公开记录
软件健康报告模式 0.11.0 · 指标 2.10.0 · 2026-07-15 13:16 UTC

the-omics-os / lobster

The self-evolving agentic framework for bioinformatics

Python自定义许可证★ 42 星标⑂ 9 复刻始于 2025年8月在 GitHub 上查看 ↗
类型库命令行工具如何判定
#agents#bioinformatics#langgraph#transcriptomics#lobster#omics#proteomics

the-omics-os/lobster 的健康指数为 100 分中的 65 分，处于「良好」区间。 其得分最高的类别是Engineering Quality（81/100），最低的是Security（34/100）。 最近一次更新在 5 天前。 近期的大部分工作由 1 位贡献者完成。

65
总分 / 100
良好

软件健康指数

指标归入加权类别，统一采用 1–100 量表。总体分先取类别加权平均，再依据公开记录的分布进行校准，使各等级具有百分位含义；当公开证据触发高风险司法辖区政策时，评级会按政策调整，并设置 34（存在风险）的上限。

65
卓越93-100公开记录中的最高层级（约前 5%）；基本满足所有检验标准
优秀80-92各方面均表现强劲；仅有少量不足
良好65-79健康；不足之处有限且可控
中等50-64可接受，但存在明显不足；建议进行审查
薄弱35-49多个领域存在实质性薄弱环节
存在风险20-34存在重大薄弱环节；采用时应保持审慎
危急1-19问题严重（项目被弃置、仅有单一维护者、缺乏基本工程规范）
活力社区与采用可持续性与治理工程质量安全AI 就绪度

评分画像

每条轴代表一个类别。形状比平均值更重要——健康的对象会填满整个图形，而“一峰一谷”式画像意味着某一维度的优势正掩盖另一维度的风险。

加权总体分 60 经校准后在公布的指数量表上为 65（记录校准 2026-08-02）。

所有权

omics-os组织
14 关注者9 个公开仓库始于 2025年8月

该仓库由组织支持——共同承担、可问责的托管责任，可延续于任何单一维护者之后。

软件包生态系统

注册表软件包版本月下载量版本数最近发布标签
PyPIlobster-ai1.1.419-5812 天前bioinformaticsrna-seqsingle-cellaimachine-learningdata-analysisgenomics

按类别列示的指标

活力

项目是否仍有生命——是否仍在编写代码，是否仍在发布版本？

80优秀 · 占总体的 21%

开发活跃度

73良好
评分方式
36/36推送新近度 — 最近一次推送于 5 天前
9/36提交节奏 — 52 周中有 13 周有提交
18/18提交量 — 最近一年 814 次提交
10/10OpenSSF Scorecard：Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
所用输入
commits_last_year814
human_commit_share—
days_since_last_push5
active_weeks_last_year13

发布纪律

90优秀
评分方式
27/27有发布版本 — 已发布 56 个发布版本
36/36发布时效 — 最近一次发布版本于 12 天前
27/27发布节奏 — 约每 7.6 天发布一次
0/10OpenSSF Scorecard：Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
所用输入
releases_count56
latest_release_tagv1.1.419
releases_from_tags否
days_since_latest_release12
mean_days_between_releases7.6

社区与采用

项目是否拥有用户、下载量与关注度，并具备欢迎贡献者参与的配置？

48薄弱 · 占总体的 17%

流行度与采用

34存在风险
评分方式
26.2/60星标 — 42 个星标
7.5/25复刻 — 9 个复刻
0/15关注者 — 0 位关注者
所用输入
forks9
stars42
watchers0
growth_stateunverified
growth_factor_pct100
growth_unverified_reasonno_history

社区健康

64中等
评分方式
22.5/22.5README
16.9/22.5许可证 — 存在许可证文件，但不是可识别的许可证
18/18CONTRIBUTING 指南
0/13.5行为准则
0/7.2议题模板
0/6.3PR 模板
所用输入
has_readme是
has_license是
readme_badges—
has_contributing是
has_issue_template否
has_code_of_conduct否
readme_badge_services—
has_pull_request_template否

