinstitute
public_repos1 543
account_age_days5 883

Інженерна якість

Чи наявні базові інженерні практики та документація?

81Відмінний · 19% загального індексу
Як обчислюється оцінка
24/24Процеси CI — 6 процес(ів) CI
24/24Наявні тести
0/16Конфігурація лінтера
0/9.6Pre-commit-хуки
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard: CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
Використані вхідні дані
has_ciтак
has_testsтак
has_editorconfigні
has_linter_configні
has_precommit_configні

Документація

100Винятковий
Як обчислюється оцінка
30/30README
25/25Каталог документації
15/15Сайт документації / домашня сторінка — https://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
10/10Опис репозиторію
10/10Теми — 15 тем
10/10Wiki
Використані вхідні дані
topicsviral-ngs, viral, genomics, genome, genome-assembly, genome-sequencing, bam, fastq, variant-calling, variant-annotations, illumina, bioinformatics, docker, ngs, python
has_wikiтак
homepagehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
docs_sitehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
has_readmeтак
has_docs_dirтак
has_descriptionтак

Безпека

Чи міцні видимі практики безпеки й ланцюга постачання, без непослабленої пов’язаності з юрисдикціями високого ризику?

55Помірний · 16% загального індексу

Стан безпеки

59Помірний
Як обчислюється оцінка
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests — 7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 19 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5Ліцензія — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0.5/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
5/5SAST — SAST tool is run on all commits
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — немає даних
6.8/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5.2/7.5Vulnerabilities — 3 existing vulnerabilities detected
Використані вхідні дані
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate5,9
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Signed-Releases. Залишкові ваги перенормовано.
Як обчислюється оцінка
5.6/35Прямі залежності без відомих сповіщень — уражено 3: pyyaml 5.1 (critical 9.8), jinja2 3.1.4 (high 8.8), biopython 1.72 (moderate 4.9)
0/25Непрямі залежності без відомих сповіщень — транзитивний набір не відокремлюється від залежностей розробки й тестування в цьому обсязі
25.2/40Немає задавнених сповіщень — 3 пакет(ів) зі сповіщеннями без реакції понад 90 дн.; найдавніше опубліковано 2 434 дн. тому
Використані вхідні дані
sourceosv
advisories16
affected_packages4
assessed_packages53
unassessed_packages91
affected_by_severitycritical 1, high 2, moderate 1
direct_affected_packages3
Виключено з оцінювання (немає даних або не застосовно): Непрямі залежності без відомих сповіщень. Залишкові ваги перенормовано. Звірено 53 резолвлених залежностей із OSV. 91 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза межами звітованого переліку пакетів. Цей репозиторій не публікує пакета, який резолвить індекс, тож натомість оцінено граф залежностей репозиторію. Цей граф змішує закріплені версії для розробки й тестування зі справді постачаними залежностями, тож оцінюються лише задекларовані runtime-залежності; транзитивні знахідки подаються як контекст і в оцінку не входять. Досяжність не аналізується.

Готовність до ШІ

Наскільки репозиторій оснащений для розробки та супроводу за участі ШІ-агентів? Має свідомо малу вагу (4%): агентний інструментарій — реальний сигнал супроводу, але репозиторій без нього все одно може отримати 100/100.

78Добрий · 4% загального індексу
Як обчислюється оцінка
45/45Інструкції для агентів — .github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
0/15Машиночитана документація (llms.txt)
40/40Читабельна історія комітів — намір зазначено у 89 з 94 людських комітів (структурований заголовок або пояснювальний текст)
Використані вхідні дані
has_llms_txtні
llms_txt_url—
legible_history_share0,947
agent_instruction_files.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes22 432
Як обчислюється оцінка
18/18Розгортання однією командою — docs/Makefile
22/22Автоматизовані тести
0/11Конфігурація лінтера / форматера
11/11Статична перевірка типів — src/viral_ngs/py.typed
10/10Відтворюване середовище — Dockerfile
10/10Підтверджена практика роботи з агентами — 13 з останніх 100 комітів створено агентом або з його зазначенням
0/8Автоматизоване супроводження — автоматичних оновлень залежностей не виявлено
1/10OpenSSF Scorecard: Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
Використані вхідні дані
has_nixні
has_testsтак
lockfiles—
has_dockerfileтак
typed_languageні
bootstrap_filesdocs/Makefile
has_devcontainerні
has_linter_configні
typecheck_configssrc/viral_ngs/py.typed
agent_commit_share0,13
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share0
Як обчислюється оцінка
27/45Типізований код — Python з конфігурацією перевірки типів (src/viral_ngs/py.typed)
51/55Керовані розміри файлів — 9/123 файлів вихідного коду понад 60 КБ
Використані вхідні дані
primary_languagePython
largest_source_bytes391 231
source_files_sampled123
oversized_source_files9

