公开记录
软件健康报告模式 0.11.0 · 指标 2.10.0 · 2026-07-15 12:10 UTC

haddocking / protein-quest

Python package to search/retrieve/filter proteins and protein structures

PythonApache-2.0★ 5 星标⑂ 0 复刻始于 2025年8月在 GitHub 上查看 ↗
类型库如何判定

haddocking/protein-quest 的健康指数为 100 分中的 81 分，处于「优秀」区间。 其得分最高的类别是Vitality（94/100），最低的是Community & Adoption（45/100）。 最近一次更新在 1 天前。 近期的大部分工作由 1 位贡献者完成。

81
总分 / 100
优秀

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

81
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 69 经校准后在公布的指数量表上为 81（记录校准 2026-08-02）。

所有权

HADDOCK组织
225 关注者75 个公开仓库始于 2013年10月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任，可延续于任何单一维护者之后。

软件包生态系统

注册表软件包版本月下载量版本数最近发布标签
PyPIprotein_quest1.5.0-202 天前alphafoldmmcifpdbproteinprotein-structureuniprot

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

94卓越 · 占总体的 21%

开发活跃度

90优秀
评分方式
36/36推送新近度 — 最近一次推送于 1 天前
25.6/36提交节奏 — 52 周中有 37 周有提交
18/18提交量 — 最近一年 677 次提交
10/10OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 14 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year677
human_commit_share—
days_since_last_push1
active_weeks_last_year37

发布纪律

100卓越
评分方式
27/27有发布版本 — 已发布 20 个发布版本
36/36发布时效 — 最近一次发布版本于 2 天前
27/27发布节奏 — 约每 27.1 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — 无数据
所用输入
releases_count20
latest_release_tagv1.5.0
releases_from_tags否
days_since_latest_release2
mean_days_between_releases27.1
已排除计分（无数据或不适用）：OpenSSF Scorecard：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

45薄弱 · 占总体的 17%

流行度与采用

10危急
评分方式
9.8/60星标 — 5 个星标
0/25复刻 — 0 个复刻
0/15关注者 — 1 位关注者
所用输入
forks0
stars5
watchers1
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

85优秀
评分方式
22.5/22.5README
22.5/22.5许可证 — 可识别的许可证（Apache-2.0）
18/18CONTRIBUTING 指南
13.5/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme是
has_license是
readme_badges—
has_contributing是
has_issue_template否
has_code_of_conduct是
readme_badge_services—
has_pull_request_template否

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

67良好 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

23存在风险
评分方式
9/54巴士系数 — 1 位贡献者贡献了半数提交
0.2/22.5提交分布 — 头号贡献者编写了 99% 的提交
4.1/13.5贡献者广度 — 3 位贡献者
10/10OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 18 contributing companies or organizations
所用输入
bus_factor1
contributors_sampled3
top_contributor_share0.993

议题与 PR 响应能力

72良好
评分方式
34.1/42议题解决 — 81% 的议题已关闭
28.9/30PR 接受 — 已裁定的 PR 中 78/81 已合并
0/13Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
0/15OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs78
open_issues9
closed_issues39
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0.812
closed_unmerged_prs3
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。

所有权与托管责任

90优秀
评分方式
30/30所有权背书 — 组织持有
0/20已验证域名 — 未读取该组织的域名验证状态
16.9/25所有者影响力 — haddocking 有 225 位关注者
25/25既往记录 — 75 个公开仓库，账户约 12 年
所用输入
followers225
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginhaddocking
public_repos75
account_age_days4,663
已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。 其余权重已重新归一化。

软件包维护

100卓越
评分方式
25/25已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35发布时效 — 最近一次发布于 2 天前
20/20版本历史 — 20 个已发布版本
20/20未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回
所用输入
packagesprotein_quest
ecosystemspypi
any_deprecated否
min_days_since_publish2

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

88优秀 · 占总体的 19%

工程实践

94卓越
评分方式
24/24CI 工作流 — 4 个工作流
24/24存在测试
16/16Linter 配置
9.6/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 3 out of 3 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
所用输入
has_ci是
has_tests是
has_editorconfig否
has_linter_config是
has_precommit_config是