可持续性与治理

项目能否在其成员之外延续——巴士系数、响应能力、由谁支持，以及软件包的维护状况？

55中等 · 占总体的 23%

维护者韧性（巴士系数）

15危急
评分方式
9/54巴士系数 — 1 位贡献者贡献了半数提交
0/22.5提交分布 — 头号贡献者编写了 100% 的提交
2.7/13.5贡献者广度 — 2 位贡献者
3/10OpenSSF Scorecard：Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
所用输入
bus_factor1
contributors_sampled2
top_contributor_share0.998

议题与 PR 响应能力

62中等
评分方式
36/42议题解决 — 86% 的议题已关闭
18/30PR 接受 — 已裁定的 PR 中 6/10 已合并
0/13Newcomer PR acceptance — 30 天内没有首次贡献者的 PR 得到裁决
0/15OpenSSF Scorecard：Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
所用输入
merged_prs6
open_issues1
closed_issues6
prs_merged_7d—
prs_decided_7d—
prs_merged_30d—
prs_decided_30d—
issue_closed_ratio0.857
closed_unmerged_prs4
first_time_authors_30d—
first_time_prs_merged_30d—
first_time_prs_decided_30d—
已排除计分（无数据或不适用）：Newcomer PR acceptance。 其余权重已重新归一化。

所有权与托管责任

60中等
评分方式
30/30所有权背书 — 组织持有
0/20已验证域名 — 未读取该组织的域名验证状态
8.5/25所有者影响力 — the-omics-os 有 14 位关注者
9.1/25既往记录 — 9 个公开仓库，账户约 0 年
所用输入
followers14
owner_typeOrganization
is_verified—
owner_loginthe-omics-os
public_repos9
account_age_days336
已排除计分（无数据或不适用）：已验证域名。 其余权重已重新归一化。

软件包维护

100卓越
评分方式
25/25已发布且可解析 — pypi 上有 1 个软件包
35/35发布时效 — 最近一次发布于 12 天前
20/20版本历史 — 58 个已发布版本
20/20未被弃用 — 活跃，未被弃用或撤回
所用输入
packageslobster-ai
ecosystemspypi
any_deprecated否
min_days_since_publish12

工程质量

基础的工程与文档实践是否到位？

81优秀 · 占总体的 19%

工程实践

68良好
评分方式
24/24CI 工作流 — 6 个工作流
24/24存在测试
0/16Linter 配置
0/9.6Pre-commit 钩子
0/6.4.editorconfig
20/20OpenSSF Scorecard：CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
所用输入
has_ci是
has_tests是
has_editorconfig否
has_linter_config否
has_precommit_config否

文档

100卓越
评分方式
30/30README
25/25文档目录
15/15文档 / 主页站点 — https://www.lobsterbio.com/
10/10仓库描述
10/10主题标签 — 7 个主题标签
10/10Wiki
所用输入
topicsagents, bioinformatics, langgraph, transcriptomics, lobster, omics, proteomics
has_wiki是
homepagehttps://www.lobsterbio.com/
docs_sitehttps://www.lobsterbio.com/
has_readme是
has_docs_dir是
has_description是

安全

可见的安全与供应链实践是否稳固，且不存在未解决的高风险司法辖区暴露？

34存在风险 · 占总体的 16%

安全态势

34存在风险
评分方式
7.5/7.5Binary-Artifacts — no binaries found in the repo
0/7.5Branch-Protection — branch protection not enabled on development/release branches
2.5/2.5CI-Tests — 2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0/2.5CII-Best-Practices — no effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0/7.5Code-Review — Found 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
0.8/2.5Contributors — project has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10/10Dangerous-Workflow — no dangerous workflow patterns detected
0/7.5Dependency-Update-Tool — no update tool detected
0/5Fuzzing — project is not fuzzed
2.2/2.5许可证 — license file detected
7.5/7.5Maintained — 30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
5/5Packaging — packaging workflow detected
0/5Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0/5SAST — SAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0/5Security-Policy — security policy file not detected
0/7.5Signed-Releases — Project has not signed or included provenance with any releases.
0/7.5Token-Permissions — detected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0/7.5Vulnerabilities — 149 existing vulnerabilities detected
所用输入
sourceopenssf_scorecard
checks_evaluated18
scorecard_versionv5.5.0
checks_inconclusive0
scorecard_aggregate3.4

