公开记录
软件健康报告模式 0.31.0 · 指标 2.10.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

broadinstitute / viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

PythonMIT★ 198 星标⑂ 67 复刻始于 2014年9月在 GitHub 上查看 ↗
类型命令行工具如何判定

broadinstitute/viral-ngs 的健康指数为 100 分中的 88 分,处于「优秀」区间。 其得分最高的类别是Vitality(88/100),最低的是Security(55/100)。 最近一次更新在 10 天前。 近期的大部分工作由 2 位贡献者完成。

88
总分 / 100
优秀

软件健康指数

指标归入加权类别,统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均,再依据公开记录的分布进行校准,使各等级具有百分位含义;当公开证据触发高风险司法辖区政策时,评级会按政策调整,并设置 34(存在风险)的上限。

88
卓越93-100公开记录中的最高层级(约前 5%);基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲;仅有少量不足
良好65-79健康;不足之处有限且可控
中等50-64可接受,但存在明显不足;建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节;采用时应保持审慎
危急1-19问题严重(项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范)
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形,而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 74 经校准后在公布的指数量表上为 88(记录校准 2026-08-02)。

所有权

1,300 关注者1,526 个公开仓库始于 2010年9月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任,可延续于任何单一维护者之后。

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码,是否仍在发布版本?

88优秀 · 占总体的 21%
评分方式
28.8/36推送新近度最近一次推送于 10 天前
22.8/36提交节奏52 周中有 33 周有提交
18/18提交量最近一年 572 次提交
10/10OpenSSF Scorecard:Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year572
human_commit_share0.96
days_since_last_push10
active_weeks_last_year33

发布纪律

100卓越
评分方式
27/27有发布版本已发布 100 个发布版本
36/36发布时效最近一次发布版本于 13 天前
27/27发布节奏约每 13.8 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard:Signed-Releases无数据
所用输入
releases_count100
latest_release_tagv3.0.20
releases_from_tags
days_since_latest_release13
mean_days_between_releases13.8
已排除计分(无数据或不适用):OpenSSF Scorecard:Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度,并具备欢迎贡献者参与的配置?

62中等 · 占总体的 17%
评分方式
37.2/60星标198 个星标
15.2/25复刻67 个复刻
7.9/15关注者27 位关注者
所用输入
forks67
stars198
watchers27
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

65良好
评分方式
22.5/22.5README
22.5/22.5许可证可识别的许可证(MIT)
0/18CONTRIBUTING 指南
13.5/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme
has_license
readme_badges4
has_contributing
has_issue_template
has_code_of_conduct
readme_badge_servicescodecov.io, github.com, readthedocs.org, shields.io
has_pull_request_template

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持,以及软件包的维护状况?

78良好 · 占总体的 23%
评分方式
25.2/54巴士系数2 位贡献者贡献了半数提交
11.4/22.5提交分布头号贡献者编写了 49% 的提交
13.5/13.5贡献者广度16 位贡献者
10/10OpenSSF Scorecard:Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
所用输入
bus_factor2
contributors_sampled16
top_contributor_share0.492
评分方式
41.5/42议题解决99% 的议题已关闭
27.9/30PR 接受已裁定的 PR 中 779/839 已合并
0/13Newcomer PR acceptance30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
0/15OpenSSF Scorecard:Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs779
open_issues3
closed_issues266
prs_merged_7d0
prs_decided_7d0
prs_merged_30d5
prs_decided_30d5
issue_closed_ratio0.989
closed_unmerged_prs60
first_time_authors_30d0
first_time_prs_merged_30d0
first_time_prs_decided_30d0
已排除计分(无数据或不适用):Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。
评分方式
30/30所有权背书组织持有
0/20已验证域名未读取该组织的域名验证状态
22.4/25所有者影响力broadinstitute 有 1,300 位关注者
25/25既往记录1,526 个公开仓库,账户约 15 年
所用输入
followers1,300
owner_typeOrganization
is_verified
owner_loginbroadinstitute
public_repos1,526
account_age_days5,821
已排除计分(无数据或不适用):已验证域名。 其余权重已重新归一化。

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位?