文档

80优秀
评分方式
30/30README
25/25文档目录
15/15文档 / 主页站点 — http://www.bonvinlab.org/protein-quest/
10/10仓库描述
0/10主题标签
0/10Wiki
所用输入
topics—
has_wiki否
homepagehttp://www.bonvinlab.org/protein-quest/
docs_sitehttp://www.bonvinlab.org/protein-quest/
has_readme是
has_docs_dir是
has_description是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

48薄弱 · 占总体的 16%

安全态势

48薄弱
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
2.2/7.5Branch-Protection — branch protection is not maximal on development and all release branches
2.5/2.5CI-Tests — 3 out of 3 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
2.5/2.5Contributors — project has 18 contributing companies or organizations
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.5/2.5许可证 — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 14 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — 无数据
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
7.5/7.5Vulnerabilities — 0 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated17
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive1
scorecard_aggregate4.8
已排除计分（无数据或不适用）：Signed-Releases。 其余权重已重新归一化。

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

54中等 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

1危急
评分方式
0/45代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档（llms.txt）
0/40可读的提交历史 — 无数据
所用输入
has_llms_txt否
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
已排除计分（无数据或不适用）：可读的提交历史。 其余权重已重新归一化。

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

66良好
评分方式
0/18一条命令的引导启动
22/22自动化测试
11/11Lint / 格式化配置
11/11静态类型检查 — src/protein_quest/py.typed
10/10可复现环境 — lockfile
0/10已体现的代理实践 — 无数据
0/8自动化维护 — 无数据
0/10OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
所用输入
has_nix否
has_tests是
lockfilesuv.lock
has_dockerfile否
typed_language否
bootstrap_files—
has_devcontainer否
has_linter_config是
typecheck_configssrc/protein_quest/py.typed
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
已排除计分（无数据或不适用）：已体现的代理实践, 自动化维护。 其余权重已重新归一化。

面向模型的代码可读性

82优秀
评分方式
27/45可类型检查的代码 — Python，已配置类型检查（src/protein_quest/py.typed）
55/55可控的文件大小 — 采样的 93 个源文件中有 0 个超过 60KB
所用输入
primary_languagePython
largest_source_bytes38,744
source_files_sampled93
oversized_source_files0

机器可读接口

100卓越
评分方式
0/40API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto） — 不适用于此类软件
20/20MCP 服务器
40/40可运行示例 — notebooks
所用输入
example_dirsnotebooks
has_mcp_signal是
api_schema_files—
interfaces_expected_of—
已排除计分（无数据或不适用）：API 模式（OpenAPI/GraphQL/proto）。 其余权重已重新归一化。

关键数据

5GitHub 星标
3贡献者
677最近 12 个月提交数
1距最近推送天数
20发布版本数
1巴士系数（bus factor）
9开放议题
PyPI软件包生态系统数

更多细节

OpenSSF Scorecard 4.8 / 10
4.8综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。Scorecard v5.5.0 · 2026-07-15 12:10 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
3Branch-Protectionbranch protection is not maximal on development and all release branches
10CI-Tests3 out of 3 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/3 approved changesets -- score normalized to 0
10Contributorsproject has 18 contributing companies or organizations
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
10Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 14 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
不适用Signed-Releasesno releases found
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
10Vulnerabilities0 existing vulnerabilities detected
直接依赖 18
注册表软件包版本约束清单文件
PyPIaiofiles>=24.1.0pyproject.toml
PyPIaiohttp>=3.13.4pyproject.toml
PyPIaiohttp-retry>=2.9.1pyproject.toml
PyPIattrs>=25.3.0pyproject.toml
PyPIcattrs>=24.1.3pyproject.toml
PyPIdask>=2025.5.1pyproject.toml
PyPIdistributed>=2025.5.1pyproject.toml
PyPIgemmi>=0.7.5pyproject.toml
PyPIpsutil>=7.0.0pyproject.toml
PyPIrich>=14.0.0pyproject.toml
PyPIsparqlwrapper>=2.0.0pyproject.toml
PyPItqdm>=4.67.1pyproject.toml
PyPIyarl>=1.20.1pyproject.toml
PyPIplatformdirs>=4.3.8pyproject.toml
PyPImmcif>=0.92.0pyproject.toml
PyPIrocrate-action-recorder>=0.5.1pyproject.toml
PyPIcyclopts>=4.16.1pyproject.toml
PyPIscipy>=1.17.1pyproject.toml
全部依赖 195