AI 就绪度

该仓库在多大程度上具备与 AI 编码代理协同开发与维护的条件？权重刻意设小（4%）：代理工具链是一项真实的维护信号，但完全不具备的仓库仍可达到 100/100。

49薄弱 · 占总体的 4%

AI 代理上下文与指引

1危急
评分方式
0/45代理指令 — 没有 CLAUDE.md / AGENTS.md / 编辑器规则
0/15机器可读文档（llms.txt）
0/40可读的提交历史 — 无数据
所用输入
has_llms_txt否
llms_txt_url—
legible_history_share—
agent_instruction_files—
agent_instruction_max_bytes—
已排除计分（无数据或不适用）：可读的提交历史。 其余权重已重新归一化。

验证循环（构建 / 测试 / 类型检查）

74良好
评分方式
18/18一条命令的引导启动 — Makefile
22/22自动化测试
0/11Lint / 格式化配置
11/11静态类型检查 — packages/lobster-genomics/lobster/agents/genomics/py.typed, packages/lobster-metabolomics/lobster/agents/metabolomics/py.typed, packages/lobster-metadata/lobster/agents/metadata_assistant/py.typed, packages/lobster-ml/lobster/agents/machine_learning/py.typed, packages/lobster-proteomics/lobster/agents/proteomics/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/data_expert/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/research/py.typed, packages/lobster-structural-viz/lobster/agents/py.typed, packages/lobster-transcriptomics/lobster/agents/transcriptomics/py.typed, packages/lobster-visualization/lobster/agents/py.typed
10/10可复现环境 — lockfile
0/10已体现的代理实践 — 无数据
0/8自动化维护 — 无数据
0/10OpenSSF Scorecard：Pinned-Dependencies — dependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
所用输入
has_nix否
has_tests是
lockfilesgo.sum, uv.lock
has_dockerfile否
typed_language否
bootstrap_filesMakefile
has_devcontainer否
has_linter_config否
typecheck_configspackages/lobster-genomics/lobster/agents/genomics/py.typed, packages/lobster-metabolomics/lobster/agents/metabolomics/py.typed, packages/lobster-metadata/lobster/agents/metadata_assistant/py.typed, packages/lobster-ml/lobster/agents/machine_learning/py.typed, packages/lobster-proteomics/lobster/agents/proteomics/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/data_expert/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/research/py.typed, packages/lobster-structural-viz/lobster/agents/py.typed, packages/lobster-transcriptomics/lobster/agents/transcriptomics/py.typed, packages/lobster-visualization/lobster/agents/py.typed
agent_commit_share—
toolchain_manifests—
dependency_bot_commit_share—
已排除计分（无数据或不适用）：已体现的代理实践, 自动化维护。 其余权重已重新归一化。

面向模型的代码可读性

80优秀
评分方式
27/45可类型检查的代码 — Python，已配置类型检查（packages/lobster-genomics/lobster/agents/genomics/py.typed, packages/lobster-metabolomics/lobster/agents/metabolomics/py.typed, packages/lobster-metadata/lobster/agents/metadata_assistant/py.typed, packages/lobster-ml/lobster/agents/machine_learning/py.typed, packages/lobster-proteomics/lobster/agents/proteomics/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/data_expert/py.typed, packages/lobster-research/lobster/agents/research/py.typed, packages/lobster-structural-viz/lobster/agents/py.typed, packages/lobster-transcriptomics/lobster/agents/transcriptomics/py.typed, packages/lobster-visualization/lobster/agents/py.typed）
52.8/55可控的文件大小 — 采样的 1,061 个源文件中有 43 个超过 60KB
所用输入
primary_languagePython
largest_source_bytes171,948
source_files_sampled1,061
oversized_source_files43