81优秀 · 占总体的 19%

工程实践

68良好
评分方式
24/24CI 工作流5 个工作流
24/24存在测试
0/16Linter 配置
0/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard:CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
所用输入
has_ci
has_tests
has_editorconfig
has_linter_config
has_precommit_config

文档

100卓越
评分方式
30/30README
25/25文档目录
15/15文档 / 主页站点https://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
10/10仓库描述
10/10主题标签15 个主题标签
10/10Wiki
所用输入
topicsviral-ngs, viral, genomics, genome, genome-assembly, genome-sequencing, bam, fastq, variant-calling, variant-annotations, illumina, bioinformatics, docker, ngs, python
has_wiki
homepagehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
docs_sitehttps://viral-ngs.readthedocs.io/en/latest/
has_readme
has_docs_dir
has_description

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固,且不存在未解决的高风险司法辖区暴露?

55中等 · 占总体的 16%

安全态势

58中等
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifactsno binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Toolno update tool detected
0/5Fuzzingproject is not fuzzed
2.5/2.5许可证license file detected
7.5/7.5Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packagingpackaging workflow detected
0.5/5Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
5/5SASTSAST tool is run on all commits
0/5Security-Policysecurity policy file not detected
0/7.5Signed-Releases无数据
6/7.5Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
5.2/7.5Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate5.8
已排除计分(无数据或不适用):Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。
评分方式
5.6/35直接依赖不含已知公告3 个受影响:pyyaml 5.1 (critical 9.8), jinja2 3.1.4 (high 8.8), biopython 1.72 (moderate 4.9)
0/25间接依赖不含已知公告在此范围内,传递依赖集合无法与开发和测试依赖区分
25.2/40没有长期未处理的公告3 个携带公告的软件包超过 90 天未处理;最早一条发布于 2,371 天前
所用输入
sourceosv
advisories16
affected_packages4
assessed_packages53
unassessed_packages92
affected_by_severitycritical 1, high 2, moderate 1
direct_affected_packages3
已排除计分(无数据或不适用):间接依赖不含已知公告。 其余权重已重新归一化。 已将 53 个已解析依赖与 OSV 比对。 有 92 项无法评估——没有已解析的版本、生态系统不受支持,或超出所报告的软件包清单。 该仓库未发布任何索引可解析的软件包,因此改为评估仓库依赖图。该图将开发与测试版本固定同交付的依赖混在一起,因此仅对声明的运行时依赖计分;传递性发现仅作为背景信息列出,不计入评分。 未对可达性进行分析。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件?权重刻意设小(4%):代理工具链是一项真实的维护信号,但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

75良好 · 占总体的 4%
评分方式
45/45代理指令.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
0/15机器可读文档(llms.txt)
32.2/40可读的提交历史96 次人类提交中有 58 次说明了意图(结构化标题或解释性正文)
所用输入
has_llms_txt
llms_txt_url
legible_history_share0.604
agent_instruction_files.github/copilot-instructions.md, AGENTS.md, CLAUDE.md
agent_instruction_max_bytes22,057
评分方式
18/18一条命令的引导启动docs/Makefile
22/22自动化测试
0/11Lint / 格式化配置
11/11静态类型检查src/viral_ngs/py.typed
10/10可复现环境Dockerfile
10/10已体现的代理实践最近 100 次提交中有 7 次由代理编写或署名代理
0/8自动化维护未观察到自动依赖更新
1/10OpenSSF Scorecard:Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
所用输入
has_nix
has_tests
lockfiles
has_dockerfile
typed_language
bootstrap_filesdocs/Makefile
has_devcontainer
has_linter_config
typecheck_configssrc/viral_ngs/py.typed
agent_commit_share0.07
toolchain_manifests
dependency_bot_commit_share0
评分方式
27/45可类型检查的代码Python,已配置类型检查(src/viral_ngs/py.typed)
51.4/55可控的文件大小采样的 122 个源文件中有 8 个超过 60KB
所用输入
primary_languagePython
largest_source_bytes391,231
source_files_sampled122
oversized_source_files8