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：18 个直接依赖与 177 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
PyPIaiofiles25.1.0直接
PyPIaiohttp3.14.1直接
PyPIaiohttp-retry2.9.1直接
PyPIattrs26.1.0直接
PyPIcattrs26.1.0直接
PyPIcyclopts4.21.0直接
PyPIdask2026.7.0直接
PyPIdistributed2026.7.0直接
PyPIgemmi0.7.5直接
PyPImmcif1.1.1直接
PyPIplatformdirs4.10.0直接
PyPIpsutil7.2.2直接
PyPIrich15.0.0直接
PyPIrocrate-action-recorder0.5.3直接
PyPIscipy1.18.0直接
PyPIsparqlwrapper2.0.0直接
PyPItqdm4.68.4直接
PyPIyarl1.24.2直接
PyPIaiodns4.0.4间接
PyPIaiofile3.11.1间接
PyPIaiohappyeyeballs2.7.1间接
PyPIaiohttp-compress0.2.1间接
PyPIaiosignal1.4.0间接
PyPIannotated-types0.7.0间接
PyPIanyio4.14.2间接
PyPIappnope0.1.4间接
PyPIarcp0.2.1间接
PyPIasttokens3.0.2间接
PyPIauthlib1.7.2间接
PyPIbabel2.18.0间接
PyPIbackports-zstd1.6.0间接
PyPIbackrefs7.0间接
PyPIbeartype0.22.9间接
PyPIbeautifulsoup44.15.0间接
PyPIbleach6.4.0间接
PyPIbrotli1.2.0间接
PyPIbrotlicffi1.2.0.1间接
PyPIcachetools7.1.4间接
PyPIcaio0.9.25间接
PyPIcertifi2026.6.17间接
PyPIcffi2.1.0间接
PyPIcharset-normalizer3.4.9间接
PyPIclick8.4.2间接
PyPIcloudpickle3.1.2间接
PyPIcolorama0.4.6间接
PyPIcomm0.2.3间接
PyPIcoverage7.15.1间接
PyPIcryptography49.0.0间接
PyPIdebugpy1.8.21间接
PyPIdecorator5.3.1间接
PyPIdefusedxml0.7.1间接
PyPIdnspython2.8.0间接
PyPIdocstring-parser0.18.0间接
PyPIemail-validator2.3.0间接
PyPIexceptiongroup1.3.1间接
PyPIexecuting2.2.1间接
PyPIfastjsonschema2.21.2间接
PyPIfastmcp3.4.4间接
PyPIfastmcp-slim3.4.4间接
PyPIfrozenlist1.8.0间接
PyPIfsspec2026.6.0间接
PyPIghp-import2.1.0间接
PyPIgriffelib2.1.0间接
PyPIh110.16.0间接
PyPIhttpcore1.0.9间接
PyPIhttpx0.28.1间接
PyPIhttpx-sse0.4.3间接
PyPIidna3.18间接
PyPIiniconfig2.3.0间接
PyPIipykernel7.3.0间接
PyPIipython9.15.0间接
PyPIipython-pygments-lexers1.1.1间接
PyPIipywidgets8.1.8间接
PyPIjaraco-classes3.4.0间接
PyPIjaraco-context6.1.2间接
PyPIjaraco-functools4.5.0间接
PyPIjedi0.20.0间接
PyPIjeepney0.9.0间接
PyPIjinja23.1.6间接
PyPIjoserfc1.7.3间接
PyPIjsonref1.1.0间接
PyPIjsonschema4.26.0间接
PyPIjsonschema-path0.5.0间接
PyPIjsonschema-specifications2025.9.1间接
PyPIjupyter-client8.9.1间接
PyPIjupyter-core5.9.1间接
PyPIjupyterlab-pygments0.3.0间接
PyPIjupyterlab-widgets3.0.16间接
PyPIjupytext1.19.4间接
PyPIkeyring25.7.0间接
PyPIlocket1.0.0间接
PyPImarkdown3.10.2间接
PyPImarkdown-it-py4.2.0间接
PyPImarkupsafe3.0.3间接
PyPImatplotlib-inline0.2.2间接
PyPImcp1.28.1间接
PyPImdit-py-plugins0.6.1间接
PyPImdurl0.1.2间接
PyPImergedeep1.3.4间接
PyPImistune3.3.3间接
PyPImkdocs1.6.1间接
PyPImkdocs-autoapi0.4.1间接