关键数据

42GitHub 星标
2贡献者
814最近 12 个月提交数
5距最近推送天数
56发布版本数
1巴士系数（bus factor）
1开放议题
Go, PyPI软件包生态系统数

数据采集警告

  • Could not fetch go package 'github.com/the-omics-os/lobster-tui' from its registry

更多细节

OpenSSF Scorecard 3.4 / 10
3.4综合

来自开源项目 OpenSSF Scorecard 的独立、工具无关的安全评估。每项检查奖励的是安全实践本身，而非特定供应商的工具。Scorecard 无法判定的检查项标记为 不适用，并从安全评分中剔除（绝不按零分计）。Scorecard v5.5.0 · 2026-07-15 13:15 UTC

10Binary-Artifactsno binaries found in the repo
0Branch-Protectionbranch protection not enabled on development/release branches
10CI-Tests2 out of 2 merged PRs checked by a CI test -- score normalized to 10
0CII-Best-Practicesno effort to earn an OpenSSF best practices badge detected
0Code-ReviewFound 0/30 approved changesets -- score normalized to 0
3Contributorsproject has 1 contributing companies or organizations -- score normalized to 3
10Dangerous-Workflowno dangerous workflow patterns detected
0Dependency-Update-Toolno update tool detected
0Fuzzingproject is not fuzzed
9Licenselicense file detected
10Maintained30 commit(s) and 0 issue activity found in the last 90 days -- score normalized to 10
10Packagingpackaging workflow detected
0Pinned-Dependenciesdependency not pinned by hash detected -- score normalized to 0
0SASTSAST tool is not run on all commits -- score normalized to 0
0Security-Policysecurity policy file not detected
0Signed-ReleasesProject has not signed or included provenance with any releases.
0Token-Permissionsdetected GitHub workflow tokens with excessive permissions
0Vulnerabilities149 existing vulnerabilities detected
直接依赖 42
注册表软件包版本约束清单文件
Gocharm.land/bubbles/v2v2.0.0lobster-tui/go.mod
Gocharm.land/bubbletea/v2v2.0.1lobster-tui/go.mod
Gocharm.land/lipgloss/v2v2.0.0lobster-tui/go.mod
Gogithub.com/alecthomas/chroma/v2v2.14.0lobster-tui/go.mod
Gogithub.com/charmbracelet/glamourv0.10.0lobster-tui/go.mod
Gogolang.org/x/termv0.40.0lobster-tui/go.mod
PyPIpandas>=1.5.0pyproject.toml
PyPInumpy>=2.2,<2.5pyproject.toml
PyPIscipy>=1.10.0pyproject.toml
PyPIscikit-learn>=1.3.0pyproject.toml
PyPIanndata>=0.9.0pyproject.toml
PyPImudata>=0.2.0pyproject.toml
PyPIh5py>=3.9.0pyproject.toml
PyPIlangchain-core>=0.3.79pyproject.toml
PyPIlanggraph>=1.0.5pyproject.toml
PyPIrich>=12.0.0pyproject.toml
PyPItyper>=0.7.0pyproject.toml
PyPIpython-dotenv>=1.0.0pyproject.toml
PyPIprompt-toolkit>=3.0.52pyproject.toml
PyPIplotly>=5.0.0pyproject.toml
PyPImatplotlib>=3.7.0pyproject.toml
PyPIkaleido>=0.2.0pyproject.toml
PyPIbiopython>=1.81pyproject.toml
PyPIstatsmodels>=0.14.0pyproject.toml
PyPIgseapy>=1.1.0pyproject.toml
PyPIGEOparse—pyproject.toml
PyPIopenpyxl>=3.1.0pyproject.toml
PyPIpyreadr>=0.4.0pyproject.toml
PyPIxmltodict>=0.13.0pyproject.toml
PyPIlxml>=4.9.0pyproject.toml
PyPIrequests>=2.31.0pyproject.toml
PyPIhttpx>=0.27.0pyproject.toml
PyPIcloudscraper>=1.2.71pyproject.toml
PyPIpysradb>=2.5.1pyproject.toml
PyPInbformat>=5.9.0pyproject.toml
PyPIpapermill>=2.4.0pyproject.toml
PyPIjinja2>=3.1pyproject.toml
PyPIpackaging>=25.0pyproject.toml
PyPItabulate>=0.9.0pyproject.toml
PyPItomli_w>=1.0pyproject.toml
PyPIpsutil>=7.0.0pyproject.toml
PyPIlobster-ai-tui~=1.1.0pyproject.toml
全部依赖 530