关键数据

198GitHub 星标
16贡献者
572最近 12 个月提交数
10距最近推送天数
100发布版本数
2巴士系数(bus factor)
3开放议题
PyPI软件包生态系统数

数据采集警告

  • Star history unavailable: GitHub GraphQL error: Resource not accessible by personal access token
  • Could not fetch pypi package 'viral-ngs' from its registry

更多细节

Star 与 Fork 历史 0 ★ / 67 ⇿
0Star
67Fork
97发布

每颗 star 和每个 fork 的添加时间,来自 GitHub 并按天汇总。累计增长位于其构成来源——每日新增——的正上方,二者可相互对照:稳定的自然增长与短暂的突增形态截然不同。当这一差别可被衡量时,它会作为增长真实性予以报告。

01020304050606022014-122020-092026-07
主版本 2次版本 26修订 69

每个点涵盖 11 天。

OpenSSF Scorecard 5.8 / 10
5.8综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身,而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用,并从安全评分中剔除(绝不按零分计)。Scorecard v5.5.0 · 2026-08-17 21:16 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests10 out of 10 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/7 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 19 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 6 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
1Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 1
10SASTSAST tool is run on all commits
0Security-Policysecurity policy file not detected
不适用Signed-Releasesno releases found
8Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7Vulnerabilities3 existing vulnerabilities detected
直接依赖 13
注册表软件包版本约束清单文件
PyPIarrow>=0.12.1pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.72pyproject.toml
PyPIjinja2>=2.11.3pyproject.toml
PyPIlz4>=2.2.1pyproject.toml
PyPImatplotlib>=2.2.4pyproject.toml
PyPIpandas>=2.0.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=6.1.0pyproject.toml
PyPIpybedtools>=0.7.10pyproject.toml
PyPIpysam>=0.23.0pyproject.toml
PyPIpyyaml>=6.0pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIseaborn>=0.12.0pyproject.toml
PyPIzstandard>=0.23.0pyproject.toml
全部依赖 145