PyPImkdocs-autorefs1.4.4间接
PyPImkdocs-get-deps0.2.2间接
PyPImkdocs-jupyter0.26.3间接
PyPImkdocs-material9.7.6间接
PyPImkdocs-material-extensions1.3.1间接
PyPImkdocstrings1.0.6间接
PyPImkdocstrings-python2.0.5间接
PyPImore-itertools11.1.0间接
PyPImsgpack1.2.1间接
PyPImultidict6.7.1间接
PyPInbclient0.11.0间接
PyPInbconvert7.17.1间接
PyPInbformat5.10.4间接
PyPInest-asyncio21.7.2间接
PyPInumpy2.5.1间接
PyPIopenapi-pydantic0.5.1间接
PyPIopentelemetry-api1.43.0间接
PyPIorjson3.11.9间接
PyPIpackaging26.2间接
PyPIpaginate0.5.7间接
PyPIpandocfilters1.5.1间接
PyPIparso0.8.7间接
PyPIpartd1.4.2间接
PyPIpathable0.6.0间接
PyPIpathspec1.1.1间接
PyPIpexpect4.9.0间接
PyPIpluggy1.6.0间接
PyPIpooch1.9.0间接
PyPIprompt-toolkit3.0.52间接
PyPIpropcache0.5.2间接
PyPIptyprocess0.7.0间接
PyPIpure-eval0.2.3间接
PyPIpy-key-value-aio0.4.5间接
PyPIpycares5.0.1间接
PyPIpycparser3.0间接
PyPIpydantic2.13.4间接
PyPIpydantic-core2.46.4间接
PyPIpydantic-settings2.14.2间接
PyPIpygments2.20.0间接
PyPIpyjwt2.13.0间接
PyPIpymdown-extensions11.0.1间接
PyPIpyparsing3.3.2间接
PyPIpyperclip1.11.0间接
PyPIpyrefly1.1.1间接
PyPIpytest9.1.1间接
PyPIpytest-aiohttp1.1.1间接
PyPIpytest-asyncio1.4.0间接
PyPIpytest-cov7.1.0间接
PyPIpytest-recording0.13.4间接
PyPIpython-dateutil2.9.0.post0间接
PyPIpython-dotenv1.2.2间接
PyPIpython-multipart0.0.32间接
PyPIpywin32312间接
PyPIpywin32-ctypes0.2.3间接
PyPIpyyaml6.0.3间接
PyPIpyyaml-env-tag1.1间接
PyPIpyzmq27.1.0间接
PyPIrdflib7.6.0间接
PyPIreferencing0.37.0间接
PyPIrequests2.34.2间接
PyPIrich-rst2.1.0间接
PyPIrocrate0.15.0间接
PyPIrpds-py2026.6.3间接
PyPIsecretstorage3.5.0间接
PyPIsix1.17.0间接
PyPIsortedcontainers2.4.0间接
PyPIsoupsieve2.8.4间接
PyPIsse-starlette3.4.5间接
PyPIstack-data0.6.3间接
PyPIstarlette1.3.1间接
PyPItblib3.2.2间接
PyPItinycss21.5.1间接
PyPItoolz1.1.0间接
PyPItornado6.5.7间接
PyPItraitlets5.15.1间接
PyPItypes-aiofiles25.1.0.20260518间接
PyPItypes-psutil7.2.2.20260518间接
PyPItypes-requests2.33.0.20260712间接
PyPItypes-tqdm4.68.0.20260608间接
PyPItyping-extensions4.16.0间接
PyPItyping-inspection0.4.2间接
PyPIuncalled-for0.3.2间接
PyPIurllib32.7.0间接
PyPIuvicorn0.51.0间接
PyPIvcrpy8.3.0间接
PyPIwatchdog6.0.0间接
PyPIwatchfiles1.2.0间接
PyPIwcwidth0.8.2间接
PyPIwebencodings0.5.1间接
PyPIwebsockets16.1间接
PyPIwidgetsnbextension4.0.15间接
PyPIwrapt2.2.2间接
PyPIzict3.0.0间接
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评分是信号，而非担保。 评分反映的是 GitHub 上公开可见的实践——不是代码审计，也不是安全保证。

缺失数据将被剔除并重新归一化权重，绝不按零分计。方法论已版本化并公开：指标 v2.10.0、模式 v0.11.0—— 完整方法论 · 指标知识库.

单项结果在整体记录中的位置： 汇总统计 — PyPI.