来自 GitHub 依赖图的完整解析依赖集合：53 个直接依赖与 477 个间接（传递）软件包。仓库提交锁文件时，传递闭包才是完整的。

注册表软件包版本关系
Gocharm.land/bubbles/v2v2.0.0直接
Gocharm.land/bubbletea/v2v2.0.1直接
Gocharm.land/lipgloss/v2v2.0.0直接
Gogithub.com/alecthomas/chroma/v2v2.14.0直接
Gogithub.com/charmbracelet/glamourv0.10.0直接
Gogolang.org/x/termv0.40.0直接
PyPIanndata—直接
PyPIanndata0.12.6直接
PyPIbiopython—直接
PyPIbiopython1.86直接
PyPIcloudscraper1.2.71直接
PyPIgeoparse2.0.4直接
PyPIgseapy1.1.11直接
PyPIh5py—直接
PyPIh5py3.15.1直接
PyPIhttpx—直接
PyPIhttpx0.28.1直接
PyPIjinja23.1.6直接
PyPIkaleido1.2.0直接
PyPIlangchain-core1.2.13直接
PyPIlanggraph1.0.8直接
PyPIlobster-ai-tui1.1.420直接
PyPIlxml6.0.2直接
PyPImatplotlib3.10.7直接
PyPImudata0.3.2直接
PyPInbformat5.10.4直接
PyPInumpy—直接
PyPInumpy2.2.6直接
PyPIopenpyxl3.1.5直接
PyPIpackaging25.0直接
PyPIpandas—直接
PyPIpandas2.3.3直接
PyPIpapermill2.6.0直接
PyPIplotly—直接
PyPIplotly6.5.0直接
PyPIprompt-toolkit3.0.52直接
PyPIpsutil7.1.3直接
PyPIpyreadr0.5.3直接
PyPIpysradb2.5.1直接
PyPIpython-dotenv1.2.1直接
PyPIrequests—直接
PyPIrequests2.32.5直接
PyPIrich14.2.0直接
PyPIscikit-learn—直接
PyPIscikit-learn1.7.2直接
PyPIscipy—直接
PyPIscipy1.16.3直接
PyPIstatsmodels—直接
PyPIstatsmodels0.14.5直接
PyPItabulate0.9.0直接
PyPItomli-w1.2.0直接
PyPItyper0.19.2直接
PyPIxmltodict1.0.2直接
Gogithub.com/atotto/clipboardv0.1.4间接
Gogithub.com/aymanbagabas/go-osc52/v2v2.0.1间接
Gogithub.com/aymerick/douceurv0.2.0间接
Gogithub.com/charmbracelet/colorprofilev0.4.2间接
Gogithub.com/charmbracelet/lipglossv1.1.1-0.20250404203927-76690c660834间接
Gogithub.com/charmbracelet/ultravioletv0.0.0-20260205113103-524a6607adb8间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/ansiv0.11.6间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/cellbufv0.0.15间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/exp/slicev0.0.0-20250327172914-2fdc97757edf间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/termv0.2.2间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/termiosv0.1.1间接
Gogithub.com/charmbracelet/x/windowsv0.2.2间接
Gogithub.com/clipperhouse/displaywidthv0.11.0间接
Gogithub.com/clipperhouse/uax29/v2v2.7.0间接
Gogithub.com/dlclark/regexp2v1.11.0间接
Gogithub.com/gorilla/cssv1.0.1间接
Gogithub.com/lucasb-eyer/go-colorfulv1.3.0间接
Gogithub.com/mattn/go-isattyv0.0.20间接
Gogithub.com/mattn/go-runewidthv0.0.20间接
