genomics — 开源软件健康

PyPI

90优秀健康指数

biopython/biopython

Official git repository for Biopython (originally converted from CVS)

Python★ 5,176↓ 6.7M/月2026年8月28日

自定义许可证2026年8月28日 · 指标 2.10.0

npm

90优秀健康指数

broadinstitute/gatk-sv

A structural variation pipeline for short-read sequencing

Python · WDL · R★ 2062026年7月31日

BSD-3-Clause2026年7月31日 · 指标 2.10.0

Maven

90优秀健康指数

miso-lims/miso-lims

MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres

Java · JavaScript★ 3052026年7月18日

GPL-3.02026年7月18日 · 指标 2.10.0

PyPI

88优秀健康指数

broadinstitute/viral-ngs

viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data

Python★ 1982026年8月17日

MIT2026年8月17日 · 指标 2.10.0

PyPI

86优秀健康指数

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Turn any AI agent into an AI Scientist. The #1 Agent Skills library for science, used by 170,000+ scientists worldwide. 158 ready-to-use skills plus 100+ scientific databases covering biology, chemistry, medicine, and drug discovery. Compatible with Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity, and the open Agent Skills standard.

Python★ 32.6K2026年8月5日

MIT2026年8月5日 · 指标 2.10.0

PyPI · crates.io

86优秀健康指数

genomoncology/biomcp

BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

Rust · Python★ 5542026年7月21日

MIT2026年7月21日 · 指标 2.10.0

PyPI

86优秀健康指数

hail-is/hail

Cloud-native genomic dataframes and batch computing

Python · Scala★ 1,0692026年8月10日

MIT2026年8月10日 · 指标 2.10.0

Maven

83优秀健康指数

gorpipe/gor

GORpipe is a tool based on a genomic ordered relational architecture and allows analysis of large sets of genomic and phenotypic tabular data using declarative query language, in a parallel execution engine.

Java · Scala★ 472026年8月16日

AGPL-3.02026年8月16日 · 指标 2.10.0

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78良好健康指数

EBI-Metagenomics/assembly-analysis-pipeline

MGnify Assembly Analysis Pipeline

JavaScript · Nextflow★ 12026年7月18日

Apache-2.02026年7月18日 · 指标 2.10.0

npm

78良好健康指数

iGVteam/igv.js

Embeddable genomic visualization component based on the Integrative Genomics Viewer

JavaScript · HTML★ 728↓ 81.9K/月2026年7月17日

MIT2026年7月17日 · 指标 2.10.0

npm · crates.io

77良好健康指数

GMOD/bbi-js

Parser for bigwig and bigbed files

TypeScript · JavaScript★ 9↓ 13.7K/月2026年7月18日

MIT2026年7月18日 · 指标 2.10.0

PyPI

77良好健康指数

michael-denyer/jamma

JAMMA (Highly-Accelerated Multi-method Mixed-model Association) -- a fast and modern Python and C reimplementation of GEMMA for large-scale GWAS.

Python · C★ 12026年7月20日

GPL-3.02026年7月20日 · 指标 2.10.0

npm

75良好健康指数

GMOD/gff-nostream

该仓库未发布描述。

TypeScript★ 2↓ 12.8K/月2026年8月7日

MIT2026年8月7日 · 指标 2.10.0

npm

75良好健康指数

gmod/apollo3

Monorepo for Apollo 3 server-side and client-side (JBrowse 2 plugin) components.

TypeScript★ 152026年7月18日

Apache-2.02026年7月18日 · 指标 2.10.0

npm

73良好健康指数

GMOD/generic-filehandle2

modernization of the original generic-filehandle, no Buffer polyfill needed

TypeScript · JavaScript★ 0↓ 17.7K/月2026年8月5日

无许可证2026年8月5日 · 指标 2.10.0

PyPI

73良好健康指数

JLSteenwyk/PhyKIT

a UNIX shell toolkit for processing and analyzing multiple sequence alignments and phylogenies

Python★ 882026年7月21日

MIT2026年7月21日 · 指标 2.10.0

PyPI

69良好健康指数

brentp/cyvcf2

cython + htslib == fast VCF and BCF processing

Cython · Python★ 4462026年7月21日

MIT2026年7月21日 · 指标 2.10.0

RubyGems

69良好健康指数

kojix2/ruby-htslib

HTSlib bindings for Ruby

Ruby · C★ 122026年8月1日

MIT2026年8月1日 · 指标 2.10.0

PyPI · npm

65良好健康指数

haqaliz/contig

An agentic bioinformatics analyst: it runs the analysis on your own compute, self-heals failures, verifies the output, and returns a reproducible result.

Python · TypeScript★ 22026年9月5日

Apache-2.02026年9月5日 · 指标 2.10.0

PyPI

65良好健康指数

kcleal/dysgu

Toolkit for calling structural variants using short or long reads

Cython · Python · C++★ 115↓ 1,527/月2026年7月23日

MIT2026年7月23日 · 指标 2.10.0

RubyGems

65良好健康指数