Ключові факти

197зірок GitHub
16контриб'юторів
582комітів за останні 12 місяців
3днів від останнього пушу
100релізів
2бас-фактор
5відкритих issue
PyPIпакетних екосистем

Попередження щодо збору даних

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch pypi package 'viral-ngs' from its registry

Докладніше

Історія зірок і форків 0 ★ / 67 ⇿
0Зірки
67Форки
90Релізи

Коли додано кожну зірку й форк — зібрано з GitHub і згруповано за днями. Кумулятивне зростання розміщено просто над денними додаваннями, з яких воно складається, тож їх видно одне проти одного: рівномірне органічне накопичення виглядає зовсім інакше, ніж різкий короткочасний сплеск. Там, де цю різницю можна виміряти, її подано як автентичність росту.

01020304050606022014-122020-092026-07
Мажорні 1Мінорні 24Патчі 65

Кожна точка охоплює 11 днів.

OpenSSF Scorecard 5.9 / 10
5.9сукупно

Незалежна, не прив'язана до інструментів оцінка безпеки від відкритого проєкту OpenSSF Scorecard. Кожна перевірка винагороджує практику безпеки, а не інструмент конкретного постачальника. Перевірки, які Scorecard не зміг визначити, позначено н/д і виключено з оцінки безпеки (вони ніколи не зараховуються як нуль).Scorecard v5.5.0 · 2026-10-19 15:48 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests7 out of 7 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/5 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 10 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
1Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
10SASTSAST tool is run on all commits
0Security-Policysecurity policy file not detected
н/дSigned-Releasesno releases found
9Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
Прямі залежності 13
РеєстрПакетОбмеження версіїМаніфест
PyPIarrow>=0.12.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.72pyproject.toml
PyPIjinja2>=2.11.3pyproject.toml
PyPIlz4>=2.2.1pyproject.toml
PyPImatplotlib>=2.2.4pyproject.toml
PyPIpandas>=2.0.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=6.1.0pyproject.toml
PyPIpybedtools>=0.7.10pyproject.toml
PyPIpysam>=0.23.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=6.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.12.0pyproject.toml
PyPIzstandard>=0.23.0pyproject.toml
Усі залежності 144

Повний розв'язаний набір залежностей із графа залежностей GitHub: 21 прямих і 123 непрямих (транзитивних) пакетів. Транзитивне замикання є повним, коли в репозиторії закомічено lockfile.