Gogithub.com/microcosm-cc/bluemondayv1.0.27间接
Gogithub.com/muesli/cancelreaderv0.2.2间接
Gogithub.com/muesli/reflowv0.3.0间接
Gogithub.com/muesli/termenvv0.16.0间接
Gogithub.com/rivo/unisegv0.4.7间接
Gogithub.com/xo/terminfov0.0.0-20220910002029-abceb7e1c41e间接
Gogithub.com/yuin/goldmarkv1.7.8间接
Gogithub.com/yuin/goldmark-emojiv1.0.5间接
Gogolang.org/x/netv0.33.0间接
Gogolang.org/x/syncv0.19.0间接
Gogolang.org/x/sysv0.41.0间接
Gogolang.org/x/textv0.24.0间接
PyPIaccelerate1.11.0间接
PyPIaiohappyeyeballs2.6.1间接
PyPIaiohttp3.13.2间接
PyPIaiosignal1.4.0间接
PyPIannotated-doc0.0.4间接
PyPIannotated-types0.7.0间接
PyPIannoy1.17.3间接
PyPIansicolors1.1.8间接
PyPIanthropic0.79.0间接
PyPIantlr4-python3-runtime4.9.3间接
PyPIanyio4.11.0间接
PyPIarray-api-compat1.12.0间接
PyPIastroid4.0.2间接
PyPIattrs25.4.0间接
PyPIautograd1.8.0间接
PyPIautograd-gamma0.5.0间接
PyPIazure-ai-agents1.2.0b6间接
PyPIazure-ai-inference1.0.0b9间接
PyPIazure-ai-projects1.1.0b4间接
PyPIazure-common1.1.28间接
PyPIazure-core1.38.1间接
PyPIazure-core-tracing-opentelemetry1.0.0b12间接
PyPIazure-cosmos4.14.6间接
PyPIazure-identity1.25.2间接
PyPIazure-search-documents11.6.0间接
PyPIazure-storage-blob12.28.0间接
PyPIbabel2.17.0间接
PyPIbackoff2.2.1间接
PyPIbackrefs6.1间接
PyPIbandit1.9.1间接
PyPIbcrypt5.0.0间接
PyPIbeautifulsoup44.14.2间接
PyPIbed-reader1.0.6间接
PyPIblack25.11.0间接
PyPIblosc23.11.1间接
PyPIboto31.42.49间接
PyPIbotocore1.42.49间接
PyPIbuild1.3.0间接
PyPIbump2version1.0.1间接
PyPIbumpversion0.6.0间接
PyPIcertifi2025.11.12间接
PyPIcffi2.0.0间接
PyPIcfgv3.4.0间接
PyPIcharset-normalizer3.4.4间接
PyPIchoreographer1.2.1间接
PyPIchromadb—间接
PyPIchromadb1.5.2间接
PyPIclick8.3.1间接
PyPIcloudpickle3.1.2间接
PyPIcohere—间接
PyPIcohere6.1.0间接
PyPIcolorama0.4.6间接
PyPIcoloredlogs15.0.1间接
PyPIcolorlog6.10.1间接
PyPIcontourpy1.3.3间接
PyPIcoverage7.12.0间接
PyPIcrc32c2.8间接
PyPIcryptography46.0.3间接
PyPIcycler0.12.1间接
PyPIcython3.2.1间接
PyPIcyvcf2—间接
PyPIcyvcf20.31.4间接
PyPIdask2026.1.2间接
PyPIdask-glm0.4.0间接
PyPIdask-ml2025.1.0间接
PyPIdill0.4.0间接
PyPIdistlib0.4.0间接
PyPIdistributed2026.1.2间接
PyPIdistro1.9.0间接
PyPIdocling2.62.0间接
PyPIdocling-core2.51.1间接
PyPIdocling-ibm-models3.10.2间接
PyPIdocling-parse4.7.1间接
PyPIdocstring-parser0.17.0间接
PyPIdocutils0.22.3间接
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