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合:21 个直接依赖与 124 个间接(传递)软件包。仓库提交锁文件时,传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
PyPIarrow直接
PyPIarrow0.12.1直接
PyPIbiopython直接
PyPIbiopython1.72直接
PyPIjinja2直接
PyPIjinja23.1.4直接
PyPIlz4直接
PyPImatplotlib直接
PyPImatplotlib2.2.4直接
PyPIpandas直接
PyPIpsutil直接
PyPIpybedtools直接
PyPIpybedtools0.7.10直接
PyPIpysam直接
PyPIpysam0.15.0直接
PyPIpyyaml直接
PyPIpyyaml5.1直接
PyPIpyyaml6.0.1直接
PyPIscipy直接
PyPIseaborn直接
PyPIzstandard直接
PyPIanndata间接
PyPIawscli间接
PyPIbamtools间接
PyPIbbmap间接
PyPIbbmap38.56间接
PyPIbcftools间接
PyPIbedtools间接
PyPIbedtools2.28.0间接
PyPIblast间接
PyPIblast2.7.1间接
PyPIbmtagger间接
PyPIbmtagger3.101间接
PyPIboto3间接
PyPIbwa间接
PyPIbwa0.7.17间接
PyPIcd-hit间接
PyPIcd-hit4.6.8间接
PyPIcd-hit-auxtools间接
PyPIcd-hit-auxtools4.6.8间接
PyPIcentrifuger间接
PyPIcryptography间接
PyPIcsvkit间接
PyPIdiamond0.9.10间接
PyPIduckdb间接
PyPIfastani间接
PyPIfastqc间接
PyPIfastqc0.11.7间接
PyPIfgbio间接
PyPIfilechunkio间接
PyPIfreebayes间接
PyPIfuture0.16.0间接
PyPIgap2seq间接
PyPIgap2seq3.1.1a2间接
PyPIgatk3.8间接
PyPIgenomad间接
PyPIgoogle-cloud-sdk间接
PyPIgoogle-cloud-storage间接
PyPIillumina-interop1.5.0间接
PyPIjq间接
PyPIkaiju1.6.3_yesimon间接
PyPIkallisto间接
PyPIkb-python间接
PyPIkma间接
PyPIkmc间接
PyPIkmc3.1.1rc1间接
PyPIkraken2间接
PyPIkrakenuniq0.5.7_yesimon间接
PyPIkrona间接
PyPIkrona2.7.1间接
PyPIlast间接
PyPIlast876间接
PyPIlbzip2间接
PyPIlbzip22.5间接
PyPIlofreq间接
PyPIlz4-c间接
PyPIlz4-c1.9.1间接
PyPImafft间接
PyPImafft7.402间接
PyPIminimap2间接
PyPIminiwdl间接
PyPImock间接
PyPImock5.0.1间接
PyPImummer4间接
PyPImummer44.0.0beta2间接
PyPImuscle间接
PyPImuscle3.8.1551间接
PyPImvicuna间接
PyPImvicuna1.0间接
PyPInovoalign间接
PyPInovoalign3.07.00间接
PyPIparallel间接
PyPIparallel20160622间接
PyPIperl-bio-easel间接
PyPIpicard间接
PyPIpicard-slim2.21.1间接
PyPIpigz间接
PyPIpigz2.4间接
PyPIpillow间接
PyPIprinseq间接
PyPIprinseq0.20.4间接
PyPIpyasn1间接
PyPIpyopenssl间接
PyPIpysftp间接
PyPIpytest间接
PyPIpytest-cov间接
PyPIpytest-xdist间接
PyPIpython3.12间接
PyPIr-base3.5.1间接
PyPIrasusa间接
PyPIrecommonmark间接
PyPIrpds-py间接
PyPIsambamba间接
PyPIsamtools间接
PyPIsamtools1.9间接
PyPIsequip间接
PyPIsetuptools间接
PyPIskani间接
PyPIsnakemake5.6.0间接
PyPIsnpeff间接
PyPIsnpeff4.3.1t间接
PyPIsourmash-minimal间接
PyPIspades间接
PyPIspades3.12.0间接
PyPIsphinx1.4.4间接
PyPIsphinx7.4.7间接
PyPIsphinx-argparse0.1.15间接
PyPIsphinx-argparse0.5.2间接
PyPIsphinx-rtd-theme间接
PyPIsphinx-rtd-theme0.1.9间接
PyPIsplitcode间接
PyPItable2asn间接
PyPItbl2asn25.6间接
PyPItensorflow间接
PyPItornado间接
PyPItrimmomatic间接
PyPItrimmomatic0.38间接
PyPIudocker间接
PyPIunzip间接
PyPIunzip6.0间接
PyPIurllib3间接
PyPIvphaser2间接
PyPIvphaser22.0间接
PyPIwgsim间接
PyPIzstd间接
依赖安全公告 4

该仓库未发布可被索引解析的包,因此评估的是其自身的依赖图——共 53 个包,其中也包含从不交付的开发与测试版本固定:4 个存在已知公告,3 个为直接依赖。 有 92 个无法评估——没有已解析的版本、生态系统不受支持,或不在所列包清单之内。

软件包版本关系严重程度公告数修复版本
pyyaml5.1直接严重65.2b1
jinja23.1.4直接63.1.6
future0.16.0间接20.18.3
biopython1.72直接21.87

公告表示依赖图中记录的版本落入某条公告的受影响范围。可达性未经分析,且依赖图包含开发与测试的版本固定——某项发现可能只涉及工具链而非交付的软件。

原始 JSON 报告 机器可读

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缺失数据将被剔除并重新归一化权重,绝不按零分计。方法论已版本化并公开:指标 v2.10.0、模式 v0.31.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

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