РеєстрПакетВерсіяЗв'язок
PyPIarrow—пряма
PyPIarrow0.12.1пряма
PyPIbiopython—пряма
PyPIbiopython1.72пряма
PyPIjinja2—пряма
PyPIjinja23.1.4пряма
PyPIlz4—пряма
PyPImatplotlib—пряма
PyPImatplotlib2.2.4пряма
PyPIpandas—пряма
PyPIpsutil—пряма
PyPIpybedtools—пряма
PyPIpybedtools0.7.10пряма
PyPIpysam—пряма
PyPIpysam0.15.0пряма
PyPIpyyaml—пряма
PyPIpyyaml5.1пряма
PyPIpyyaml6.0.1пряма
PyPIscipy—пряма
PyPIseaborn—пряма
PyPIzstandard—пряма
PyPIanndata—непряма
PyPIawscli—непряма
PyPIbamtools—непряма
PyPIbbmap—непряма
PyPIbbmap38.56непряма
PyPIbcftools—непряма
PyPIbedtools—непряма
PyPIbedtools2.28.0непряма
PyPIblast—непряма
PyPIblast2.7.1непряма
PyPIbmtagger—непряма
PyPIbmtagger3.101непряма
PyPIboto3—непряма
PyPIbwa—непряма
PyPIbwa0.7.17непряма
PyPIcd-hit—непряма
PyPIcd-hit4.6.8непряма
PyPIcd-hit-auxtools—непряма
PyPIcd-hit-auxtools4.6.8непряма
PyPIcentrifuger—непряма
PyPIcryptography—непряма
PyPIcsvkit—непряма
PyPIdiamond0.9.10непряма
PyPIduckdb—непряма
PyPIfastani—непряма
PyPIfastqc—непряма
PyPIfastqc0.11.7непряма
PyPIfgbio—непряма
PyPIfilechunkio—непряма
PyPIfreebayes—непряма
PyPIfuture0.16.0непряма
PyPIgap2seq—непряма
PyPIgap2seq3.1.1a2непряма
PyPIgatk3.8непряма
PyPIgenomad—непряма
PyPIgoogle-cloud-sdk—непряма
PyPIgoogle-cloud-storage—непряма
PyPIillumina-interop1.5.0непряма
PyPIjq—непряма
PyPIkaiju1.6.3_yesimonнепряма
PyPIkallisto—непряма
PyPIkb-python—непряма
PyPIkma—непряма
PyPIkmc—непряма
PyPIkmc3.1.1rc1непряма
PyPIkraken2—непряма
PyPIkrakenuniq0.5.7_yesimonнепряма
PyPIkrona—непряма
PyPIkrona2.7.1непряма
PyPIlast—непряма
PyPIlast876непряма
PyPIlbzip2—непряма
PyPIlbzip22.5непряма
PyPIlofreq—непряма
PyPIlz4-c—непряма
PyPIlz4-c1.9.1непряма
PyPImafft—непряма
PyPImafft7.402непряма
PyPIminimap2—непряма
PyPIminiwdl—непряма
PyPImock—непряма
PyPImock5.0.1непряма
PyPImummer4—непряма
PyPImummer44.0.0beta2непряма
PyPImuscle—непряма
PyPImuscle3.8.1551непряма
PyPImvicuna1.0непряма
PyPInovoalign3.07.00непряма
PyPIparallel—непряма
PyPIparallel20160622непряма
PyPIperl-bio-easel—непряма
PyPIpicard—непряма
PyPIpicard-slim2.21.1непряма
PyPIpigz—непряма
PyPIpigz2.4непряма
PyPIpillow—непряма
PyPIprinseq—непряма
PyPIprinseq0.20.4непряма
PyPIpyasn1—непряма
PyPIpyopenssl—непряма
PyPIpysftp—непряма
PyPIpytest—непряма
PyPIpytest-cov—непряма
PyPIpytest-xdist—непряма
PyPIpython3.12непряма
PyPIr-base3.5.1непряма
PyPIrasusa—непряма
PyPIrecommonmark—непряма
PyPIrpds-py—непряма
PyPIruby—непряма
PyPIsambamba—непряма
PyPIsamtools—непряма
PyPIsamtools1.9непряма
PyPIsequip—непряма
PyPIsetuptools—непряма
PyPIskani—непряма
PyPIsnakemake5.6.0непряма
PyPIsnpeff—непряма
PyPIsnpeff4.3.1tнепряма
PyPIsourmash-minimal—непряма
PyPIspades—непряма
PyPIspades3.12.0непряма
PyPIsphinx1.4.4непряма
PyPIsphinx7.4.7непряма
PyPIsphinx-argparse0.1.15непряма
PyPIsphinx-argparse0.5.2непряма
PyPIsphinx-rtd-theme—непряма
PyPIsphinx-rtd-theme0.1.9непряма
PyPIsplitcode—непряма
PyPItable2asn—непряма
PyPItbl2asn25.6непряма
PyPItensorflow—непряма
PyPItornado—непряма
PyPItrimmomatic—непряма
PyPItrimmomatic0.38непряма
PyPIudocker—непряма
PyPIunzip—непряма
PyPIunzip6.0непряма
PyPIurllib3—непряма
PyPIvphaser2—непряма
PyPIvphaser22.0непряма
PyPIwgsim—непряма
PyPIzstd—непряма
Сповіщення про залежності 4

Цей репозиторій не публікує пакета, який розпізнає індекс, тож оцінено його власний граф залежностей — 53 пакетів, серед яких є й піниї розробки та тестування, що ніколи не постачаються: 4 мають відомі сповіщення, з них 3 прямі. 91 не вдалося оцінити — немає резолвленої версії, непідтримувана екосистема або поза наведеним переліком пакетів.

ПакетВерсіяЗв'язокКритичністьСповіщеньВиправлено в
pyyaml5.1прямакритична65.2b1
jinja23.1.4прямависока63.1.6
future0.16.0непрямависока20.18.3
biopython1.72прямапомірна21.87

Сповіщення означає, що версія, записана в графі залежностей, потрапляє в уражений діапазон. Досяжність не аналізується, а граф містить піниї розробки й тестування — знахідка може стосуватися інструментів, а не поставленого коду.

Звіт у форматі JSON машиночитний

Зворотний зв’язок

Помітили щось хибне у цьому звіті або маєте чим поділитися? Неправильні вимірювання, непомічені інструменти, ідеї, запитання — усе доречно. Кожне повідомлення читається й отримує відповідь.

Повідомлення збережеться під час входу.

Оцінки — це сигнали, а не гарантії. Вони відображають публічно видимі практики на GitHub — це не аудит коду й не гарантія безпеки.

Відсутні дані виключаються, а ваги перенормовуються — нуль за відсутність ніколи не ставиться. Методологія версіонована й відкрита: метрики v2.10.0, схема v0.34.0 — повна методологія · вікі метрик.

Як окремий результат виглядає на тлі всього реєстру: сукупна статистика.